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The evolution of sex chromosome dosage compensation in animals

Journal of Genetics and Genomics 2020年第11期47卷 681-693页

作者： jiabi chen Menghan Wang Xionglei He Jian-Rong Yang Xiaoshu chen Department of Biology and Medical Genetics Zhongshan School of MedicineSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina State Key Laboratory of Biocontrol College of Life SciencesSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina Department of Biomedical Informatics Zhongshan School of MedicineSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina RNA Biomedical Institute Sun Yat-sen Memorial HospitalSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina Program in Cancer Research Zhongshan School of MedicineThe Fifth Affiliated HospitalSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina

The evolution of heteromorphic sex chromosomes shall lead to gene expression dosage problems,as in at least one of the sexes,the sex-linked gene dose has been reduced by *** has been proposed that the transcriptional output of the whole X or Z chromosome should be doubled for complete dosage compensation in heterogametic ***,owing to the variability of the existing methods to determine the transcriptional differences between sex chromosomes and autosomes(S:A ratios)in different studies,we collected more than 500 public RNA-Seq data set from multiple tissues and species in major clades and proposed a unified computational framework for unbiased and comparable measurement of the S:A ratios of multiple *** also tested the evolution of dosage compensation more directly by assessing changes in the expression levels of the current sex-linked genes relative to those of the ancestral sex-linked *** found that in mammals and birds,the S:A ratio is approximately 0.5,whereas in insects,fishes,and flatworms,the S:A ratio is approximately *** analysis showed that the fraction of dosage-sensitive housekeeping genes on the X/Z chromosome is significantly correlated with the S:A *** addition,the degree of degeneration of the Y chromosome may be responsible for the change in the S:A ratio in mammals without a dosage compensation *** observations offer unequivocal support for the sex chromosome insensitivity hypothesis in animals and suggest that dosage sensitivity states of sex chromosomes are a major factor underlying different evolutionary strategies of dosage compensation.

关键词： Dosage compensation Sex chromosome Genomic evolution

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散射板干涉仪的统计光学原理

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光学学报 2000年第10期20卷 1378-1385页

作者：陈家璧上海理工大学光学与电子信息工程学院上海200093

用近代光学方法 ,对散射板干涉仪的基本光路进行了严格分析。用傅里叶光学证明先散射后透射与先透射后散射两条光路传播光的等价性 ,给出存在波像差时这两条光路的变化。而后用统计光学方法讨论了干涉条纹产生的机理以及干涉条纹对比度... 详细信息

用近代光学方法 ,对散射板干涉仪的基本光路进行了严格分析。用傅里叶光学证明先散射后透射与先透射后散射两条光路传播光的等价性 ,给出存在波像差时这两条光路的变化。而后用统计光学方法讨论了干涉条纹产生的机理以及干涉条纹对比度与两块散射板透过率相关性之间的关系 ,建立了散射板干涉仪的干涉条纹公式。分析结果与实验现象相符合 ,并可以解释以往理论不能解释的现象。

关键词：散射板干涉仪菲涅尔衍射统计光学原理

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初级球差对矢量柱状贝塞耳-高斯光束聚焦场的影响

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光学学报 2009年第7期29卷 1996-1999页

作者：刘勇陈家璧肇庆学院物理系广东肇庆526061 上海理工大学光学与电子信息工程学院上海200093

通过柱坐标下的的分析方法,获得径向偏振和方位角偏振贝塞耳-高斯光束经具有球差的高数值孔径系统聚焦后的三维光场分布函数,根据光场分布函数模拟了不同球差系数下贝塞耳-高斯光束在焦平面和通过焦点的纵向切面上的光场分布。结果表明... 详细信息

