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CDCAT: A Multi-Language Cross-Document Entity and Event Coreference Annotation Tool

Tsinghua Science and Technology 2022年第3期27卷 589-598页

作者： Yang xu Boming Xia Yueliang Wan Fan Zhang jiabo xu Huansheng Ning School of Computer and Communication Engineering University of Science and Technology BeijingBeijing 100083China Beijing Engineering Research Center for Cyberspace Data Analysis and Applications Beijing 100083China Research Institute with Run Technologies Company Ltd.Beijing 100192China School of Information Engineering Xinjiang Institute of EngineeringUrumqi 830091China

A tool for the manual annotation of cross-document entity and event coreferences that helps annotators to label mention coreference relations in text is essential for the annotation of coreference corpora. To the best of our knowledge, CROss-document Main Events and entities Recognition(CROMER) is the only open-source manual annotation tool available for cross-document entity and event coreferences. However, CROMER lacks multi-language support and extensibility. Moreover, to label cross-document mention coreference relations, CROMER requires the support of another intra-document coreference annotation tool known as Content Annotation Tool, which is now unavailable. To address these problems, we introduce Cross-Document Coreference Annotation Tool(CDCAT), a new multi-language open-source manual annotation tool for cross-document entity and event coreference, which can handle different input/output formats, preprocessing functions, languages, and annotation systems. Using this new tool, annotators can label a reference relation with only two mouse clicks. Best practice analyses reveal that annotators can reach an annotation speed of 0.025 coreference relations per second on a corpus with a coreference density of 0.076 coreference relations per word. As the first multi-language open-source cross-document entity and event coreference annotation tool, CDCAT can theoretically achieve higher annotation efficiency than CROMER.

关键词： event coreference entity coreference manual annotation tool natural language processing

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长江刀鲚GHRH基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

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西北农业学报 2024年第6期33卷 997-1007页

作者：于爱清施永海徐嘉波刘永士邓平平上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

生长激素释放激素(GHRH)是鱼类生长激素合成和分泌的重要调控因子,对细胞的生长、增殖和分化极为重要。基于长江刀鲚转录组测序数据,利用基因克隆和PCR扩增技术,获得其GHRH基因的cDNA全长和基因组DNA序列,并开展基因遗传多态性与生长性... 详细信息

生长激素释放激素(GHRH)是鱼类生长激素合成和分泌的重要调控因子,对细胞的生长、增殖和分化极为重要。基于长江刀鲚转录组测序数据,利用基因克隆和PCR扩增技术,获得其GHRH基因的cDNA全长和基因组DNA序列,并开展基因遗传多态性与生长性状的关联性研究,为其分子标记辅助育种提供技术支持。结果显示:长江刀鲚GHRH基因cDNA全长1329 bp,由5′-UTR(300 bp)、ORF(465 bp)和3′-UTR(564 bp)组成,推导的蛋白序列由154个氨基酸组成,具有一个信号肽和GLUCA结构域;该基因的DNA序列长2983 bp,由4个内含子和5个外显子组成,经筛选,在第1、2内含子和第3外显子上分别筛选到9、2和1个SNP位点;12个突变位点共36种基因型,分别与100尾长江刀鲚的体质量、体长和体高性状进行关联分析,获得2个与其生长性状显著相关的位点(g.1636C>T和g.1882A>C)(PT和g.1882A>C可以作为优选长江刀鲚繁育亲本的重要候选分子标记。

关键词：长江刀鲚 GHRH 单核苷酸多态性生长性状关联分析

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美洲鲥Ⅳ、Ⅴ期卵巢营养成分、卵黄蛋白原、组织蛋白酶D及其mRNA表达的比较分析

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上海海洋大学学报 2024年第3期33卷 623-634页

作者：袁新程施永海徐嘉波于爱清邓平平张之文蒋飞上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

为探明美洲鲥(Alosa sapidissima)雌鱼发育后期卵巢内营养物质的变化规律,提高卵子受精率,采用生化分析、酶联免疫吸附及荧光定量PCR等方法,对性腺发育期Ⅳ期和Ⅴ期的卵巢内氨基酸、脂肪酸、卵黄蛋白原(VTG)和组织蛋白酶D(CTSD)含量及其... 详细信息

