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Paleo-polyploidization in Lycophytes

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2020年第3期18卷 333-340页

作者： Jinpeng Wang jigao yu Pengchuan Sun Chao Li Xiaoming Song Tianyu Lei yuxian Li Jiaqing yuan Sangrong Sun Hongling Ding Xueqian Duan Shaoqi Shen Yanshuang Shen Jing Li Fanbo Meng Yangqin Xie Jianyu Wang yue Hou Jin Zhang Xianchun Zhang Xiu-Qing Li Andrew HPaterson Xiyin Wang Center for Computational Biology and Genomics and School of Life SciencesNorth China University of Science and TechnologyTangshan 063200China National Key Laboratory for North China Crop Improvement and Regulation Agriculture University of HebeiBaoding 071001China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China Fredericton Research and Development Centre Agriculture and Agri-Food CanadaFrederictonNew BrunswickE3B 4Z7Canada Plant Genome Mapping Laboratory University of AthensAthensGA 30602USA Department of Plant Biology University of GeorgiaAthensGA 30602USA Department of Crop and Soil Science University of GeorgiaAthensGA 30602USA Department of Genetics University of GeorgiaAthensGA 30602USA

Lycophytes and seed plants constitute the typical vascular *** have been thought to have no paleo-polyploidization although the event is known to be critical for the fast expansion of seed ***,genomic analyses including the homologous gene dot plot analysis detected multiple paleo-polyploidization events,with one occurring approximately 13–15 million years ago(MYA)and another about 125–142 MYA,during the evolution of the genome of Selaginella moellendorffii,a model *** addition,comparative analysis of reconstructed ancestral genomes of lycophytes and angiosperms suggested that lycophytes were affected by more paleopolyploidization events than seed *** from the present genomic analyses indicate that paleo-polyploidization has contributed to the successful establishment of both lineages—lycophytes and seed plants—of vascular plants.

关键词： Vascular plant Lycophytes Genome Polyploidy Evolution

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Sequencing of Cultivated Peanut, Arachis hypogaea, Yields Insights into Genome Evolution and Oil Improvement

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Molecular Plant 2019年第7期12卷 920-934页

作者： Xiaoping Chen Qing Lu Hao Liu Jianan Zhang Yanbin Hong Haofa Lan Haifen Li Jinpeng Wang Haiyan Liu Shaoxiong Li Manish K.Pandey Zhikang Zhang Guiyuan Zhou jigao yu Guoqiang Zhang Jiaqing yuan Xingyu Li Shijie Wen Fanbo Meng Shanlin yu Xiyin Wang Kadambot H.M.Siddique Zhong-Jian Liu Andrew H.Paterson Rajeev K.Varshney Xuanqiang Liang South China Peanut Sub-center of National Center of Oilseed Crops Improvement Guangdong Key Laboratory for Crops Genetic Improvement Crops Research Institute Guangdong Academy of Agricultural Sciences (GAAS) Guangzhou China Fujian Colleges and Universities Engineering Research Institute of Conservation and Utilization of Natural Bioresources College of Forestry Fujian Agriculture and Forestry University Fuzhou 350002 China Plant Genome Mapping Laboratory University of Georgia Athens USA National Foxtail Millet Improvement Center Minor Cereal Crops Laboratory of Hebei Province Institute of Millet Crops Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences Shijiazhuang China MolBreeding Biotechnology Co. Ltd. Shijiazhuang China School of Life Sciences and Center for Genomics and Computational Biology North China University of Science and Technology Tangshan China Center of Excellence in Genomics & Systems Biology International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics (ICRISAT) Hyderabad India Shenzhen Key Laboratory for Orchid Conservation and Utilization National Orchid Conservation Center of China and Orchid Conservation and Research Center of Shenzhen Shenzhen China Shandong Peanut Research Institute Shandong Academy of Agricultural Sciences Qingdao China UWA Institute of Agriculture The University of Western Australia Crawley Australia Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration for Orchid Conservation and Utilization at College of Landscape Architecture Fujian Agriculture and Forestry University Fuzhou 350002 China

Cultivated peanut (Arachis hypogaea) is an allotetraploid crop planted in Asia, Africa, and America for edible oil and protein. To explore the origins and consequences of tetraploidy, we sequenced the allotetraploid A. hypogaea genome and compared it with the related diploid Arachis duranensis and Arachis ipaensis genomes. We annotated 39 888 A-subgenome genes and 41 526 B-subgenome genes in allotetraploid peanut. The A. hypogaea subgenomes have evolved asymmetrically, with the B subgenome resembling the ancestral state and the A subgenome undergoing more gene disruption, loss, conversion, and transposable element proliferation, and having reduced gene expression during seed development despite lacking genome-wide expression dominance. Genomic and transcriptomic analyses identified more than 2 500 oil metabolism-related genes and revealed that most of them show altered expression early in seed development while their expression ceases during desiccation, presenting a comprehensive map of peanut lipid biosynthesis. The availability of these genomic resources will facilitate a better understanding of the complex genome architecture, agronomically and economically important genes, and genetic improvement of peanut.

