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Paleontology Knowledge Graph for Data-Driven Discovery

Journal of Earth Science 2024年第3期35卷 1024-1034页

作者： Yiying Deng Sicun Song Junxuan Fan Mao Luo Le Yao Shaochun Dong Yukun Shi Linna Zhang Yue Wang Haipeng xu huiqing xu Yingying Zhao Zhaohui Pan Zhangshuai Hou Xiaoming Li Boheng Shen Xinran Chen Shuhan Zhang xuejin Wu Lida Xing Qingqing Liang Enze Wang School of Resources and Environmental Engineering Hefei University of TechnologyHefei 230009China State Key Laboratory of Palaeobiology and Stratigraphy Nanjing Institute of Geology and Palaeontology and Center for Excellence in Life and PaleoenvironmentChinese Academy of SciencesNanjing 210008China School of Earth Sciences and Engineering and Frontiers Science Center for Critical Earth Material Cycling Nanjing UniversityNanjing 210023China State Key Laboratory for Mineral Deposits Research Nanjing UniversityNanjing 210023China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Key Laboratory of Vertebrate Evolution and Human Origins of Chinese Academy of Sciences Institute of Vertebrate Paleontology and PaleoanthropologyChinese Academy of SciencesBeijing 100044China Centre for Research and Education on Biological Evolution and Environment Nanjing UniversityNanjing 210023China State Key Laboratory of Biogeology and Environmental Geology China University of GeosciencesBeijing 100083China School of the Earth Sciences and Resources China University of GeosciencesBeijing 100083China

A knowledge graph(KG)is a knowledge base that integrates and represents data based on a graph-structured data model or *** have made efforts to construct geosciencerelated KGs to overcome semantic heterogeneity and facilitate knowledge representation,data integration,and text ***,there is currently no comprehensive paleontology KG or data-driven discovery based on *** this study,we constructed a two-layer model to represent the ordinal hierarchical structure of the paleontology KG following a top-down construction *** ontology containing 19365 concepts has been defined up to *** this basis,we derived the synonymy list based on the paleontology KG and designed corresponding online functions in the OneStratigraphy database to showcase the use of the KG in paleontological research.

关键词： paleontology knowledge graph ontology synonymy list OneStratigraphy big data ge-ology.

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Cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy in a Chinese pedigree A case report using brain magnetic resonance imaging and biospy

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Neural Regeneration Research 2012年第3期7卷 224-228页

作者： Erhe xu huiqing Dong Milan Zhang Min xu Department of Neurology Xuanwu Hospital Capital Medical University Beijing 100063 China

The present study enrolled a Chinese family that comprised 34 members and spanned three generations. Eight members were diagnosed with cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy, and disease diagnoses corresponded with autosomal incomplete dominance inheritance. The primary clinical manifestations included paralysis, dysarthria, and mild cognitive deficits. Magnetic resonance imaging revealed diffuse leukoencephalopathy with involvement of bilateral anterior temporal lobes, in particular the pons. In addition, multiple cerebral infarction was identified in the proband. Sural nerve biopsy findings of the proband revealed granular osmophilic material deposits in the extracellular matrix, which were adjacent to smooth muscle cells of dermal arterioles. Screening exons 2-4 for NOTCH 3 mutations by direct sequencing did not reveal any abnormalities.

关键词： cerebral autosomal dominant arteriopathy dysarthria granular osmophilic material leukoencephalopathy NOTCH 3 paresis subcortical infarcts

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Delay induced transitions in an asymmetry bistable system and stochastic resonance

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Science China(Physics,Mechanics & Astronomy) 2010年第4期53卷 745-750页

作者： ZHANG huiqing , xu Wei, xu Yong & ZHOU BingChang Department of Applied Mathematics, Northwestern Polytechnical University, Xi’an 710072, China Department of Applied Mathematics Northwestern Polytechnical University Xi’an China

The delay Fokker-Planck equation is given for an asymmetry bistable system with correlated Gaussian white noises. The small delay approximation based on the probability density approach is used and the approximate stationary probability density function is obtained. The phenomenon of delay induced transitions is found. When a weak periodic signal is added, the phenomenon of stochastic resonance is investigated. Expression of the signal-to-noise ratio (SNR) is obtained by using the two-state theory. It is shown that the time delay can suppress or promote the stochastic resonance phenomenon.

