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基于RNA-Seq的子宫内膜癌灶与癌旁组织差异表达基因分析

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石河子大学学报（自然科学版） 2022年第2期40卷 259-264页

作者：杨冰琪王竞州庞槐袁成钢张君王翠喆石河子大学医学院/新疆地方病与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000

目的利用转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)技术分析肥胖相关子宫内膜癌(Endometrial Cancer, EC)癌灶及癌旁组织中的差异表达基因,寻找肥胖相关EC发生、发展的相关危险因素。方法对4例超重/肥胖伴EC患者的癌灶和癌旁组织进行转录... 详细信息

目的利用转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)技术分析肥胖相关子宫内膜癌(Endometrial Cancer, EC)癌灶及癌旁组织中的差异表达基因,寻找肥胖相关EC发生、发展的相关危险因素。方法对4例超重/肥胖伴EC患者的癌灶和癌旁组织进行转录组测序,筛选差异表达基因,并运用生物信息学技术对差异基因进行功能和通路富集分析。结果在EC癌灶及癌旁组织中共筛选出2 451个差异表达基因,包含1 697个上调基因,754个下调基因。GO功能富集分析表明:肥胖相关EC的发生发展与细胞间粘附调节、有丝分裂进程和错误蛋白折叠结合等一系列生物学进程密切相关。KEGG功能富集分析表明:肥胖相关EC的发生发展与病毒致癌、细胞周期、Hippo信号通路、细胞凋亡和p53信号通路等密切相关。结论 Hippo信号通路、p53信号通路和NETs信号通路可能在肥胖相关EC发生发展过程中发挥重要作用。

关键词：子宫内膜癌 RNA-Seq 差异表达基因通路功能富集

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NFATc3敲除对肝癌细胞转录组的影响及其潜在靶基因的初步筛选

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石河子大学学报（自然科学版） 2023年第6期41卷 754-762页

作者：杨菁关贵文张婷王竞州陈香梅石河子大学医学院新疆石河子832000 北京大学基础医学院病原生物学系北京100191

目的探究NFATc3基因敲除对肝癌细胞转录组的影响,并对NFATc3调控的靶基因进行初步筛选,以期为明确NFATc3靶基因及寻找新的抗肝癌治疗靶点提供依据。方法利用敲除NFATc3的SMMC7721细胞,在有或无仙台病毒(Sendai virus,SeV)感染时进行转... 详细信息

目的探究NFATc3基因敲除对肝癌细胞转录组的影响,并对NFATc3调控的靶基因进行初步筛选,以期为明确NFATc3靶基因及寻找新的抗肝癌治疗靶点提供依据。方法利用敲除NFATc3的SMMC7721细胞,在有或无仙台病毒(Sendai virus,SeV)感染时进行转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)检测,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。对两组测序数据差异基因交集中的免疫相关基因进行PPI蛋白网络互作分析,并利用qRT-PCR实验验证敲减或过表达NFATc3对肝癌细胞内S100A8和S100A9表达水平的影响。利用数据库数据,分析肝癌中S100A8和S100A9 mRNA表达水平及预后。结果经RNA-seq分析发现,肝癌细胞中NFATc3敲除后差异表达基因主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。PPI蛋白网络分析发现S100A8和S100A9可能是NFATc3的重要靶基因。qRT-PCR实验结果显示敲除或敲减NFATc3均可上调S100A8和S100A9的表达,而表达外源NFATc3则可下调S100A8/S100A9的表达。数据库分析显示,肝癌组织中S100A8/S100A9的表达水平显著高于癌旁组织,S100A8/S100A9高表达的肝癌患者与患者生存期短及预后较差相关。结论肝癌细胞中NFATc3基因敲除影响的宿主基因功能主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。NFATc3可以抑制S100A8和S100A9基因的转录表达,S100A8和S100A9可能是肝癌中NFATc3调控的潜在靶基因。

关键词： RNA-seq 活化T细胞核因子c3 差异表达基因通路功能富集靶基因

AU富集元件结合因子1(AUF1)在肝细胞癌中的表达及预后评估价值

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临床肝胆病杂志 2024年第9期40卷 1833-1839页

作者：段愿张婷张婧关贵文王竞州陈香梅石河子大学医学院新疆地方与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832003 北京大学基础医学院病原生物学系北京100191 首都医科大学附属北京同仁医院检验科北京100730