关键词： cultivated peanut denovo sequencing comparative genomics genome evolution oil metabolism

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全基因组水平上基因家族分布及进化分析方法研究

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河北农业大学学报 2019年第6期42卷 115-121页

作者：刘宪于继高肖志刚黄晟河北农业大学机电工程学院河北保定071001 华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

随着众多植物基因组测序计划的相继完成,在全基因组水平上更加高效地解析基因家族进化机制迫在眉睫,本研究提供了1种适用于植物基因组水平检测基因家族分布及进化的计算机分析方法。本研究依据物种染色体长度、基因物理位置、候选基因K... 详细信息

随着众多植物基因组测序计划的相继完成,在全基因组水平上更加高效地解析基因家族进化机制迫在眉睫,本研究提供了1种适用于植物基因组水平检测基因家族分布及进化的计算机分析方法。本研究依据物种染色体长度、基因物理位置、候选基因Ks值等数据,结合三阶贝塞尔曲线算法,利用Python语言绘制基因染色体定位图,揭示基因间相似性及进化机制。为验证方法的实用性,本研究以亚洲棉DELLA基因家族为例进行了进化分析。结果显示在亚洲棉进化过程中GA05、GA02和GA13有明显的同源Cluster被鉴定;GA05染色体上的基因簇更活跃、变化更快;GA03基因簇发生了独立进化;GA02、GA13基因出现较晚,可能来源于GA05。本方法是1种实用的基因家族分析工具,适用于全基因组水平基因家族分布及进化分析。

关键词：基因家族 Python 三阶贝塞尔曲线 DELLA

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南瓜与葡萄和冬瓜的比较基因组学分析

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分子植物育种 2021年第14期19卷 4525-4535页

作者：于继高王金禹汪建宇王金朋华北理工大学生命科学学院唐山063210

南瓜含有丰富的维生素,营养价值极高。两个栽培种中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)和印度南瓜(Cucurbita maxima Duch.)基因组测序完成,为南瓜的比较基因组学分析提供了基础材料。本研究以葫芦科中较保守的冬瓜,以及双子叶葡萄作为... 详细信息

南瓜含有丰富的维生素,营养价值极高。两个栽培种中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)和印度南瓜(Cucurbita maxima Duch.)基因组测序完成,为南瓜的比较基因组学分析提供了基础材料。本研究以葫芦科中较保守的冬瓜,以及双子叶葡萄作为参考基因组,对南瓜基因组结构进行了深入分析,证实了南瓜与其他葫芦科共有一次祖先四倍体事件(CCT),并且南瓜属共有一次特异性四倍体事件(CST)。通过细致的基因组结构和共线性分析,发现南瓜基因组中约11%的重复基因由CCT产生;与CST关联的重复基因约占全基因组的40%。以葡萄和冬瓜基因组为参考,构建了南瓜为核心的多基因组与古老多倍化事件和物种分化关联的同源基因比对图谱。另外,多倍化对重要基因家族形成具有重要贡献,以南瓜乙烯合成酶为例,分析了不同多倍化事件在其拷贝数变化上起到了不同程度的作用。该项研究为理解南瓜多倍化过程提供了清晰的基因组同源结构分析证据,对于南瓜基因组形成和基因进化研究提供了重要的比较基因组学基础。

关键词：葫芦科南瓜多倍化同源共线性乙烯合成酶

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LNG铝绕管换热器管板与换热管连接的制造工艺探讨

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机械工程师 2016年第11期 172-174页

作者：孙志云徐纪高郝娟红齐浩开封空分集团有限公司河南开封475004

LNG铝绕管换热器管板与换热管的连接采用"机械强度胀接"+"密封焊管孔"结构。分析工件结构特点,控制焊接工艺参数,改变管板端面结构——增加管板端面环槽以改善焊接接头的焊接工艺性;同时,为保证管板孔加工质量,设计专用内孔刮槽工具与... 详细信息