关键词： stochastic resonance time-delayed asymmetry bistable system correlated noises

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A comprehensive construction of the domain ontology for stratigraphy

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Geoscience Frontiers 2023年第5期14卷 353-361页

作者： huiqing xu Yingying Zhao Hao Huang Shaochun Dong Yukun Shi Chunju Huang Huaichun Wu Zhiqi Qian Qiang Fang Huaguo Wen Zhongtang Su Shuang Dai Ronghua Wang Chao Li Chao Sun Junxuan Fan School of Earth Sciences and Engineering and Frontiers Science Center for Critical Earth Material Cycling Nanjing UniversityNanjing 210023China Institute of Geology and Geophysics Chinese Academy of SciencesBeijing 100029China State Key Laboratory of Biogeology and Environmental Geology School of Earth SciencesChina University of GeosciencesWuhan 430074China State Key Laboratory of Biogeology and Environmental Geology China University of GeosciencesBeijing 100083China School of Ocean Sciences China University of GeosciencesBeijing 100083China State Key Laboratory of Oil and Gas Reservoir Geology and Exploitation&Institute of Sedimentary Geology Chengdu University of TechnologyChengdu 610059China School of Earth Sciences and Key Laboratory of Mineral Resources in Western China(Gansu Province) Lanzhou UniversityLanzhou 730000China Key Laboratory of Strategic Mineral Resources of the Upper Yellow River Ministry of Natural ResourcesLanzhou 730000China State Key Laboratory of Palaeobiology and Stratigraphy Nanjing Institute of Geology and Palaeontology and Center for Excellence in Life and PaleoenvironmentChinese Academy of SciencesNanjing 210008China Institute of Geology Chinese Academy of Geological SciencesBeijing 100037China State Key Laboratory for Mineral Deposits Research Nanjing UniversityNanjing 210023China

Stratigraphic knowledge,the cornerstone of geoscience,needs to be represented by the Knowledge Graph based upon ontology,in order to apply the state-of-the-art big-data *** study aims to comprehensively construct the ontologies for the stratigraphic *** has been achieved by a federated,crowd intelligence-based collaboration among domain experts of major stratigraphic *** initial step is to enumerate key terms from authoritative references and incorporate them into the Geoscience Professional Knowledge Graphs(GPKGs)of Deep-time Digital Earth *** this process,semantic heterogeneities were meticulously addressed by professional judgement aided by an automatic detection of Homonyms at the GPKGs ***,these terms were further differentiated as either classes or properties and arranged in a hierarchical framework in a top-down ***,seven ontologies are constructed for major stratigraphic branches,i.e.,Lithostratigraphy,Biostratigraphy,Chronostratigraphy,Chemostratigraphy,Magnetostratigraphy,Cyclostratigraphy and Sequence *** ontology of Biostratigraphy,among them,is elaborated here,as no biostratigraphic ontology has been attempted before to our *** constructed biostratigraphic ontology comprises following major root classes:Fossil,Biostratigraphic unit,Biostratigraphic ***,they contribute to the eventual dating and correlating of strata in another root class:Biostratigraphic *** summary,the achievements of this study are probably heretofore the most comprehensive ontologies for the stratigraphic ***,a proto model of semantic search engine was conceived to discuss potential application of our work for better querying stratigraphic references,utilizing the semantic liaison of the classes in the constructed ontologies.

关键词： Domain ontology Stratigraphy Biostratigraphic unit Biostratigraphic horizon Fossil

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复合共治视域下大学治理体系建构

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教育发展研究 2014年第7期34卷 18-22页

作者：许慧清温州医科大学副研究员温州325000

深化教育领域综合改革,加快推进教育治理体系和治理能力现代化是今后一段时间内我国教育领域改革和发展的行动议题和中心目标。本文针对当前大学治理体系建构中存在的问题,基于复合共治视域分析在大学治理体系中施行复合共治的内涵、特... 详细信息

