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Prescreening of large-effect markers with multiple strategies improves the accuracy of genomic prediction

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Journal of Integrative Agriculture 2024年第5期23卷 1634-1643页

作者： Keanning Li Bingxing An Mang Liang Tianpeng Chang Tianyu Deng Lili Du Sheng Cao Yueying Du Hongyan Li Lingyang Xu Lupei Zhang Xue Gao junya LI Huijiang Gao Laboratory of Molecular Biology and Bovine Breeding Institute of Animal SciencesChinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100193China Shaanxi Key Laboratory of Molecular Biology for Agriculture College of Animal Science and TechnologyNorthwest A&F UniversityYangling712100China College of Computer and Information Engineering Tianjin Agricultural UniversityTianjin 300384China College of Animal Science and Technology Qingdao Agricultural UniversityQingdao 266109China Tongliao Animal Agriculture Development Service Center Tongliao 028000China

Presently,integrating multi-omics information into a prediction model has become a ameliorate strategy for genomic selection to improve genomic prediction ***,we set the genomic and transcriptomic data as the training population data,using BSLMM,TWAS,and eQTL mapping to prescreen features according to |β_(b)|>0,top 1%of phenotypic variation explained(PVE),expression-associated single nucleotide polymorphisms(eSNPs),and egenes(false discovery rate(FDR)<0.01),where these loci were set as extra fixed effects(named GBLUP-Fix)and random effects(GFBLUP)to improve the prediction accuracy in the validation population,*** results suggested that both GBLUP-Fix and GFBLUP models could improve the accuracy of longissimus dorsi muscle(LDM),water holding capacity(WHC),shear force(SF),and pH in Huaxi cattle on average from 2.14 to 8.69%,especially the improvement of GFBLUP-TWAS over GBLUP was 13.66%for *** methods also captured more genetic variance than *** study confirmed that multi-omics-assisted large-effects loci prescreening could improve the accuracyofgenomic prediction.

关键词： multi-omics data features prescreening eQTL mapping Huaxi cattle genomic selection

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我国湿地保护法治的功能演进与发展因应

中国土地科学 2024年第5期38卷 38-46页

作者：吴隽雅河海大学法学院江苏南京211100

研究目的:梳理和阐释我国湿地保护法治建构的内在逻辑与发展向度。研究方法:规范分析法、历史分析法和文献分析法。研究结果:(1)我国湿地保护法治历经了从“抢救性治理”到“全面性治理”再到“整体性治理”的建构历程,湿地保护法治的... 详细信息

研究目的:梳理和阐释我国湿地保护法治建构的内在逻辑与发展向度。研究方法:规范分析法、历史分析法和文献分析法。研究结果:(1)我国湿地保护法治历经了从“抢救性治理”到“全面性治理”再到“整体性治理”的建构历程,湿地保护法治的功能随之不断嬗变,在规范面向上表现为“要素保护—功能保护—系统保护”的递进完善,在实践面向上表现为“利用管理—保护管理—安全管理”的辩证发展。(2)鉴于环境增益、绿色发展与生态安全的战略需求,我国湿地保护法治需要超越“人域法”规范的内生困境、复归法益保障的价值偏离、补强风险防控的规制局限。(3)基于“人与自然和谐共生”的价值旨归,湿地保护法治应以形塑人际同构的秩序性、利益分配的公平性和风险防控的调适性为功能指引。研究结论:面向未来,需进一步强化湿地保护法治向协同性与适应性发展,促进经济社会理性与生态理性的良性互动,推进湿地保护与湿地利用的规范共进,寻求风险规制与风险适应的制度同构。

