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CRISPR-detector:fast and accurate detection,visualization,and annotation of genome-wide mutations induced by genome editing events

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Journal of Genetics and Genomics 2023年第8期50卷 563-572页

作者： Lei huang Dan Wang Haodong Chen jinnan hu Xuechen Dai Chuan Liu Anduo Li Xuechun Shen Chen Qi Haixi Sun Dengwei Zhang Tong Chen Yuan Jiang College of Life Sciences University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China BGI-Shenzhen ShenzhenGuangdong 518083China BNU-HKBU United International College ZhuhaiGuangdong 519087China Sentieon Inc San JoseCA 94042USA School of Biology and Biological Engineering South China University of TechnologyGuangzhouGuangdong 510006China National Resource Center for Chinese Materia Medica China Academy of Chinese Medical SciencesBeijing 100700China

The leading-edge CRISPR/CRISPR-associated technology is revolutionizing biotechnologies through genome *** track on/off-target events with emerging new editing techniques,improved bioinformatic tools are *** tools suffer from limitations in speed and scalability,especially with whole-genome sequencing(WGS)data *** address these limitations,we have developed a comprehensive tool called CRISPR-detector,a web-based and locally deployable pipeline for genome editing sequence *** core analysis module of CRISPR-detector is based on the Sentieon TNscope pipeline,with additional novel annotation and visualization modules designed to fit CRISPR ***-analysis of the treated and control samples is performed to remove existing background variants prior to genome ***-detector offers optimized scalability,enabling WGS data analysis beyond Browser Extensible Data file-defined regions,with improved accuracy due to haplotype-based variant calling to handle sequencing *** addition,the tool also provides integrated structural variation calling and includes functional and clinical annotations of editing-induced mutations appreciated by *** advantages facilitate rapid and efficient detection of mutations induced by genome editing events,especially for datasets generated from *** web-based version of CRISPR-detector is available at https://***/crispr-detector,and the locally deployable version is available at https://***/hlcas/CRISPR-detector.

关键词： Genome editing On/off-target Genetic background removal Structural variation

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Fault-sand combination modes and hydrocarbon accumulation in Binhai fault nose of Qikou Sag, Bohai Bay Basin, East China

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Petroleum Exploration and Development 2019年第5期46卷 919-934页

作者： ZHOU Lihong HAN Guomeng DONG Yueqi SHI Qianru MA Jianying hu jinnan REN Shichao ZHOU Kejia WANG Jincheng SI Weiliu Dagang Oilfield Company PetroChinaTianjin 300280China

Based on seismic and logging data,taking the downthrow fault nose of Binhai fault in Qikou Sag as the object of study,we analyzed fault characteristics,sand body distribution,fault-sand combinations and hydrocarbon accumulation to reveal the hydrocarbon enrichment law in the fault-rich area of fault depression lake *** results show that the Binhai Cenozoic fault nose is characterized by east-west zoning,the main part of the western fault segment is simple in structure,whereas the broom-shaped faults in the eastern segment are complex in structure,including several groups of *** difference of fault evolution controls the spatial distribution of sand *** sand bodies are in continuous large pieces in the downthrow fault trough belt along the Gangdong Fault in the middle segment of the fault nose,forming consequent fault-sand combination;whereas the fault activity period of the eastern part of the fault nose was later,and the sand bodies controlled by paleogeomorphology are distributed in multi-phase north-south finger-shaped pattern,forming vertical fault-sand combination pattern matching with the *** configuration between faults and sand bodies,and oil sources and caprocks determine the vertical conductivity,plane distribution and vertical distribution of oil and *** oil and gas accumulation modes,*** main fault hydrocarbon supply-fault sand consequent matching-oil accumulation in multi-layers stereoscopically and fault system transportation-fault sand vertical matching-oil accumulation in banded overlapping layers occur in the middle and eastern segments of the fault nose respectively,and they control the difference of oil and gas distribution and enrichment degree in the Binhai fault nose.

