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In vitro exa.ining the existing prognoses how TBP binds to Ta.a.with SNP a.socia.ed with huma. disea.es

Hea.th 2011年第9期3卷 577-583页

作者： irina a. drachkova Petr M. Ponoma.enko Ta.ya.a.V. a.shinova.Мikha.l P. Ponoma.enko Va.entin V. Suslov Ludmila.K. Sa.inkova.Nikola. А. Kolcha.ov 不详

We in vitro exa.ined the existing prognoses of the dissocia.ion consta.t, KD, between ТАТА- Binding Protein (TBP) a.d ТАТА box with single nucleotide polymorphism (SNP) a.socia.ed with huma. disea.es. Five SNPs of the genes for cytochrome P450 2a. (a.socia.ed with lung ca.cer), β-globin (a.socia.ed with β-tha.a.semia., ma.nose binding lectin (a.socia.ed with va.ia.le immunodeficiency), superoxide dismuta.e 1 (a.socia.ed with a.yotrophic la.era. sclerosis) a.d triosephospha.e isomera.e (a.socia.ed with a.emia. fell within the ra.ge of –ln(KD;M/KD;WT) between –1.5 a.d –1 (here KD;WT a.d KD;M denote the norma. ТАТА box a.d with SNP). The mea.surements using EMSa.demonstra.ed tha.: 1) a.l the predictions sta.ing tha. the a.finity between ТВР a.d ТАТА boxes with SNPs would be reduced were correct;2) the depa.tures of three predictions from the mea.urements fell within the confidence interva.;3) a.l the predictions consistently underestima.ed a.tua. muta.iona. da.a.e ca.sed to ТАТА boxes with SNPs (a.a. la.) a.d two of these predictions did so significa.tly (a.a.ion seems to be a.socia.ed with the da.a.e to the context tha. modula.es ТВP/ТАТА a.finity, for exa.ple, the conta.t between the nucleosoma. histone H3-Н4 dimer a.d the core promoter immedia.ely nea. ТАТА boxes.

关键词： Disea.e Polymorphism ТАТА Box Ta.a.Binding Protein a.finity In Vitro In Silico

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