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Segmentation of Hematoxylin-Eosin stained breast cancer histopathological images based on pixel-wise SVM classifier

Science China(Information Sciences) 2015年第9期58卷 56-68页

作者： QU AiPing CHEN JiaMei WANG LinWei yuan jingping YANG Fang XIANG QingMing MASKEY Ninu YANG GuiFang LIU Juan LI Yan State Key Laboratory of Software Engineering School of Computer Wuhan University Center of High Performance Computing Huaihua University Department of Oncology Zhongnan Hospital of Wuhan University Hubei Key Laboratory of Tumor Biological Behaviors & Hubei Cancer Clinical Study Center Department of Pathology Zhongnan Hospital of Wuhan University

Hematoxylin-Eosin(HE) staining is the routine diagnostic method for breast cancer(BC), and large amounts of HE stained histopathological images are available for analysis. It is emergent to develop computational methods to efficiently and objectively analyze these images, with the aim of providing potentially better diagnostic and prognostic information for BC. This work focuses on analyzing our in-house HE stained histopathological images of breast cancer tissues. Since tumor nests(TNs) and stroma morphological characteristics can reflect the biological behaviors of breast invasive ductal carcinoma(IDC), accurate segmentation of TNs and the stroma is the first step towards the subsequent quantitative analysis. We first propose a method based on the pixel-wise support vector machine(SVM) classifier for segmenting TNs and the stroma, then extract four morphological characters related to the TNs from the images and investigate their relationships with the patients’ 8-year disease free survival(8-DFS). The evaluation result shows that the classification based segmentation method is able to distinguish between TNs and stroma with 87.1% accuracy and 80.2% precision,suggesting that the proposed method is promising in segmenting HE stained IDC histopathological images. The Kaplan-Meier survival curves show that three morphological characters(number of TNs, total perimeter, and average area of TNs) in the images have statistical correlations with 8-DFS of the patients, illustrating that the segmented images can help to identify new morphological factors in IDC TNs for the prediction of BC prognosis.

关键词： breast cancer histopathology images segmentation image analysis support vector machine survival analysis

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DNA damage chemotherapeutic drugs suppress basal-like breast cancer growth by down-regulating the transcription of the FOXO1-KLF5 axis

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Genes & Diseases 2024年第1期11卷 91-94页

作者： Qiuxia Cui Jian Sun jingping yuan Juanjuan Li Chuanyu Yang Guangshi Du Chengang Zhou Pu Qiu Jidong Gao yuanqi Zhang Dewei Jiang Ceshi Chen Affiliated Hospital of Guangdong Medical University Science&Technology of China ZhanjiangGuangdong 524000China Department of Breast Surgical Oncology National Cancer Center/National Clinical Research Center for Cancer/Cancer Hospital and Shenzhen HospitalChinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeShenzhenGuangdong 518116China Key Laboratory of Animal Models and Human Disease Mechanisms of the Chinese Academy of Sciences and Yunnan Province Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650223China Department of Pathology Renmin Hospital of Wuhan UniversityWuhanHubei 430060China Department of Breast and Thyroid Surgery Renmin Hospital of Wuhan UniversityWuhanHubei 430060China Translational Medicine Research Center of Guizhou Medical University GuiyangGuizhou 550025China Department of Breast Surgical Oncology National Cancer Center/National Clinical Research Center for Cancer/Cancer HospitalChinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeBeijing 100021China Yunnan Cancer Hospital and the Third Affiliated Hospital of Kunming Medical University and Yunnan Cancer Center KunmingYunnan 650500China Academy of Biomedical Engineering Kunming Medical UniversityKunmingYunnan 650500China

Most basal-like breast cancers(BLBCs)have a poor prognosis and high crossover with triple-negative breast cancers(TNBCs).However,approximately 50%of TNBC patients develop chemoresistance.^(1) Dexamethasone reportedly induces Krüppel-like factor 5(KLF5)and can cause docetaxel and cisplatin resistance in TNBC.A super-enhancer can maintain the transcription of KLF5.

