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Molecular phylogeny and inflorescence evolution of Prunus(Rosaceae)based on RAD-seq and genome skimming analyses

Plant Diversity 2023年第4期45卷 397-408页

作者： Na Su Richard G.j.hodel Xi Wang jun-Ru Wang Si-Yu Xie Chao-Xia Gui Ling Zhang Zhao-Yang Chang Liang Zhao Daniel Potter jun Wen College of Life Sciences Northwest A&F UniversityYangling 712100China Herbarium of Northwest A&F University Yangling 712100China Department of Botany National Museum of Natural HistoryMRC 166Smithsonian InstitutionWashingtonDC 20013-7012USA College of Life Sciences Tarim UniversityAlaer 843300China Department of Plant Sciences MS2University of CaliforniaDavisCA 95616USA

Prunus is an economically important genus widely distributed in the temperate Northern *** studies on the genus using a variety of loci yielded conflicting phylogenetic ***,we generated nuclear reduced representation sequencing data and plastid genomes for 36 Prunus individuals and two *** nuclear and plastome data recovered a well-resolved *** species were divided into three main clades corresponding to their inflorescence types,-the racemose group,the solitary-flower group and the corymbose group-with the latter two sister to one *** was inferred to have diversified initially in the Late Cretaceous around 67.32 million years *** diversification of the three major clades began between the Paleocene and Miocene,suggesting that paleoclimatic events were an important driving force for Prunus *** state reconstructions revealed that the most recent common ancestor of Prunus had racemose inflorescences,and the solitary-flower and corymb inflorescence types were derived by reduction of flower number and suppression of the rachis,*** also tested the hybrid origin hypothesis of the racemose group proposed in previous *** has undergone extensive hybridization events,although it is difficult to identify conclusively specific instances of hybridization when using SNP data,especially deep in the *** study provides well-resolved nuclear and plastid phylogenies of Prunus,reveals substantial cytonuclear discord at shallow scales,and sheds new light on inflorescence evolution in this economically important lineage.

关键词： Prunus Rosaceae RAD-Seq Chloroplast genome Hybridization Inflorescence evolution

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5000aBP南部大洋南大西洋区南极表层水温急剧下降和浮冰扩张

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海洋地质动态 2002年第12期18卷 9-11页

作者： D A hodel 高莉玲

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脑积水病人手术治疗后脑脊液容积三维成像的初步研究

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国际医学放射学杂志 2014年第2期 186-187页

作者： j.hodel P.Besson A.Rahmouni E.Petit A.Lebret B.Grandjacques 张倩 Service de Neuroradiologie Hpital Roger Salengro59037 LilleFrance

目的建立自动化变形模型以评估手术治疗前后脑积水病人脑脊液(CSF)容积的变化。方法采用jacobian行列式对变形场术前、术后的图像进行非线性配准后,计算脑

关键词：脑脊液脑积水 MRI 变形模型 SPACE MR序列

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基于RAD–seq和基因组浅层测序技术的广义李属（蔷薇科）系统发育和花序演化规律研究

基于RAD–seq和基因组浅层测序技术的广义李属（蔷薇科）系统发育...

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首届植物科学前沿学术大会

作者：苏娜 Richard G.j.hodel 汪熙王俊茹常朝阳赵亮 Daniel Potter 文军西北农林科技大学生命科学学院西北农林科技大学标本馆史密森研究院国家自然历史博物馆植物学系加利福尼亚州立大学戴维斯分校植物科学系

广义李属是一个具有重要经济价值和观赏价值的类群,约包含250–400种乔木或灌木,广泛分布于北半球温带、亚热带和热带地区。前人研究表明基于不同数据的系统发育关系存在冲突或分辨率不高,李属缺乏一个稳固的系统发育框架;同时,李属存... 详细信息

广义李属是一个具有重要经济价值和观赏价值的类群,约包含250–400种乔木或灌木,广泛分布于北半球温带、亚热带和热带地区。前人研究表明基于不同数据的系统发育关系存在冲突或分辨率不高,李属缺乏一个稳固的系统发育框架;同时,李属存在单花、伞房和总状花序三种状态,不同花序的演化规律仍不明确。本研究通过RAD–seq和基因组浅层测序技术共获得了李属36个代表性个体和两个外类群的核SNP和叶绿体基因组数据,基于不同数据集分别构建李属的系统发育关系;利用核SNP数据检测李属内部潜在的杂交事件;基于叶绿体基因组数据估算李属的分化时间并重建花序的祖先状态。结果表明:李属包含单花类、伞房花序类和总状花序类3个高支持率的分支,单花类和伞房花序类为姐妹群,二者和总状花序类形成姐妹关系;李属内、特别是在总状花序类内部存在普遍的杂交现象;李属植物于白垩纪晚期(67.86 Mya)开始分化,三个主要分支的分化发生于始新世至中新世之间,与历史上的两次气候变冷事件相对应;李属祖先的花序类型为总状花序,单花和伞房花序由总状花序通过小花数目的减少和花序轴缩短演化而来。本研究为李属构建了一个稳固的系统发育框架,有利于李属植物的遗传育种,也为其他植物类群的花序演化研究提供借鉴。

