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Detection of weak non-covalent cation-π interactions in NGAL by single-molecule force spectroscopy

Nano Research 2022年第5期15卷 4251-4257页

作者： jingyuan nie Yibing Deng Fang Tian Shengchao Shi Peng Zheng State Key Laboratory of Coordination Chemistry Chemistry and Biomedicine Innovation Center(ChemBIC)School of Chemistry and Chemical EngineeringNanjing University163 Xianlin RoadNanjing 210023China

Cation-π interaction is an electrostatic interaction between a cation and an electron-rich arene.It plays an essential role in many biological systems as a vital driving force for protein folding,stability,and receptor-ligand interaction/recognition.To date,the discovery of most cation-π interactions in proteins relies on the statistical analyses of available three-dimensional(3D)protein structures and corresponding computational calculations.However,their experimental verification and quantification remain sparse at the molecular level,mainly due to the limited methods to dynamically measure such a weak non-covalent interaction in proteins.Here,we use atomic force microscopy-based single-molecule force spectroscopy(AFM-SMFS)to measure the stability of protein neutrophil gelatinase-associated lipocalin(also known as NGAL,siderocalin,lipocalin 2)that can bind iron through the cation-π interactions between its three cationic residues and the iron-binding tri-catechols.Based on a site-specific cysteine engineering and anchoring method,we first characterized the stability and unfolding pathways of apo-NGAL.Then,the same NGAL but bound with the iron-catechol complexes through the cation-π interactions as a holo-form was characterized.AFM measurements demonstrated stronger stabilities and kinetics of the holo-NGAL from two pulling sites,F122 and F133.Here,NGAL is stretched from the designed cysteine close to the cationic residues for a maximum unfolding effect.Thus,our work demonstrates high-precision detection of the weak cation-π interaction in NGAL.

关键词： cation-Tr interaction neutrophil gelatinase-associated lipocalin(NGAL) single-molecule force spectroscopy atomic force microscopy(AFM)

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A versatile platform for single-molecule enzymology of restriction endonuclease

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Journal of Innovative Optical Health Sciences 2019年第1期12卷 29-38页

作者： Xin Wang jingyuan nie Yi Li Hai Pan Peng Zheng Meng Qin Yi Cao Wei Wang National Laboratory of Solid State Microstructure School of Physics Nanjing University 22 Hankou Road NanjingJiangsu 210093P.R.China School of Chemistry and Chemical Engineering Nanjing University 163 Xianlin Avenue Nanjing Jiangsu 210023P.R.China

Enzymes are the major players for many biological processes.Fundamental studies of the enzymatic activity at the single-molecule level provides important information that is otherwise inaccessible at the ensemble level.Yet,these single-molecule experiments are technically di±cult and generally require complicated experimental design.Here,we develop a Holliday junction(HJ)-based platform to study the activity of restriction endonucleases at the single-molecule level using single-molecule FRET(sm-FRET).We show that the intrinsic dynamics of HJ can be used as the reporter for both the enzyme-binding and the substrate-release events.Thanks to the multiple-arms structure of HJ,the fluorophore-labeled arms can be different from the surface anchoring arm and the substrate arm.Therefore,it is possible to independently change the substrate arm to study different enzymes with similar functions.Such a design is extremely useful for the systematic study of enzymes from the same family or enzymes bearing different pathologic mutations.Moreover,this method can be easily extended to study other types of DNA-binding enzymes without too much modi fication of the design.We anticipate it can find broad applications in single-molecule enzymology.

关键词： Single molecule Forster resonance energy transfer enzymology kinetics holliday junction

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混凝土连续组合小箱梁桥温度效应有限元分析

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黑龙江大学工程学报（中英俄文） 2024年第2期15卷 75-83页

作者：刘洪波简家硕孙悦高红帅张静元聂玉东黑龙江大学建筑工程学院哈尔滨150080 黑龙江省交通规划设计研究院集团有限公司哈尔滨150080

以亚沟枢纽互通G匝道桥作为依托工程,采用有限元数值分析方法对混凝土小箱梁桥在各国规范规定的温度梯度模式下进行仿真模拟,研究混凝土小箱梁桥在不同温度梯度模式作用下顶板、腹板和底板温度效应的分布规律,得出各国规范对于桥梁温度... 详细信息