为探明美洲鲥(Alosa sapidissima)雌鱼发育后期卵巢内营养物质的变化规律,提高卵子受精率,采用生化分析、酶联免疫吸附及荧光定量PCR等方法,对性腺发育期Ⅳ期和Ⅴ期的卵巢内氨基酸、脂肪酸、卵黄蛋白原(VTG)和组织蛋白酶D(CTSD)含量及其mRNA表达量进行对比分析。结果显示,Ⅳ期卵巢中水分含量(75.73%)显著低于Ⅴ期(90.64%),而粗蛋白含量(16.07%)、粗脂肪含量(2.86%)和粗灰分含量(1.28%)均显著高于Ⅴ期(5.83%、1.25%、0.81%)。在Ⅳ、Ⅴ期卵巢内各检测出18种氨基酸,其中谷氨酸含量最高(8.64%和8.13%);8种必需氨基酸中,Ⅳ期苏氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸和色氨酸含量均显著高于Ⅴ期,且二者第一限制氨基酸均为色氨酸;Ⅳ期氨基酸总量(TAA)、半必需氨基酸(HEAA)和非必需氨基酸总量(NEAA)均显著高于Ⅴ期。两期卵巢内共检测出19种脂肪酸,Ⅳ期C17∶0、C20∶1n9、C20∶4n6和C20∶5n3含量显著高于Ⅴ期;其中ΣMUFA、ΣPUFA、ΣUFA、Σn3PUFA和EPA+DHA含量均大于Ⅴ期,ΣUFA(70.54%)达到显著性差异。Ⅳ期卵巢中VTG含量高于Ⅴ期,但不显著;而Ⅳ期卵巢中CTSD含量明显比Ⅴ期低。Ⅴ期卵巢VTG基因表达量是Ⅳ期的13.88倍;而Ⅴ期肝脏内VTG基因表达明显低于Ⅳ期,是Ⅳ期的25%。从Ⅳ期至Ⅴ期,卵巢中CTSD mRNA表达出现下调,肝脏中CTSD mRNA表达出现上调,但均不明显。因此,当前养殖条件下,美洲鲥雌鱼亲本后期发育过程中,卵巢内营养物质积累不均衡,建议适当调整饲料配方,提高限制性氨基酸色氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸及含量较低的赖氨酸、苏氨酸比例和调高多不饱和脂肪酸C20∶3n6、C20∶4n6(AA)、C22∶6n3(DHA)和C20∶5n3(EPA)比例,降低C18∶2n6c的比例,保证卵巢后期发育所需营养的均衡。

关键词：美洲鲥卵巢营养成分卵黄蛋白原组织蛋白酶D mRNA表达

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2种饲料投喂下美洲鲥幼鱼肌肉营养成分分析及评价

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中国农业科技导报 2024年第5期26卷 223-233页

作者：蒋飞施永海徐嘉波严银龙刘永士袁新程上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

为科学评价常规饲料和绿色饲料养殖美洲鲥幼鱼肌肉的营养品质,采用生化分析方法对2种饲料投喂下美洲鲥幼鱼肌肉营养成分进行测定和比较分析。结果显示,常规饲料组肌肉中的粗脂肪含量(7.84%)极显著高于绿色饲料组(5.05%),水分含量(68.87%... 详细信息

