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PENG ZU Study on Healthy Aging in China(PENG ZU Cohort):Design and Goals

China CDC weekly 2024年第34期6卷 876-882页

作者： Ju Cui Jing Pang Liqun Zhang Juan Li Xiaolan Wu Xinyi Zhu Wei Ma Senlin Luo huafang gao Zhao Wang Jianping Cai Tiemei Zhang The Key Laboratory of Geriatrics Beijing Institute of GeriatricsInstitute of Geriatric MedicineChinese Academy of Medical ScienceBeijing Hospital/National Center of Gerontology of National Health CommissionBeijingChina Beijing Institute of Geriatrics Beijing HospitalBeijingChina Institute of Geriatric Medicine Chinese Academy of Medical ScienceBeijing HospitalBeijingChina Center on Aging Psychology CAS Key Laboratory of Mental HealthInstitute of PsychologyChinese Academy of SciencesBeijingChina Institute of Healthy Ageing China Research Center on AgeingBeijingChina Institute of Statistics and Big Data Renmin University of ChinaBeijingChina Beijing Institute of Technology BeijingChina National Human Genetic Resources Center National Research Institute for Family PlanningBeijingChina Department of Pharmacology School of Pharmaceutical SciencesTsinghua UniversityBeijingChina

Life expectancy is increasing,leading to the continuous aging of the population in *** the health status of the older population is crucial to achieving healthy *** primary objective of the PENG ZU Study on Healthy Aging in China(PENG ZU Cohort)is to understand the natural progression of health status among the aging Chinese ***,the PENG ZU cohort aims to identify and validate multidimensional aging markers,uncover the underlying mechanisms of systemic aging and functional decline,and develop novel strategies and measures to delay functional decline and adverse health outcomes,while maintaining overall good *** PENG ZU cohort consists of 26,000 individuals aged 25 to 89 years from seven major geographical regions in *** data and biospecimens are collected according to standardized procedures at baseline and follow-up *** recruitment for the PENG ZU cohort was completed in October *** extensive analysis of multidimensional health-related data and bioresources collected from the cohort is anticipated to develop methods for evaluating functional status and elucidating multilevel,cross-scale interactions and regulatory mechanisms of healthy *** findings from this study will enhance the understanding of health changes due to aging,facilitate efficient and effective interventions to maintain functional ability,and reduce the incidence and severity of age-related diseases,thereby further promoting healthy aging.

关键词： aging thereby maintain

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基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法

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北京工业大学学报 2017年第12期43卷 1881-1887页

作者：路建波高华方卢本卓马旭国家卫生计生委科学技术研究所人类遗传资源中心北京100081 中国科学院数学与系统科学研究院计算数学与科学工程计算研究所北京100190

为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过... 详细信息

为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过计算蛋白质和对称低温电镜密度图的离散高斯曲率来定义特征点,对低温电镜密度图,利用K-means分类来定义相应的特征点.用均方根偏差值、曲率的交叉关联系数和优化模型来匹配对应的特征点,用最小二乘法计算旋转矩阵和平移向量.最后,用同样的方法把其他部分也嵌入到对称的生物大分子中.给出了椭球体x^2+y^2/2+z^2/3=1的解析高斯曲率和数值计算的高斯曲率的比较、蛋白质1DOR的高斯曲率计算和特征点的计算结果、蛋白质1DOR和2REC的分子装配结果可视化.数值实验结果表明所提出来的一系列的方法是准确和有效的.

关键词：大分子结构低温电镜表面高斯曲率优化模型

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基于VC++的电潜泵井上位机软件系统研究

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国外电子测量技术 2019年第1期38卷 67-70页

作者：谢雁高华芳刘升虎西安石油大学教育部光电油气测井与检测重点实验室西安710065

当下,数据处理系统已经普遍应用到工业监等各个领域,而针对工程中对数据处理及分析的需求也在不断的增加。以Visual Studio 2012为上位机软件开发平台,软件设计采用VS 2012下的VC++语言进行编程,其界面框架设计选择的是Visual C++下的Wi... 详细信息

当下,数据处理系统已经普遍应用到工业监等各个领域,而针对工程中对数据处理及分析的需求也在不断的增加。以Visual Studio 2012为上位机软件开发平台,软件设计采用VS 2012下的VC++语言进行编程,其界面框架设计选择的是Visual C++下的Windows窗体应用程序来实现上位机界面的设置。上位机利用C++语言编程将外围数据源中存储的数据通过RS232接口进行接收、读取、转换、存储并实时显示等。测试表明,该系统软件页面设计良好,上下位机数据传输稳定,可实时显示、分析、存储和曲线绘制。

