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WFDC1基因在肝癌中的表达及其诊断和预后价值

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癌变．畸变．突变 2018年第4期30卷 291-296页

作者：赵吉刘文斌陈洪强刘晋祎杨惠芳曹佳宁夏医科大学公共卫生与管理学院宁夏银川750004 陆军军医大学军事预防医学院毒理学研究所重庆400038

目的:研究WFDC1基因在肝癌组织和细胞中的表达变化,探讨其与肝癌临床病理指标及生存预后之间的关系,为肝癌的诊断以及预后判断提供参考依据。方法:采用q PCR法分别检测肝癌患者的肿瘤组织和癌旁组织、MC-LR诱导的人肝细胞L02恶性转化细... 详细信息

目的:研究WFDC1基因在肝癌组织和细胞中的表达变化,探讨其与肝癌临床病理指标及生存预后之间的关系,为肝癌的诊断以及预后判断提供参考依据。方法:采用q PCR法分别检测肝癌患者的肿瘤组织和癌旁组织、MC-LR诱导的人肝细胞L02恶性转化细胞和肝癌细胞株SMMC-7721、HepG2、Hep3B、huh-7中WFDC1 mRNA的表达水平。基于TCGA数据库,分析WFDC1基因在肝癌患者肿瘤组织(331例)和癌旁组织(50例)中的表达及其与临床病理指标和生存预后的关系。结果:qPCR检测结果表明,与癌旁组织比较,WFDC1 mRNA在肝癌组织、MC-LR诱导的L02恶性转化细胞以及肝癌细胞中的表达均显著下调(P<0.05)。TCGA数据库中WFDC1 mRNA表达分析也表明,肝癌组织的表达显著低于癌旁组织(P<0.01),且WFDC1 mRNA的表达下调与肿瘤分级和临床分期高度相关(P<0.05)。Kaplan-Meier分析表明,WFDC1 mRNA高表达患者生存时间高于低表达患者(Log-rank=4.80,P<0.05)。ROC曲线分析结果表明,WFDC1 mRNA是一个特异度和灵敏度较好的肝癌诊断指标(AUC=0.829)。结论:WFDC1基因可能是一个抑癌基因,检测该基因的表达水平对肝癌患者的诊断和预后判断具有参考价值。

关键词： WFDC1基因肝癌基因表达生存预后

Fungal diversity notes 1036-1150:taxonomic and phylogenetic contributions on genera and species of fungal taxa

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Fungal Diversity 2019年第3期96卷 1-242页

