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Nuclear phylogenomics of angiosperms and insights into their relationships and evolution

Journal of Integrative Plant Biology 2024年第3期66卷 546-578页

作者： guojin zhang Hong Ma College of Life Sciences Hunan Normal UniversityChangsha 410081China Department of Biology 510 Mueller LaboratoryHuck Institutes of the Life SciencesThe Pennsylvania State UniversityUniversity ParkPA 16802USA

Angiosperms(flowering plants) are by far the most diverse land plant group with over 300,000 species. The sudden appearance of diverse angiosperms in the fossil record was referred to by Darwin as the “abominable mystery,”hence contributing to the heightened interest in angiosperm evolution. Angiosperms display wide ranges of morphological, physiological,and ecological characters, some of which have probably influenced their species richness. The evolutionary analyses of these characteristics help to address questions of angiosperm diversification and require well resolved phylogeny. Following the great successes of phylogenetic analyses using plastid sequences,dozens to thousands of nuclear genes from next-generation sequencing have been used in angiosperm phylogenomic analyses, providing well resolved phylogenies and new insights into the evolution of angiosperms. In this review we focus on recent nuclear phylogenomic analyses of large angiosperm clades, orders, families,and subdivisions of some families and provide a summarized Nuclear Phylogenetic Tree of Angiosperm Families. The newly established nuclear phylogenetic relationships are highlighted and compared with previous phylogenetic results. The sequenced genomes of Amborella,Nymphaea, Chloranthus, Ceratophyllum, and species of monocots, Magnoliids, and basal eudicots, have facilitated the phylogenomics of relationships among five major angiosperms clades. All but one of the 64 angiosperm orders were included in nuclear phylogenomics with well resolved relationships except the placements of several orders. Most families have been included with robust and highly supported placements, especially for relationships within several large and important orders and ***, we examine the divergence time estimation and biogeographic analyses of angiosperm on the basis of the nuclear phylogenomic frameworks and discuss the differences compared with previous analyses. Furthermore,we discuss the implicatio

关键词： angiosperms evolution flowering plants nuclear gene phylogenomics phylogeny

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Nuclear phylogenomics of Asteraceae with increased sampling provides new insights into convergent morphological and molecular evolution

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Plant Communications 2024年第6期5卷 117-138页

作者： guojin zhang Junbo Yang Caifei zhang Bohan Jiao JoséL.Panero Jie Cai Zhi-Rong zhang Lian-Ming Gao Tiangang Gao Hong Ma College of Life Sciences Hunan Normal UniversityChangshaHunan 410081China Department of Biology the Huck Institute of the Life Sciencesthe Pennsylvania State UniversityState CollegePA 16801USA State Key Laboratory of Plant Diversity and Specialty Crops Institute of BotanyChinese Academy of SciencesBeijing 100093China Germplasm Bank of Wild Species Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China Wuhan Botanical Garden and Sino-Africa Joint Research Center Chinese Academy of SciencesWuhan 430074China Department of Integrative Biology University of TexasAustinTX 78712USA CAS Key Laboratory for Plant Diversity and Biogeography of East Asia Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China Lijiang National Forest Biodiversity National Observation and Research Station Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesLijiangYunnan 674100China

Convergent morphological evolution is widespread in flowering plants,and understanding this phenomenon relies on well-resolved *** phylogenetic reconstruction using transcriptome datasets has been successful in various angiosperm groups,but it is limited to taxa with available fresh ***,which are one of the two largest angiosperm families and are important for both ecosystems and human livelihood,show multiple examples of convergent *** Asteraceae phylogenies have resolved relationships among most subfamilies and many tribes,but many phylogenetic and evolutionary questions regarding subtribes and genera remain,owing to limited ***,we increased the sampling for Asteraceae phylogenetic reconstruction using transcriptomes and genome-skimming datasets and produced nuclear phylogenetic trees with 706 species representing two-thirds of recognized *** character reconstruction supports multiple convergent evolutionary events in Asteraceae,with gains and losses of bilateral floral symmetry correlated with diversification of some subfamilies and smaller groups,*** of the calyx-related pappus may have been especially important for the success of some subtribes and *** evolutionary analyses support the likely contribution of duplications of MADS-box and TCP floral regulatory genes to innovations in floral morphology,including capitulum inflorescences and bilaterally symmetric flowers,potentially promoting the diversification of *** divergences and reductions in CYC2 gene expression are related to the gain and loss of zygomorphic *** phylogenomic work with greater taxon sampling through inclusion of genome-skimming datasets reveals the feasibility of expanded evolutionary analyses using DNA samples for understanding convergent evolution.

关键词： sunflower family floral symmetry florets capitulescence molecular clock ancestral character pappus subtribe MADS-box TCP CYC2 gene family gene expression

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Comprehensive phylogenetic analyses of Orchidaceae using nuclear genes and evolutionary insights into epiphytism

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Journal of Integrative Plant Biology 2023年第5期65卷 1204-1225页

作者： guojin zhang Yi Hu Ming-Zhong Huang Wei-Chang Huang Ding-Kun Liu Diyang zhang Haihua Hu Jason L.Downing Zhong-Jian Liu Hong Ma Department of Biology 510 Mueller LaboratoryHuck Institutes of the Life SciencesThe Pennsylvania State UniversityUniversity ParkPennsylvania 16802USA Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration for Orchid Conservation and Utilization at College of Landscape Architecture Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China Shanghai Chenshan Botanical Garden SongjiangShanghai 201602China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of SciencesBeijing 100093China Fairchild Tropical Botanic Garden Coral GablesFlorida 33156USA

