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Inferring the Effects of Protein Variants on Protein-Protein Interactions with Interpretable Transformer Representations

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Research 2024年第2期2023卷 473-489页

作者： Zhe Liu Wei Qian Wenxiang Cai Weichen Song Weidi Wang Dhruba Tara Maharjan Wenhong cheng jue chen Han Wang Dong Xu Guan Ning Lin Shanghai Mental Health Center Shanghai Jiao Tong University School of MedicineSchool of Biomedical EngineeringShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina Shanghai Key Laboratory of Psychotic Disorders ShanghaiChina School of Information Science and Technology Institute of Computational BiologyNortheast Normal UniversityChangchunChina Department of Electrical Engineering and Computer Science University of MissouriColumbiaMO 65211USA Christopher S.Bond Life Sciences Center University of MissouriColumbiaMO 65211USA

Identifying pathogenetic variants and inferring their impact on protein-protein interactions sheds light on their functional consequences on *** by the availability of experimental data on the consequences of protein interaction,most existing methods focus on building models to predict changes in protein binding ***,we introduced MIPPI,an end-to-end,interpretable transformer-based deep learning model that learns features directly from sequences by leveraging the interaction data from *** was specifically trained to determine the types of variant impact(increasing,decreasing,disrupting,and no effect)on protein-protein *** demonstrate the accuracy of MIPPI and provide interpretation through the analysis of learned attention weights,which exhibit correlations with the amino acids interacting with the ***,we showed the practicality of MIPPI in prioritizing de novo mutations associated with complex neurodevelopmental disorders and the potential to determine the pathogenic and driving ***,we experimentally validated the functional impact of several variants identified in patients with such ***,MIPPI emerges as a versatile,robust,and interpretable model,capable of effectively predicting mutation impacts on protein-protein interactions and facilitating the discovery of clinically actionable variants.

关键词： consequences weights versatile

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Association between the frontoparietal network,clinical symptoms and treatment response in individuals with untreated anorexia nervosa

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General Psychiatry 2024年第3期37卷 364-374页

作者： Qianqian He Hui Zheng Jialin Zhang Ling Yue Qing Kang cheng Lian Lei Guo Yan chen Yanran Hu Yuping Wang Sufang Peng Zhen Wang Qiang Liu jue chen Department of Clinical Psychology Shanghai Mental Health CenterShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghaiChina Department of Clinical Psychology Shanghai Pudong New Area Mental Health CenterTongji University School of MedicineShanghaiChina Shanghai Key Laboratory of Psychotic Disorders Brain Health InstituteNational Center for Mental DisordersShanghai Mental Health CenterShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghaiChina State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning and IDG/McGovern Institute for Brain Research Bejing Normal UniversityBeijingChina

Background Anorexia nervosa(AN)has been characterised as a psychiatric disorder associated with increased ***,it remains difficult to predict treatment response in patients with *** cognitive abilities are known to be resistant to *** has been established that the frontoparietal control network(FPCN)is the direct counterpart of the executive control ***,the resting-state brain activity of the FPCN may serve as a biomarker to predict treatment response in *** The study aimed to investigate the association between resting-state functional connectivity(RSFC)of the FPCN,clinical symptoms and treatment response in patients with *** In this case-control study,79 female patients with AN and no prior treatment from the Shanghai Mental Health Center and 40 matched healthy controls(HCs)were recruited from January 2015 to March *** participants completed the Questionnaire Versionof the Eating Disorder Examination(version 6.0)to assess the severity of their eating disorder ***,RSFC data were obtained from all participants at baseline by functional magnetic resonance *** with AN underwent routine outpatient treatment at the 4th and 12th week,during which time their clinical symptoms were evaluated using the same measures as at *** Among the 79 patients,40 completed the 4-week follow-up and 35 completed the 12-week *** RSFC from the right posterior parietal cortex(PPC)and dorsolateral prefrontal cortex(diPFC)increased in 79 patients with AN vs 40 HCs after controlling for depression and anxiety *** multiple linear regression,the RSFC of the PPC to the inferior frontal gyrus was found to be a significant factor for self-reported eating disorder symptoms at baseline and the treatment response to cognitive preoccupations about eating and body image,after controlling for age,age of onset and body mass *** RSFC in the dIPFC to the middle temporal gyrus and the