为科学评价常规饲料和绿色饲料养殖美洲鲥幼鱼肌肉的营养品质,采用生化分析方法对2种饲料投喂下美洲鲥幼鱼肌肉营养成分进行测定和比较分析。结果显示,常规饲料组肌肉中的粗脂肪含量(7.84%)极显著高于绿色饲料组(5.05%),水分含量(68.87%)极显著低于绿色饲料组(71.98%),粗蛋白含量(16.93%)显著低于绿色饲料组(17.54%)。常规饲料组和绿色饲料组肌肉中必需氨基酸总量/氨基酸总量和必需氨基酸总量/非必需氨基酸总量无显著差异,均属于优质蛋白;绿色饲料组肌肉中鲜味氨基酸、苦味氨基酸和酸味氨基酸含量均显著高于常规饲料组,且甜味氨基酸含量极显著高于常规饲料组;绿色饲料组肌肉中支链氨基酸含量和支/芳值均显著高于常规饲料组;根据氨基酸评分和化学评分,常规饲料组和绿色饲料组的第一限制性氨基酸均为色氨酸,常规饲料组必需氨基酸指数(73.58)高于绿色饲料组(71.00)。常规饲料组肌肉中二十碳五烯酸(eicosa pentenoic acid,EPA)和二十二碳六烯酸(docose hexaenoie acid,DHA)含量均极显著高于绿色饲料组,常规饲料组肌肉中不饱和脂肪酸、n-3多不饱和脂肪酸(Σn-3)、n-6多不饱和脂肪酸(Σn-6)、多不饱和脂肪酸/饱和脂肪酸和Σn-3/Σn-6多不饱和脂肪酸均极显著高于绿色饲料组,而绿色饲料组肌肉中饱和脂肪酸/不饱和脂肪酸极显著高于常规饲料组。以上结果表明,2种饲料组均属于优质蛋白,在绿色饲料中提高色氨酸、EPA和DHA含量有助于改善美洲鲥肌肉的营养品质。

关键词：美洲鲥饲料肌肉营养成分氨基酸脂肪酸

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上海地区长吻鱼危全人工繁育技术研究

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水产科技情报 2024年第2期51卷 77-82页

作者：杨明谢永德施永海税春徐嘉波上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

为进一步优化长吻鱼危的繁育流程,2021—2023年对上海地区池塘养殖3龄及以上长吻鱼危成鱼进行了全人工繁育技术研究。单独采用促黄体素释放激素类似物(LHRH-A2)对长吻鱼危亲本进行催产:雌鱼分2次注射,第1针催产剂量为2μg/kg,第2针剂量... 详细信息

为进一步优化长吻鱼危的繁育流程,2021—2023年对上海地区池塘养殖3龄及以上长吻鱼危成鱼进行了全人工繁育技术研究。单独采用促黄体素释放激素类似物(LHRH-A2)对长吻鱼危亲本进行催产:雌鱼分2次注射,第1针催产剂量为2μg/kg,第2针剂量为15~20μg/kg,2针间距12~14 h;雄鱼采用1次注射法,在雌鱼注射第2针的同时进行,注射剂量为雌鱼第2针剂量的一半。3年累计催产雌性亲本230尾,其中成功催产雌性亲鱼186尾,催产率80.9%。受精卵在水温24~26℃条件下孵化,于50 h左右开始出膜。出膜仔鱼在室内水泥池静水充气条件下经8~14 d培育,3年累计培育获得体长1 cm以上的苗种21.41万尾。相比以往长吻鱼危人工繁殖大多采用野生捕捞亲本,本研究采用人工养殖亲本可确保亲鱼数量和进行质量控制,使用单一催产剂和静水孵化方法简化了过去使用混合催产剂和流水孵化的繁琐操作流程,较易实现规模化繁育。

关键词：长吻鱼危全人工繁育催产授精开口饵料

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混养凡纳滨对虾对草鱼消化、抗氧化、非特异性免疫及代谢能力的影响

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上海农业学报 2024年第4期40卷 92-98页

作者：袁新程施永海谢永德徐嘉波杨明上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

为探究混养凡纳滨对虾对草鱼生长的影响,比较和分析了草鱼+凡纳滨对虾混养和草鱼单养(对照组)两种养殖模式下草鱼消化、抗氧化、非特异性免疫及代谢酶活力的差异。结果表明:混养模式下草鱼的特定生长率和肥满度均大于单养模式,其肠内淀... 详细信息