作者： Kevin D.Hyde Danushka S.Tennakoon Rajesh Jeewon DJayarama Bhat Sajeewa S.N.Maharachchikumbura Walter Rossi Marco Leonardi Hyang Burm Lee hye Yeon Mun Jos Houbraken Thuong T.T.Nguyen Sun Jeong Jeon Jens Christian Frisvad Dhanushka N.Wanasinghe Robert Lucking Andre Aptroot Marcela E.S.Caceres Samantha C.Karunarathna Sinang Hongsanan Rungtiwa Phookamsak Nimali Ide Silva Kasun M.Thambugala Ruvishika S.Jayawardena Indunil C.Senanayake Saranyaphat Boonmee jie Chen Zong-Long Luo Chayanard Phukhamsakda Olinto L.Pereira Vanessa P.Abreu Andre Wilson Campos Rosado Buyck Bart Emile Randrianjohany Vale rie Hofstetter Tatiana B.Gibertoni Adriene Mayrada Silva Soares Helio Longoni Plautz Jr Helen Maria Pontes Sotao William Kalhy Silva Xavier Jadson Diogo Pereira Bezerra Thays Gabrielle Linsde Oliveira Cristina Mariade Souza-Motta Oliane Maria Correia Magalhaes Digvijayini Bundhun Dulanjalee Harishchandra Ishara S.Manawasinghe Wei Dong Sheng-Nan Zhang Dan-Feng Bao Milan C.Samarakoon Dhandevi Pem Anuruddha Karunarathna Chuan-Gen Lin jing Yang Rekhani H.Perera Vinit Kumar Shi-Ke Huang Monika C.Dayarathne Anusha H.Ekanayaka Subashini C.Jayasiri Yuanpin Xiao Sirinapa Konta Tuula Niskanen Kare Liimatainen Yu-Cheng Dai Xiao-Hong ji Xue-Mei Tian Armin Mesic Sanjay K.Singh Kunthida Phutthacharoen Lei Cai Touny Sorvongxay Vinodhini Thiyagaraja Chada Norphanphoun Napalai Chaiwan Yong-Zhong Lu Hong-Bo jiang jin-Feng Zhang Pranami D.Abeywickrama Janith V.S.Aluthmuhandiram Rashika S.Brahmanage Ming Zeng Thilini Chethana Deping Wei Martina Reblova Jacques Fournier Jana Nekvindova Renan do Nascimento Barbosa Jose Ewerton Felintodos Santos Neiva Tintide Oliveira Guo-jie Li Damien Ertz Qiu-Ju Shang Alan J.L.Phillips Chang-Hsin Kuo Erio Camporesi Timur S.Bulgakov Saisamorn Lumyong E.B.Gareth Jones Putarak Chomnunti Eleni Gentekaki Frank Bungartz Xiang-Yu Zeng Sally Fryar Zdenko Tkalcec Junmin Liang Guangshuo Li Ting-Chi Wen Paras Nath Singh Yusufjon Gafforov Itthayakorn Promputtha Erandi Yasanthika Ishani D.Goonasekara Rui-Lin Zhao Qi Zhao Paul M Key Laboratory for Plant Diversity and Biogeography of East Asia Kunming Institute of BotanyChinese Academy of ScienceKunming 650201YunnanPeople’s Republic of China School of Science Mae Fah Luang UniversityChiang Rai 57100Thailand Center of Excellence in Fungal Research Mae Fah Luang UniversityChiang Rai 57100Thailand East and Central Asia Regional Office World Agroforestry Centre(ICRAF)Kunming 650201YunnanPeople’s Republic of China Department of Biology Faculty of ScienceChiang Mai UniversityChiang Mai 50200Thailand Mushroom Research Foundation 128 M.3 Ban Pa Deng T.Pa PaeA.Mae TaengChiang Mai 50150Thailand Department of Plant Medicine National Chiayi University300 Syuefu RoadChiayi City 60004TaiwanPeople’s Republic of China Department of Health Sciences Faculty of ScienceUniversity of MauritiusReduitMauritius Formerly Department of Botany Goa UniversityGoaIndia No.128/1-J Azad Housing SocietyCurcaGoa Velha 403108India Department of Crop Sciences College of Agricultural and Marine SciencesSultan Qaboos UniversityPO Box 8123 Al KhoudOman Sect.Environmental Sciences Dept.MeSVAUniversity of L’Aquila67100 CoppitoAQItaly Division of Food Technology Biotechnology&AgrochemistryCollege of Agriculture&Life SciencesChonnam National UniversityGwangju 61186Korea Fungal Resources Research Division NNIBRSangju-si 37242Korea Westerdijk Fungal Biodiversity Institute Uppsalalaan 83584 CT UtrechtThe Netherlands Department of Biotechnology and Biomedicine DTUBioengineeringTechnical University of Denmark2800 Kongens LyngbyDenmark Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin Freie Universitat BerlinKonigin-Luise-StraßBe 6-814195 BerlinGermany Laboratorio de Botanica/Liquenologia Instituto de BiocienciasUniversidade Federal de Mato Grosso do SulAvenida Costa e Silva s/nBairro UniversitarioCampo GrandeMatto Grosso do Sul CEP 79070-900Brazil Departamento de Biociencias Universidade Federal de SergipeItabaianaSergipe CEP:49500-000Brazil Shenzhen Key Laboratory of Microbial