以亚沟枢纽互通G匝道桥作为依托工程,采用有限元数值分析方法对混凝土小箱梁桥在各国规范规定的温度梯度模式下进行仿真模拟,研究混凝土小箱梁桥在不同温度梯度模式作用下顶板、腹板和底板温度效应的分布规律,得出各国规范对于桥梁温度梯度模式方面规定的差异性。研究结果表明:在不同的温度梯度模式下,混凝土小箱梁桥的顶板、腹板和底板产生的正截面法向温度效应差异较大;沿梁长方向,边跨各截面产生的温度应力波动幅度较大,而中跨各截面产生的温度应力趋于相同;各国规范规定的竖向温度梯度荷载对混凝土小箱梁桥作用后产生的温度效应曲线之间存在规律性。可对类似混凝土连续组合小箱梁桥温度效应的计算提供参考。

关键词：箱梁桥有限元仿真温度梯度温度效应规范差异

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社区高血压患者收缩压波动轨迹及其影响因素的研究

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陆军军医大学学报 2024年第12期46卷 1457-1466,F0003页

作者：聂朦邬娜焦惠艳袁志权李成英吴龙许月瑶杨蕾王煜伍永红钟理李亚斐杨敬源贵州医科大学公共卫生与健康学院环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵阳561113 陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学系军队流行病学教研室重庆400038 沙坪坝区双碑社区卫生服务中心重庆400032 九龙坡区疾病预防控制中心重庆400039 重庆医科大学附属第三医院心血管疾病中心重庆401120

目的分析和构建社区高血压人群收缩压(systolic blood pressure,SBP)变化的轨迹模型,并分析不同SBP轨迹的影响因素。方法本研究基于社区回顾性队列,运用潜类别轨迹模型(latent class trajectory modelling,LCTM)分析社区高血压人群SBP... 详细信息

目的分析和构建社区高血压人群收缩压(systolic blood pressure,SBP)变化的轨迹模型,并分析不同SBP轨迹的影响因素。方法本研究基于社区回顾性队列,运用潜类别轨迹模型(latent class trajectory modelling,LCTM)分析社区高血压人群SBP的变化模式,识别、构建SBP的纵向变化轨迹;运用无序多分类logistic回归分析不同SBP轨迹的影响因素,根据先验知识使用“有向无环图”识别和调整不同的混杂因素。结果共793名高血压患者被纳入分析,LCTM拟合的社区高血压患者SBP轨迹最优分组为3组,分别为低水平平稳组(n=561,70.74%)、下降组(n=170,21.44%)和上升组(n=62,7.82%);年龄、锻炼频率、随访方式、摄盐情况、遵医行为、有无转诊在不同SBP轨迹亚组中分布存在统计学差异(P<0.05);无序多分类logistic回归分析结果显示,以低水平平稳组为对照,“男性”、“门诊随访”的患者被分类到下降组的可能性较高,OR及95%CI分别为1.436(1.016~2.030)、1.702(1.202~2.410);而“年龄≥65岁”,“不锻炼或偶尔锻炼”,摄盐情况为“中”和“重”度的人群,被分类到上升组的可能性更高,OR及95%CI依次为1.949(1.145~3.317)、2.284(1.305~3.998)、2.433(1.272~4.654)、4.540(1.291~15.963)。结论社区高血压人群收缩压变化轨迹可分为3组,即“低水平平稳组”、“下降组”和“上升组”;性别、年龄、摄盐情况、锻炼频率、随访方式可能是收缩压轨迹的影响因素。

关键词：社区人群高血压潜类别轨迹模型收缩压轨迹影响因素

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Kaposiform Hemangioendothelioma: Case Report and Literature Review

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Chinese Journal of Clinical Oncology 2007年第4期4卷 288-292页

作者： Gang Zhou Shuhua Yang Xiu nie jingyuan Du Jin Li Jianxiang Liu Renhao Ze Yu He Department of Orthopedics Union Hospital Tongji Medical College Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430022 China Department of Pathology Union Hospital Tongji MedicaI College Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430022 China

Kaposiform hemangioendothelioma (KHE) is a rare locally ag- gressive vascular tumor that mainly occurs in children and early adolescents. It is often associated with the

关键词：组织病理学血管内皮瘤骨头病例报告

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微乳液驱油技术的研究进展

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油田化学 2023年第4期40卷 750-756页

作者：张志超柏明星王勇聂剑峰刘敬源邵军东北石油大学提高采收率教育部重点实验室黑龙江大庆163318 中国石油天然气股份有限公司长庆油田分公司第六采油厂陕西西安710018 大庆炼化公司黑龙江大庆163318