深化教育领域综合改革,加快推进教育治理体系和治理能力现代化是今后一段时间内我国教育领域改革和发展的行动议题和中心目标。本文针对当前大学治理体系建构中存在的问题,基于复合共治视域分析在大学治理体系中施行复合共治的内涵、特征以及优势,并提出中国特色大学治理体系的建设路径。

关键词：复合共治教授治学学生参与治理

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去他者化:农村村干部的身份追求

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社会主义研究 2006年第3期 93-94,80页

作者：徐慧清武汉大学政治与公共管理学院

农村村干部曾是国家在农村的化身和代表,但随着改革开放后国家一系列政策的推动和实行,其身份渐次向农民身份回归。但国家对村干部的利用,农村被主流社会他者化的社会背景和政府对社会转型中资源配置的显著作用,使村干部产生了借与国家... 详细信息

农村村干部曾是国家在农村的化身和代表,但随着改革开放后国家一系列政策的推动和实行,其身份渐次向农民身份回归。但国家对村干部的利用,农村被主流社会他者化的社会背景和政府对社会转型中资源配置的显著作用,使村干部产生了借与国家接触的机会摆脱农民身份,进入主流社会即去他者化的动机。

关键词：村干部身份身份转换去他者化

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速冻水饺中金黄色葡萄球菌分离株的生物被膜形成能力

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食品与发酵工业 2023年第14期49卷 178-185,I0004页

作者：林仪赖嘉琦徐慧青高志恒林靖榆李云韩山师范学院生命科学与食品工程学院广东潮州521041

金黄色葡萄球菌(简称金葡菌)污染是危害速冻水饺食品安全的风险因子,生物被膜是食品加工中细菌污染的潜在来源。为研究产品中金葡菌生物被膜形成特性,以及对消毒剂的抗性作用,以从速冻水饺中分离的金葡菌菌株为研究对象,研究了在两种常... 详细信息

金黄色葡萄球菌(简称金葡菌)污染是危害速冻水饺食品安全的风险因子,生物被膜是食品加工中细菌污染的潜在来源。为研究产品中金葡菌生物被膜形成特性,以及对消毒剂的抗性作用,以从速冻水饺中分离的金葡菌菌株为研究对象,研究了在两种常用材料表面上的生物被膜形成能力、黏附基因的分布、环境条件的影响,比较了3种消毒剂对成熟生物被膜中菌体的杀灭作用。结果表明,与聚苯乙烯表面相比,分离株在不锈钢表面能形成更强的被膜;各分离株均能检出4种以上的被膜形成基因,eno和clfB检出率100%,而bap基因在所有菌株都未被检测到。在不锈钢表面,sasG的检出与被膜形成呈极显著正相关(P<0.01),clfA和fnbA呈显著的正相关(P<0.05),而icaAD、icaBC和fib呈极显著的负相关(P<0.01);在聚苯乙烯表面,sasG呈显著正相关,fib呈显著负相关(P<0.05)。菌体生长最佳温度37℃有利于形成更多的生物被膜,在室温25℃下,菌株仍能形成较多生物量的被膜。pH 7时菌株形成被膜量最多,弱酸性和弱碱性条件下,菌株受到的影响较小。在低质量分数(<5%)条件下,NaCl对被膜的形成有一定的刺激作用。被膜的形成能在很大程度上提高膜内细胞对消毒剂的抗性,3种消毒剂中,过氧乙酸对生物被膜内菌体杀灭效果最好。该研究的结果为速冻水饺中金葡菌生物被膜研究提供了新的数据,为进一步防治和减少生物被膜的危害奠定了基础。

关键词：速冻水饺金黄色葡萄球菌生物被膜黏附基因消毒剂抗性

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一种FOA-ELM风速预测技术优化与仿真试验

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粘接 2023年第5期50卷 130-134页

作者：许慧青李程雄广东能源集团科学技术研究院有限公司广东广州510630

为提高极限学习机的短期风速预测精度,提出一种果蝇算法优化ELM的风电场短期风速预测模型。在保证ELM预测误差最小的情况下,运用FOA算法对ELM模型的初始权值和隐含层偏置进行自适应选择,实现风电场短期风速的高精度预测。选择EUNITE数... 详细信息