关键词： FOXO1 drugs damage

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伴骨髓广泛浸润的腺泡状横纹肌肉瘤的临床病理分析

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中华病理学杂志 2019年第7期48卷 550-552页

作者：徐励曾智袁静萍武汉大学人民医院病理科 430060

目的探讨腺泡状横纹肌肉瘤伴有广泛骨髓浸润的临床病理特征、诊断与鉴别诊断。方法观察武汉大学人民医院2014年12月至2018年7月间诊治的2例腺泡状横纹肌肉瘤伴有骨髓浸润并远处转移的组织病理学特点,并复习相关文献。结果2例患者均为年... 详细信息

目的探讨腺泡状横纹肌肉瘤伴有广泛骨髓浸润的临床病理特征、诊断与鉴别诊断。方法观察武汉大学人民医院2014年12月至2018年7月间诊治的2例腺泡状横纹肌肉瘤伴有骨髓浸润并远处转移的组织病理学特点,并复习相关文献。结果2例患者均为年轻女性,均以血小板减少入院。组织学:可见瘤细胞呈片状或巢状排列,呈实性,未见纤维血管性间隔及腺泡状结构;肿瘤由未分化的原始间叶性细胞及少量早期分化的幼稚横纹肌母细胞组成。免疫组织化学:髓外肿瘤细胞Myo D1、Myoglobin细胞核均弥漫阳性,S-100蛋白、雌激素受体、孕激素受体、HER2、突触素、嗜铬粒素A、神经元特异性烯醇化酶、CD99、上皮细胞膜抗原、CD34、CD38、T细胞胞质内抗原1、白细胞共同抗原、CD3等均呈阴性,肿瘤细胞Ki-67阳性指数≥40%。荧光原位杂交检测断裂基因,示PAX3及FKHR基因断裂。结论实体型腺泡状横纹肌肉瘤并伴有广泛骨髓浸润十分罕见,极易误诊,需对肿瘤的组织学形态、免疫组织化学、分子病理进行全面分析。

关键词：腺泡状横纹肌肉瘤临床病理特征骨髓浸润病理分析神经元特异性烯醇化酶上皮细胞膜抗原武汉大学人民医院免疫组织化学

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Corynebacterium parakroppenstedtii secretes a novel glycolipid to promote the development of granulomatous lobular mastitis

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Signal Transduction and Targeted Therapy 2024年第11期9卷 5250-5266页

作者： Ran Liu Zixuan Luo Chong Dai Yuchen Wei Shuqing Yan Xinwen Kuang Kuan Qi Aisi Fu Yinxin Li Shuai Fu Zhengning Ma Wen Dai Xiao Xiao Qing Wu Haokui Zhou Yan Rao jingping yuan Ting Shi Zixin Deng Chuang Chen Tiangang Liu Renmin Hospital of Wuhan University Wuhan University430071 WuhanChina State Key Laboratory of Microbial Metabolism Joint International Research Laboratory of Metabolic&Developmental Sciencesand School of Life Sciences and BiotechnologyShanghai Jiao Tong University200240 ShanghaiChina CAS Key Laboratory of Quantitative Engineering Biology Shenzhen Institute of Synthetic BiologyShenzhen Institute of Advanced TechnologyChinese Academy of Sciences518055 ShenzhenChina Key Laboratory of Combinatorial Biosynthesis and Drug Discovery Ministry of Education and School of Pharmaceutical SciencesWuhan University430072 WuhanChina Department of Microbiology The Chinese University of Hong KongHong KongChina Zhongnan Hospital of Wuhan University Wuhan University430071 WuhanChina Dgensee Co. Ltd430073 WuhanChina Hesheng Tech Co.Ltd430073 WuhanChina Animal Biosafety Level III Laboratory at the Center for Animal Experiment Wuhan University School of MedicineWuhan University430071 WuhanChina TaiKang Center for Life and Medical Sciences Wuhan University430072 WuhanChina

Granulomatous lobular mastitis(GLM)is a chronic idiopathic granulomatous mastitis of the mammary gland characterized by significant pain and a high propensity for recurrence,the incidence rate has gradually increased,and has become a serious breast disease that should not be *** is highly suspected relative to microbial infections,especially those of Corynebacterium species;however,the mechanisms involved are unclear,and prevention and treatment are *** this study,we demonstrated the pathogenicity of Corynebacterium parakroppenstedtii in GLM using Koch’s *** on the drug sensitization results of ***,and utilizing a retrospective study in conjunction with a comprehensive literature review,we suggested an efficacious,targeted antibiotic treatment strategy for ***,we identified the pathogenic factor as a new type of glycolipid(named corynekropbactins)secreted by *** may chelate iron,cause the death of mammary cells and other mammary-gland-colonizing bacteria,and increase the levels of inflammatory *** further analyzed the prevalence of *** infection in patients with ***,we suggested that the lipophilicity of *** may be associated with its infection route and proposed a possible model for the development of *** research holds significant implications for the clinical diagnosis and therapeutic management of GLM,offering new insights into targeted treatment approaches.

