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基于动态规划的双序列比对算法构件设计与实现

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计算机研究与发展 2019年第9期56卷 1907-1917页

作者：石海鹤周卫星江西师范大学计算机信息工程学院

双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以... 详细信息

双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以及人为选择算法可能造成的误差等问题,也使得人们难以有效地了解算法结构.通过深入分析基于动态规划的双序列比对算法(dynamic programming-based pairwise sequence alignment algorithm, DPPSAA)领域,在建立该算法领域的特征模型以及对应算法构件交互模型基础上,利用PAR 平台形式化实现双序列比对算法构件库,并装配生成具体算法,保证了形式化装配算法的可靠性,为序列相似性分析算法应用提供了一条有价值的参考途径.最后,利用PAR平台 C++程序生成系统将组装的比对算法转换为 C++程序,运行结果表明DPPSAA算法构件库具有一定的实用性.

关键词：双序列比对算法动态规划特征模型构件交互模型 PAR平台

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图类算法可重用设计及其实现

江西师范大学学报（自然科学版） 2023年第1期47卷 52-60页

作者：轩瑞陈磊石海鹤江西师范大学计算机信息工程学院江西南昌330022

为了提高图算法生成效率和可靠性,该文提出一种将领域特征模型与构件组装技术相结合的可重用的图类算法开发方法.首先,通过对一族图算法的深入分析,揭示出图类算法领域的共性特征和可变特征,建立领域特征模型;然后,分析特征之间的交互过... 详细信息

为了提高图算法生成效率和可靠性,该文提出一种将领域特征模型与构件组装技术相结合的可重用的图类算法开发方法.首先,通过对一族图算法的深入分析,揭示出图类算法领域的共性特征和可变特征,建立领域特征模型;然后,分析特征之间的交互过程,设计图类算法的可重用构件,并对构件依赖关系做出描述;最后,借助高可靠平台对算法构件进行开发,建立高可靠可重用构件库,进一步由构件组装出多种图算法,提高了图算法的开发效率和可靠性.实验表明开发出的图算法可重用构件库具有一定的实用性.

关键词：图算法生成特征模型可重用设计构件

Poly C Binding Protein 1 Modulates p27Kip1 mRNA Stability to Suppress Carcinogenesis

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Poly C Binding Protein 1 Modulates p27Kip1 mRNA Stability to...

2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青...

作者： Hongshun shi Wen Guan Xiaomei Zhang Shaoyang Zhang Wenliang Zhang Fang Tong Hui Li haihe Wang Department of Biochemistry Zhongshan School of MedicineCenter for Stem Cell Biology and Tissue EngineeringKey laboratory of ministry of education Sun Yat-sen University

Purpose:Poly C Binding Protein（PCBP1） is implicated in various carcinomas based on clinical reports, but its underlying mechanism related to tumorigenesis remains elusive. In this study, the tumorigenic effect of PCBP1 was elucidated. Methods:A transcriptome-wide screening of PCBP1-bound m RNA（RNA-IP） was carried out along with the biochemical assays, tumor cell xenograft model and IHC analysis of tumor samples. Results:We identified that cell cycle inhibitor p27 Kip1（p27） is a novel PCBP1-bound transcript in cancer cells. Binding of PCBP1 to p27 3’UTR via its KH1 domain mainly stabilizes p27 mRNA to fuel p27 expression, independent of p27 protein degradation. The upregulated p27 consequently inhibits cell proliferation, cell cycle progression and tumorigenesis, whereas promotes cell apoptosis under anticancer agent stress. Conversely, knockdown of PCBP1 in turn compromises p27 mRNA stability, leading to lower p27 level and tumorigenesis in vivo. Notably, p27 depletion in PCBP1 over-expressing cells exerts the abrogation of the tumor suppressive ability of PCBP1. Physiologically, decreases of both p27 mRNA and its protein expressions are well correlated with PCBP1 depletion in clinical fresh ovary and colon tumor samples, but the p27 ubiquitin ligase subunit Skp2 level is not changed. PCBP1 and p27 downregulations are also observed in drug resistant breast cancer cells. Conclusion:Our results thereby unveiled that PCBP1 upregulates p27 expression by stabilizing p27 mRNA lifespan. Loss of PCBP1 expression in tumors thus attenuates p27 expression at post-transcriptional level, subsequently leading to carcinogenesis. PCBP1-p27 status could be used as potential markers, as well as the therapy targets.

关键词：

来源： cnki会议评论

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基于构件的若干图算法开发和生成

江西师范大学学报（自然科学版） 2016年第6期40卷 635-639页

作者：鄢梦恬石海鹤江西师范大学计算机信息工程学院江西南昌330022

软件构件技术可显著提高程序的可靠性和开发效率,极大减少开发成本.泛型程序设计有助于降低编程的复杂度,为重用构件开发提供有效支持.介绍了生成式程序设计思想及泛型程序设计技术,分析了图算法领域的关键特征及领域共性问题,并对广度... 详细信息

软件构件技术可显著提高程序的可靠性和开发效率,极大减少开发成本.泛型程序设计有助于降低编程的复杂度,为重用构件开发提供有效支持.介绍了生成式程序设计思想及泛型程序设计技术,分析了图算法领域的关键特征及领域共性问题,并对广度优先搜索、单源最短路径、所有顶点对最短路径等一类问题进行抽象,设计出相应的泛型图算法构件,进一步借助PAR方法中的泛型机制进行描述,并在PAR平台程序生成系统上进行构件组装生成具体的算法程序.

