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两起GII.2型诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情的病原学分析

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国际病毒学杂志 2017年第6期24卷 384-388页

作者：闫革彬彭华舒高林李东迅王维钧徐代庆严寒秋北京市昌平区疾病预防控制中心办公室 102206 北京市昌平区疾病预防控制中心微生物检验科 102206 北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所

目的调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用... 详细信息

目的调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用一步法RT-PCR扩增诺如病毒衣壳蛋白区部分基因,将PCR产物双向测序,采用Bio Edit和MEGA 6.06软件进行序列比对和进化分析.结果 70份粪便标本中37份为诺如病毒GII组核酸阳性,检出率为52.86％;未检出GI组.13份阳性标本的测序结果经序列比对均为诺如病毒GII.2基因型.两所幼儿园疫情代表毒株同源性为99.6％,与2016年北京和江苏毒株（GenBank序列号KY421122和KY421121）同源性最高.进化分析显示,两所幼儿园疫情代表毒株与诺如病毒GII.2基因型位于一个大的进化簇上,同中国的3株GII.2基因型毒株（GenBank序列号KY457736、KY421122、KY421121）亲缘关系最近.结论北京昌平区两所幼儿园出现的病毒性腹泻疫情的毒株为GII.2型,应加强日常监测与防控.

关键词：诺如病毒暴发 GII.2型进化树

新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测试剂盒的检测效果比较

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国际病毒学杂志 2022年第3期29卷 216-220页

作者：李伟红潘阳冯兆民张冬莹王丽丽丰一兴高志勇严寒秋张代涛北京市疾病预防控制中心传染病地方病控制所北京100013

目的评估三种商业化试剂盒对新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测的效果。方法收集2021年12月北京市监测发现的经测序分析确定为新型冠状病毒奥密克戎变异株的咽拭子标本8份,同时收集北京市2021年11月监测发现的新型冠状病毒德尔塔变异... 详细信息

目的评估三种商业化试剂盒对新型冠状病毒奥密克戎变异株核酸检测的效果。方法收集2021年12月北京市监测发现的经测序分析确定为新型冠状病毒奥密克戎变异株的咽拭子标本8份,同时收集北京市2021年11月监测发现的新型冠状病毒德尔塔变异株咽拭子标本5份,用三种针对新型冠状病毒奥密克戎变异株的商业化荧光定量RT-PCR试剂盒进行检测,对检测效果进行比较分析。取其中两份Ct值较低的样本10倍系列稀释5个梯度,用于比较检测试剂的灵敏性。结果三种试剂盒均能特异性地检出8份奥密克戎变异株和5份非奥密克戎株(德尔塔变异株)。试剂A和B的灵敏性高于试剂盒C一个稀释度。结论三种试剂盒均能特异性地检测奥密克戎变异株。试剂盒A核酸用量最少,虽然只检测一个变异位点(Q498R),但该位点是奥密克戎变异株特有的,从而使实验操作和结果判定都更简便。

关键词：新型冠状病毒奥密克戎荧光定量RT-PCR 检测试剂盒评估

应用调整Serfling回归模型估计2012-2019年北京市肠道门诊超额腹泻病例数

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疾病监测 2021年第4期36卷 387-391页

作者：刘白薇王宇田祎王小莉严寒秋李伟红沈玲羽高志勇贾蕾王全意北京市疾病预防控制中心/北京市预防医学研究中心北京100013

目的估计北京市肠道门诊超额腹泻病例数,分析2012—2019年腹泻病例超额特点。方法利用2012—2019年北京市16家全年开诊的肠道门诊腹泻初诊病例数,应用调整Serfling回归模型进行拟合,估计肠道门诊中腹泻病例的超额发病情况。结果2012—2... 详细信息

