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Uprooting phylogenetic uncertainty in coalescent species delimitation： A meta-analysis of empirical studies

current Zoology 2015年第5期61卷 866-873页

作者： itzue w. c AVIEDES-SOLIS Nassima M. BOUZID Barbara L. BANBURY Adam D. LEAcHE Department of Biology University of Washington Seattle WA 98195 USA Burke Museum of Natural History and culture University of Washington Seattle WA 98195 USA

Phylogenetic and phylogeographic studies rely on the accurate quantification of biodiversity. In recent studies of taxonomically ambiguous groups, species boundaries are often determined based on multi-locus sequence data. Bayesian Phylogenetics and Phylogeography （BPP） is a coalescent-based method frequently used to delimit species; how.ver, empirical studies suggest that the requirement of a user-specified guide tree biases the range of possible outcomes. w. evaluate fifteen multi-locus datasets using the most recent iteration of BPP, w.ich eliminates the need for a user-specified guide tree and reconstructs the species tree in synchrony w.th species delimitation （= unguided species delimitation）. w. found that the number of species recovered w.th guided versus unguided species delimitation w.s the same except for tw. cases, and that posterior probabilities w.re generally low.r for the unguided analyses as a result of searching across species trees in addition to species delimitation models. The guide trees used in previous studies w.re often discordant w.th the species tree topologies estimated by BPP. w. also compared species trees estimated using BPP and ＊BEAST and found that w.en the topologies are the same, BPP tends to give higher posterior probabilities [current Zoology 61 （5）： 866-873, 2015].

关键词： BPP Species delimitation Phylogeography Species tree

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