LNG铝绕管换热器管板与换热管的连接采用"机械强度胀接"+"密封焊管孔"结构。分析工件结构特点,控制焊接工艺参数,改变管板端面结构——增加管板端面环槽以改善焊接接头的焊接工艺性;同时,为保证管板孔加工质量,设计专用内孔刮槽工具与端面刮槽工具。通过多次试验,很好地解决了LNG铝管板与换热管的密封连接问题。

关键词：铝管板铝换热管管板内孔刮槽刀管板端面刮槽刀焊接接头J长接

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黄河轻型破冰船开河期破冰试验

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人民黄河 2022年第5期44卷 71-74页

作者：谢志刚邓宇王吉诰郑兴苏磊黄河水利委员会黄河水利科学研究院河南郑州450003 水利部堤防安全与病害防治工程技术研究中心河南郑州450003 包头市平安航运有限责任公司内蒙古包头014000 哈尔滨工程大学黑龙江哈尔滨150006

黄河开河期极易在桥梁、浮桥和建筑物附近形成堆冰,进而形成局部冰坝险情。由于传统的爆破破冰手段存在安全隐患,因此提出了一种轻型破冰船主动干预破冰方式。该轻型破冰船与黄河河道及冰凌特点相适应,破冰船长27.7 m,型宽7.0 m,设计吃... 详细信息

黄河开河期极易在桥梁、浮桥和建筑物附近形成堆冰,进而形成局部冰坝险情。由于传统的爆破破冰手段存在安全隐患,因此提出了一种轻型破冰船主动干预破冰方式。该轻型破冰船与黄河河道及冰凌特点相适应,破冰船长27.7 m,型宽7.0 m,设计吃水深度为1.3 m,主机功率772 kW。通过在黄河开河期实施连续式破冰、冲撞式破冰、辅助式破冰和碎冰区航行等4项破冰作业试验,验证了该破冰船破冰作业的安全性、有效性和能动性。破冰船最大破冰冰厚超过50 cm, 2 h内可疏通1 km河道航道,破冰面积超过4万m^(2)。研究成果为消除黄河凌汛期局部冰坝隐患提供了新的手段,同时也为水上抢险作业提供了参考。

关键词：破冰船破冰试验黄河

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中医正骨 2023年第4期35卷 28-32页

作者：赵钰李纪高周全河南中医药大学第一临床医学院河南郑州450046 河南中医药大学第一附属医院河南郑州450099

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)是一种以侵蚀性关节炎为主要特征的慢性自身免疫性疾病,属中医学“痹证”“尪痹”范畴。虎杖用于治疗痹证由来已久,临床上采用含有虎杖的方剂治疗RA疗效显著。RA的发病机制尚未完全明确,Janus激... 详细信息

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)是一种以侵蚀性关节炎为主要特征的慢性自身免疫性疾病,属中医学“痹证”“尪痹”范畴。虎杖用于治疗痹证由来已久,临床上采用含有虎杖的方剂治疗RA疗效显著。RA的发病机制尚未完全明确,Janus激酶/信号转导及转录激活因子、核因子-κB、促分裂原活化的蛋白激酶、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、Toll样受体4等多条信号通路与RA的发生发展关系密切。本文对虎杖有效成分基于上述信号通路治疗RA作用机制的研究进展进行了综述。

关键词：关节炎,类风湿虎杖有效成分信号传导综述

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媒体关注与上市公司社会责任之履行——基于汶川地震捐款的实证研究

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管理世界 2011年第3期27卷 135-143,188页

作者：徐莉萍辛宇祝继高中山大学管理学院对外经济贸易大学国际财务与会计研究中心

以我国上市公司在汶川地震捐赠中的表现为分析对象,本文重点考察了媒体关注对上市公司捐赠行为的影响,以及其与股权性质、行业竞争程度和产品直接与消费者接触之间对捐赠影响的互动关系。将捐赠样本和非捐赠样本合在一起的回归分析发现... 详细信息

以我国上市公司在汶川地震捐赠中的表现为分析对象,本文重点考察了媒体关注对上市公司捐赠行为的影响,以及其与股权性质、行业竞争程度和产品直接与消费者接触之间对捐赠影响的互动关系。将捐赠样本和非捐赠样本合在一起的回归分析发现,媒体关注对上市公司的捐赠行为有显著的正向影响,这说明来自舆论的可能压力明显地提高了上市公司的捐赠可能性;考虑到公关、广告、声誉等经济动机,这种影响在非国有产权控股以及产品直接与消费者接触的上市公司中表现得更加显著;同时,媒体关注还会显著地降低国有产权控股以及行业垄断程度对捐赠的负向影响。这些结果表明,媒体在上市公司履行社会责任方面发挥着显著的正面作用。但是,针对捐赠样本的回归分析发现,上述关于媒体的各类显著影响都不再存在,可见,媒体关注的影响效果仅限定在上市公司是否捐赠这一决策层面,对于公司决定捐赠后的捐赠水平高低并没有显著影响。这可能与我国上市公司在确定实际的捐赠水平时不能科学决策、对有关影响因素和社会预期考虑不足有关。