关键词：图算法生成构件生成式程序设计 PAR方法

基于混合策略的de novo序列拼接算法构造

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江西师范大学学报（自然科学版） 2022年第3期46卷 300-307页

作者：肖存威石海鹤王岚程柏良江西师范大学计算机信息工程学院江西南昌330022

在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略... 详细信息

在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.

关键词： de novo序列拼接混合策略领域特征建模产生式编程形式化方法

uC/GUI在嵌入式测控系统中的移植与应用

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微计算机信息 2007年第32期23卷 22-24,16页

作者：史萌萌江海河合肥中国科学院安徽光学精密机械研究所合肥230031

在嵌入式测控系统中使用图形用户界面(GUI)可以极大的降低人机界面开发的复杂程度,并使得开发的人机界面更加友好。uC/GUI作为源码开放的GUI,具有移植简单、系统资源占用小、使用灵活等优点。详细介绍了uC/GUI在以ARM7系列芯片S3C44B0X... 详细信息

在嵌入式测控系统中使用图形用户界面(GUI)可以极大的降低人机界面开发的复杂程度,并使得开发的人机界面更加友好。uC/GUI作为源码开放的GUI,具有移植简单、系统资源占用小、使用灵活等优点。详细介绍了uC/GUI在以ARM7系列芯片S3C44B0X为核心的嵌入式测控系统中的移植方法,分析了uC/GUI在单任务系统中的使用问题和解决方法,给出了uC/GUI在实际测控系统中的应用实例。

关键词： uC/GUI ARM7 LCD 触摸屏单任务系统

基于形式演算和不变式验证的可信算法程序构造(英文)

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China Communications 2011年第4期8卷 58-64页

作者：郑宇军石海鹤薛锦云陈胜勇 College of Computer Science & Technology Zhejiang University of Technology Provincial Lab of High-Performance Computing Technology Jiangxi Normal University

The paper presents a formal and practical approach to dependable algorithm development.First,starting from a formal specification based on the Eindhoven quantifier notation,a problem is regularly reduced to subproblems with less complexity by using a concise set of calculation rules,the result of which establishes a recurrence-based algorithm.Second,a loop invariant is derived from the problem specification and recurrence,which certifies the transformation from the recurrence-based algorithm to one or more iterative programs.We demonstrate that our approach covers a number of classical algorithm design tactics,develops algorithmic programs together with their proof of correctness,and thus contributes fundamentally to the dependability of computer software.

关键词： formal methods algorithm calculation loop invariants program validation

Earle's盐平衡液饥饿诱导DLD-1,HCT-116,A2780,CHO,Hep G2和SMMC7721肿瘤细胞系自噬发生的时间优化（英文）

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中山大学学报（自然科学版） 2016年第4期55卷 108-117页

作者：张文亮张明明刘斌石宏顺王海河中山大学中山医学院生物化学系∥中山大学干细胞与组织工程中心广东广州510080

肿瘤细胞在正常培养条件下自噬水平非常低,很难被监测到。与药物性自噬诱导剂相比,Earle's盐平衡液(EBSS)应用简便,除产生饥饿诱导自噬外,无其他细胞毒性,有利于研究细胞自噬的分子机制和功能。本文应用蛋白免疫印记和细胞免疫荧光技术... 详细信息

肿瘤细胞在正常培养条件下自噬水平非常低,很难被监测到。与药物性自噬诱导剂相比,Earle's盐平衡液(EBSS)应用简便,除产生饥饿诱导自噬外,无其他细胞毒性,有利于研究细胞自噬的分子机制和功能。本文应用蛋白免疫印记和细胞免疫荧光技术探讨了EBSS对DLD-1和HCT-116结直肠癌、A2780和CHO卵巢癌、HepG 2和SMMC7721肝癌细胞系的自噬诱导效果和有效诱导时间。结果显示:EBSS短短几小时处理,能够非常有效地诱导上述6株肿瘤细胞发生自噬,但不同细胞系之间的有效诱导时间却明显不同。其中,DLD-1、HCT-116、CHO和HepG 2细胞系的有效诱导时间仅需2 h;A2780细胞需要稍微延长到4 h;然而SMMC7721却要延长到8 h左右。本研究为其他研究者在应用EBSS诱导肿瘤细胞自噬时提供了实践依据和参考。

关键词：细胞自噬诱导 Earle's盐平衡液 LC3 SQSTM1/p62 癌细胞

Palladium-Catalyzed Skeletal Reorganization of Cyclobutanones Invoving Successive C—C Bond/C—H Bond Cleavage

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中国化学:英文版 2023年第14期41卷 1679-1683页

作者： Ruirui Li Xiaonan shi Dongbing Zhao State Key Laboratory and Institute of Elemento-Organic Chemistry College of ChemistryNankai UniversityTianjin300071 China

The utilization of cyclobutanones as the synthon in transition metal catalysis has been made great success.Because C(carbonyl)−C bond of cyclobutanones can be cleaved through strain release.Despite those advancements,the main catalysts in literature are Rh catalysts or Ni catalysts and the reaction with C—H bond is still underdeveloped.Herein,we realized the first palladium-catalyzed skeletal reorganization of cyclobutanones involving successive cleavage of C(carbonyl)−C bonds and C—H bond cleavage,which constitutes an rapid access to diverse indanones.In contrast to the previous Rh-catalytic system,the Pd-catalytic system herein involves different mechanism and features several advantages:1)no need of directing group to facilitate the C(carbonyl)−C bond cleavage;2)much milder reaction condition and 3)simplified work-up.

关键词： Cyclobutanones C-C activation C-H activation Palladium catalysis Ring expansion