This article is the tenth series of the Fungal Diversity Notes,where 114 taxa distributed in three phyla,ten classes,30 orders and 53 families are described and *** described in the present study include one new family(*** in Dothideomycetes),five new genera(Caatingomyces,Cryptoschizotrema,Neoacladium,Paramassaria and Trochilispora)and 71 new species,(*** thailandica,Amniculicola aquatica,***,Angustimassarina sylvatica,Blackwellomyces lateris,Boubovia gelatinosa,Buellia viridula,Caatingomyces brasiliensis,Calophoma humuli,Camarosporidiella mori,Canalisporium dehongense,Cantharellus brunneopallidus,***,Castanediella meliponae,Coprinopsis psammophila,Cordyceps succavus,Cortinarius minusculus,***,Diaporthe italiana,***,Diatrypella delonicis,Dictyocheirospora aquadulcis,***,Digitodesmium chiangmaiense,Distoseptispora dehongensis,***,Dothiorella styphnolobii,Ellisembia aurea,Falciformispora aquatic,Fomitiporia carpinea,***,Grammothele aurantiaca,***,Hermatomyces bauhiniae,Jahnula queenslandica,Kamalomyces mangrovei,Lecidella yunnanensis,Micarea squamulosa,Muriphaeosphaeria angustifoliae,Neoacladium indicum,Neodidymelliopsis sambuci,Neosetophoma miscanthi,***,Nodulosphaeria aquilegiae,***,Paramassaria samaneae,Penicillium circulare,***,***-pumilae,***,***,Phaeoisaria siamensis,Phaeopoacea asparagicola,Phaeosphaeria penniseti,Plectocarpon galapagoense,Porina sorediata,Pseudoberkleasmium chiangmaiense,Pyrenochaetopsis sinensis,Rhizophydium koreanum,Russula prasina,Sporoschisma chiangraiense,Stigmatomyces chamaemyiae,***,***,***,***,Thysanorea uniseptata,Torula breviconidiophora,***,Trochilispora schefflerae and Vaginatispora palmae).Further,twelve new combinations(*** cryptotrema,Prolixandromyces australi,***,***,***,P.

关键词： 71 new taxa Ascomycota Basidiomycota Dothideomycetes Eurotiomycetes Lecanoromycetes Leotiomycetes Pezizomycetes Phylogeny Taxonomy

过表达Cx32对肝细胞癌细胞huh7增殖、迁移、侵袭能力的影响及其机制

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海南医学院学报 2023年第2期29卷 115-122页

作者：季文斌吕振宇程倩倩周雪丽王威杨燕蚌埠医学院第一附属医院肿瘤内科安徽蚌埠233004

目的:揭示缝隙连接蛋白32(connexin 32,Cx32)对肝细胞癌(heptocellular carcinoma,HCC)细胞huh7增殖、迁移、侵袭的影响及其机制。方法:首先,利用生物信息学技术分析Cx32在癌组织与正常肝组织中的表达差异及其与HCC重要临床病理特征之... 详细信息

目的:揭示缝隙连接蛋白32(connexin 32,Cx32)对肝细胞癌(heptocellular carcinoma,HCC)细胞huh7增殖、迁移、侵袭的影响及其机制。方法:首先,利用生物信息学技术分析Cx32在癌组织与正常肝组织中的表达差异及其与HCC重要临床病理特征之间的关系;其次,在细胞水平检测Cx32的表达在4种HCC细胞株与正常肝脏上皮细胞株中的差异,构建稳定过表达Cx32的huh7细胞株,并采用MTT法、细胞划痕实验和Transwell实验检测过表达Cx32对huh7细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响;最后,使用蛋白质免疫印迹法(westernblot)和免疫荧光法(immunofluorescence,IF)检测上皮-间质转化(epithelialmesenchymal transition,EMT)标志物表达水平的变化。结果:生信分析显示,相较于正常肝组织,Cx32mRNA和蛋白质表达水平在HCC组织中降低,且mRNA表达水平随着HCC患者T分期、组织学分级及临床分期的进展而降低(Phuh7细胞(Cx32 OE)与空白对照(Control)组和(或)阴性对照(NC)组细胞相比,OD490值、划痕愈合率及侵袭细胞数均更低(Phuh7细胞的增殖、迁移和侵袭能力可被过表达的Cx32抑制,Cx32这一效应可能与其对EMT过程的抑制有关。