关键词： symptoms routine prevention

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乡村旅游产业集群治理模式及演化研究——以浙江省长兴县水口乡为例

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商业经济与管理 2024年第8期 75-84页

作者：兰岳云陈觉胡超浙江工商大学旅游与城乡规划学院浙江杭州310018 浙江农林大学艺术设计学院浙江杭州311300

浙江省在建设共同富裕示范区的过程中,将乡村旅游产业集群建设作为增强旅游发展活力、提升农村收入的重要策略。文章以浙江长兴县水口乡的旅游产业集群为案例,深入探讨了产业集群治理模式的演进路径及其治理机制。研究发现,乡村旅游产... 详细信息

浙江省在建设共同富裕示范区的过程中,将乡村旅游产业集群建设作为增强旅游发展活力、提升农村收入的重要策略。文章以浙江长兴县水口乡的旅游产业集群为案例,深入探讨了产业集群治理模式的演进路径及其治理机制。研究发现,乡村旅游产业集群的治理模式经历了从自组织型到政府主导型,最终发展为多元协作型的转变。在这一演进过程中,集群治理机制主要包括协商机制、激励机制、约束机制和决策协调机制四种类型。在自组织型模式阶段,由行业协会负责决策和协调工作,这一阶段的治理机制尚未成熟,缺乏有效的约束和激励机制;随着治理模式向政府主导型转变,政府成为决策的主导者,行业协会则提供协助。在这一阶段,政府推动了协商机制、约束机制和决策协调机制的变革,但激励机制的发展仍显不足。进入多元协作治理模式阶段,不仅引入了激励机制,还对协商机制、约束机制和决策协调机制进行了全面的完善和优化。研究结果强调了在不同发展阶段灵活调整治理策略的重要性,以确保治理机制与集群发展需求相匹配,从而促进产业集群的持续健康发展。

关键词：旅游产业集群集群治理模式演化过程

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光伏场经柔直并网振荡稳定性分析与抑制方法研究

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电力工程技术 2024年第3期43卷 2-11,51页

作者：杜文娟郝向坤陈珏四川大学电气工程学院四川成都610065 国电南瑞科技股份有限公司江苏南京211106

光伏场经柔直送出是未来电力系统发展的一个重要趋势,但是光伏与柔直系统之间的相互作用存在引发系统振荡失稳的风险。为此,文中建立光伏场经柔直并网的开环和闭环互联模型,基于开环模式谐振理论,分析光伏场子系统与柔直子系统之间的动... 详细信息

光伏场经柔直送出是未来电力系统发展的一个重要趋势,但是光伏与柔直系统之间的相互作用存在引发系统振荡失稳的风险。为此,文中建立光伏场经柔直并网的开环和闭环互联模型,基于开环模式谐振理论,分析光伏场子系统与柔直子系统之间的动态交互作用。当二者发生强交互作用时,可能会使相应的闭环振荡模式进入复平面右侧,进而引发系统振荡失稳。针对光伏场子系统与柔直子系统之间的交互失稳风险,可以通过调整主导环节的控制参数进行抑制;当控制参数无法调整时,文中提出一种对光伏单元附加阻尼控制器的抑制措施,调整光伏场子系统的开环振荡模式,使其在复平面远离柔直子系统的开环振荡模式,从而破坏模式谐振,使闭环系统稳定。文中通过仿真算例,验证了上述理论分析结果的正确性以及所提阻尼控制器的有效性。

关键词：柔直输电光伏场开环模式谐振稳定性分析阻尼控制器动态交互作用

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双馈风电机组锁相环动态主导的小干扰稳定极限

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南方电网技术 2024年第3期18卷 72-82页

作者：吕健勇杜文娟陈珏四川大学电气工程学院成都610065 国电南瑞科技股份有限公司南京211106

针对锁相环动态主导的并网双馈风电场小干扰稳定性问题,提出了一种双馈风电场小干扰失稳的判定方法。首先建立了单台双馈风机二阶线性化模型,其次根据单机等值模型将推导的二阶线性化模型推广至并网双馈风电场。最后依据劳斯-赫尔维茨定... 详细信息