关键词： VC++ 数据通信实时显示

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超声波频差法流量测量技术研究

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电子测试 2019年第1期30卷 68-69页

作者：李彬韩宏军万咪高华芳西安石油大学电子工程学院陕西西安710065

超声波多普勒流量计在油田的应用十分广泛。本文提出了一种频差式液体超声波流量测量系统的总体设计方案,及对性能指标的要求,提出了软件设计方案及试验论证,实现了设计预期提出的研究指标。

关键词：超声波流量计频差多普勒

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肿瘤患者生殖储备协作网络系统设计与建设

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中华临床医师杂志（电子版） 2023年第1期17卷 84-88页

作者：汪德海李天君于磊郭昌龙方明霞高华方高建恩马旭国家卫生健康委科学技术研究所北京100081

目的利用现代信息技术建设肿瘤患者生殖储备协作网络系统(NRRN-CP),服务于肿瘤患者的生育力保存,尤其是性腺组织的保存与应用,提供规范化的组织存储体系及信息管理系统,为肿瘤患者性腺组织的保存与应用提供质量与安全的保障。方法以满... 详细信息

目的利用现代信息技术建设肿瘤患者生殖储备协作网络系统(NRRN-CP),服务于肿瘤患者的生育力保存,尤其是性腺组织的保存与应用,提供规范化的组织存储体系及信息管理系统,为肿瘤患者性腺组织的保存与应用提供质量与安全的保障。方法以满足不断变化的需求为出发点,采用迭代和分步的方式建设系统。根据业务流程与数据库、信息交换与共享、数据安全保护、子系统功能、数据管理与分析等应用需求,设计了平台框架,研究与建设肿瘤患者生殖储备协作网络系统。结果NRRN-CP采用多边形软件架构以满足不同用户对系统的业务要求;使用表征状态转移(RESTful)数据交换方式降低软件描述复杂程度;使用超文本安全传输协议(HTTPS)的数据传输方式确保数据传输的安全性。系统规范了97个关键字段,其中文本型字段46个,数字型字段51个,信息内容包括患者基本信息、体检、临床诊断、性腺采集与存储、性腺移植及移植后随访等全生命周期的信息资料,实现了对需要进行生育力保护的肿瘤患者的信息及样本进行收集、整理和存储,到最终使用的全过程进行闭环管理。结论NRRN-CP是临床开展肿瘤患者生育力保护的基础之一,可对所存储的性腺组织样本进行有效的管理,在样本存储过程、样本使用、样本移植后的随访及样本环境的监测等方面进行了规范与记录,确保样本长期存储的安全性。

关键词：生育力保护性腺组织保存组织移植

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基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统

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病毒学报 2021年第2期37卷 309-317页

作者：陈翠霞杨磊蒋太交王小龙曹宗富李天君于磊高华方马旭国家卫生健康委科学技术研究所人类遗传资源中心北京100081 国家人类遗传资源中心生物信息组北京102206 国家流感中心生物信息组北京100055 中国科学院生物物理研究所蛋白质多肽重点实验室北京100101 中国科学院空天信息创新研究院七室北京100100

随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储... 详细信息

随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(***)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。

关键词：流感病毒关键数据集翻译注释一体化序列库

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靶向捕获-高通量测序法对一个先天性白内障家系致病基因的研究

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中国计划生育学杂志 2017年第9期25卷 594-597页

作者：李乾张静曹琴英高华方马旭国家卫生计生委科学技术研究所国家人类遗传资源中心北京100081 河南省石家庄市妇产医院产前诊断中心

目的:应用靶向高通量测序技术鉴定一个常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因。方法:采用靶向捕获已知白内障致病基因并行高通量测序,筛选出候选基因,并对其进行家系内外的共分离检验。结果:该家系符合常染色体显性遗传规律,所有... 详细信息

目的:应用靶向高通量测序技术鉴定一个常染色体显性遗传先天性白内障家系的致病基因。方法:采用靶向捕获已知白内障致病基因并行高通量测序,筛选出候选基因,并对其进行家系内外的共分离检验。结果:该家系符合常染色体显性遗传规律,所有患者均为核性白内障。靶向基因测序发现,位于主要内源性蛋白MIP基因的一个杂合突变c.97C>T(p.R33C)可能是该家系的致病突变,该变异造成MIP基因编码的水通道蛋白氨基酸序列错义改变,并引起蛋白质结构异常,从而影响其功能。通过一代测序验证并确定该杂合突变为该家系的致病突变。结论:MIP基因c.97C>T(p.R33C)突变是造成该先天性白内障家系致病的分子机制。