目的探究AU富集元件RNA结合蛋白1(AUF1)对肝癌细胞增殖、凋亡、迁移能力的影响及可能机制,阐明AUF1在肝细胞癌(HCC)进展中发挥的作用及分子机制。方法利用UALCAN和TCGA-HCC数据库分析AUF1在泛癌中的表达以及AUF1表达水平与HCC患者临床... 详细信息

目的探究AU富集元件RNA结合蛋白1(AUF1)对肝癌细胞增殖、凋亡、迁移能力的影响及可能机制,阐明AUF1在肝细胞癌(HCC)进展中发挥的作用及分子机制。方法利用UALCAN和TCGA-HCC数据库分析AUF1在泛癌中的表达以及AUF1表达水平与HCC患者临床病理学特征和预后的相关性;利用CCK-8、细胞凋亡、Transwell小室迁移等实验在细胞水平探究AUF1的功能;利用RNA-seq分析AUF1敲减后肝癌细胞转录组变化。计量资料两组间比较采用t检验,Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Log-rank检验评估生存率差异。结果相较于正常组织,AUF1的mRNA和蛋白水平在多种肿瘤组织中呈异常表达(P值均<0.05)。AUF1的mRNA水平与HCC恶性程度以及早期肝癌的不良预后呈正相关(P值均<0.05)。与对照组相比,过表达外源AUF1促进肝癌细胞的增殖、抑制肝癌细胞的凋亡及迁移。而AUF1敲减则抑制肝癌细胞增殖、促进肝癌细胞凋亡及迁移。RNA-seq分析发现,AUF1敲减主要影响Wnt/β-cateinin通路,并下调β-catenin蛋白水平。结论AUF1的异常表达与早期肝癌的预后有关,AUF1的促癌作用可能与其激活Wnt信号通路有关。

关键词：癌,肝细胞核不均一核糖核蛋白D Wnt信号通路

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颈内动脉输注骨髓间充质干细胞对血管性痴呆大鼠血清NSE和S-100蛋白含量的影响及意义

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中华神经医学杂志 2014年第2期13卷 125-130页

作者：王昌铭滕军放王景周姚永杰高唱姜汝辉郑州大学第一附属医院神经内科郑州450000 解放军第一五0医院神经内科洛阳471031

目的观察颈内动脉输注骨髓问充质干细胞（BMSCs）对血管性痴呆（vD）大鼠学习记忆能力以及对血清神经元特异性烯醇化酶（NSE）和S．100蛋白含量的影响。方法取幼年雄性清洁Wistar大鼠股骨骨髓单个核细胞（BMNCs），贴壁培养后取3--4代BM... 详细信息

目的观察颈内动脉输注骨髓问充质干细胞（BMSCs）对血管性痴呆（vD）大鼠学习记忆能力以及对血清神经元特异性烯醇化酶（NSE）和S．100蛋白含量的影响。方法取幼年雄性清洁Wistar大鼠股骨骨髓单个核细胞（BMNCs），贴壁培养后取3--4代BMSCs诱导分化。老龄（18-24月龄）Wistar大鼠90只按随机数字表法分为对照组、模型组和治疗组，每组又分为2、4、8周3个时相点．每时相点各10只。后两组采用4VO改良法制作成VD大鼠模型，治疗组于术后24h颈内动脉移植0．5mL1．2x107／mE的BMSCs。术后2、4、8周采用穿梭箱测试对各组大鼠学习记忆能力进行分析，采用ELISA法对各组大鼠血清NSE和S一100蛋白含量进行检测。结果（11术后2，4，8周模型组大鼠主动回避反应（AAR）比率低于对照组，而治疗组较模型组明显提高，差异均有统计学意义（氏0．05）。（2）术后2周治疗组大鼠血清NSE含量较模型组明显降低，术后4、8周明显升高，差异均有统计学意义（氏0．05）。f3）术后各时相点治疗组大鼠血清S．100蛋白含量均明显低于模型组，差异有统计学意义畔O．05），与对照组相比差异均无统计学意义俨〉O．05）。结论颈内动脉输注BMSCs可明显改善VD大鼠学习记忆能力，显著降低血清NSE、S一100含量，从而有效减轻神经元、胶质细胞的损伤程度，对神经细胞修复、增殖及突触联系起到良好的保护作用。

关键词：骨髓间充质干细胞血管性痴呆神经元特异性烯醇化酶 S 100蛋白

13例脑多发结核瘤诊断及治疗的临床特点分析

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第三军医大学学报 2010年第7期32卷 715-718页