关键词：肝细胞癌缝隙连接蛋白32 增殖迁移侵袭上皮-间质转化

核磷素1通过激活上皮-间质转化信号通路促进胆管癌细胞增殖、迁移和侵袭能力

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军事医学 2022年第12期46卷 909-917页

作者：张争曾继峰刘信燚王亚会王翠玲周钢桥军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心北京100850 陆军九五四医院西藏自治区山南市856000 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心北京102206

目的探索核磷素1(NPM1)基因对胆管癌细胞系huh28和RBE的细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,并探讨NPM1影响胆管癌的作用机制。方法采用瞬时转染将包含NPM1基因的过表达重组质粒转染胆管癌细胞系huh28和RBE以过表达NPM1,采用小干扰RNA(siR... 详细信息

目的探索核磷素1(NPM1)基因对胆管癌细胞系huh28和RBE的细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响,并探讨NPM1影响胆管癌的作用机制。方法采用瞬时转染将包含NPM1基因的过表达重组质粒转染胆管癌细胞系huh28和RBE以过表达NPM1,采用小干扰RNA(siRNA)瞬时转染huh28和RBE以敲低NPM1,并使用Western印迹实验检测其中NPM1蛋白的表达水平,以验证过表达和敲低NPM1的效果。采用CCK-8法和Transwell法分别检测细胞增殖和迁移能力;采用实时定量PCR(qPCR)及Western印迹实验,检测上皮-间质转化(EMT)过程中相关分子的mRNA及蛋白表达水平,包括钙黏蛋白1(CDH1)、钙黏蛋白2(CDH2)、β连环蛋白1(CTNNB1)和波形蛋白(VIM);采用Log-rank检验比较NPM1高、低表达组胆管癌患者的生存期差异。结果敲低NPM1可抑制huh28和RBE细胞的增殖、迁移及侵袭能力,而过表达NPM1则促进huh28和RBE细胞的增殖、迁移及侵袭能力。过表达NPM1促进huh28和RBE细胞的EMT过程,而敲低NPM1则抑制huh28和RBE细胞的EMT过程。NPM1在胆管癌组织中上调表达,NPM1的表达水平与胆管癌患者的生存期无相关性。结论NPM1通过激活EMT信号通路促进胆管癌细胞系的增殖、迁移和侵袭能力,在胆管癌的发生发展中可能发挥癌基因的功能。

关键词：胆管癌核磷素1 细胞增殖细胞迁移细胞侵袭上皮-间质转化

柠檬酸铁铵通过活性氧途径影响人丙型肝炎病毒的蛋白翻译

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基础医学与临床 2017年第1期37卷 1-7页

作者：冯琼王强史云湘周季平方旭庞东卫刘一萍内蒙古科技大学包头医学院内蒙古包头014040 中国人民解放军疾病预防控制所北京100071 北京市公安医院北京100121

目的研究铁对HCV IRES依赖的病毒蛋白翻译的影响,以及其与细胞ROS活性变化的关系。方法以脂质体细胞转染法,将双荧光素酶报告基因表达载体p CI-Rluc-HCV IRES-Fluc转染人肝癌细胞系huh-7细胞。在0、50和300μmol/L浓度的柠檬酸铁铵(FAC... 详细信息

目的研究铁对HCV IRES依赖的病毒蛋白翻译的影响,以及其与细胞ROS活性变化的关系。方法以脂质体细胞转染法,将双荧光素酶报告基因表达载体p CI-Rluc-HCV IRES-Fluc转染人肝癌细胞系huh-7细胞。在0、50和300μmol/L浓度的柠檬酸铁铵(FAC)作用24 h后,双荧光素酶报告基因检测系统检测HCV IRES依赖的病毒蛋白翻译的变化。ROS荧光染色方法检测细胞ROS活性变化,Western blot法检测细胞中Nrf2蛋白表达的变化。加入100μmol/L的DPI后,检测300μmol/L FAC实验组中HCV蛋白翻译的变化和细胞ROS的变化。结果与对照组相比,FAC增加了huh-7细胞HCV IRES依赖的病毒蛋白翻译、增加了ROS活性,并且可以引起核转录因子Nrf2表达增加(Phuh-7细胞产生过多的ROS有关。