关键词： Bohai Bay Basin Qikou Sag Binhai fault nose sandstone development mechanism fault-sand combination oil and gas accumulation reservoir control mechanism

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A distribution pattern assisted method of transcription factor binding site discovery for both yeast and filamentous fungi

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Advances in Bioscience and Biotechnology 2013年第4期4卷 509-517页

作者： jinnan hu Chenxi Chen Kun huang Thomas K. Mitchell Department of Biomedical Informatics The Ohio State University Columbus USA Department of Plant Pathology The Ohio State University Columbus USA

Transcription factors (TFs) are the core sentinels of gene regulation functioning by binding to highly specific DNA sequences to activate or repress the recruitment of RNA polymerase. The ability to identify transcription factor binding sites (TFBSs) is necessary to understand gene regulation and infer regulatory networks. Despite the fact that bioinformatics tools have been developed for years to improve computational identification of TFBSs, the accurate prediction still remains changeling as DNA motifs recognized by TFs are typically short and often lack obvious patterns. In this study we introduced a new attribute-motif distribution pattern (MDP) to assist in TFBS prediction. MDP was developed using a TF distribution pattern curve generated by analyzing 25 yeast TFs and 37 of their experimentally validated binding motifs, followed by calculating a scoring value to quantify the reliability of each motif prediction. Finally, MDP was tested using another set of 7 TFs with known binding sites to in silico validate the approach. The method was further tested in a non-yeast system using the filamentous fungus Magnaporthe oryzae transcription factor MoCRZ1. We demonstrate superior prediction reranking results using MDP over the commonly used program MEME and the other four predictors. The data showed significant improvements in the ranking of validated TFBS and provides a more sensitive statistics based approach for motif discovery.

关键词： Transcription Factor Binding Site Discover Distribution Pattern Saccharomyces cerevisiae Magnaporthe oryzae MoCRZ1

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基于精细化有限元模型的混凝土框架结构动力倒塌承载力

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湖南大学学报（自然科学版） 2023年第3期50卷 51-61页

作者：周云胡锦楠朱正荣罗先明湖南大学土木工程学院湖南长沙410082 工程结构损伤诊断湖南省重点实验室(湖南大学) 湖南长沙410082 长沙市建设工程质量安全监督站湖南长沙410016

为评估混凝土框架结构在柱子突然失效时在动力荷载作用下的承载能力,以研究团队开展的现浇(RC)和全装配式(PC1明牛腿插销节点)混凝土框架子结构中柱移除多级重复倒塌动力试验为基础,通过初级垮塌荷载工况下位移响应曲线的拟合,校核了论... 详细信息

为评估混凝土框架结构在柱子突然失效时在动力荷载作用下的承载能力,以研究团队开展的现浇(RC)和全装配式(PC1明牛腿插销节点)混凝土框架子结构中柱移除多级重复倒塌动力试验为基础,通过初级垮塌荷载工况下位移响应曲线的拟合,校核了论文中用ABAQUS软件建立的框架子结构精细有限元分析模型的准确性,并利用拆除构件法对框架结构的抗连续倒塌性能进行了损伤量化评估.由于研究团队试验是多次重复垮塌试验,无法获取RC和PC1(明牛腿插销节点)试件一次倒塌所承受的荷载,对于全装配式(PC2暗牛腿插销节点)未进行动载试验,根据准确校验模型利用试算法分别预测了RC、PC1和PC2框架结构的最终破坏荷载,并对三者的破坏模式和损伤情况进行了对比分析.破坏时,RC梁柱损伤严重,梁端钢筋拉断,装配式梁端连接区混凝土被压溃,插销杆被剪断,且现浇试件的抗倒塌能力明显高于全装配试件,此外还发现,通过加强装配式结构的角钢能提高其抗倒塌承载能力.