目的估计北京市肠道门诊超额腹泻病例数,分析2012—2019年腹泻病例超额特点。方法利用2012—2019年北京市16家全年开诊的肠道门诊腹泻初诊病例数,应用调整Serfling回归模型进行拟合,估计肠道门诊中腹泻病例的超额发病情况。结果2012—2019年,北京市16家全年开诊的肠道门诊初诊病例共216930例,大部分患者年龄≥18岁。经过调整Serfling回归模型拟合后,共出现10个超额流行期,累计超额病例数为28135例(95%CI:13423~42847),占同期拟合基线水平的比值为50.10%(95%CI:23.90%~76.29%)。春、夏、秋、冬季的肠道门诊超额腹泻病例数分别为2673例(95%CI:985~4361)、11564例(95%CI:6296~16833)、2570例(95%CI:1112~4028)、11328例(95%CI:5030~17626)。2012—2019年北京市夏季超额腹泻病例数出现下降趋势(χ^(2)=5949.180,P<0.001),冬季超额腹泻病例数自2016年不断增加。结论夏季是北京市肠道门诊腹泻病例就诊高峰,但近年来冬季超额腹泻病例数明显增加,应加强冬季病毒性腹泻监测,调整相应防控策略。

关键词：肠道门诊腹泻超额病例数调整Serfling回归模型

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北京地区市售牡蛎轮状病毒污染调查

中华实验和临床病毒学杂志 2016年第1期30卷 41-44页

作者：严寒秋刘白薇霍达李丹地钱海坤陈丽娟王全意北京市疾病预防控制中心食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室 100013 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所

目的调查北京地区市售牡蛎轮状病毒的污染状况。方法2014年2月至2015年3月，在北京市某大型水产品批发市场采集，每摊位采5只为一组，共56组280只牡蛎。用3种方法对样品前处理：直接处理法、PEG8000沉淀法和蛋白酶K消化．PEG8000沉淀法... 详细信息

目的调查北京地区市售牡蛎轮状病毒的污染状况。方法2014年2月至2015年3月，在北京市某大型水产品批发市场采集，每摊位采5只为一组，共56组280只牡蛎。用3种方法对样品前处理：直接处理法、PEG8000沉淀法和蛋白酶K消化．PEG8000沉淀法。然后利用荧光RT-PCR检测样品的A组轮状病毒核酸，采用半巢式反转录．聚合酶链反应方法对A组轮状病毒核酸阳性进行G、P基因分型。对阳性毒株的VP7和VP4基因进行扩增和测序，采用Mega6．06软件构建进化树，建树方法为最大似然法。结果直接处理法、PEG8000沉淀法和蛋白酶K消化．PEG8000沉淀法3种前处理方法A组轮状病毒检出率分别为3．57％（2／56）、7．14％（4／56）和5．38％（3／56）。56组样品中8组A组轮状病毒核酸检测阳性，检出率为14．29％，均在秋冬季检出。轮状病毒基因型组合型为G9／P[8]（2株）和G9／P[N]（6株）。3株轮状病毒VP7基因和1株轮状病毒VP4基因成功测序，进化分析显示与近年来我国流行的G9／P[8]型毒株同源性最高。结论北京地区秋冬季市售部分牡蛎存在轮状病毒污染，有引起食源性疾病的风险。

关键词：牡蛎 A组轮状病毒半巢式RT-PCR 基因型

2013-2019年北京市昌平区霍乱弧菌病原学和分子流行病学特征分析

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疾病监测 2020年第8期35卷 735-741页

作者：舒高林李东迅彭华王维钧银安琪牛桓彩严寒秋北京市昌平区疾病预防控制中心北京102200 北京市疾病预防控制中心/北京市预防医学研究中心/食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013

目的了解2013—2019年北京市昌平区霍乱弧菌表型及其分子特征。方法采用常规培养方法对2013—2019年北京市昌平区疑似霍乱标本进行检测。对分离鉴定的O1群小川型霍乱弧菌,用NotⅠ和SfiⅠ两种内切酶进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)、用荧光PCR... 详细信息