针对锁相环动态主导的并网双馈风电场小干扰稳定性问题,提出了一种双馈风电场小干扰失稳的判定方法。首先建立了单台双馈风机二阶线性化模型,其次根据单机等值模型将推导的二阶线性化模型推广至并网双馈风电场。最后依据劳斯-赫尔维茨定理(the Rausch-Hurwitz theorem)推导出锁相环动态主导的并网双馈风电场小干扰稳定极限,解释了风机有功出力、电网连接强度、锁相环控制参数及风机数量对锁相环动态主导的并网双馈风电场小干扰稳定的影响规律及内在机理。结果表明,有功出力增加、系统连接强度变弱及控制参数设置不当会对系统小干扰稳定性产生不利影响。以15台双馈风机构成的并网双馈风电场为例验证了所提小干扰稳定性极限的正确性和有效性,并且不需要建立风电场的全阶模型,减小了计算量。

关键词：锁相环并网双馈风电场小干扰稳定性稳定极限

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天然低共熔溶剂对植物种子萌发及幼苗抗氧化特性的影响

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生态毒理学报 2024年第4期19卷 416-428页

作者：陈珏殷志敏裴晓丽李睿山西中医院大学中药与食品工程学院太原030024 中国科学院山西煤炭化学研究所太原030001

为探讨新型绿色溶剂——天然低共熔溶剂(natural deep eutectic solvents,NADES)的植物毒性,本研究选取白菜、蜜瓜、西葫芦种子作为实验材料,分析5种NADES在不同浓度时对种子萌发及幼苗抗氧化特性的影响作用。结果表明,当NADES浓度在0~2... 详细信息

为探讨新型绿色溶剂——天然低共熔溶剂(natural deep eutectic solvents,NADES)的植物毒性,本研究选取白菜、蜜瓜、西葫芦种子作为实验材料,分析5种NADES在不同浓度时对种子萌发及幼苗抗氧化特性的影响作用。结果表明,当NADES浓度在0~2000 mg·L^(-1)范围内时,基本无影响作用;而当浓度超过6000 mg·L^(-1)时,则较明显地抑制了种子萌发。同时,同一种NADES对不同植物种子的毒性作用强度不同,其中对蜜瓜的抑制作用最强。此外,蜜瓜幼苗中根和叶的超氧化物歧化酶活性、过氧化氢酶活性、抗坏血酸过氧化物酶活性、丙二醛含量均与处理液浓度呈正相关性,表明NADES导致蜜瓜幼苗氧化胁迫,进而诱导抗氧化酶活性升高。因此,NADES在高浓度时对植物种子具有胁迫作用,在必要的毒理学评估之前,NADES不应被视为无毒或低毒溶剂。总而言之,本研究结果为揭示NADES的植物毒性提供一定的理论支撑。

关键词：天然低共熔溶剂种子植物毒性抗氧化性

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进食障碍与完美主义(综述)

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中国健康心理学杂志 2024年第5期32卷 650-654页

作者：陈诗蔚陈珏上海交通大学医学院附属精神卫生中心 200030

近年来,我国进食障碍患者数量显著增加。进食障碍易对个体的身心健康造成不良影响,而完美主义被认为是引发和维持进食障碍的核心因素。本文对进食障碍与完美主义的概念、关系,以及完美主义的干预研究进行了梳理,旨在为进食障碍的临床治... 详细信息

近年来,我国进食障碍患者数量显著增加。进食障碍易对个体的身心健康造成不良影响,而完美主义被认为是引发和维持进食障碍的核心因素。本文对进食障碍与完美主义的概念、关系,以及完美主义的干预研究进行了梳理,旨在为进食障碍的临床治疗及预防工作提供帮助。通过综述可知,进食障碍患者在各项完美主义测量指标上的得分均高于正常对照组,且其完美主义水平与心理病理症状之间存在显著相关,多个进食障碍疾病模型将完美主义视为引发和维持进食障碍的核心因素之一。基于CBT的完美主义治疗性干预具有良好疗效,能显著降低进食障碍个体的完美主义水平、减少进食失调行为并改善抑郁、焦虑情绪。国内相关研究较少,主要集中在神经性厌食患者的完美主义与其病症相关性,暂时缺乏与暴食相关的完美主义研究,且在完美主义的多维测量和干预领域仍相对空白。

关键词：进食障碍完美主义危险因素心理干预

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一种应用于旅行商问题的莱维飞行转移规则蚁群优化算法

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计算机应用研究 2024年第5期41卷 1420-1427页