为提高极限学习机的短期风速预测精度,提出一种果蝇算法优化ELM的风电场短期风速预测模型。在保证ELM预测误差最小的情况下,运用FOA算法对ELM模型的初始权值和隐含层偏置进行自适应选择,实现风电场短期风速的高精度预测。选择EUNITE数据集为算例分析对象,与ELM、DE-ELM、GA-ELM和PSO-ELM相比,FOA-ELM具有更高的预测精度和更少的寻优时间,为风电场短期风速预测提供了新的方法和研究方向。

关键词：风速预测果蝇优化算法粒子群算法技术优化仿真

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芪丹通络汤对糖尿病周围神经及血管活性物质的影响

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中华中医药学刊 2016年第6期34卷 1530-1533页

作者：徐慧青江山市中医院浙江江山312030

目的:观察芪丹通络汤对糖尿病周围神经及血管活性物质的影响。方法:将符合纳入标准的糖尿病合并周围神经病变的患者62例,按照数字表法随机分为对照组(32例)和治疗组(30例),对照组给予甲钴胺注射液0.5 mg隔日1次肌肉注射,对照组在治疗组... 详细信息

目的:观察芪丹通络汤对糖尿病周围神经及血管活性物质的影响。方法:将符合纳入标准的糖尿病合并周围神经病变的患者62例,按照数字表法随机分为对照组(32例)和治疗组(30例),对照组给予甲钴胺注射液0.5 mg隔日1次肌肉注射,对照组在治疗组的基础上加服中药芪丹通络汤,两组患者疗程均为8周。观察两组治疗前、后临床疗效、TCSS评分、血糖水平及胰岛功能、神经传导速度及血管活性物质NO、NOS水平。结果:治疗组总有效率86.67%;对照组总有效率62.50%,治疗组临床疗效优于对照组,差异具有统计学意义(P0.05)、Cp S0比较差异具有统计学意义(P0.05)、腓肠神经SNCV比较差异具有统计学意义(P<0.05);两组治疗后静脉血NO比较差异具显著有统计学意义(P<0.01),NOS比较差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:芪丹通络汤不仅能够明显改善糖尿病周围神经病变患者临床症状及血糖水平,还能够明显修复周围神经、提高神经传导功能,其作用机制可能是通过调节体内NO、NOS水平,提高血流灌注,减轻神经细胞缺氧及营养不足,从而促进损伤周围神经的修复。

关键词：芪丹通络汤糖尿病周围神经病变神经传导功能

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基于卷积神经网络的细长路面病害检测方法

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计算机应用 2022年第1期42卷 265-272页

作者：许慧青陈斌王敬飞陈志毅覃健中国科学院成都计算机应用研究所成都610041 中国科学院大学北京101408 广东华路交通科技有限公司广州510420 广东交科检测有限公司广州510550 中科院广州电子技术有限公司广州510070

针对细长路面病害人工检测耗时长和当前检测方法精度不足的问题,依据病害的弱语义特性和异常几何属性,提出了能够精准定位和分类出病害的二阶段细长路面病害检测方法Epd RCNN。首先,针对细长路面病害的弱语义特性,提出了一种复用低层特... 详细信息

针对细长路面病害人工检测耗时长和当前检测方法精度不足的问题,依据病害的弱语义特性和异常几何属性,提出了能够精准定位和分类出病害的二阶段细长路面病害检测方法Epd RCNN。首先,针对细长路面病害的弱语义特性,提出了一种复用低层特征并反复融合不同阶段特征的骨干网络;其次,在训练过程中,使用一种符合病害几何属性分布的锚框机制来生成高质量的正样本供网络训练;然后,在单一高分辨率特征图上预测病害包围框,并针对该特征图使用并行级联空洞卷积模块来提升其多尺度特征表达能力;最后,针对形状各异的候选区域,使用由可变形感兴趣区域池化(RoI Pooling)和空间注意力模块组成的候选区域特征改良模块来提取符合病害几何属性的候选区域特征。实验结果表明,所提方法在光照充足图像上的平均准确率均值(mAP)为0.907,在存在光照问题图像上的mAP为0.891,综合mAP为0.899,表明该方法具有良好的检测性能和对光照的鲁棒性。

关键词：细长路面病害卷积神经网络包围框几何属性并行级联空洞卷积候选区域特征空间注意力

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