关键词： prevention diagnosis treatment

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乳腺癌新辅助治疗残余肿瘤负荷评估系统的实践及管理体会

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中华内分泌外科杂志 2021年第5期15卷 454-457页

作者：管枫袁静萍武汉大学人民医院病理科 430060

新辅助治疗在乳腺癌患者治疗中的应用日益增多。残余肿瘤负荷(residual cancer burden,RCB)为患者提供了有价值的预后信息,可作为临床试验的主要终点。本研究在实践中总结了RCB评估过程中的难点及要点,包括瘤床定位及取材经验、镜下评... 详细信息

新辅助治疗在乳腺癌患者治疗中的应用日益增多。残余肿瘤负荷(residual cancer burden,RCB)为患者提供了有价值的预后信息,可作为临床试验的主要终点。本研究在实践中总结了RCB评估过程中的难点及要点,包括瘤床定位及取材经验、镜下评估获取RCB计算参数的具体方法及整个过程中多学科协作的应用,并针对性地提出了一些管理方法来应对这些挑战,使标准化、程序化的RCB评估及有序的质量控制管理成为可能。

关键词：乳腺癌新辅助治疗残余肿瘤负荷管理

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南瓜SWEET蛋白家族的全基因组鉴定与进化分析

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广西植物 2021年第1期41卷 40-54页

作者：申长卫袁敬平河南科技学院资源与环境学院河南新乡453003 河南科技学院园艺园林学院河南新乡453003 河南省特色园艺植物开发利用工程技术研究中心河南新乡453003

SWEET(sugar will eventually be exported transporter)家族是一种新型的糖转运体,该家族基因在碳水化合物运输、发育、环境适应性和寄主-病原相互作用等多个过程中发挥着重要作用。为更好地了解南瓜发育的分子机理,该研究基于已知的... 详细信息

SWEET(sugar will eventually be exported transporter)家族是一种新型的糖转运体,该家族基因在碳水化合物运输、发育、环境适应性和寄主-病原相互作用等多个过程中发挥着重要作用。为更好地了解南瓜发育的分子机理,该研究基于已知的南瓜基因组数据库,利用生物信息学方法对中国南瓜SWEET基因(CmSWEET)的系统发育树、基因结构、跨膜结构、保守基序、启动子预测、共线性预测和基因复制等进行综合分析。结果表明:共鉴定到21个CmSWEET基因,通过系统发育分析将21个CmSWEET基因分为4个亚族(I,II,III和IV),分别包含3、5、10和3个基因。此外,通过基因结构、跨膜结构域和保守基序发现CmSWEET在进化过程中是非常保守的。染色体定位结果显示,CmSWEET基因不均匀地分布在21条中国南瓜染色体中的13条染色体上,且在染色体Cm00、Cm01、Cm03、Cm05、Cm07、Cm09、Cm19和Cm20上不存在。启动子顺式作用元件分析显示,CmSWEET基因与植物激素(脱落酸、茉莉酸甲酯、水杨酸和生长素)响应有关,也可能参与各种环境胁迫的响应。从系统进化发育树和基因共线性方面揭示了CmSWEET基因与印度南瓜SWEET(CmaSWEET)之间的进化关系。该研究在全基因组水平上系统地鉴定了中国南瓜中SWEET基因家族,为进一步了解中国南瓜和其他葫芦科作物SWEET基因提供了基础,也为进一步的功能分析提供了重要的候选基因。

关键词：南瓜 SWEET 系统发育分析共线性顺式作用元件生物信息学

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Gynecologic infections seen in ThinPrep cytological test in Wuhan, China

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Frontiers of Medicine 2014年第2期8卷 236-240页

作者： Hang Zhou Yao Jia Jian Shen Shaoshuai Wang Xiong Li Ru Yang Kecheng Huang Ting Hu Fangxu Tang Jin Zhou jingping yuan Lei Huang Xun Tian Zhilan Chen Qinghua Zhang Changyu Wang Ling Xi Dongrui Deng Hui Wang Ding Ma Shuang Li Cancer Biology Research Center Tongji Hospital Tongji Medical College Huazhong University of Science and Technology Wuhan 430030 China Department of Obstetrics and Gynecology Nanjing Drum Tower Hospital Nanjing University Medical School Nanjing 210008 China Department of Gynecology and Obstetrics the Central Hospital of Wuhan Wuhan 430014 China

