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A High-throughput Genomic Tool： Diversity Array Technology Complementary for Rice Genotyping

Journal of Integrative Plant Biology 2006年第9期48卷 1069-1076页

作者： Yong Xie Kenneth McNally Cheng-Yun Li hei leung You-Yong Zhu National Center for Agro-biodiversity Yunnan Agricultural University Kunming 650201 China Genetic Resources Center International Rice Research Institute DAPO P.O. Box 7777 Metro Manila Philippines Entomology and Plant Pathology Division International Rice Research Institute DAPO P.O. Box 7777 Metro Manila Philippines

Diversity array technology （DART^TM） was a genotyping tool characterized gel-independent and high throughput. The main purpose of present study is to validate DArT for rice （Oryza sativa L.）genotyping in a high throughput manner. Technically, the main objective was to generate a rice general purpose gene pool, and optimize this genomic tool in order to evaluate rice germplasm genetic diversity. To achieve this, firstly, a generalpurpose DArT array was developed. Ten representatives from 24 varieties were hybridized with the general-purpose array to determine the informativeness of the clones printed on the array. The informative 1 152 clones were re-arrayed on a slide and used to fingerprint 17 of 24 germplasms. Hybridizing targets prepared from the germplasm to be assayed to the DNA array gave DNA fingerprints of germplasms. Raw data were normalized and transformed into binary data, which were then analyzed by using NTSYSpc （Numerical taxonomy system for cluster and ordination analysis, v. 2.02j） software package. The graphically displayed dendrogram derived from the array experimental data was matched with simple sequence repeats genotyping outline and varieties＇ pedigree deviation of the different varieties. Considering DArT is a sequence-independent genotyping approach, it will be applied in studies of the genetic diversity and the gene mapping of diverse of organisms, especially for those crops with less-developed molecular markers.

关键词： amplified fragment length polymorphisms diversity array technology genome complexity reduction microarray rice genotyping

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稻瘟病菌体细胞色素的变异性及其突变体

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中国水稻科学 1992年第2期6卷 83-88页

作者：沈瑛朱培良袁筱萍 hei leung 中国水稻研究所杭州310006 国际水稻研究所

利用紫外光诱变,从来自菲律宾田间的一个具有广谱毒性的流行菌株PO6—6中获得一些浅黄色素突变株,并检测了它侵染水稻的频率;同时对利用浅黄色的表现型来研究体细胞变异的可能性进行了探讨。在所测试的13个浅黄色素突变株中,有6个能使... 详细信息

利用紫外光诱变,从来自菲律宾田间的一个具有广谱毒性的流行菌株PO6—6中获得一些浅黄色素突变株,并检测了它侵染水稻的频率;同时对利用浅黄色的表现型来研究体细胞变异的可能性进行了探讨。在所测试的13个浅黄色素突变株中,有6个能使水稻产生病斑。在品种CO39、IR50、IR36上能重新分离到浅黄色素突变株。由此表明,某些浅黄色的突变株具有侵染水稻的能力,它们没有通常的黑色素合成。从一些浅黄色突变株引起的病斑上获得的单孢培养菌中,野生菌株(Wild type)色素的频率范围为10％～100％。由浅黄色突变株引起的病斑中也可重新获得白色的变异物。在室内培养试验中,出现色素变异的频率未超出10^(-3)～10^(-4)的范围。用一个浅黄色突变株和野生类型的分离菌株进行的相互接种中,从品种IR50的病斑上分离的单孢中,浅黄色菌株占绝对优势。在一次实验中,由浅黄色素培养菌所引起的一个病斑中,同时获得了浅黄色和灰黑色的培养菌。这些结果表明,体细胞色素的变异也许表现在与寄主植物之间的互作。

关键词：体细胞色素变异性

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Genetic Analysis and Gene Mapping of Light Brown Spotted Leaf Mutant in Rice

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Rice science 2013年第1期20卷 13-18页

作者： FENG Bao-hua YANG Yang SHI Yong-feng LIN Lu CHEN Jie WEI Yan-lin hei leung WU Jian-li State Key Laboratory of Rice Biology/Chinese National Center for Rice Improvement China National Rice Research Institute College of Life and Environmental Sciences Hangzhou Normal University College of Life Sciences Anhui Normal University International Rice Research Institute DAPO Box 7777 Metro ManilaPhilippines

A light brown spotted-leaf mutant of rice was isolated from an ethane methyl sulfonate （EMS）- induced IR64 mutant bank. The mutant, designated as Ibsll （light brown spotted-leaf 1）, displayed light brown spot in the whole growth period from the first leaf to the flag leaf under natural summer field conditions. Agronomic traits including plant height, growth duration, number of filled grains per panicle, seed-setting rate and 1000-grain weight of the mutant were significantly affected. Genetic analysis showed that the mutation was controlled by a single recessive gene, tentatively named Ibsll（t）, which was mapped to the short arm of chromosome 6. By developing simple sequence repeat （SSR） markers, the gene was finally delimited to an interval of 130 kb between markers RM586 and RM588. The Ibsll（t） gene is likely a novel rice spotted-leaf gene since no other similar genes have been identified near the chromosomal region. The genetic data and recombination populations provided will facilitate further fine-mapping and cloning of the gene.

