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DeepSecE:A Deep-Learning-Based Framework for Multiclass Prediction of Secreted Proteins in Gram-Negative Bacteria

Research 2024年第3期2023卷 243-257页

作者： Yumeng Zhang Jiahao guan Chen Li Zhikang Wang Zixin Deng Robin BGasser Jiangning Song hong-Yu Ou state Key Laboratory of Microbial Metabolism Joint International Laboratory on Metabolic&Developmental SciencesSchool of Life Sciences and BiotechnologyShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China Shanghai Key Laboratory of Veterinary Biotechnology Shanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China Biomedicine Discovery Institute and Department of Biochemistry and Molecular Biology Monash UniversityMelbourneViC 3800Australia Monash Data Futures Institute Monash UniversityMelbourneViC 3800Australia Melbourne Veterinary School Faculty of ScienceThe University of MelbourneParkvilleVIC 3010Australia.

Proteins secreted by Gram-negative bacteria are tightly linked to the virulence and adaptability of these microbes to environmental *** identification of such secreted proteins can facilitate the investigations of infections and diseases caused by these bacterial ***,current bioinformatic methods for predicting bacterial secreted substrate proteins have limited computational efficiency and application scope on a genome-wide ***,we propose a novel deep-learning-based framework—DeepSecE—for the simultaneous inference of multiple distinct groups of secreted proteins produced by Gram-negative *** remarkably improves their classification from nonsecreted proteins using a pretrained protein language model and transformer,achieving a macro-average accuracy of 0.883 on 5-fold *** benchmarking suggests that DeepSecE achieves competitive performance with the state-of-the-art binary predictors specialized for individual types of secreted *** attention mechanism corroborates salient patterns and motifs at the N or C termini of the protein *** this pipeline,we further investigate the genome-wide prediction of novel secreted proteins and their taxonomic distribution across~1,000 Gram-negative bacterial *** present analysis demonstrates that DeepSecE has major potential for the discovery of disease-associated secreted proteins in a diverse range of Gram-negative *** online web server of DeepSecE is also publicly available to predict and explore various secreted substrate proteins via the input of bacterial genome sequences.

关键词： Deep server competitive

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双系缆气球绳网系统抗风能力的仿真分析

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系统仿真学报 2007年第14期19卷 3139-3141,3144页

作者：杜亮洪冠新北京航空航天大学航空科学与工程学院北京100083

为研究一种双系缆气球绳网系统的设计和使用的问题,在系统动力学模型的基础上对系统的抗风能力进行了分析。仿真出双系缆气球绳网系统在常值风作用下的空间姿态、受力状况,以及在典型风场作用下的动力学响应。分析了常值风的速度、风向... 详细信息

为研究一种双系缆气球绳网系统的设计和使用的问题,在系统动力学模型的基础上对系统的抗风能力进行了分析。仿真出双系缆气球绳网系统在常值风作用下的空间姿态、受力状况,以及在典型风场作用下的动力学响应。分析了常值风的速度、风向对系统的影响,并研究了气球阻力系数、气球容积及气球蒙皮面积质量密度主要设计参数对双系缆气球绳网系统抗风能力、结构载荷的影响。仿真计算结果表明双系缆气球绳网系统具有较强的抗风能力,为系统的设计提供了依据。

关键词：系缆气球抗风能力稳定性风场

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Harnessing the holobiont to alleviate the stress of aluminum toxicity to rice

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Soil Ecology Letters 2024年第1期6卷 7-9页

作者： hong-Zhe Li Yong-guan Zhu Key Lab of Urban Environment and Health Institute of Urban EnvironmentChinese Academy of SciencesXiamen 361021China Fujian Key Laboratory of Watershed Ecology Institute of Urban EnvironmentChinese Academy of SciencesXiamen 361021China Research Center for Eco-Environmental Sciences Chinese Academy of SciencesBeiing 100085China

Plant microbiome(including the microbiomes in the rhizosphere,phyllosphere,and endosphere)has been hailed as the second genome of the host,and plays a critical role in the health and fitness of the *** to clinical medicine,microbiome transplant has been suggested to improve ecosystem restoration and crop production in degraded environment(Jurburg et al.,2022).This concept aligns with recent findings that emphasize the significant impact of soil and plant-associated microbiomes in agricultural productivity and the health of host plants(Wubs et al.,2016;Carthey et al.,2020;Mazza Rodrigues and Melotto,2023).