作者：丁增良陈珏邱禧荷上海工程技术大学电子电气工程学院上海201620

针对旅行商问题(TSP)提出了一种基于莱维飞行转移规则的蚁群优化算法。该算法结合了基于莱维飞行和蚁群系统算法(ant colony system,ACS)的转移规则,形成了一种动态权重的混合转移规则,该策略能够有效地帮助算法跳出局部最优,增强全局... 详细信息

针对旅行商问题(TSP)提出了一种基于莱维飞行转移规则的蚁群优化算法。该算法结合了基于莱维飞行和蚁群系统算法(ant colony system,ACS)的转移规则,形成了一种动态权重的混合转移规则,该策略能够有效地帮助算法跳出局部最优,增强全局搜索能力。此外,随机多路径优化3-opt策略通过随机抽取部分路径与当前最优路径组合,增加算法的多样性。当算法陷入停滞时,采用信息素平均随机重置策略重置路径上的信息素浓度,有助于算法跳出局部最优。实验结果显示,所提算法在处理多个不同规模的TSP实例时,与最优解的误差保持在3%以内,证明了该算法在TSP中具备出色的收敛性和避免陷入局部最优解的能力。

关键词：蚁群算法旅行商问题莱维飞行 3-opt

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惯性传感器在老年环卫工人跌倒风险评估中的应用

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安全与环境学报 2024年第7期24卷 2672-2682页

作者：寇俊辉郭良杰陈斯琪陈珏林志翔中国地质大学(武汉)工程学院武汉430074 咸宁职业技术学院人文艺术学院湖北咸宁437100

我国乡镇的环卫工人大多年龄较大,其工作常常需要清扫崎岖不平和雨后湿滑的路面,存在较高跌倒风险。为提升环卫工人群体的安全作业水平,开展了基于惯性传感器的跌倒风险评估研究。招募了18名被试者开展试验研究。首先开展动态步态指数(D... 详细信息

我国乡镇的环卫工人大多年龄较大,其工作常常需要清扫崎岖不平和雨后湿滑的路面,存在较高跌倒风险。为提升环卫工人群体的安全作业水平,开展了基于惯性传感器的跌倒风险评估研究。招募了18名被试者开展试验研究。首先开展动态步态指数(Dynamic Gait Index,DGI)评估,确认每位被试者的跌倒风险程度,作为样本标签。5枚惯性传感器用于采集被试者作业相关动作的加速度数据。采用机器学习分类器开发分类模型。经过训练和优化后,右脚踝处加速度数据训练的支持向量机分类器整体性能最好(准确率为88.62%,F1值为90.00%,AUC为89.12%)。研究表明,开发的跌倒风险评估模型能够较好地实现对高跌倒风险老年环卫工人样本的识别与评估。基于较低成本的惯性传感技术的跌倒风险评估模型有利于在老年环卫工群体中推广应用,提高该群体的作业安全水平。

关键词：安全工程老年工人跌倒风险机器学习惯性传感器

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免疫检查点抑制剂相关肺炎的发病机制及临床诊治进展

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实用临床医药杂志 2024年第6期28卷 133-138页

作者：张爱萍陈珏扬州大学医学院江苏扬州225001 江苏省泰州市姜堰中医院肺病科江苏泰州225500 国家中医药管理局胃癌毒邪论治重点研究室江苏扬州225001 扬州大学附属医院肿瘤科江苏扬州225001

免疫检查点抑制剂(ICIs)是目前临床常用的一类抗肿瘤药物,但其可能引发免疫检查点抑制剂相关肺炎(CIP),进而影响患者的临床获益。本文系统性分析国内外文献,综述CIP的发病率、危险因素、发病机制、临床表现、诊断、分级和治疗等方面的... 详细信息

免疫检查点抑制剂(ICIs)是目前临床常用的一类抗肿瘤药物,但其可能引发免疫检查点抑制剂相关肺炎(CIP),进而影响患者的临床获益。本文系统性分析国内外文献,综述CIP的发病率、危险因素、发病机制、临床表现、诊断、分级和治疗等方面的研究进展,以期及时干预CIP的发生与发展,为ICIs的临床应用提供合理有效的理论依据。

关键词：免疫检查点抑制剂免疫检查点抑制剂相关肺炎非小细胞肺癌不良反应肺炎

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