为探究混养凡纳滨对虾对草鱼生长的影响,比较和分析了草鱼+凡纳滨对虾混养和草鱼单养(对照组)两种养殖模式下草鱼消化、抗氧化、非特异性免疫及代谢酶活力的差异。结果表明:混养模式下草鱼的特定生长率和肥满度均大于单养模式,其肠内淀粉酶(AMS)、胃蛋白酶(PPS)、脂肪酶(LPS)和胰蛋白酶(TPS)活力均升高,其中PPS和TPS活力显著大于单养模式;胃内LPS和AMS活力显著降低,TPS活力无显著变化;肝脏内除AMS活力无明显变化外,其他消化酶活力均显著低于单养模式。在抗氧化酶中,混养模式下草鱼肝脏的过氧化氢酶(CAT)活力有所降低,超氧化物歧化酶(SOD)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活力与单养模式无明显差异,而丙二醛(MDA)含量显著大于单养模式。混养模式下草鱼肝脏的碱性磷酸酶(AKP)、酸性磷酸酶(ACP)和谷草转氨酶(AST)活力均显著降低,而谷丙转氨酶(ALT)活力显著升高。综上,混养模式下的草鱼生长更快,肥满度更高,且其肠道的消化吸收能力增强,抗氧化能力、非特异性免疫力和代谢能力并未减弱,更利于草鱼生存和生长。

关键词：草鱼养殖模式消化酶抗氧化酶非特异性免疫酶代谢酶

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Applicability and Prospect of China's Development Zone Model in Africa

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Chinese Geographical Science 2017年第6期27卷 860-874页

作者： WANG Xingping ZHU Kai LI Yingcheng xu jiabo School of Architecture Southeast University College of Civil Engineering and Architecture Zhejiang University of Technology

Development zones have been an important spatial approach to promoting economic development since China's reform and opening-up. They have also been major contributors to the processes of China's industrialization and urbanization. Along with improvements in the worldwide industrial division of labor and the gradual implementation of China's development zones' Go Global strategy, it is necessary for Africa, a hot spot of global industrialization in recent years, to learn from China's development zone model. By attracting China's capital, technology and enterprises to Africa via Sino-African co-built development zones, a pattern of high complementarity and mutual development between China and Africa can be formed which does favor further improvement of the global industrial division of labor. In order to study the applicability and prospect of China's development zone model in Africa as per the above-mentioned international situation, this paper first sorts out the development course of China's development zones and discusses their roles in China's industrialization and urbanization. Subsequently, this paper analyzes the status quo of industrial development in Africa as a whole and the differences in industrial development between China and Africa, aiming to justify the timing of industrial transfer from China to Africa by constructing Sino-African co-built development zones. Lastly, this paper analyzes the current situation of six Sino-African co-built development zones by focusing on their operation modes, industry types and investment promotion models. In the authors' view, Sino-African co-built development zones can function as a new window of China-African cooperation, a new carrier of African industrialization, and a new engine of global industrial restructuring. China should adhere to the general principles of ‘Sino-African Integration, Multi-Cooperation, Mutual Benefit, Scientific Location, Systematic Planning, Cluster Growth and Open Development' in the plan

关键词：开发区适用性哥斯达黎加中国产业转移房颤产业结构调整非合作

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高通量测序解析冰鲜刀鲚细菌群落变化特征

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安徽农业大学学报 2024年第2期51卷 263-268页

作者：邱楚雯施永海谢永德徐嘉波王韩信税春袁新程上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间(0、3、6、9、12、15、18 d)刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3—V4)进行测序,比较其细菌多样性及门、属... 详细信息