针对低渗特低渗等非常规油藏注水开发存在水注不进液采不出的难题,系统论述了微乳液驱对低渗油藏降压增注、调剖堵水、储层保护等提高采收率的驱油机理,注入油藏中微乳液黏度高于水,相比水驱能够改善油水流度比,减小驱替液的黏性指进,... 详细信息

针对低渗特低渗等非常规油藏注水开发存在水注不进液采不出的难题,系统论述了微乳液驱对低渗油藏降压增注、调剖堵水、储层保护等提高采收率的驱油机理,注入油藏中微乳液黏度高于水,相比水驱能够改善油水流度比,减小驱替液的黏性指进,微乳液与油接触也会产生超低界面张力,降低毛管阻力,改变岩石润湿性,扩大油藏宏观波及体积。另外,微乳液在流经油藏的孔吼通道时,也会通过对原油增溶、黏弹性拖拽等协同作用,提高油藏洗油效率。同时,也对几种对低渗油藏驱油适用性较好的微乳液(超临界CO_(2)微乳液、纳米微乳液、原位乳化微乳液和微乳液泡沫)的类型和性质进行了论述。并论述了不同类型微乳液在实际现场低渗透油藏降压增注提高采收率中的应用效果,微乳液驱能普遍使低渗油藏中注水井注入压力降压35%以上,油井的增油效果也较好。通过该论述旨在为当前低渗透等非常规油藏应用微乳液驱油提高采收率技术提供一定的理论借鉴。

关键词：微乳液驱驱油机理非常规油藏降压增注提高采收率综述

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Introduction Performance of Aornia melanocarpa in 4 Districts of Tianjin

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Asian Agricultural Research 2020年第6期12卷 49-52页

作者： Chenxi WANG jingyuan XIE Yi PEI Wen XU Jiangli nie Ya SU College of Horticulture and Landscape Tianjin Agricultural University Tianjin 300384 China College of Humanities and Social Sciences Tianjin 300384 China

[Objectives]To enrich the species resources of Tianjin,Aornia melanocarpa was introduced and cultivated in 4 districts of Tianjin.[Methods]Two consecutive years of observation in 2018-2019 and research on the phenological period,high yield and fruit economic traits in 4 districts of Tianjin were carried out.[Results]The A.melanocarpa of the Linhai Jiayuan Experimental Site in Jinghai District has larger single fruit weight,higher nutrient composition,stronger plant growth,higher yield and storage stability,so this site can be used as a main planting base for large-scale planting of A.melanocarpa;the experimental site of Tianjin Agricultural University East Campus and the experimental site of Cuiping Lake Science Park of Jizhou District have a sour and astringent taste but relatively low yield,need to be processed as by-products in combination with market prices to determine whether to plant;the experimental site of Tianjin Agricultural University West Campus has low yield,small fruit and poor taste,and the planting effect is the worst among the four experimental sites.[Conclusions]From the overall economic traits of fruits,the fruits produced in the experimental site of Jinghai District have sufficient weight,high solid-acid ratio,and relatively high nutrient content,thus this experimental site can be used as large-scale cultivation base for A.melanocarpa.

关键词： Aornia melanocarpa Tianjin Introduction

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高温胁迫诱导水稻白叶枯病菌在病叶中进入存活但不可培养状态的研究

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南京农业大学学报 2022年第3期45卷 521-528页

作者：张含王冰倩杜逸晨宋康丽李佳杨聂婧源宋从凤南京农业大学植物保护学院/农作物生物灾害综合治理教育部重点实验室江苏南京210095

[目的]探究水稻白叶枯病菌是否存在存活但不可培养状态(viable but non-culturable,VBNC),将有助于更好地了解水稻白叶枯病的病害循环,为有效防治水稻白叶枯病提供理论基础。[方法]对分离采集自田间、保存在室温和4℃下14年的水稻白叶... 详细信息