关键词： Oryza sativa leaf color spotted-leaf molecular marker gene mapping

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CO39近等基因系抗稻瘟病性分析

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作物学报 2001年第6期27卷 838-841页

作者：何月秋唐文华 hei leung RobertS.Zeigler 云南农业大学云南省植物病理重点实验室云南昆明650201 中国农业大学植物病理系北京100094 国际水稻研究所昆虫植病系

利用 14个稻瘟病菌菌株在温室分别接种和在自然病圃两个年度对 CO39近等基因系进行鉴定。结果表明 ,这套近等单基因系和近等多基因系具很好的鉴别能力。抗病基因 Pi- 3提供抗病性的时间较长 ,病斑数较少。

关键词：近等基因系稻瘟病抗病性 CO39 水稻遗传性

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Pot 2在稻瘟病菌群体结构分析中的应用

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华中农业大学学报 2000年第4期19卷 317-321页

作者：何月秋唐文华2 hei leung Robert S.Zeigler 国际水稻研究所昆虫植病系中国农业大学植物病理系北京100094

利用稻瘟病菌的一段倒位重复序列Pot2设计的一对引物直接对稻瘟病菌的DNA进行PCR扩增。根据带型相似性大于 80 %为度可将国际水稻所一个稻瘟病圃上的 31 0个菌株划分 6个宗亲群 (lineage)。这些依分子标记划分的宗亲群与品种的遗传背景... 详细信息

利用稻瘟病菌的一段倒位重复序列Pot2设计的一对引物直接对稻瘟病菌的DNA进行PCR扩增。根据带型相似性大于 80 %为度可将国际水稻所一个稻瘟病圃上的 31 0个菌株划分 6个宗亲群 (lineage)。这些依分子标记划分的宗亲群与品种的遗传背景有密切关系 ,而且各宗亲群在水稻不同生育期有不同的波动方式。

关键词： Pot 2 稻瘟病菌群体结构

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三黄占2号稻瘟病抗性与稻米直链淀粉含量的关系研究

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作物学报 2006年第2期32卷 159-163页

作者：张少红刘斌朱小源杨健源伍尚忠 hei leung 广东省农业科学院水稻研究所广东广州510640 广东省农业科学院植物保护研究所广东广州510640 菲律宾国际水稻研究所

以高抗稻瘟病、直链淀粉含量(AC)较高的三黄占2号和高感稻瘟病、AC较低的丽江新团黑谷衍生的重组自交系群体为研究材料,从性状的相关性和控制两性状的基因在染色体上的位置关系剖析稻瘟病抗性和稻米AC的内在关系。结果表明,两性状间没... 详细信息

以高抗稻瘟病、直链淀粉含量(AC)较高的三黄占2号和高感稻瘟病、AC较低的丽江新团黑谷衍生的重组自交系群体为研究材料,从性状的相关性和控制两性状的基因在染色体上的位置关系剖析稻瘟病抗性和稻米AC的内在关系。结果表明,两性状间没有显著的相关性。3个与AC相关的QTL分别被定位在第5、6和7染色体上,其加性效应均来自丽江新团黑谷,起降低AC的作用。比较这些QTL与先前对同一群体鉴定的稻瘟病抗性基因(主效基因和QTL)在染色体上的位置,表明控制这两性状的基因没有紧密连锁关系,亦没有显著的基因间互作。据此认为,通过亲本的合理选择和分子标记辅助选择,可以把三黄占2号稻瘟病持久抗性与理想AC整合到同一品系中,育成优质、抗病的优良品种。

关键词：稻瘟病抗性直链淀粉含量基因定位相关性水稻

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一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法

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中国水稻科学 2007年第2期21卷 215-219页

作者：邱福林邵国军 hei leung 吴建利程式华沈阳农业大学辽宁沈阳110161 辽宁省农业科学院稻作研究所辽宁沈阳110101 国际水稻研究所昆虫和植物病理系中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室浙江杭州310006