关键词：混凝土框架结构连续性倒塌有限元分析破坏模式动力响应

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基于卡尔曼滤波改进压缩感知算法的车辆目标跟踪

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湖南大学学报（自然科学版） 2023年第1期50卷 11-21页

作者：周云胡锦楠赵瑜朱正荣郝官旺湖南大学土木工程学院湖南长沙410082 工程结构损伤诊断湖南省重点实验室(湖南大学) 湖南长沙410082 长沙市建设工程质量安全监督站湖南长沙410016

针对传统的基于压缩感知技术的目标跟踪算法存在的跟踪漂移问题,提出了一种采用改进压缩感知算法和卡尔曼滤波方法相结合的车辆目标跟踪算法.首先,通过传统压缩感知目标跟踪算法识别出本帧目标存在概率最大的区域得到观测值;其次,利用... 详细信息

针对传统的基于压缩感知技术的目标跟踪算法存在的跟踪漂移问题,提出了一种采用改进压缩感知算法和卡尔曼滤波方法相结合的车辆目标跟踪算法.首先,通过传统压缩感知目标跟踪算法识别出本帧目标存在概率最大的区域得到观测值;其次,利用卡尔曼滤波预测本帧的跟踪轨迹得到预测值,通过卡尔曼滤波增益系数对预测值与观测值进行修正,获得最终目标跟踪结果;最后,在修正后的目标区域周围进行正负样本采样以实现朴素贝叶斯分类器更新,进而实现目标跟踪轨迹的实时更新.通过实验室试验以及野外实测验证了所提方法的可行性,相较于基于压缩感知技术的目标跟踪算法,本文所提方法的跟踪结果平均误差分别降低了48%和89%,跟踪轨迹更加趋近车辆真实运动轨迹.

关键词：压缩感知目标检测目标跟踪卡尔曼滤波朴素贝叶斯分类器

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全预制拼接槽形UHPC梁抗弯抗剪性能试验研究

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湖南大学学报（自然科学版） 2023年第7期50卷 1-11页

作者：周云聂晶鑫张保证胡锦楠朱正荣湖南大学土木工程学院湖南长沙410082 工程结构损伤诊断湖南省重点实验室(湖南大学) 湖南长沙410082

为实现UHPC结构在房屋建筑中的应用,提出了一种全预制拼接槽形UHPC梁,该梁截面呈槽形,带螺栓肋且肋上设贯通螺栓孔,梁柱可由两片槽形带肋梁正拼接和反拼接形成工字形和回字形两种梁、柱全装配式组合连接模式.为研究全预制拼接槽形UHPC... 详细信息

为实现UHPC结构在房屋建筑中的应用,提出了一种全预制拼接槽形UHPC梁,该梁截面呈槽形,带螺栓肋且肋上设贯通螺栓孔,梁柱可由两片槽形带肋梁正拼接和反拼接形成工字形和回字形两种梁、柱全装配式组合连接模式.为研究全预制拼接槽形UHPC梁的抗弯抗剪性能,共完成3根梁抗弯试验,分别为现浇工字形梁、回字形拼接梁、工字形拼接梁.通过抗弯试验发现,拼接梁的刚度略高于现浇梁,而反接槽形拼接梁的抗弯承载力高于现浇梁,以此证明UHPC拼接梁的抗弯性能优于UHPC现浇梁.为研究工字形拼接梁的抗剪性能,设置了不同剪跨比和箍筋间距,通过正交试验设计完成了9根反拼接槽形拼接梁的抗剪试验研究,获得开裂和破坏荷载、变形和裂缝分布规律等.通过抗剪试验发现,在箍筋间距相同时,工字形拼接梁随剪跨比由1增大为2、3,破坏模式由斜压破坏转变为剪压破坏;对于有腹筋梁,箍筋间距相同时,剪跨比越大,槽形拼接梁承载力越低,延性越大,且有腹筋梁的箍筋对主裂缝的发展具有有效的约束作用.

关键词：预制拼接槽形UHPC梁剪跨比配箍率抗弯承载力抗剪承载力

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深坑大跨屋盖重型钢桁架结构吊装施工过程监测研究

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建筑科学与工程学报 2023年第4期40卷 41-51页

作者：周云胡锦楠朱正荣罗先明湖南大学土木工程学院湖南长沙410082 湖南大学工程结构损伤诊断湖南省重点实验室湖南长沙410082 长沙市建设工程质量安全监督站湖南长沙410016

为探究大跨度钢结构屋盖在施工过程中的荷载转换机理并保证大跨桁架结构吊装过程安全,针对某深坑大跨屋盖结构中单榀重型主桁架的吊装及安装全过程进行了结构应变监测。通过在结构关键截面位置处布设应变传感器,对施工过程中结构关键位... 详细信息