关键词：湿地保护法治人际同构湿地利用湿地保护利益分配风险调适

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明清时期沿运地区的生态衰变与婴幼儿际遇

社会科学辑刊 2024年第3期 212-220,F0003,239页

作者：马俊亚南京大学历史学院

明清时,为了维持东移的运河,朝廷将黄河整体南移,并在不适合建立水库的平原和高地修、扩洪泽湖、微山湖等巨型水体,造成江北沿运和淮、黄之间乃至海河流域年年被淹,生存资源严重匮乏。在家庭内部面临食物不足以存活全部人口时,强势的成... 详细信息

明清时,为了维持东移的运河,朝廷将黄河整体南移,并在不适合建立水库的平原和高地修、扩洪泽湖、微山湖等巨型水体,造成江北沿运和淮、黄之间乃至海河流域年年被淹,生存资源严重匮乏。在家庭内部面临食物不足以存活全部人口时,强势的成人往往牺牲弱势的婴幼。沿运地区的灾荒不是人口增长、土地偏少造成的马尔萨斯困境,而是生存环境被人为破坏所致,环境危机及其异化的婴幼观念威胁到人类自身的存续。当近代关爱婴幼实践在某些地区开展时,抱持崇老轻幼观念的国人存在着怀疑甚至仇视这种基本的人道行为的现象,这不是中外文化的冲突,而是晚清国人自身新旧观念的差异所致。

关键词：沿运地区水患婴幼鬻儿马尔萨斯理论

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清代黄淮地区的官方治水与地权转移

北京师范大学学报（社会科学版） 2024年第3期 101-111页

作者：马俊亚南京大学历史学院南京210023

在清代,对官员而言,治河带来的土地利益的回报,不低于对国帑的贪污。在淮黄运交汇的水患区,土地价值取决于能否避水之害。无权平民被洪水逼迫大量弃耕弃田,与官权有关的强势集团则大肆占地,导致大地产极为普遍,土地在权力加持下大量增... 详细信息

在清代,对官员而言,治河带来的土地利益的回报,不低于对国帑的贪污。在淮黄运交汇的水患区,土地价值取决于能否避水之害。无权平民被洪水逼迫大量弃耕弃田,与官权有关的强势集团则大肆占地,导致大地产极为普遍,土地在权力加持下大量增值。晚清黄淮地区发生的山东湖团(客民)在徐州与当地民众(土民)的争田事件中,被朝廷及后世史家视为非常“公允”的曾国藩处理方案,实质上融入很大的政治考量,把官府的责任转嫁给了受害的土客双方,并用冠冕堂皇的官场套话打压了民间规范,留下了无尽的土地纠纷后患。

关键词：治水水淹地亩荒地报领湖团唐守忠

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清至民国黄淮地区中产缺失与社会衰变

安徽史学 2024年第2期 5-15页

作者：马俊亚南京大学历史学院江苏南京210023

在中国皇朝时代,清代的“盛世”持续时间最长,清代君主的执政能力也被誉超越前代。历史上,黄淮之间的豫、鲁、皖、苏长期是中国政治核心区及文化最繁荣地区,但清代以后,这里却成为盗匪渊薮,根源就在于皇权的独大及官权的寻租。有权者极... 详细信息

在中国皇朝时代,清代的“盛世”持续时间最长,清代君主的执政能力也被誉超越前代。历史上,黄淮之间的豫、鲁、皖、苏长期是中国政治核心区及文化最繁荣地区,但清代以后,这里却成为盗匪渊薮,根源就在于皇权的独大及官权的寻租。有权者极易上升为富贵的顶层,无权者基本上沦为贫困的底层,从而消灭了社会稳定的基本力量中产阶层。通过权力寻租造就的社会上层是国家破坏性的力量,使传统体制更加不公正;底层民众为了对抗不公的体制,要么趋向于“江湖”式的拉帮结会,要么体现为搏命式的“剽疾轻死”。即便民国开启共和法治之路,由于中产的缺乏,作为既得利益者的上层群体非常容易地对新政、新法进行狙击和破坏,使共和政制被抹黑并背上恶名,民众并不知道谁是自己真正的利益代言人,无以摆脱对传统上层的依赖。