[目的]探究水稻白叶枯病菌是否存在存活但不可培养状态(viable but non-culturable,VBNC),将有助于更好地了解水稻白叶枯病的病害循环,为有效防治水稻白叶枯病提供理论基础。[方法]对分离采集自田间、保存在室温和4℃下14年的水稻白叶枯病叶,采用划线稀释分离法进行病原菌的平板分离,探索不同温度处理下病叶中白叶枯病菌的可培养情况。将带利福平抗性的白叶枯病菌PXO99^(A)菌株剪叶接种感病水稻品种‘深两优871’,病叶剪成小段分别置于4、28和37℃下保存,每隔30 d取病叶小段,通过平板分离进行病原菌含量的测定。利用染色全细胞染料Microlight^(TM) Green JJ98 and JJ99以及染死细胞染料碘化丙啶(PI)对喷菌液中细胞的存活程度进行测定。[结果]采集自田间、保存在室温和4℃下的病叶都有明显的喷菌现象;只有从4℃保存(甚至保存4年)的样品上可以分离到病原菌,而保存在室温的样品上都不能分离到白叶枯病菌。从人工接种的保存在3个温度下的病叶上分离的病原菌,随着保存时间的增加,可培养的PXO99^(A)菌量呈现下降趋势,其中37℃保存60 d后未分离到病原菌。荧光染色结果显示,保存60 d后,4、28和37℃条件下保存的样本中活细胞的比例分别为52.52%、32.17%和24.02%。以上结果说明,37℃病叶中的病原菌部分进入了VBNC状态。[结论]高温诱导了水稻白叶枯病样中的病原菌进入了VBNC状态。这为研究水稻白叶枯病菌的侵染生物学特征和制定有效的防治策略提供了科学依据。

关键词：水稻白叶枯病菌 VBNC 荧光染料染色温度胁迫

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Development of a spontaneous combustion TARPs system based on BP neural network

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International Journal of Mining Science and Technology 2015年第5期25卷 803-810页

作者： Wang Longkang Ren Tingxiang nie Baisheng Chen Yang Lv Changqing Tang Haoyang Zhang Jufeng School of Resources & Safety Engineering China University of Mining & TechnologyBeijing State Key Laboratory of Coal Resources & Safe Mining China University of Mining & TechnologyBeijing Centre of Infrastructure Protection and Mining Safety Faculty of Engineering and Information SciencesUniversity of Wollongong School of Resources & Safety Engineering China University of Mining & Technology Weiyuan Coal Mine Jingyuan Coal Industry Group

Spontaneous combustion of coal is a major cause of coal mine fires.It not only poses a severe hazard to the safe extraction of coal resources,but also jeopardizes the safety of mine workers.The development of a scientific management system of coal spontaneous combustion is of vital importance to the safe production of coal mine.This paper provides a comparative analysis of a range of worldwide prediction techniques and methods for coal spontaneous combustion,and systematically introduces the trigger action response plans(TARPs)system used in Australian coal mines for managing the spontaneous heating of coal.An artificial neural network model has been established on the basis of real coal mine operational conditions.Through studying and training the neural network model,prediction errors can be controlled within the allowable range.The trained model is then applied to the conditions of Nos.1 and 3 coal seams located in Weijiadi Coal Mine to demonstrate its feasibility for spontaneous combustion assessment.Based upon the TARPs system which is commonly used in Australian longwall mines,a TARPs system has been developed for Weijiadi Coal Mine to assist the management of spontaneous combustion hazard and ensure the safe operation of its mining activities.

关键词：管理系统 BP神经网络人工神经网络模型煤炭自燃煤矿自燃燃油澳大利亚危险性管理

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寒冷地区中等跨径连续钢箱梁桥设计分析

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城市道桥与防洪 2022年第6期 56-58,62页

作者：聂玉东张静元王瑞琪黑龙江省公路勘察设计院黑龙江哈尔滨150080 内蒙古大学生态与环境学院内蒙古呼和浩特010040

针对寒冷地区中等跨径连续钢箱梁桥,分别按7.5 cm沥青混凝土铺装方案和10 cm水泥混凝土+10 cm沥青混凝土组合铺装方案进行设计,分析钢箱梁用钢量指标随桥梁跨径、箱梁梁高的变化规律;研究寒冷地区钢箱梁桥采用组合铺装后,钢箱梁用钢量... 详细信息

针对寒冷地区中等跨径连续钢箱梁桥,分别按7.5 cm沥青混凝土铺装方案和10 cm水泥混凝土+10 cm沥青混凝土组合铺装方案进行设计,分析钢箱梁用钢量指标随桥梁跨径、箱梁梁高的变化规律;研究寒冷地区钢箱梁桥采用组合铺装后,钢箱梁用钢量指标变化情况,以期为寒冷地区中等跨径钢箱梁桥的设计提供参考.

关键词：钢箱梁用钢量指标板件厚度组合铺装跨高比

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