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Analysis of tandem repeats in the genome of chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis

chinese Science Bulletin 2005年第14期50卷 1462-1469页

作者： kong jie1 & gao huan2,3.1. key laboratory for sustainable utilization of marine fisheries re- sources, ministry of agriculture, yellow sea fisheris research insti- tute, chinese academy of fishery sciences, qingdao 266071, china 2. institute of Oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 266071, china 3. The Graduate School of the chinese academy of sciences, Beijing 100039, china key laboratory for sustainable utilization of marine fisheries resources Ministry of Agriculture Yellow Sea Fisheris Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences Qingdao China institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao China The Graduate School of the chinese academy of sciences Beijing China

Through random sequencing, we found a total of 884000 base-pairs (bp) of random genomic sequences in the genome of chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis). Using bio-soft Tandem repeat Finder (TRF) software, 2159 tandem repeats were found, in which there were 1714 mi- crosatellites and 445 minisatellites, accounting for 79.4% and 20.6% of repeat sequences, respectively. The cumulative length of repeat sequences was found to be 116685 bp, ac- counting for 13.2% of the total DNA sequence; the cumula- tive length of microsatellites occupied 9.78% of the total DNA sequence, and that of minisatellites occupied 3.42%. In decreasing order, the 20 most abundant repeat sequence classes were as follows: AT (557), AC (471), AG (274), AAT (92), A (56), AAG (28), ATC (27), ATAG (27), AGG (18), ACT (15), C (11), AAC (11), ACAT (11), CAGA (10), AGAA (9), AGGG (7), CAAA (7), CGCA (6), ATAA (6), AGAGAA (6). Dinucleotide repeats, not only in the aspect of the number, but also in cumulative length, were the preponderant repeat type. There were few classes and low copy numbers of repeat units of the pentanucleotide repeat type, which included only three classes: AGAGA, GAGGC and AAAGA. The classes and copy numbers of heptanucleotide, eleven-nucleotide and thirteen-nucleotide primer-number-composed repeats were distinctly less than that of repeat types beside them.

关键词：虾遗传特性遗传基因 DNA

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日本囊对虾基因组小卫星的特征分析

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水产学报 2007年第2期31卷 137-144页

作者：栾生孔杰王清印高焕王伟继张庆文中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室山东青岛266071

为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小... 详细信息

为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3 395个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P1)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1.47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复单位(13.45),32bp(9.32)和7bp(9.28)。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2-48,集中分布在2-30,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关(R=0.063,P1,P1),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系。

关键词：日本囊对虾串联重复序列小卫星重复单位拷贝数

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