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间(0、3、6、9、12、15、18 d)刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3—V4)进行测序,比较其细菌多样性及门、属水平的细菌相对丰度,并进行主成分分析、Heatmap分析以及特定腐败菌分析。结果显示,7组样品细菌分布于40门787属,冰鲜条件下刀鲚肌肉的优势致腐败菌属为假单胞菌、微杆菌属和气单胞菌属。主成分分析显示,刀鲚腐败前后的微生物结构存在差异。Heatmap图分析显示新鲜样本的细菌丰度最大。3组冰鲜贮藏6 d前的样品群落结构较相似。贮藏12 d时常见致腐菌(微杆菌属、假单胞菌属、气单胞菌属)占比显著提高,其细菌的多样性及丰富度最低。随着冰鲜保存时间的延长,刀鲚肌肉的细菌菌落结构产生了动态变化。冰鲜保存6~9 d后刀鲚肌肉的细菌菌落结构变化较大,研究结果可以为预测冰鲜刀鲚货架期提供参考。

关键词：刀鲚冰鲜高通量测序细菌群落

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1龄和2龄美洲鲥草塘围网生态养殖试验

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水产科技情报 2024年第3期51卷 154-158页

作者：蒋飞张美琼徐嘉波刘永士蔡清洁蓝传荣施永海上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433 上海开太鱼文化发展有限公司上海201500

为探索种养结合的美洲鲥生态养殖新模式,选取平均体长、体质量分别为2.70 cm、0.36 g的1龄美洲鲥和平均体长、体质量分别为26.09 cm、279.52 g的2龄美洲鲥开展草塘围网养殖试验,监测其生长性能,并对该模式的养殖成本和经济效益进行分析... 详细信息

为探索种养结合的美洲鲥生态养殖新模式,选取平均体长、体质量分别为2.70 cm、0.36 g的1龄美洲鲥和平均体长、体质量分别为26.09 cm、279.52 g的2龄美洲鲥开展草塘围网养殖试验,监测其生长性能,并对该模式的养殖成本和经济效益进行分析。试验结果:经过190 d饲养,1龄美洲鲥的终末平均体长、体质量分别为16.28 cm、56.62 g,2龄美洲鲥的终末平均体长、体质量分别为33.58 cm、635.98 g;1龄和2龄美洲鲥的体长特定增长率分别为(0.95±0.01)%/d和(0.13±0.03)%/d,体质量特定增长率分别为(2.67±0.02)%/d和(0.44±0.10)%/d;1龄和2龄美洲鲥的养殖成活率分别为87.5%和64.6%;2龄美洲鲥养殖的平均利润为9.15万元/hm^(2)。结果表明,美洲鲥草塘围网生态养殖模式能改善养殖水体环境,有利于美洲鲥生长,提高养殖经济效益,是值得推广的绿色生态健康养殖新模式。

关键词：美洲鲥草塘生态养殖

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Dataflow Management in the Internet of Things: Sensing,Control, and Security

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Tsinghua Science and Technology 2021年第6期26卷 918-930页

作者： Dawei Wei Huansheng Ning Feifei Shi Yueliang Wan jiabo xu Shunkun Yang Li Zhu School of Computer and Communication Engineering University of Science and Technology BeijingBeijing 100083China Beijing Engineering Research Center for Cyberspace Data Analysis and Applications Beijing 100083China Run Technologies Co. Ltd.Beijing 100192China School of Information Engineering Xinjiang Institute of EngineeringUrumqi 830023China School of Reliability and Systems Engineering Beihang UniversityBeijing 100191China Northern Cloud Research Team Engineering University of PAPXi'an 710086China

The pervasiveness of the smart Internet of Things(IoTs) enables many electric sensors and devices to be connected and generates a large amount of dataflow. Compared with traditional big data, the streaming dataflow is faced with representative challenges, such as high speed, strong variability, rough continuity, and demanding timeliness, which pose severe tests of its efficient management. In this paper, we provide an overall review of IoT dataflow management. We first analyze the key challenges faced with IoT dataflow and initially overview the related techniques in dataflow management, spanning dataflow sensing, mining, control, security, privacy protection,etc. Then, we illustrate and compare representative tools or platforms for IoT dataflow management. In addition,promising application scenarios, such as smart cities, smart transportation, and smart manufacturing, are elaborated,which will provide significant guidance for further research. The management of IoT dataflow is also an important area, which merits in-depth discussions and further study.

关键词： Internet of Things(IoTs) dataflow security privacy management

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