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以基因通路为单元的大青杨伤口诱导不定根发生转录组分析

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以基因通路为单元的大青杨伤口诱导不定根发生转录组分析

作者： PAK sOL me 东北林业大学

学位级别：硕士

外伤诱导的不定根(AR)诱导是一种重要的再生技术,特别是在大青杨等树木的造林实践中对于树木的无性繁殖很重要,但对树木外伤诱导的AR发育的分子机制的了解不足,极大地限制了造林实践。最近,转录组数据挖掘工具,如差异基因表达分析(DEG)... 详细信息

外伤诱导的不定根(AR)诱导是一种重要的再生技术,特别是在大青杨等树木的造林实践中对于树木的无性繁殖很重要,但对树木外伤诱导的AR发育的分子机制的了解不足,极大地限制了造林实践。最近,转录组数据挖掘工具,如差异基因表达分析(DEG)、聚类(clustering)、基因集富集分析(GsEA)和加权基因共表达网络分析(WGCNA),在杨树的AR发育基因组研究中得到广泛应用,揭示了关于杨树(包括大青杨)AR发育分子机制的一定量的证据,但是那些知识零散并不全面。这主要是因为当前的转录组数据挖掘方法存在局限性。本研究发现了当前转录组数据挖掘方法存在着局限性,并对WGCNA进行修改以提高数据挖掘效率,最终成功获取了关于伤口诱导AR发育的分子机制的全面和综合的知识。(1)本研究发现了当前转录组数据挖掘方法的局限性。一般来说,因为转录组数据产生的基因数非常大(数万个),对于研究人员来说,从数万个基因高效地提取关键基因和通路是很不容易的事情。本研究的DEG或聚类分析结果也观察到了这一点。DEG分析表明,在9个时间点之间存在大量的DEG;根据log FC>1和pstering分析还将27487个基因聚类为几个簇,并根据表达趋势对其进行重新分组,结果,两个主要组包含14612和8765个基因,这些基因进一步注释为2948和2899个GO通路。从这些大量的基因和通路中,很难找到能够全面反映生物过程各个方面的关键通路或基因。之前研究都从这些大量的基因和通路中只提取感兴趣的基因和通路了,所以可以说那些知识不全面并不综合。(2)本研究修改了传统WGCNA分析的功能分析单元,从基因到基因集,以解决当前转录组数据挖掘方法的局限性。这类的修改已经应用于GsEA或GsVA分析,但尚未应用于WGCNA分析。本研究WGCNA分析的修改如下。本研究在GsEA结果中证明了总共694个GO和KEGG通路在大青杨的AR发育过程中的特定时间点显著富集的,这些基因集进一步用作预定义的基因集。然后将WGCNA分析应用于这预定义的694个基因集,而不是27487个基因。结果,在特定时间点确定了枢纽通路。接下来,只有枢纽通路中的基因(比常规WGCNA小得多)进行第二次WGCNA分析,从而更容易识别驱动枢纽通路的关键基因和调控网络的构建,这个WGCNA流程命名为“逐步WGCNA”(stepwise WGCNA)。本研究中,与DEG,Clustering和GsEA/GsVA相比,“逐步WGCNA”分析揭示了关于特定时间关键基因和基因通路以及调控网络的综合和全面的知识。(3)根据本研究“逐步WGCNA”结果,外伤应激诱导jaZ蛋白和ERF109转录因子的快速上调,该转录因子在0.5 h调节ja生物合成和信号传导(ERF109是从头表达的)。ERF109在1 h激活生长素生物合成基因促进生长素积累。2 h后,ja生物合成停止,而生长素生物合成也在6 h后停止,可能是由于E3泛素连接酶对ja或生长素水平的感知具有负反馈调节作用。6 h后,AR发育中细胞命运转变的主调节因子基因WOX11在很长一段时间内(6 h至48 h)从头表达和调节生长素转运和信号传导,细胞分裂和根分生组织生长以及根形态发生的下游途径。120 h时,与根分生组织生长和根形态发生相关的途径高度活化,PLT1转录因子在途径中起中心作用。总体而言,在本研究中新的数据挖掘方法的应用为外伤诱导的大青杨AR发育机理解析提供了全新的理论基础和基因资源。

关键词：大青杨不定根发育外伤基因集加权基因集共富集网络

Mitochondrial alterations in Ms lesions

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Mitochondrial alterations in MS lesions

Early-stage primary signet ring cell carcinoma of the colon

第14届国际自由基学术大会

作者： me. Witte L. Bφ RJ. Rodenburg ja. Belien R. Musters T. Hazes LT. Wintjes ja. smeitink JJG. Geurts HE. De Vries P. van der Valk J. van Horssen Departments of Pathology VU University Medical Center Amsterdam De Boelelaan 1117 1081 HVThe Netherlands Department of Neurology Haukeland University Hospital University of Bergen N- 5021 Bergen Norway Departments of Physiology VU University Medical Center Amsterdam De Boelelaan 1117 1081 HVThe Netherlands Departments of Radiology VU University Medical Center Amsterdam De Boelelaan 1117 1081 HVThe Netherlands Departments of Molecular Cell Biology and Immunology VU University Medical Center Amsterdam De Boelelaan 1117 1081 HVThe Netherlands Departments of Molecular Cell Biology and Immunology VU University Medical Center Amsterdam De Boelelaan 1117 1081 HVThe Netherlands.