关键词：柠檬酸铁铵丙型肝炎病毒内部核糖体进入位点活性氧

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基于辣椒基因组测序探究辣味在种群中的进化

辣椒杂志 2014年第2期12卷 40-50页

作者： Seungill Kim Minkyu Park Seon-In Yeom Yong-Min Kim Je Min Lee Hyun-Ah Lee Eunyoung Seo Jaeyoung Choi Kyeongchae Cheong Ki-Tae Kim Kyongyong Jung Gir-Won Lee Sang-Keun Oh Chungyun Bae Saet-Byul Kim hye-Young Lee Shin-Young Kim Myung-Shin Kim Byoung-Cheorl Kang Yeong Deuk Jo Hee-Bum Yang Hee-jin Jeong Won-Hee Kang jin-Kyung Kwon Chanseok Shin Jae Yun Lim June Hyun Park jin Hoe huh June-Sik Kim Byung-Dong Kim Oded Cohen Ilan Paran Mi Chung Suh Saet Buyl Lee Yeon-Ki Kim Younhee Shin Seung-Jae Noh Junhyung Park Young Sam Seo Suk-Yoon Kwon Hyun A Kim Jeong Mee Park Hyun-jin Kim Sang-Bong Choi Paul W Bosland Gregory Reeves Sung-Hwan Jo Bong-Woo Lee Hyung-Taeg Cho Hee-Seung Choi Min-Soo Lee Yeisoo Yu Yang Do Choi Beom-Seok Park Allen van Deynze Hamid Ashrafi Theresa Hill Woo Taek Kim Hyun-Sook Pai Hee Kyung Ahn Inhwa Yeam James J Giovannoni Jocelyn K C Rose Iben Sφrensen Sang-jik Lee Ryan W Kim Ik-Young Choi Beom-Soon Choi Jong-Sung Lim Yong-Hwan Lee Doil Choi 刘峰张西露 Department of Plant Science Seoul National University Plant Genomics and Breeding Institute Seoul National University Department of Agricultural Biotechnology Seoul National University Department of Bioinformatics and Life Science Soongsil University Vegetable Breeding Research Center Seoul National University Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael. Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael Department of Bioenergy Science and Technology Chonnam National University Genomics Genetics Institute GreenGene BioTech Inc. Codes Division Insilicogen Inc. Ginseng Resources Research Laboratory Korea Ginseng Corporation Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Division of Bioscience and Bioinformatics Myongji University Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State University Chile Pepper Institute New Mexico State University Seeders Inc. Department of Biological Sciences Seoul National University Arizona Genomics Institute University of Arizona Agricultural Genome Center National Academy of Agricultural Science Rural Development Administration Seed Biotechnology Center University of California Davis Davis California USA Department of Systems Biology Yonsei University Department of Horticulture and Breeding Andong National University US Department of Agriculture-Agricultural Research Service Robert W. Holley Center Ithaca New York USA Boyce Thompson Institute for Plant Research Cornell University Ithaca New York USA Department of Plant Biology Cornell University Ithaca New York USA Biotechnology Institute Nongwoo Bio Yeoju Korea Genome Center University of California Davis Davis California USA National Instrumentation Center for Environmental Management Seoul National University Seoul Korea 湖南省蔬菜研究所

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表... 详细信息

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表明辣椒基因组大小约为番茄的4倍,辣椒基因组上存在大量gypsy转座子和花椰菜病毒家族元件的积累。结合转录组综合分析认为,辣椒素合成酶基因表达模式的改变及新功能化是导致辣椒素生物合成的原因,研究还发现辣椒与番茄在乙烯合成及果实成熟调控方面存在明显不同的分子模式。辣椒参考基因组的发布为辣椒营养品质和药用价值的改善提供了重要平台。