关键词：黄淮地区权力异化剽疾哑铃型社会结构利益代言人

“下湖”:明清运河东移与黄河南移的生态后果

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中国农史 2024年第4期43卷 3-17页

作者：马俊亚南京大学历史学院江苏南京210023

明代迁都北京后,停止漕粮海运,重开东移的运河。由于运河居于极易溃决的黄河下游,经常被冲坍。为了捍护运道,明弘治年间在黄河北侧大筑太行堤,实施黄河南移工程,把全部黄河水流逼入河道相对窄小的淮河。为了冲刷黄河下游泥沙,并向淮安... 详细信息

明代迁都北京后,停止漕粮海运,重开东移的运河。由于运河居于极易溃决的黄河下游,经常被冲坍。为了捍护运道,明弘治年间在黄河北侧大筑太行堤,实施黄河南移工程,把全部黄河水流逼入河道相对窄小的淮河。为了冲刷黄河下游泥沙,并向淮安段运河供水,明臣又截断淮河下游河道,在平原地带修建巨型水库洪泽湖。加上修建在高地、为了向运河最高处济宁段供水的微山诸湖,苏北、鲁南、皖北、豫东南地区每年都要蒙受严重的洪涝灾患。这里的田地常年潴水成湖,民众忘了“田”“地”之类词汇,而代之以“湖”;下田被称为“下湖”。这一方言形成的背后,隐含着极为惨烈的水患祸民、生态衰败痛史。为了维持每年约400万石的漕粮运输,明清时每年仅在苏北、皖北造成的农作物损失即相当于每年漕粮总数的6.5至22.5倍;约为清中期每年财政收入的11倍。

关键词：下湖运河东移黄河南移洪泽湖下五坝

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民国时期淮河流域的生态衰变与治理困境

民国档案 2024年第1期 72-78页

作者：马俊亚南京大学历史学院 210023

历史上,淮河流域生态环境优良。经过南宋以后封建官府近千年的折腾,至民国时期,这里成为全国水患最严重的地区,尤其是水资源过剩并伴随着工程性缺水。淮河流域生态治理的方法非常简单,通过排泄多余的涝水就能重现巨量的田地,从而获得巨... 详细信息

历史上,淮河流域生态环境优良。经过南宋以后封建官府近千年的折腾,至民国时期,这里成为全国水患最严重的地区,尤其是水资源过剩并伴随着工程性缺水。淮河流域生态治理的方法非常简单,通过排泄多余的涝水就能重现巨量的田地,从而获得巨大的收益。所需资金可便捷地从国际市场获得,并可获得国际社会先进管理知识的加持,以根除中国官场千百年来所形成的贪污、造假、营建劣质工程之恶习,培养近代新式治水人才。但利益集团为了保护自己的既得利益,大肆挑拨排外、仇外情结,污蔑承借外债为“亡国”之举。治淮者只得利用国内市场进行生态修复,却因无法治保障,最终导致权势者对治淮成果的掠夺。

关键词：淮河流域环境衰变生态修复市场经济法治

DNA damage response-related immune activation signature predicts the response to immune checkpoint inhibitors: from gastrointestinal cancer analysis to pan-cancer validation

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Cancer Biology & Medicine 2024年第3期21卷 252-266页