作者：周瑜王景周李敬诚杨清武张云东第三军医大学大坪医院野战外科研究所神经内科重庆400042 第三军医大学大坪医院野战外科研究所神经外科重庆400042

目的探讨脑多发结核瘤的临床、脑脊液及病理特点在诊断中的价值及其治疗。方法回顾性分析我院神经内科2002年1月至2008年12月诊治脑多发结核瘤患者13例的临床资料。患者均行3次以上常规腰穿脑脊液检查、头颅CT及MRI检查。采取临床诊断(7... 详细信息

目的探讨脑多发结核瘤的临床、脑脊液及病理特点在诊断中的价值及其治疗。方法回顾性分析我院神经内科2002年1月至2008年12月诊治脑多发结核瘤患者13例的临床资料。患者均行3次以上常规腰穿脑脊液检查、头颅CT及MRI检查。采取临床诊断(7例)和脑活检病理诊断(6例)。均予以抗结核治疗,其中6例行手术治疗。13例随访时间10个月至4.5年。结果患者症状多以发热、头痛急性起病,意识障碍4例,瘫痪4例,抽搐3例,脑膜刺激征8例,眼肌麻痹3例。脑脊液检查:压力升高10例,蛋白增高12例,糖减低9例,氯化物减低7例。脑脊液白细胞升高7例、正常6例,细胞学2例见混合性细胞反应,3例呈淋巴-单核细胞反应。头颅MRI均显示颅内多发结节或占位病变,增强提示强化,部分病例呈典型"环靶征"。6例开颅脑活检确诊为结核性肉芽肿。抗酸染色2例呈阳性。13例经过正规的抗结核治疗及手术治疗后,痊愈11例,死亡2例。结论脑脊液及MRI检查特点在脑多发结核瘤的诊断中具有重要地位,确诊依靠脑组织病理检查。一旦确诊应正规抗结核治疗,必要时行手术治疗。

关键词：结核瘤,颅内脑脊髓液体层摄影术,X线计算机磁共振成像病理学,临床

新冠肺炎疫情时期高校学报编辑出版的实践与思考——以《暨南大学学报》的《新冠肺炎防治》专栏为例

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编辑学报 2020年第2期32卷 145-149页

作者：徐文华王景周孙升云陈咏梅王海霞丛敏暨南大学学报编辑部广州510632

2019新型冠状病毒肺炎疫情,被世界卫生组织列为国际关注的突发公共卫生事件,严重影响公众健康、社会稳定和经济发展。科技学术期刊快速发布相关最新攻关成果,对疫情防控、诊疗救治、科学用药、理性应对具有重要的技术支撑和指导作用。... 详细信息

2019新型冠状病毒肺炎疫情,被世界卫生组织列为国际关注的突发公共卫生事件,严重影响公众健康、社会稳定和经济发展。科技学术期刊快速发布相关最新攻关成果,对疫情防控、诊疗救治、科学用药、理性应对具有重要的技术支撑和指导作用。本文针对2019年12月以来暴发并快速蔓延的新型冠状病毒肺炎,分析疫情防控攻坚阶段科技学术期刊的责任与使命,以及组稿、审稿、编辑加工、排版、校对、网络首发等出版中面临的困境;结合《暨南大学学报》的《新冠肺炎防治》专栏的工作实践,探讨期刊提升突发公共事件中编辑出版能力的应对策略,以供同人参考。

关键词：新型冠状病毒肺炎科技学术期刊编辑出版实践

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学术期刊合著论文作者的科研合作特征分析

图书情报导刊 2020年第11期5卷 66-72,79页

作者：丛敏王景周陈咏梅暨南大学学报编辑部广东广州510632

科研工作的细化和科研效率的提升推动了研究人员的合作,合作研究已成为世界科技研究的主流。合著论文是科研合作成果的一种显性体现,对论文合著情况的研究是分析科研合作特征的一个重要切入点。通过对国内3种代表性医学期刊作者贡献声... 详细信息

科研工作的细化和科研效率的提升推动了研究人员的合作,合作研究已成为世界科技研究的主流。合著论文是科研合作成果的一种显性体现,对论文合著情况的研究是分析科研合作特征的一个重要切入点。通过对国内3种代表性医学期刊作者贡献声明的研究,统计了贡献要素的种类、作者贡献参与度、作者合作与独立完成情况,得出作者科研合作的特征。基于合著论文的作者贡献声明,从作者贡献的角度分析了作者科研合作的特征,为研究科研合作提供新的视角,为探讨其他学科领域的合作特征提供参考。