＜正＞Multiple sclerosis （Ms） is a chronic inflammatory disease of the central nervous system, characterized by demyelination and neurodegeneration. Although Ms pathogenesis is not completely understood, several studies suggest that mitochondrial dysfunction and subsequent free radical production play important roles in Ms lesion development and progression

关键词：

来源： cnki会议评论

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World Journal of Gastroenterology 2013年第24期19卷 3895-3898页

作者： jae Hyun Kim seun ja Park Moo In Park Won Moon sung Eun Kim Department of Gastroenterology Kosin University College of Medicine

Primary signet ring cell carcinoma of the colorectum detected at an early stage is very rare; most cases are detected at an advanced stage. Therefore, its progno-sis is poorer than that of ordinary colorectal cancer. A 56-year-old Korean man was seen at this hospital for management of signet ring cell carcinoma of the co-lon. Colonoscopic examination revealed a Ⅱa-like, ill-defined and flatly elevated 9-mm residual tumor in the cecum. Endoscopic mucosal resection was preformed. Pathological examination of the resected specimen re-vealed signet ring cell carcinoma that had invaded the lamina propria without venous or perineural invasion. Abdominal computed tomography (CT) and positron CT showed no evidence of primary lesions or distant me-tastasis. An additional laparoscopic right-hemicolectomy was performed; no residual tumor or lymph node me-tastasis was found. We report a case of primary signet ring cell carcinoma of the colon detected at an early stage and provide a review of the literature.

关键词： Colon carcinoma signet ring cell carcino-ma Primary carcinoma Early stage Endoscopic muco-sal resection

血压有关的基因位点变异解释非洲裔与白人对降压药的反应差异：基因组精准医学可能摒弃种族策略

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中华高血压杂志 2019年第9期27卷 899-899页

作者： Iniesta R Campbell D Venturini C Faconti L singh s Irvin MR Cooper-DeHoff RM Johnson ja Turner sT Arnett DK Weale me Warren H Munroe PB Cruickshank K Padmanabhan s Lewis C Chowienczyk P 赵狄(译) 练桂丽(校) 不详

一些指南推荐根据自身确定的种族选择降压药,但根据个体的基因型可能较种族更好。该研究探讨不同种族的血压反应变异在多大程度上可以用遗传因素(基因确定的血统及已知血压相关位点的基因变异)来解释。研究者分析了进行过基因分型(4696... 详细信息

一些指南推荐根据自身确定的种族选择降压药,但根据个体的基因型可能较种族更好。该研究探讨不同种族的血压反应变异在多大程度上可以用遗传因素(基因确定的血统及已知血压相关位点的基因变异)来解释。研究者分析了进行过基因分型(4696例),且可获得对β受体阻滞剂、血管紧张素转换酶抑制剂、血管紧张素受体拮抗剂、噻嗪或噻嗪类利尿剂及钙拮抗剂治疗反应的5个临床试验数据。

关键词：基因位点精准医学降压药基因组

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强化降压对高血压患者左心室肥厚的影响

中华高血压杂志 2017年第6期25卷 571-571页

作者：刘莉叶鹏 soliman EZ Ambrosius WT Cushman WC Zhang ZM Bates JT Neyra ja Carson TY Tamariz L Ghazi L Cho me shapiro BP He J Fine LJ Lewis CE sPRINT Research study Group

目前尚不清楚超出推荐值的强化降压是否更能降低高血压患者的左心室肥厚（left ventricular hypertrophy,LVH）发生风险,以及LVH风险降低能否解释强化降压的益处。soliman等纳入收缩压干预试验（systolic blood pressure intervention,s... 详细信息

目前尚不清楚超出推荐值的强化降压是否更能降低高血压患者的左心室肥厚（left ventricular hypertrophy,LVH）发生风险,以及LVH风险降低能否解释强化降压的益处。soliman等纳入收缩压干预试验（systolic blood pressure intervention,sPRINT）中患有高血压但无糖尿病的8164例受试者（平均年龄67.9岁,女性35.3%,31.2%为非洲裔）,

关键词：高血压患者左心室肥厚降压发生风险干预试验平均年龄推荐值 LVH

大型患者队列人群中肺高血压前期和死亡率、住院率的关系

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中华高血压杂志 2016年第2期24卷 157-157页