介绍了一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法。利用该方法根据12个候选基因序列设计了12对引物,其中10对引物可以正常工作,能从基因组中扩增出特异性条带,合格率为83%,并且成功地在突变体中检测到点突变。这一方法不仅可以用于水稻... 详细信息

介绍了一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法。利用该方法根据12个候选基因序列设计了12对引物,其中10对引物可以正常工作,能从基因组中扩增出特异性条带,合格率为83%,并且成功地在突变体中检测到点突变。这一方法不仅可以用于水稻,也可以用于其他动植物。同时,对引物设计过程中常见问题进行了讨论并给出了解决办法。

关键词：水稻定向诱导基因组局部突变点突变检测引物设计聚合酶链式反应

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以新一代高效基因芯片辅助培育抗病、耐冷优良水稻品种

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中国科技成果 2009年第15期10卷 10-11页

作者：刘斌 hei leung 广东省农业科学院国际水稻研究所

稻瘟病是最具毁灭性的水稻病害，大多数抗病品种推广应用1～3年后即丧失其稻瘟病抗性，提高水稻品种稻瘟病抗性、延长抗性寿命已成为水稻改良中急需解决的问题。另外，发生在2～4月间的低温常导致我国南方早稻烂秧率30％～40％，重者可... 详细信息

稻瘟病是最具毁灭性的水稻病害，大多数抗病品种推广应用1～3年后即丧失其稻瘟病抗性，提高水稻品种稻瘟病抗性、延长抗性寿命已成为水稻改良中急需解决的问题。另外，发生在2～4月间的低温常导致我国南方早稻烂秧率30％～40％，重者可达60％～70％，这是我国南方早造常规籼稻和杂交籼稻减产的主要因素之一。

关键词：水稻品种基因芯片抗病稻瘟病抗性培育耐冷品种推广应用杂交籼稻

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一个新的水稻卷叶突变体的遗传分析与基因定位

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中国科学（C辑） 2009年第4期39卷 407-412页

作者：施勇烽陈洁刘文强黄奇娜沈波 hei leung 吴建利中国水稻研究所国家水稻改良中心水稻生物学国家重点实验室杭州310006 杭州师范大学生命与环境科学学院杭州310016 International Rice Research Institute DAPO Box7777Metro ManilaPhilippines

水稻叶片发育异常的突变体是研究水稻叶片发育分子机理的重要材料.本研究在IR64的EMS突变体库中发现了一个新的卷叶突变体材料w32,在整个生育期过程叶片都表现高度卷曲.突变体w32与IR24、培矮64杂交构建F2群体进行遗传分析,结果表明,卷... 详细信息

水稻叶片发育异常的突变体是研究水稻叶片发育分子机理的重要材料.本研究在IR64的EMS突变体库中发现了一个新的卷叶突变体材料w32,在整个生育期过程叶片都表现高度卷曲.突变体w32与IR24、培矮64杂交构建F2群体进行遗传分析,结果表明,卷叶性状受一个隐性基因控制.选用w32/PA64F2群体中的1846个卷叶单株进行基因定位,在卷叶和正常叶的DNA池中筛选到两个多态性标记RM6697和RM20781,并确定该卷叶基因位于第7染色体短臂上,是一个尚未报道过的基因,暂命名为rl11(t).利用新发展的11个SSR标记和19个InDel标记,最终将rl11(t)基因定位在一个约52kb的区段上,为最终克隆该卷叶基因奠定了基础.

关键词：水稻(Oryza sativa L.) 卷叶基因分子标记物理图谱

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用于水稻突变体大量筛选的DNA微量快速提取法

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中国水稻科学 2006年第3期20卷 329-332页

作者：邱福林王和和陈洁庄杰云 hei leung 程式华吴建利沈阳农业大学辽宁沈阳110161 国际水稻研究所昆虫和植物病理系中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室浙江杭州310006

介绍了一种高通量水稻DNA微量快速抽提法。该方法特别适用于精细作图群体和大型突变体库的筛选鉴定,不仅通量大、速度快,而且可以确保足够的DNA浓度和纯度。DNA质量可以确保一般的PCR扩增,包括SSR检测以及应用于TILLING(targetinginduce... 详细信息

介绍了一种高通量水稻DNA微量快速抽提法。该方法特别适用于精细作图群体和大型突变体库的筛选鉴定,不仅通量大、速度快,而且可以确保足够的DNA浓度和纯度。DNA质量可以确保一般的PCR扩增,包括SSR检测以及应用于TILLING(targetinginducedlocal lesionin genome)分析。

关键词：水稻点突变检测(TILLING) DNA提取聚合酶链式反应

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