通过柱坐标下的的分析方法,获得径向偏振和方位角偏振贝塞耳-高斯光束经具有球差的高数值孔径系统聚焦后的三维光场分布函数,根据光场分布函数模拟了不同球差系数下贝塞耳-高斯光束在焦平面和通过焦点的纵向切面上的光场分布。结果表明,在球差系数增加时,方位角偏振贝塞耳-高斯光束在焦平面上的圆环状光斑内半径逐渐变小到趋于恒定,而外环半径先减小后增大;而衍射焦点偏离高斯焦点的距离越来越大,纵向光强不再对衍射焦平面呈对称分布,调整离焦距离无法完全消除球差的影响;径向偏振贝塞耳-高斯光束会聚场的光强随初级球差的变化规律与方位角偏振贝塞耳-高斯光束的一致。

关键词：物理光学高数值孔径贝塞耳-高斯光束初级球差方位角偏振径向偏振

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阶跃型单模石英光纤中受激喇曼散射的模式分析

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仪器仪表学报 2005年第Z1期26卷 416-418页

作者：周鸿颖陈家璧邱高东华大学理学院上海200051 上海理工大学光电学院上海200093

在以YAG倍频激光器为光源进行阶跃型单模石英光纤的受激喇曼散射实验中发现,随斯托克斯波级次的增高,产生的模式为光纤所能传输的最高阶模式。由于光纤中介质对不同的波长具有不同的色散效应,因此,对能形成导模的斯托克斯波要求其要同... 详细信息

在以YAG倍频激光器为光源进行阶跃型单模石英光纤的受激喇曼散射实验中发现,随斯托克斯波级次的增高,产生的模式为光纤所能传输的最高阶模式。由于光纤中介质对不同的波长具有不同的色散效应,因此,对能形成导模的斯托克斯波要求其要同时满足色散效应和受激喇曼位相匹配这两个条件,才能在光纤中传输。根据理论计算能够很好地解释实验现象。

关键词：光纤受激喇曼散射传输模式位相匹配

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半导体激光器型全光波长转换器的啁啾分析

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光子学报 2005年第7期34卷 1042-1045页

作者：张嵬马军山陈家璧上海理工大学光学与电子信息工程学院上海200093

利用速率方程分析了转换信号光的频率啁啾,考虑到了外界注入信号光的放大.转换过程中,信号光的注入将会导致了光腔内载流子数发生变化,进而引起激光器输出频率的改变,产生啁啾.研究发现,较大的激光器注入电流可以有效地抑制频率啁啾,较... 详细信息

利用速率方程分析了转换信号光的频率啁啾,考虑到了外界注入信号光的放大.转换过程中,信号光的注入将会导致了光腔内载流子数发生变化,进而引起激光器输出频率的改变,产生啁啾.研究发现,较大的激光器注入电流可以有效地抑制频率啁啾,较高的注入信号光功率则可以在保证高转换信号消光比的同时抑制频率啁啾.

关键词：全光波长转换半导体激光器频率啁啾增益调制效应

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一种光纤共聚焦系统轴向光强的测量

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仪器仪表学报 2006年第Z2期27卷 1105-1106页

作者：刘勇陈家璧上海理工大学光电学院

通过测量一种光纤共聚焦系统的轴向光强分布,证实对该系统的理论分析的正确性,说明针孔大小不影响系统轴向分辨能力,必须消除或减弱光在光纤端面的反射。

关键词：共聚焦系统单模光纤振幅点扩散函数

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电湿效应变焦光学系统的设计与分析

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光学学报 2008年第6期28卷 1141-1146页

作者：彭润玲陈家璧庄松林上海理工大学光学与电子信息工程学院上海200093

与传统的通过电机调节透镜相对位置达到变焦目的设计完全不同,提出了一种设计无机械运动变焦光学系统的新方法。利用亥姆霍兹自由能最小化方法推导出适合双液体变焦透镜的杨氏方程,将以气液固三相系统为基础的传统杨式方程扩展到了液液... 详细信息

与传统的通过电机调节透镜相对位置达到变焦目的设计完全不同,提出了一种设计无机械运动变焦光学系统的新方法。利用亥姆霍兹自由能最小化方法推导出适合双液体变焦透镜的杨氏方程,将以气液固三相系统为基础的传统杨式方程扩展到了液液固三相系统。以圆柱结构的双液体变焦透镜为组分设计了一种新型的变焦光学系统,分析了系统在外加电压作用下使焦距变化的同时又能保持像面不变时必须满足的条件。模拟结果表明该系统的变倍比大约可达到1∶1.5。