目的了解2013—2019年北京市昌平区霍乱弧菌表型及其分子特征。方法采用常规培养方法对2013—2019年北京市昌平区疑似霍乱标本进行检测。对分离鉴定的O1群小川型霍乱弧菌,用NotⅠ和SfiⅠ两种内切酶进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)、用荧光PCR和普通PCR进行9种毒力基因检测,用微量肉汤稀释法进行21种药物敏感试验。结果 2013—2019年北京市昌平区共分离到29株O1群小川型霍乱弧菌,其中散发病例中分离到10株,一起聚集性疫情中分离到19株。29株菌经NotⅠ和SfiⅠ双酶切后可分成3种PFGE谱型(CP-01~03),3种PFGE谱型间的相似系数为78.50%~100.00%,以CP-02为主(27/29,93.10%)。所有菌株均不携带ctxAB基因,携带toxR和hlyA基因,其他毒力基因ompU、tcpA、tcpI、rtxC、zot和ace的携带率分别为89.66%、82.76%、82.76%、44.83%、6.90%和6.90%。29株菌药敏结果,除头孢唑啉(0.00%)和链霉素(3.45%)敏感率极低外,对其他19种抗菌素为敏感(82.76%~100.00%)。结论 2013—2019年北京市昌平区的O1群小川型霍乱弧菌为非产毒株,以PFGE谱型CP-02为主,毒力基因toxR和hlyA携带率高,对多数抗生素敏感,提示在防控工作中应关注此类菌株并制定相应的方针政策,减少疫情的发生。

关键词：霍乱弧菌脉冲场凝胶电泳毒力基因耐药性

北京市2019年肠道门诊腹泻病例札如病毒感染特征分析

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国际病毒学杂志 2021年第3期28卷 222-225页

作者：李爽严寒秋高志勇田祎李伟红沈玲羽刘白薇贾蕾王全意何燕首都医科大学公共卫生学院北京100069 北京市疾病预防控制中心北京预防医学研究中心传染病地方病控制所100013

目的:了解北京市肠道门诊腹泻病例中札如病毒(sapovirus,SaV)的感染特征。方法:收集2019年肠道门诊腹泻病例流行病学和临床表现相关资料,应用χ^(2)检验或Fisher检验比较不同组间检出率;采集患者粪便标本,应用不同种PCR方法对腹泻病例... 详细信息

目的:了解北京市肠道门诊腹泻病例中札如病毒(sapovirus,SaV)的感染特征。方法:收集2019年肠道门诊腹泻病例流行病学和临床表现相关资料,应用χ^(2)检验或Fisher检验比较不同组间检出率;采集患者粪便标本,应用不同种PCR方法对腹泻病例粪便标本进行札如病毒检测,并进行基因分型。结果:1047例腹泻病例粪便标本中,SaV检出率为2.77%(29/1047),成功测序16株,GI组11株,GII组4株,GIV组1株。春季检出率5.24%(χ^(2)=8.857,P=0.031)高于其他季节;远郊区检出率5.00%(χ^(2)=8.906,P=0.012)高于城区及近郊区;不同性别、年龄组检出率差异均无统计学意义。腹泻、恶心、呕吐及腹痛为SaV腹泻病例的主要临床症状。结论:SaV是北京市腹泻病例的病原之一,春季和远郊区检出率高,GI组为主要基因型别。

关键词：肠道门诊腹泻札如病毒流行病学特征基因型别

2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征分析

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疾病监测 2019年第9期34卷 811-816页

作者：严寒秋李夫吕冰黄瑛张新贾蕾周海健曲梅王全意北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室北京100013 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的了解2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征。方法 2018年收集北京市霍乱患者和外环境分离的29株霍乱弧菌,应用常规鉴定方法进行血清分型,荧光定量PCR检测霍乱弧菌ctxAB基因,应用96孔微量肉汤稀释法进行药物敏感试验(11类21... 详细信息

目的了解2018年北京市O1群霍乱弧菌表型及分子分型特征。方法 2018年收集北京市霍乱患者和外环境分离的29株霍乱弧菌,应用常规鉴定方法进行血清分型,荧光定量PCR检测霍乱弧菌ctxAB基因,应用96孔微量肉汤稀释法进行药物敏感试验(11类21种试验药物),应用NotⅠ及ShifⅠ酶切进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果 29株O1群霍乱弧菌中小川型非产毒株、稻叶型非产毒株和小川型产毒株构成比分别为62.07%(18/29)、24.14%(7/29)和13.79%(4/29);29株菌头孢唑林耐药率最高82.76%,美罗培南敏感率100.00%;28株菌耐药;有9种耐药型别,最多耐13种药;有13种耐药类别,最多耐7类药;29株菌株PFGE分子分型为16个型别(BJ1801~1816)。结论北京市O1群霍乱弧菌以非产毒株为主,多重耐药严重;PFGE分子分型结果提示应注意食品安全问题,特别要加强水产品的监测。