关键词： finding Harness soil

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适用于有限空间的高压电容器快速更换装置

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农村电气化 2024年第5期 76-78,81页

作者：邱晓杰吴武超张浪华郑伟坤傅一凡关宏国网福建省电力有限公司厦门超高压分公司福建厦门361000

高压电容器安装时主要采用人工方式,托举难度大、拆装风险高,需多人协作且费时费力,严重影响了运维检修工作效率。基于此,文章设计了一套有限空间下高压电容器快速更换装置,主要包括传输结构和支撑结构2部分。其中,传输结构设置垂直和... 详细信息

高压电容器安装时主要采用人工方式,托举难度大、拆装风险高,需多人协作且费时费力,严重影响了运维检修工作效率。基于此,文章设计了一套有限空间下高压电容器快速更换装置,主要包括传输结构和支撑结构2部分。其中,传输结构设置垂直和水平传输装置,方便电容器模块起吊和进出,免去了搬运费力和容易掉落的问题,可提高检修工作效率;支撑结构采用焊接框架和调平元件,保证高压电容器快速更换装置在作业过程中有足够的安全系数,可强化现场作业管控。该装置实用价值显著,值得深入研究和拓展应用。

关键词：高压电容器有限空间快速更换智能控制

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β-谷甾醇对创伤性脑损伤大鼠的保护作用及对铁死亡-脂质代谢途径的影响

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现代生物医学进展 2024年第1期24卷 38-45页

作者：杜俊凯关红李治延徐之超白立曦谢万科西安交通大学第一附属医院急诊中心陕西西安710061

目的:揭示β-谷甾醇(Sito)对创伤性脑损伤(TBI)大鼠的保护作用及对铁死亡-脂质代谢途径的影响。方法:将大鼠分为Sham组(n=10)、TBI组(n=11)、TBI+10Sito组(n=10)、TBI+20Sito组(n=10)、TBI+40Sito组(n=10)和TBI+40Sito+GPX4-IN-3组(n=10)。Sham组大鼠不进行造模,其他组大鼠为TBI模型大鼠。Sham组和TBI组大鼠每天灌胃1 mL0.5%羧甲基纤维素钠。TBI+10Sito组、TBI+20Sito组、TBI+40Sito组大鼠分别灌胃1 mL 10、20、40 mg/kg/d的β-谷甾醇。TBI+40Sito+GPX4-IN-3组大鼠同时灌胃0.5 mL 40 mg/kg/d的β-谷甾醇和0.5 mL 15 mg/kg/d的GPX4-IN-3(铁死亡选择性诱导剂)。各组大鼠均给药14 d。给药结束后,检测了各组大鼠的神经功能评分。通过Morris水迷宫实验评价认知功能。通过蔗糖偏好实验和旷场实验评价行为学。检测血清脂质代谢指标[总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-c)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-c)]水平、脑组织含水量、脑组织氧化应激指标[超氧化物歧化酶(SOD)和丙二醛(MDA)]水平、脑组织Fe^(2+)含量。通过苏木素伊红(HE)染色和尼氏染色评价脑组织损伤。通过Western blot和免疫荧光染色检测谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)蛋白表达。结果:与Sham组比较,TBI组大鼠的神经功能评分和逃避潜伏期升高,穿越平台次数、蔗糖偏好率、水平活动分数和垂直活动分数降低,TC、TG和LDL-c升高,HDL-c降低,脑组织含水量升高,神经元出现明显损伤,SOD水平降低,MDA水平升高,Fe^(2+)含量升高,GPX4蛋白表达水平和GPX4相对荧光强度降低(P<0.05)。与TBI组比较,TBI+10Sito组、TBI+20Sito组和TBI+40Sito组大鼠的神经功能评分和逃避潜伏期降低,穿越平台次数、蔗糖偏好率、水平活动分数和垂直活动分数升高,TC、TG和LDL-c降低,HDL-c升高,脑组织含水量降低,神经元损伤明显减轻,SOD水平升高,MDA水平降低,Fe^(2+)含量降低,GPX4蛋白表达水平和GPX4相对荧光强度升高(P<0.05)。与TBI+40Sito组比较,TBI+40Sito+GPX4-IN-3组大鼠的神经功能评分和逃避潜伏期升高,穿越平台次数、蔗糖偏好率、水平活动分数和垂直活动分数降低,TC、TG和LDL-c升高,HDL-c降低,脑组织含水量升高,神经元损伤加重,SOD水平降低,MDA水平升高,Fe^(2+)含量升高,GPX4蛋白表达水平和GPX4相对荧光强度降低(P<0.05)。结论:β-谷甾醇可有效减轻TBI后的继发性损伤,其机制可能与抑制铁死亡途径介导的氧化应激和脂质代谢紊乱有关。

关键词：创伤性脑损伤 β-谷甾醇铁死亡脂质代谢氧化应激

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层子模型前后——关于声称以马克思主义哲学指导物理学研究的一个案例分析

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自然辩证法通讯 2006年第2期28卷 97-103,85页