关键词：光学设计变焦系统自由能最小化方法液体透镜

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Astronomical function and date of the Taosi observatory

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Science China(Physics,Mechanics & Astronomy) 2009年第1期52卷 151-158页

作者： WU jiabi1, chen MeiDong2 & LIU CiYuan3 1 National Astronomical Observatories, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100012, China 2 Institute for the History of Natural Science, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100010, China 3 National Time Service Center, Chinese Academy of Sciences, Xi’an 710600, China National Astronomical Observatories Chinese Academy of Sciences Beijing China Institute for the History of Natural Science Chinese Academy of Sciences Beijing China National Time Service Center Chinese Academy of Sciences Xi’an China

The Taosi site in Xiangfen County,Shanxi Province,may be the capital of the King Yao. Archeologists recently discovered a large semi-circular stamped-earth platform, II FJT1,which has a clear and definite pounded-earth central core together with a curved wall perforated by twelve gaps. The platform is said to be an ancient observatory used to determine the seasons by watching the sunrise. Each feature of II FJT1 was precisely measured and the data are reproduced in this paper. An astronomical analysis of slots E2 and E12 was carried out using the azimuths of the slots' centerlines and the vertical angle of the mountain ridge opposite, above which the sun rises. The results show that at present the sun is close to the two slots but does not exactly enter them at summer and winter solstice sunrise. Using 14C analysis archeologists dated the site to about 2100 BC. Because of the secular change in the obliquity of the ecliptic,at that date on the summer solstice the half-risen sun would have appeared inside slot E12 just to the right of the centerline,and on the winter solstice the sun would have been exactly on the centerline of slot E2. This result provides compelling proof that II FJT1 is an ancient observatory.

关键词： astro-archeology astro-chronology Taosi culture ancient observatory time service

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长周期光纤光栅气敏薄膜传感器结构优化

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光学学报 2006年第3期26卷 326-330页

作者：徐艳平顾铮■ 陈家璧高侃上海理工大学光电功能薄膜实验室上海200093 中国科学院上海光学精密机械研究所信息光学实验室上海201800

基于三包层长周期光纤光栅模型,研究了包层表面涂覆一层溶胶凝胶气敏薄膜的长周期光纤光栅化学传感器的灵敏度Sn与薄膜光学参量(折射率n3和厚度h3)和光纤光栅结构参量(光栅周期、折变量和光栅长度)之间的关系。采用最优化数值方法,找到... 详细信息

基于三包层长周期光纤光栅模型,研究了包层表面涂覆一层溶胶凝胶气敏薄膜的长周期光纤光栅化学传感器的灵敏度Sn与薄膜光学参量(折射率n3和厚度h3)和光纤光栅结构参量(光栅周期、折变量和光栅长度)之间的关系。采用最优化数值方法,找到了获得高灵敏度所需的最佳膜层光学参量和光栅结构参量。理论计算表明,该类型传感器对膜层折射率的测量分辨率高达10-8。实验上制作了对乙醇气体敏感的传感器,并证实了传感器结构优化的必要性。

关键词：导波与光纤光学长周期光纤光栅溶胶凝胶气敏传感器结构优化

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波导多层光盘调焦系统仿真研究与实验分析

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仪器仪表学报 2005年第Z1期26卷 136-137页

作者：李筠张培茗陈家璧许陇云上海理工大学光电学院上海200093

针对多层光盘的特点,对多层光盘的调焦系统采用了斜入射方案,保证了各层信号分离和信号强度的要求,并利用MATLAB仿真了调焦结果,搭建了相关光路,通过采集调焦信号验证了仿真结果,而且可以发现,信号强度完全可以满足采集要求。

关键词：波导多层光盘调焦系统斜入射

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