作者：刘莉叶鹏 Maron BA Hess E Maddox TM Opotowsky AR Tedford RJ Lahm T Joynt KE Kass DJ stephens T stanislawski MA swenson ER Goldstein RH Leopold ja Zamanian RT Elwing JM Plomondon me Grunwald GK Barón AE Rumsfeld J Choudhary G

肺高血压与所有心肺疾病死亡率增加相关。肺高血压定义为平均肺动脉压（mean pulmonary artery pressure,mPAP）≥25mm Hg（1mm Hg=0.133kPa）,而mPAP〈25mm Hg与临床预后的相关性尚未知。方法：研究人员回顾性分析美国退伍军人事务部... 详细信息

肺高血压与所有心肺疾病死亡率增加相关。肺高血压定义为平均肺动脉压（mean pulmonary artery pressure,mPAP）≥25mm Hg（1mm Hg=0.133kPa）,而mPAP〈25mm Hg与临床预后的相关性尚未知。方法：研究人员回顾性分析美国退伍军人事务部医疗系统中行右心导管插入术（right heart catheterization,RHC）（2007-2012年）的退伍军人资料（n=21 727;随访时间中位数为908d）。

关键词：高血压前期疾病死亡率心肺住院率 pulmonary 右心导管插入术人群队列

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垂体催乳素瘤的诊断和治疗指南

中华神经外科杂志 2008年第6期24卷 I0001-I0001页

作者： Casanueva FF Molitch me schlechte ja Abs R Bonert V Bronstein MD Brue T Cappabianca P Colao A Fahlbusch R Fideleff H Hadani M Kelly P Kleinberg D Laws ED Marek J scanlon M sobrinho LG Wass jaH Giustina A 吴哲褒(译) 张亚卓(校) 单位不详

治疗的目的是PRL水平正常。然而，许多学者认为，最好是降低PRL水平到可能的最低值，因为这一策略能最大可能地缩小肿瘤体积甚至于肿瘤消失。为了避免不能耐受药物和药物不良反应，从低剂量开始治疗，并逐步加量。肿瘤缩小后假使PRL水... 详细信息

治疗的目的是PRL水平正常。然而，许多学者认为，最好是降低PRL水平到可能的最低值，因为这一策略能最大可能地缩小肿瘤体积甚至于肿瘤消失。为了避免不能耐受药物和药物不良反应，从低剂量开始治疗，并逐步加量。肿瘤缩小后假使PRL水平保持在正常范围，则可以慢慢减少DA剂量。事实上，在PRL水平正常的时候而不是受抑制的时候能更有效地保留生育能力。

关键词：治疗指南垂体催乳素瘤药物不良反应诊断肿瘤体积保留生育能力 PRL 低剂量

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垂体催乳素瘤的诊断和治疗指南

中华神经外科杂志 2008年第8期24卷 I0001-I0001页

作者： Casanueva FF Molitch me schlechte ja Abs R Bonert V Bronstein MD Brue T Cappabianca Px Cappabianca P Colao A Fahlbusch R Fideleff H Hadani M Kelly P Kleinberg D Laws ED Marek J scanlon M sobrinho LG Wass jaH Giustina A 吴哲褒(译) 张亚卓(校)

3．男性：高催乳素血症通常导致阳痿、不孕和性功能低下。男性患者通常为大腺瘤，有神经系统症状。其原因可能是对症状认识的延误或者肿瘤生物学行为的差异。

关键词：垂体催乳素瘤治疗指南神经系统症状诊断高催乳素血症男性患者性功能低下生物学行为

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萘普生缓释片及人体药代动力学研究

沈阳药科大学学报 1997年第1期14卷 1-4页

作者：孙淑英房芳逄秀娟闫宏林贾立革赫春英沈阳药科大学药学系中国人民解放军北京医药高等专科学校军事医学科学院毒物研究所东北制药总厂职工医院

萘普生（Ｎａｐｒｃｘｅｎ）缓释片是以羟丙基甲基纤维素（ＨＰＭＣ）为亲的水骨架，加稀释剂、润滑剂压制亲的水凝胶骨架片．该片在体外１２ｈ累积释放量大于９０％，其释放行为（０～８ｈ）可用Ｈｉｇｕｃｈｉ方程描述；人体内血药浓... 详细信息

萘普生（Ｎａｐｒｃｘｅｎ）缓释片是以羟丙基甲基纤维素（ＨＰＭＣ）为亲的水骨架，加稀释剂、润滑剂压制亲的水凝胶骨架片．该片在体外１２ｈ累积释放量大于９０％，其释放行为（０～８ｈ）可用Ｈｉｇｕｃｈｉ方程描述；人体内血药浓度数据符合一级吸收单室模型，动力学参数Ｋ，Ｃｍａｘ，ｔｍａｘ和ＡｌＣ０—∞分别为０．０２５ｈ－１，２８．２６×１０－５ｍｏｌ／Ｌ，３．７２ｈ和１４．９１×１０－３ｍｏｌ·ｈ／Ｌ．

关键词：萘普生缓释片药代动力学