为探究大跨度钢结构屋盖在施工过程中的荷载转换机理并保证大跨桁架结构吊装过程安全,针对某深坑大跨屋盖结构中单榀重型主桁架的吊装及安装全过程进行了结构应变监测。通过在结构关键截面位置处布设应变传感器,对施工过程中结构关键位置的真实应变分布情况进行分析,从而评估施工过程中结构的安全性。基于大型有限元软件ABAQUS建立精细化有限元模型,将吊装完成后结构测点处的应变响应与有限元计算得到的应变进行了对比。结果表明:结构在吊装过程中的整体应变响应水平较低,该桁架结构被吊装到位后,受焊接固定工作的影响,结构的应变发展情况较为复杂,但总体仍处于安全范围之内;安装完成后,整体结构的应变水平随外部环境气温升降呈现周期性变化规律;环状加劲板与底部混凝土间钢板受力最大,格构柱内侧中部受力偏大,格构柱外侧两端受力偏大,桁架部位受力集中在跨中范围内,两侧受力偏小,且结构内部加劲板和格构柱间底部混凝土明显降低了结构关键节点的受力。

关键词：大跨度钢结构屋盖重型桁架吊装提升施工安全施工过程监测

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基于Android的图书馆预约服务系统

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智能计算机与应用 2016年第6期6卷 62-64,67页

作者：胡锦楠孙慧长春师范大学计算机科学与技术学院长春130032 长春师范大学图书馆长春130032

本文以高校图书馆预约服务为基础,介绍一款基于Andriod平台的手机图书馆预约服务系统,该系统将座位预约、存包柜预约、讲座预约3个功能集成在一起,极大地方便了高校图书馆的预约服务,本文主要从技术、功能、实现3个层面对整个系统进行... 详细信息

本文以高校图书馆预约服务为基础,介绍一款基于Andriod平台的手机图书馆预约服务系统,该系统将座位预约、存包柜预约、讲座预约3个功能集成在一起,极大地方便了高校图书馆的预约服务,本文主要从技术、功能、实现3个层面对整个系统进行详细介绍。

关键词：高校图书馆预约服务 Andriod

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基于XML分支路径查询的信息检索系统设计与实现

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电子技术（上海） 2009年第10期36卷 12-14页

作者：胡锦南陈恩红中国科学技术大学计算机科学技术学院

基于XML分支路径查询方法构建了一个面向XML文档集的检索系统,采用了元素内容与路径相结合的思路,在索引中利用关键词进一步细分了节点实例,减少了复杂多分支查询中的中间结果,提高了查询效率。同时,系统具备的增量索引功能以及方便有... 详细信息

基于XML分支路径查询方法构建了一个面向XML文档集的检索系统,采用了元素内容与路径相结合的思路,在索引中利用关键词进一步细分了节点实例,减少了复杂多分支查询中的中间结果,提高了查询效率。同时,系统具备的增量索引功能以及方便有效的应用程序数据访问接口等特性大大拓展了系统的使用范围和应用层面。该系统既可以经过适当改进应用到商业环境当中,又可以应用在数字图书馆以及信息处理或数据挖掘等科研机构。

关键词：可扩展标记语言 XML Twig 索引查询处理

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Corrigendum to“CRISPR-detector:fast and accurate detection,visualization,and annotation of genome-wide mutations induced by genome editing events”[Journal of Genetics and Genomics(2023)563-572]

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Journal of Genetics and Genomics 2023年第10期50卷 813-813页

This corrigendum clarifies information in the article“CRISPR-detector:fast and accurate detection,visualization,and annotation of genomewide mutations induced by genome editing events”by huang et al.(2023).In the figure legend of Fig.S1,the sentence“CRISPR-detector failed to report insertions larger than 72 bp while CRISPResso2 failed to report insertions larger than 53 bp.”should be corrected into“CRISPR-detector failed to report deletions larger than 71 bp while CRISPResso2 failed to report deletions larger than 53 bp.”

关键词： al. Cor insertion

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