关键词：科研合作合著作者贡献声明学术期刊

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P值大小不等价于差异或相关性大小

数理医药学杂志 2024年第3期37卷 158-163页

作者：郑巧兰林燕薇王景周中山大学附属第三医院期刊中心广州510630

目的探讨P值与差异或相关性大小的关系。方法固定样本统计量[均数和标准差、样本率、相关系数、OR(95%CI)],分别模拟独立样本t检验、两组样本率比较的卡方检验、Pearson相关分析、单因素Logistic回归分析的数据,观察不同样本量下P值差... 详细信息

目的探讨P值与差异或相关性大小的关系。方法固定样本统计量[均数和标准差、样本率、相关系数、OR(95%CI)],分别模拟独立样本t检验、两组样本率比较的卡方检验、Pearson相关分析、单因素Logistic回归分析的数据,观察不同样本量下P值差异。结果两组样本统计量相同或单组样本统计量一致但样本量不同时,P值可能大于0.05、介于0.001~0.05或小于0.001。结论P值受样本量影响大,其大小不等价于差异或相关性大小。

关键词： P值 t检验卡方检验 Pearson相关分析 Logistic回归分析

转录因子KLF7高表达与前列腺癌发生的相关性及其靶基因预测

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石河子大学学报（自然科学版） 2021年第1期39卷 92-101页

作者：李雪唐慧桑海明李伟王竞州庞槐张君石河子大学医学院/新疆地方病与民族高发病教育部重点实验室新疆石河子832000 石河子大学科研处新疆石河子832000 新疆石河子市人民医院泌尿外科新疆石河子832000 石河子大学医学院第一附属医院检验科新疆石河子832000

目的探讨KLF7高表达与前列腺癌(PCa)发生的相关性,并对其可能的下游靶基因进行筛选。方法比较前列腺增生(BPH)患者(n=22)以及PCa患者(n=30)血糖、血脂及一般资料的差异;调取石蜡包埋的前列腺组织标本,运用免疫组织化学法检测组织中KLF7... 详细信息

目的探讨KLF7高表达与前列腺癌(PCa)发生的相关性,并对其可能的下游靶基因进行筛选。方法比较前列腺增生(BPH)患者(n=22)以及PCa患者(n=30)血糖、血脂及一般资料的差异;调取石蜡包埋的前列腺组织标本,运用免疫组织化学法检测组织中KLF7及其下游因子IL-6,以及肿瘤发生相关因子E-钙粘蛋白、Ki67的表达量。运用统计学方法,比较各因子在BPH和PCa患者前列腺组织中的表达差异,并分析KLF7表达与各因子之间的相关性。运用Cistrome Data Browser数据库对KLF7可能的下游靶基因进行预测。结果 PCa患者血清中总前列腺特异性抗原(TPSA)含量显著高于正常体检及BPH个体(P<0.001);PCa患者前列腺组织中KLF7及IL-6表达量显著高于BPH患者前列腺组织(P<0.05),肿瘤发生相关因子Ki67表达量显著高于BPH患者前列腺组织(P<0.05),E-钙粘蛋白的表达量在两组间无显著差异。相关性分析结果显示:前列腺癌组织中KLF7的表达与患者血清中TPSA含量显著正相关(r=0.465,P=0.001),与癌组织中IL-6的表达显著正相关(r=0.437,P=0.014),与癌组织中Ki67的表达显著正相关(r=0.434,P=0.002),与癌组织中E-钙粘蛋白的表达显著正相关(r=0.473,P=0.009)。生物信息学分析结果显示:转录因子KLF7可能通过调控肿瘤相关基因STAT3,DDX20,ZNF233,ZNF581,ZNF487,ZNF580,ZNF391,ZNF793,HMGB1,DMAP1,CTNNB1,ZBTB45等参与肿瘤的发生发展。结论 KLF7高表达可能是前列腺癌发生的危险因素,前列腺癌组织中KLF7的表达与IL-6、Ki67以及E-钙粘蛋白的表达显著正相关。KLF7可能通过调控一系列肿瘤相关基因的表达参与肿瘤发生发展的过程。

关键词： KLF7 IL-6 Ki67 E钙粘蛋白前列腺癌