关键词：媒体关注社会责任慈善捐赠上市公司

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钙拮抗剂TMB-8对培养牛大脑中动脉内皮细胞[Ca2+]i和一氧化氮释放的影响

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药学学报 1998年第9期 11-15页

作者： Wang Bin(Wang B), yu Huilan(yu HL) and Xiao jigao(Xiao JG)(Department of Pharmacology, Nanjing Medical University, Nanjing 210029)

目的旨在观察ＴＭＢ８对血管内皮细胞［Ｃａ２＋］ｉ水平和ＮＯ释放的影响，探讨扩张脑血管的机制。用ＡＲＣＭＭＩＣ阳离子测定系统，测量单个细胞内游离钙浓度（［Ｃａ２＋］ｉ），用血红蛋白法测量一氧化氮（ＮＯ）的释放。结... 详细信息

目的旨在观察ＴＭＢ８对血管内皮细胞［Ｃａ２＋］ｉ水平和ＮＯ释放的影响，探讨扩张脑血管的机制。用ＡＲＣＭＭＩＣ阳离子测定系统，测量单个细胞内游离钙浓度（［Ｃａ２＋］ｉ），用血红蛋白法测量一氧化氮（ＮＯ）的释放。结果表明，在细胞外钙浓度为１３ｍｍｏｌ·Ｌ－１时，ＴＭＢ８１２５及２５０μｍｏｌ·Ｌ－１对静息［Ｃａ２＋］ｉ和甲基血红蛋白ΔＥ无明显影响，而５０及１００μｍｏｌ·Ｌ－１时可升高静息［Ｃａ２＋］ｉ和甲基血红蛋白ΔＥ。表明ＴＭＢ８５０及１００μｍｏｌ·Ｌ－１升高脑血管内皮［Ｃａ２＋］ｉ，激活ＮＯ合酶，促进ＮＯ合成和释放，这可能是其扩张脑血管的重要机制之一。

关键词： 8-(N.N-二乙胺)-n-辛基-3.4.5-三甲氧基苯甲酸酯(TMB-8) 细胞内游离钙浓度一氧化氮乳牛大脑中动脉内皮细胞

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川西坳陷孝泉—丰谷构造带须家河组超压与天然气成藏关系研究

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石油实验地质 2011年第6期33卷 574-579,586页

作者：冷济高杨克明杨宇中国石油化工股份有限公司西南油气分公司博士后科研工作站成都610081 中国石油化工股份有限公司西南油气分公司成都610081

川西坳陷为典型的前陆超压盆地,但目前关于超压的形成机制、超压与天然气的成藏关系仍存在较大争议,在研究过程中。该文采用声波时差法对孝泉—丰谷构造带上29口井地层压力进行了计算,并结合37口井的实测地层压力数据,对研究区超压形成... 详细信息

川西坳陷为典型的前陆超压盆地,但目前关于超压的形成机制、超压与天然气的成藏关系仍存在较大争议,在研究过程中。该文采用声波时差法对孝泉—丰谷构造带上29口井地层压力进行了计算,并结合37口井的实测地层压力数据,对研究区超压形成机制、超压带类型划分、超压与天然气成藏关系及超压环境下的保存条件进行了分析,研究认为:1)孝泉—丰谷构造带须家河组存在明显超压,须二段和须四段分属不同压力系统,并且邻源超压特征明显;2)欠压实作用、生烃作用是研究区超压形成的主要原因;3)发现了3种类型的超压分布模式,即新场型、合兴场型和丰谷型;4)孝泉—丰谷构造带须家河组气藏分布与超压关系密切,紧临超压仓顶界面的泄压层为天然气最有利富集区;5)盖层突破剩余压力研究表明,须二段气藏整体保存条件较好,须四段在新场主体构造东北部及丰谷地区东南部保存条件较差,不利于天然气聚集。

关键词：异常超压超压机制突破压力天然气成藏须家河组孝泉—丰谷构造带川西坳陷

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