作者：关洪中山大学物理系广东广州510275

本文回顾了从20世纪50年代初期开始,在我国对“物理学中的唯心主义”进行的多次批判运动。特别是依据“百花齐放”的方针,对层子模型前后声称以马克思主义指导基本粒子理论研究,并指责同行物理学家为“唯心主义”的一些言论进行了案例... 详细信息

本文回顾了从20世纪50年代初期开始,在我国对“物理学中的唯心主义”进行的多次批判运动。特别是依据“百花齐放”的方针,对层子模型前后声称以马克思主义指导基本粒子理论研究,并指责同行物理学家为“唯心主义”的一些言论进行了案例分析。

关键词：马克思主义哲学唯心主义双百方针层子模型

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论爱因斯坦《关于光的产生和转化的一个试探性观点》一文的得失

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自然辩证法通讯 2005年第2期27卷 7-11,6页

作者：关洪中山大学物理系广东广州510275

本文评论了爱因斯坦1905年提出光量子概念的论文,强调应当区别光的产生和转化以及光的自由传播这两种过程。以光电效应和康普顿散射为代表的一切有关实验证明了的都是光在与物质相互作用时以光子的形式出现,并没有证明光在传播中以光... 详细信息

本文评论了爱因斯坦1905年提出光量子概念的论文,强调应当区别光的产生和转化以及光的自由传播这两种过程。以光电效应和康普顿散射为代表的一切有关实验证明了的都是光在与物质相互作用时以光子的形式出现,并没有证明光在传播中以光子流的形式存在。根据电磁场的量子理论,光在传播中一般不处在光子数的本征态,不适宜运用光子的语言来描述。

关键词：爱因斯坦光量子光电效应康普顿散射

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哲学对科学和科学哲学——温伯格《仰望苍穹——科学反击文化对手》读后感

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自然科学史研究 2005年第3期24卷 269-279页

作者：关洪中山大学物理系广州510275

1 引言

关键词：科学哲学温伯格文化理论物理学家诺贝尔物理奖广义相对论标准模型电磁作用研究论文

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有限空间里可不可以有量子力学?

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光子学报 1999年第2期28卷 118-119页

作者：关洪中山大学物理系

在文献１里，李春芳等人讨论一维无限深方势阱中粒子动量分布问题的出发点是所谓“量子力学的整体性概念”，而所得到的结论则是：“Ｌａｎｄａｕ和Ｌｉｆｓｈｉｔｚ的结果是正确的，Ｐａｕｌｉ的结果是不正确的”我们认为有必要指... 详细信息

在文献１里，李春芳等人讨论一维无限深方势阱中粒子动量分布问题的出发点是所谓“量子力学的整体性概念”，而所得到的结论则是：“Ｌａｎｄａｕ和Ｌｉｆｓｈｉｔｚ的结果是正确的，Ｐａｕｌｉ的结果是不正确的”我们认为有必要指出，上述出发点和结论，都是站不住脚...

关键词：有限空间量子力学整体性概念

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Quality assessment of friction-stir-welded aluminum alloy welds via three-dimensional force signals

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Advances in Manufacturing 2024年第1期12卷 61-75页

作者： Ji-hong Dong Yi-Ming Huang Jia-Lei Zhu Wei guan Xu-Kai Ren Huan-Wei Yu Lei Cui Beijing Institute of Petrochemical Technology Beijing102617People’s Republic of China Beijing Academy of Safety Engineering and Technology Beijing102617People’s Republic of China AVIC Manufacturing Technology Institute Beijing100024People’s Republic of China Tianjin Key Laboratory of Advanced Joining Technology School of Materials Science and EngineeringTianjin UniversityTianjin300350People’s Republic of China Shaoxing Special Equipment Testing Institute Shaoxing Key Laboratory of Special Equipment Intelligent Testing and EvaluationShaoxing312071ZhejiangPeople’s Republic of China

An online detection technology must be developed for realizing the real-time control of friction stir *** this study,the three-dimensional force exerted on a material during friction stir welding was collected synchronously and the relationship between the forces and welding quality was *** results indicated that the fluctuation period of the traverse force was equal to that of the lateral force during the stable welding *** phase difference between two horizontal forces wasπ/*** values of the horizontal forces increased with welding speed,whereas their amplitudes remained the *** proposed force model showed that the traverse and lateral forces conformed to an elliptical curve,and this result was consistent with the behavior of the measured *** variational mode decomposition was used to process the plunge *** intrinsic mode function that represented the real fluctuation in the plunge force varied at the same frequency as the spindle rotational *** tunnel defects occurred,the fluctuation period features were consistent with those obtained during normal welding,whereas the ratio parameter defined in this study increased significantly.

关键词： Friction stir welding(FSW) Three-dimensional force model Variational mode decomposition Tunnel defect

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