关键词：基因组测序辣椒素参考基因 Capsicum 转座子辣椒果实分子模式生物合成基因表达模式基因组大小

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三种常见肝细胞系免疫相关分子的表达

肝脏 2010年第4期15卷 265-268页

作者：刘敏郝友华胡斌宋景娇马德强徐春利陆蒙吉杨东亮武汉华中科技大学同济医学院附属同济医院临床免疫研究室 430030 德国埃森大学医学院病毒学研究所

目的探讨三种常见肝细胞系huh7、HepG2、HepG2.2.15免疫相关分子的表达。方法提取三种细胞的RNA并逆转录合成cDNA,用PCR方法检测细胞因子及其受体、MHC分子的表达情况。结果三种细胞均能表达Ⅰ型干扰素及干扰素受体、IL-7、IL-15等细胞... 详细信息

目的探讨三种常见肝细胞系huh7、HepG2、HepG2.2.15免疫相关分子的表达。方法提取三种细胞的RNA并逆转录合成cDNA,用PCR方法检测细胞因子及其受体、MHC分子的表达情况。结果三种细胞均能表达Ⅰ型干扰素及干扰素受体、IL-7、IL-15等细胞因子,也能表达HLA-A、HLA-B、HLA-DP、HLA-DR及非经典的CD1d、MICB等MHC分子及其相关基因,HepG2、HepG2.2.15表达MICA。三种细胞均不表达IL-4、IL-5、IL-6、IFN-γ等细胞因子。与内参相比,IL-7及IL-15、HLA-A等的表达在HepG2和HepG2.2.15之间存在一定的差异。结论三种肝细胞系能表达Ⅰ型干扰素及干扰素受体、IL-7、IL-15、HLA等一系列的免疫相关分子。

关键词：肝细胞干扰素白细胞介素

维甲酸介导的线粒体片段化抑制肝癌细胞营养缺乏相关凋亡抵抗

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空军军医大学学报 2024年第7期45卷 756-762页

作者：杜钰璐陈佳琪高铭舒李佳颖廖达文王星琛张志刚黄启超季乐乐空军军医大学基础医学院生理与病理生理学教研室陕西西安710032 西北大学生命科学学院陕西西安710069 空军军医大学基础医学院教学实验中心陕西西安710032

目的探索代谢物和线粒体如何在营养缺乏环境中调控肝癌细胞存活及其相关机制。方法通过分析肝动脉栓塞化疗(TACE)治疗敏感及耐受肝癌样本的转录组数据,鉴定肝癌细胞抵抗营养缺乏的关键通路;在营养剥夺耐受(HLF、huh7)和敏感(Hep3B、HLE... 详细信息

目的探索代谢物和线粒体如何在营养缺乏环境中调控肝癌细胞存活及其相关机制。方法通过分析肝动脉栓塞化疗(TACE)治疗敏感及耐受肝癌样本的转录组数据,鉴定肝癌细胞抵抗营养缺乏的关键通路;在营养剥夺耐受(HLF、huh7)和敏感(Hep3B、HLE)细胞中检测维甲酸含量;利用维甲酸或维甲酸受体抑制剂处理肝癌细胞,MTS、流式细胞术等检测细胞在营养剥夺下的生长及凋亡情况;利用透射电镜和激光共聚焦显微镜观察维甲酸对肝癌细胞线粒体数目、形态变化的影响。结果转录组分析提示TACE治疗耐受与敏感肝癌组织差异基因主要富集在视黄醇代谢通路。进一步发现与营养剥夺敏感肝癌细胞相比,耐受肝癌细胞中视黄醇代谢产物维甲酸显著降低(P<0.01)。HLF细胞在营养剥夺情况下补充维甲酸,线粒体呈片段化且细胞死亡增加(P<0.01);而在Hep3B细胞中抑制维甲酸受体,线粒体片段化减少,细胞死亡减少(P<0.01)。结论补充维甲酸可通过诱导肝癌细胞线粒体片段化抑制肝癌细胞在营养缺乏环境下的凋亡抵抗,而低水平维甲酸可通过增强线粒体融合,促进营养缺乏诱导的肝癌细胞凋亡抵抗。

关键词：维甲酸肝癌线粒体片段化营养剥夺