关键词：先天性白内障靶向测序突变基因水通道蛋白

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多囊卵巢综合征患者子宫内膜的蛋白质组学研究

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中国计划生育学杂志 2020年第10期28卷 1526-1528,1721页

作者：朱宇王磊赵红翠甄秀梅马旭高华方北京协和医学院研究生院 100730 国家卫生健康委科学技术研究所北京大学第三医院

目的:应用液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术对多囊卵巢综合征(PCOS)患者子宫内膜组织进行蛋白质组学研究,寻找差异表达蛋白及其相关生物通路。方法:将符合入组条件的不孕妇女子宫内膜活检组织样本分为PCOS组(n=15)和非PCOS组(n=12),LC-MS... 详细信息

目的:应用液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术对多囊卵巢综合征(PCOS)患者子宫内膜组织进行蛋白质组学研究,寻找差异表达蛋白及其相关生物通路。方法:将符合入组条件的不孕妇女子宫内膜活检组织样本分为PCOS组(n=15)和非PCOS组(n=12),LC-MS/MS技术检测,对数据进行统计学和生物信息学分析。结果:共鉴定出7285种蛋白,其中6920种蛋白在两组样本中均表达,PCOS组上调表达蛋白290种(FC≥2.0,P<0.05),下调表达蛋白141种(FC≤0.5,P<0.05)。对蛋白进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,结果差异蛋白在色氨酸代谢,酪氨酸代谢和苯丙氨酸代谢通路中富集明显,其中色氨酸代谢通路富集最显著,涉及的差异蛋白为犬尿氨酸3单加氧酶、醛氧化酶1、胺氧化酶、HCG23341蛋白、胺氧化酶(含黄素)A、胺氧化酶(含黄素)B、2氧戊二酸脱氢酶。结论:PCOS患者子宫内膜可能存在氨基酸代谢异常,产生免疫稳态失衡、细胞增殖功能和供能改变,这种改变可能与其致病机制有关。

关键词：多囊卵巢综合征液相色谱串联质谱子宫内膜蛋白质组学氨基酸代谢

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Microbial Transformation of Pregnane-3β,16β,20-triol by Cunninghamella echinulata

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Chinese Journal of Chemistry 2013年第1期31卷 127-131页

作者： Chenru Yang huafang Fan Yuan Yuan Jinming gao Shaanxi Engineering Center of Bioresource Chemistry & Sustainable Utilization College of Science Northwest Adow University Yangling Shaanxi 712100 China

Microbial transformation of pregnane-3β,16β,20-triol （1） by Cunninghamella echinulata afforded four previ- ously unreported polyhydroxylated steroids, namely pregnane-3β,14a,16β,20-tetrol （2）, pregnane-3-oxo-14a, 16β,20-triol （3）, pregnane-3-oxo-7β,16β,20-triol （4）, and pregnane-3fl,7β,16β,20-tetrol （5）. The structures of these metabolites were established by means of spectroscopic analysis （1D and 2D NMR as well as HRESIMS analysis）.

关键词： pregnane-3β 16β,20-triol Cunninghamella echinulata biotransformation hydroxylation biocatalysis

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基于ISO 20387:2018标准生物样本库文件构建

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转化医学杂志 2020年第3期9卷 133-136页

作者：李天君汪德海于磊张桂福高建恩高华方马旭国家卫生健康委科学技术研究所北京100081

质量管理体系文件是保障生物样本库标准化运行的前提。ISO 20387:2018标准《生物技术—生物样本保藏—生物样本库通用要求》是全球第一个生物样本库专用认可标准,对体系文件的建设具有指导和实践作用。作者探讨了ISO 20387:2018标准文... 详细信息

质量管理体系文件是保障生物样本库标准化运行的前提。ISO 20387:2018标准《生物技术—生物样本保藏—生物样本库通用要求》是全球第一个生物样本库专用认可标准,对体系文件的建设具有指导和实践作用。作者探讨了ISO 20387:2018标准文件要求内容和构架,以及其在生物样本库文件建设中的作用。应用ISO 20387:2018标准构建体系化、标准化文件模式,能够促进生物样本库质量管理体系持续改进,进一步提升生物样本库的能力和信任度,保障生物样本库健康有序发展。

关键词：生物样本库 ISO 20387:2018 质量管理体系文件构建

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