关键词： O1群霍乱弧菌表型脉冲场凝胶电泳

北京市宾馆住宿场所和旅游交通工具诺如病毒污染状况研究

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国际病毒学杂志 2020年第2期27卷 120-123页

作者：郑阳贾蕾刘白薇高志勇王小莉严寒秋王全意北京市疾病预防控制中心北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所100013

目的调查北京市宾馆住宿场所工作人员的诺如病毒隐性感染状况及宾馆住宿场所和旅游大巴车中诺如病毒污染情况,为诺如病毒防控提供科学参考依据。方法采用横断面调查方法,按照方便抽样的原则,抽取北京市16个区内的宾馆住宿场所以及旅游... 详细信息

目的调查北京市宾馆住宿场所工作人员的诺如病毒隐性感染状况及宾馆住宿场所和旅游大巴车中诺如病毒污染情况,为诺如病毒防控提供科学参考依据。方法采用横断面调查方法,按照方便抽样的原则,抽取北京市16个区内的宾馆住宿场所以及旅游人员集中区域的旅游大巴车,采集环境标本,并采集相关工作人员肛拭子标本,使用荧光定量PCR技术进行诺如病毒核酸检测。采用描述性方法分析不同场所环境中诺如病毒污染情况和人员隐性感染情况。结果共采集北京市宾馆住宿场所工作人员肛拭子标本320件,环境涂抹标本640件,其中工作人员诺如病毒隐性感染率为0.94%,厨师隐性感染率为0.99%,环境污染阳性率为0.16%。旅游大巴车环境涂抹标本180件,未检出诺如病毒。结论在2019年诺如病毒非流行季期间北京市宾馆住宿场所中,工作人员诺如病毒感染率较低,环境中存在诺如病毒污染,为避免或减少旅游团体诺如疫情的发生,需进一步做好针对性的防控工作。

关键词：诺如病毒污染状况隐性感染

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北京市市售牡蛎诺如病毒污染状况调查

国际病毒学杂志 2018年第6期25卷 386-388页

作者：严寒秋高志勇刘白薇霍达李伟红贾蕾王全意北京市疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心传染病地方病控制所食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室100013

目的调查北京市市售牡蛎诺如病毒污染状况,并研究其分子特征。方法2014年2月至2015年3月在北京市某水产市场摊位采集市售牡蛎样品56件,每件5只,共280只。取牡蛎的消化腺组织进行病毒富集,应用real-timeRT-PCR方法检测样品的诺如病毒核... 详细信息

目的调查北京市市售牡蛎诺如病毒污染状况,并研究其分子特征。方法2014年2月至2015年3月在北京市某水产市场摊位采集市售牡蛎样品56件,每件5只,共280只。取牡蛎的消化腺组织进行病毒富集,应用real-timeRT-PCR方法检测样品的诺如病毒核酸。对阳性标本采用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒衣壳蛋白区基因,PCR产物测序后采用BioEdit7.***.9.0软件进行序列比对。采用MEGA6.06软件构建进化树。结果56件样品中,诺如病毒检出率为37.50%(21/56),其中GⅡ组20件,GI和GⅡ组混合1件。冬季诺如病毒检出率最高(75.00%,15/20),其次为秋季(3/12)和春季(3/16),夏季未检出。6件GⅡ组诺如病毒阳性样本测序成功,其中4件为GⅡ.17型、1件为GⅡ.3型、1件GⅡ.18和GⅡ.4Sydney2012型混合。结论北京市市售牡蛎部分有诺如病毒污染,存在引起食源性疾病的风险。

关键词：牡蛎诺如病毒半巢式RT-PCR 基因型