作者： junya Yan Shibo Wang Jing Zhang Qiangqiang Yuan Xianchun Gao Nannan Zhang Yan Pan Haohao Zhang Kun Liu Jun Yu Linbin Lu Hui Liu Xiaoliang Gao Sheng Zhao Wenyao Zhang Abudurousuli Reyila Yu Qi Qiujin Zhang Shundong Cang Yuanyuan Lu Yanglin Pan Yan Kong Yongzhan Nie State Key Laboratory of Holistic Integrative Management of Gastrointestinal Cancers and National Clinical Research Center for Digestive Diseases Xijing Hospital of Air Force Military Medical UniversityXi'an 710032China Department of Oncology Henan Provincial People's HospitalZhengzhou University People's HospitalZhengzhou 450o03China Faculty of Life Science Northwest UniversityXi'an 710069China Unit 73211 of the People's Liberation Army Nanjing 211800China Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China(Ministry of Education) School of MedicineNorthwest UniversityXi'an 710069China Shaanxi University of Chinese Medicine Second Clinical Medicine FacultyXi'an 712046China Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research(Ministry of Education) Department of Renal Cancer and MelanomaPeking University Cancer Hospital and InstituteBeijing 100142China

Objective: DNA damage response(DDR) deficiency has emerged as a prominent determinant of tumor immunogenicity. This study aimed to construct a DDR-related immune activation(DRIA) signature and evaluate the predictive accuracy of the DRIA signature for response to immune checkpoint inhibitor(ICI) therapy in gastrointestinal(GI) ***: A DRIA signature was established based on two previously reported DNA damage immune response assays. Clinical and gene expression data from two published GI cancer cohorts were used to assess and validate the association between the DRIA score and response to ICI therapy. The predictive accuracy of the DRIA score was validated based on one ICI-treated melanoma and three pan-cancer published ***: The DRIA signature includes three genes(CXCL10, IDO1, and IFI44L). In the discovery cancer cohort, DRIA-high patients with gastric cancer achieved a higher response rate to ICI therapy than DRIA-low patients(81.8% vs. 8.8%;P < 0.001), and the predictive accuracy of the DRIA score [area under the receiver operating characteristic curve(AUC) = 0.845] was superior to the predictive accuracy of PD-L1 expression, tumor mutational burden, microsatellite instability, and Epstein–Barr virus status. The validation cohort demonstrated that the DRIA score identified responders with microsatellite-stable colorectal and pancreatic adenocarcinoma who received dual PD-1 and CTLA-4 blockade with radiation therapy. Furthermore, the predictive performance of the DRIA score was shown to be robust through an extended validation in melanoma, urothelial cancer, and ***: The DRIA signature has superior and robust predictive accuracy for the efficacy of ICI therapy in GI cancer and pancancer, indicating that the DRIA signature may serve as a powerful biomarker for guiding ICI therapy decisions.

关键词： DNA damage response-related immune activation immune checkpoint inhibitors biomarker gastrointestinal cancer pan-cancer

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可调谐四宽带太赫兹吸收器设计

光学学报 2024年第5期44卷 222-229页

作者：张婷郭泰铭闫俊伢裴娅男山西工程科技职业大学信息工程学院山西晋中030619 中北大学仪器与电子学院山西太原030051 昆士兰大学澳大利亚昆士兰布里斯班4072

设计了一种四宽带且吸收率动态可调的太赫兹吸收器,该吸收器结构简单,由顶层二氧化钒、中间层二氧化硅和底层金属组成。仿真结果表明,在0~10 THz范围内,吸收率超过90%的吸收带共有4个,带宽分别为0.87、0.58、0.61、0.45 THz。随二氧化... 详细信息

设计了一种四宽带且吸收率动态可调的太赫兹吸收器,该吸收器结构简单,由顶层二氧化钒、中间层二氧化硅和底层金属组成。仿真结果表明,在0~10 THz范围内,吸收率超过90%的吸收带共有4个,带宽分别为0.87、0.58、0.61、0.45 THz。随二氧化钒电导率的变化,吸收率可在7.7%~99.9%范围内动态调节。引入阻抗匹配理论和法布里-珀罗共振理论解释了吸收器的物理机理,并通过电场分布分析了多个完美吸收峰的物理来源。此外,该吸收器还具有偏振不敏感和广角吸收的特点,可在微辐射计、生物传感器和隐身技术等领域应用。

关键词：光学器件超材料太赫兹吸收器可调谐吸收器宽带