关键词：广义李属蔷薇科系统发育杂交花序演化

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Phylogenomic conflict analyses in the apple genus Malus *** widespread hybridization and allopolyploidy driving diversification,with insights into the complex biogeographic history in the Northern Hemisphere

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journal of Integrative Plant Biology 2022年第5期64卷 1020-1043页

作者： Bin-Bin Liu Chen Ren Myounghai Kwak Richard Gjhodel Chao Xu jian He Wen-Bin Zhou Chien-Hsun Huang Hong Ma Guan-Ze Qian De-Yuan Hong jun Wen State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of Botanythe Chinese Academy of SciencesBeijing 100093China Department of Botany National Museum of Natural HistorySmithsonian InstitutionPO Box 37012Washington 20013–7012DCUSA Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Sustainable Utilization South China Botanical GardenThe Chinese Academy of SciencesGuangzhou 510650China Guangdong Provincial Key Laboratory of Applied Botany South China Botanical GardenThe Chinese Academy of SciencesGuangzhou 510650China National Institute of Biological Resources Incheon 22689South Korea School of Ecology and Nature Conservation Beijing Forestry UniversityBeijing 100083China Department of Plant and Microbial Biology North Carolina State UniversityRaleigh 27965NCUSA State Key Laboratory of Genetic Engineering and Collaborative Innovation Center of Genetics and Development Ministry of Education Key Laboratory of Biodiversity and Ecological EngineeringInstitute of Plant BiologyCenter of Evolutionary BiologySchool of Life SciencesFudan UniversityShanghai 200433China Department of Biology Huck Institutes of the Life SciencesPennsylvania State University510D Mueller LaboratoryUniversity ParkPennsylvania 16802USA College of Life Sciences Liaocheng UniversityLiaocheng 252059China

Phylogenomic evidence from an increasing number of studies has demonstrated that different data sets and analytical approaches often reconstruct strongly supported but conflicting *** this study,785 single-copy nuclear genes and 75 complete plastomes were used to infer the phylogenetic relationships and estimate the historical biogeography of the apple genus Malus sensu lato,an economically important lineage disjunctly distributed in the Northern Hemisphere and involved in known and suspected hybridization and allopolyploidy *** nuclear phylogeny recovered the monophyly of Malus s.l.(including Docynia);however,the genus was supported to be biphyletic in the plastid *** ancient chloroplast capture event in the Eocene in western North America best explains the cytonuclear *** conflict analysis demonstrated that ILS,hybridization,and allopolyploidy could explain the widespread nuclear gene tree *** deep hybridization event(Malus doumeri)and one recent event(Malus coronaria)were detected in Malus ***,our historical biogeographic analysis integrating living and fossil data supported a widespread East Asianwestern North American origin of Malus *** the Eocene,followed by several extinction and dispersal events in the Northern *** also propose a general workflow for assessing phylogenomic discordance and biogeographic analysis using deep genome skimming data sets.

关键词： deep genome skimming genomic discordance historical biogeography massive extinction reticulate evolution single-copy nuclear genes

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多节段3DSPACEMR序列的全脑脊液体积成像:在脑积水病人中的可行性

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国际医学放射学杂志 2013年第4期 398-398页

作者： j. hodel A. Lebret E. Petit X. Leclerc M. Zins A. Vignaud 毛子婧 Department of Radiology H?pital Saint Joseph185 Rue Raymond LosserandParis France

目的评价应用SPACE(sampling perfection with application optimized contrast using different flip-angle evolution)MR序列行全脑脊液(CSF)体积成像的可行性。方法对12例健康志愿者和26例连续的脑积水病人的脑和脊髓行1.5T SPACE序列检查。根据CSF与背景信号强度的比值差异评估影像的对比度。依据CSF形状的几何学特征和局部解剖学假设对CSF节段进行分割。对志愿者和病人的蛛网膜下腔和脑室的CSF空间体积进行评估,并对其进行线性识别分析。结果 CSF和脑的影像对比度为0.94,CSF和脊髓的影像对比度为0.90。以体模研究为对照,CSF体积测量的准确度为98.5%。应用线性识别分析能够清楚识别病人和健康志愿者。健康志愿者脑室(Vv)和全部蛛网膜下腔的CSF体积(Vs)呈显著的线性回归,Vv=0.083Vs。结论对健康志愿者和脑积水病人行全部CSF体积成像是可行的。可获得CSF体积的整体测量。该方法可用于脑积水病人的诊断与随访。要点①MRI评估CSF体积在健康志愿者/脑积水病人均是可行的。②CSF体积可以整体测量。③健康志愿者蛛网膜下腔与脑室的CSF比值是恒定的。④CSF线性识别分析能够区分病人和健康志愿者。⑤全部CSF体积成像对脑积水的诊断和随访有用。

关键词：脑脊液脑积水 MRI 全身成像 SPACE MR序列

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