This study aimed to analyze the prevalence of bacterial, Candida, Trichomonas, and human papillomavirus （HPV） infections in ThinPrep cytological test （TCT） performed on women of Wuhan, China. ThinPrep smears were screened by two independent experienced pathologists and reported from 2008 to 2010. A total of 46 866 ThinPrep smears were studied, and smears with inflammation were analyzed. Of the 44 162 enrolled patients, inflammation changes were observed in 21 935 （49.7%） and specific infections in 6884 （31.4%）. The infections detected were as follows： bacteria, 5663 （82.3%）; Candida, 825 （12.0%）; Trichomonas, 273 （4.0%）; and HPV, 148 （2.1%）. Significant changes were found in the prevalence of bacteria and Candida among women who underwent TCT before and after 2010. Z2 revealed an increasing proportion of specific infections found in smears after 2010 （P = 0.000）. In conclusion, bacterial infection was the most detectable in the ThinPrep smears, followed by Candida and Trichomonas. The prevalence of infection identified by TCT was found to be similar in previous literature in China.

关键词： ThinPrep cytological test human papillomavirus Candida infection Trichomonas infection bacterial infection

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新型冠状病毒肺炎疫情期间外科患者围术期防控策略

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中华消化外科杂志 2020年第3期19卷 259-261页

作者：郭闻一袁静萍付涛武汉大学人民医院胃肠外Ⅱ科 430060 武汉大学人民医院病理科 430060

目前新型冠状病毒肺炎疫情防控形势严峻,各级医疗机构在做好新型冠状病毒肺炎防控的同时,还需提供优质安全的常规医疗服务。笔者旨在通过严格患者分类管理以及围术期标准预防,为需行外科治疗的患者,尤其是需行急诊外科治疗的患者提供优... 详细信息

目前新型冠状病毒肺炎疫情防控形势严峻,各级医疗机构在做好新型冠状病毒肺炎防控的同时,还需提供优质安全的常规医疗服务。笔者旨在通过严格患者分类管理以及围术期标准预防,为需行外科治疗的患者,尤其是需行急诊外科治疗的患者提供优质安全的医疗服务,减少院内感染,为新型冠状病毒肺炎防控贡献一份力量。

关键词：新型冠状病毒肺炎外科手术围术期标准预防策略

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原发性前列腺透明细胞腺癌一例

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中华病理学杂志 2021年第9期50卷 1075-1077页

作者：刘雯袁静萍詹娜刘琳武汉大学人民医院病理科 430060

原发于下尿路的透明细胞腺癌相对少见,多为女性患者,而前列腺原发的透明细胞腺癌极为罕见。本例患者肿瘤组织形态由靴钉样细胞形成囊管状及实性结构,胞质透明至嗜酸。免疫表型:PAX8、细胞角蛋白(CK)7、Napsin A、CA125阳性,前列腺特异... 详细信息

原发于下尿路的透明细胞腺癌相对少见,多为女性患者,而前列腺原发的透明细胞腺癌极为罕见。本例患者肿瘤组织形态由靴钉样细胞形成囊管状及实性结构,胞质透明至嗜酸。免疫表型:PAX8、细胞角蛋白(CK)7、Napsin A、CA125阳性,前列腺特异性抗原(PSA)阴性,与文献基本一致。大部分病例伴有右肾发育不全,表明此肿瘤可能起源于先天性残余肾、前列腺小囊或者前列腺尿道部。

关键词：透明细胞腺癌下尿路残余肾免疫表型前列腺尿道部 CA125 前列腺小囊

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纵隔髓脂肪瘤四例临床病理学分析

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中华病理学杂志 2020年第6期49卷 613-615页

作者：饶洁袁静萍胡劲松武汉大学人民医院病理科 430060 湖北省孝感市云梦县人民医院病理科 432500

发生于纵隔的髓脂肪瘤罕见,该文收集4例患者资料并进行文献复习。肿瘤大体常有包膜,切面因脂肪组织与骨髓造血组织比例的不同而呈现灰黄色或暗红色;镜下可见成熟脂肪细胞与骨髓造血组织呈不同比例混合,造血细胞成巢状或片状分布,各阶段... 详细信息

发生于纵隔的髓脂肪瘤罕见,该文收集4例患者资料并进行文献复习。肿瘤大体常有包膜,切面因脂肪组织与骨髓造血组织比例的不同而呈现灰黄色或暗红色;镜下可见成熟脂肪细胞与骨髓造血组织呈不同比例混合,造血细胞成巢状或片状分布,各阶段三系细胞均可见。最终诊断为纵隔髓脂肪瘤,需与霍奇金淋巴瘤、Rosai-Dorfman病、朗格汉斯细胞组织细胞增生症、髓外造血等病相鉴别。

关键词：骨髓造血组织朗格汉斯细胞组织细胞增生症髓外造血霍奇金淋巴瘤成熟脂肪细胞髓脂肪瘤造血细胞脂肪组织

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