Orchidaceae(with>28,000 orchid species)are one of the two largest plant families,with economically and ecologically important species,and occupy global and diverse niches with primary distribution in *** orchids,70%grow on other plants as epiphytes;epiphytes contribute up to~50%of the plant diversity in rainforests and provide food and shelter for diverse animals and microbes,thereby contributing to the health of these *** account for over two-thirds of vascular epiphytes and provide an excellent model for studying evolution of *** phylogenetic studies of Orchidaceae and subgroups have;been crucial for understanding relationships among many orchid lineages,although some uncertainties *** example,in the largest subfamily Epidendroideae with nearly all epiphytic orchids,relationships among some tribes and many subtribes are still controversial,hampering evolutionary analyses of *** we obtained 1,450 low-copy nuclear genes from 610 orchid species,including 431 with newly generated transcriptomes,and used them for the reconstruction of robust Orchidaceae phylogenetic trees with highly supported placements of tribes and *** also provide generally wellsupported phylogenetic placements of 131 genera and 437 species that were not sampled by previous plastid and nuclear phylogenomic *** clock analyses estimated the Orchidaceae origin at~132 million years ago(Ma)and divergences of most subtribes from 52 to 29 *** reconstruction supports at least 14 parallel origins of epiphytism;one such origin was placed at the most recent common ancestor of~95%of epiphytic orchids and linked to modern *** occurrences of rapid increase in the diversification rate were detected within Epidendroideae near and after the K-Pg boundary,contributing to~80%of the Orchidaceae *** study provides a robust and the largest family-wide Orchidaceae nuclear phylogenetic tree thus far and

关键词： convergence epiphytes evolution orchids parallel rainforest phylogenomics transcriptome

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Functional Polymorphisms in the TGF β1 Gene and Nasopharyngeal Carcinoma Susceptibility in a Chinese Population

Functional Polymorphisms in the TGF β1 Gene and Nasopharyng...

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浙江省医学会耳鼻咽喉科学分会成立60周年庆典暨2011年浙江省医学会耳鼻咽喉头颈外科学学术年会

作者： Sunhong Hu guojin Zhou Lei zhang Huifen Jiang Mang Xiao 浙江大学医学院附属邵逸夫医院耳鼻咽喉—头颈外科

Background:Nasopharyngeal carcinoma(NPC) is multifactorial,and the genetic background may be a crucial etiologic *** growth factorβ1(TGFβ1) is a multifunctional cytokine,it promotes

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基于多特征融合的Mean Shift跟踪算法

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强激光与粒子束 2014年第10期26卷 141-145页

作者：倪琦贺明张国进张鼎朱晓卿解放军63983部队江苏无锡214083 解放军信息工程大学郑州450052

在对Mean Shift跟踪算法原理分析的基础上提出了一种反映区域像素空间关系的特征值与原算法基核结合的跟踪方式。该方式采用适应性公式与相似性量度结合的二级判决策略,提取区域内特征值并按不同权重归一化特征值。若不满足特征观测值... 详细信息

在对Mean Shift跟踪算法原理分析的基础上提出了一种反映区域像素空间关系的特征值与原算法基核结合的跟踪方式。该方式采用适应性公式与相似性量度结合的二级判决策略,提取区域内特征值并按不同权重归一化特征值。若不满足特征观测值的条件,则采取粗-精搜索结合的方式对目标模型进行更新。实验结果表明目标跟踪过程中提取的特征值波动符合目标区域实际情况,并在波动异常时重新定位目标,从而提高了跟踪的稳定性。

关键词：空间关系相似性量度目标区域跟踪

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智能加矾在供水自控系统中的实现

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仪器仪表学报 2005年第Z1期26卷 793-795页

作者：刘兆和周新建张国进总装备部工程兵科研一所无锡214035

详细介绍了供水自控系统中智能加矾的控制过程,即采用多参数复合环PID控制方式对加矾计量泵进行前馈控制、反馈控制、智能控制和辅助控制。前馈控制中,通过采集源水流量和源水浊度,根据加矾量和源水流量、源水浊度的比例关系,计算出实... 详细信息

详细介绍了供水自控系统中智能加矾的控制过程,即采用多参数复合环PID控制方式对加矾计量泵进行前馈控制、反馈控制、智能控制和辅助控制。前馈控制中,通过采集源水流量和源水浊度,根据加矾量和源水流量、源水浊度的比例关系,计算出实际加矾量;反馈控制中,通过采集出水浊度,反馈调节加矾量;智能控制中,通过建立数学模型和使用专家系统,使自动加矾系统具有自学习的能力;辅助控制中,对以上控制过程和模型进行了补充说明。

关键词：智能控制加矾多参数复合环

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和谐实践的科学内涵探析

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兰州交通大学学报 2007年第5期26卷 73-75页

作者：张国锦兰州交通大学国际合作与交流处甘肃兰州730070

和谐实践是解读马克思主义当代性的一个重要基点。探讨和谐实践的科学内涵,揭示和谐实践的具体形式,分析和谐实践在构建和谐社会中的作用是和谐实践研究的基本要求,这些探讨对于提高构建社会主义和谐社会的能力具有重要的理论和现实意义。

关键词：实践和谐实践和谐社会

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利用易创多媒体创作工具制作实验课件

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物理通报 2002年第3期23卷 21-23页

作者：张国金漳州师院物理系福建漳州363000

1引言目前,全世界都非常重视计算机辅助教学的发展,无论是发达国家还是发展中国家,各国政府都不遗余力地支持本国CAI的发展.

关键词：计算机辅助教学 CAI课件实验课件物理教学实验教学多媒体制作

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多信息输入法国内外领先水平——介绍王晓鸣“汉字双笔码输入法”

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学会 2003年第10期 55-56页

作者：张国靖人民日报社市场信息中心<动态参考>编辑部福州350007

我国幅员广阔,人口众多,每天都有非常大量的信息需要及时进行信息报道.目前,全国分布于世界各地和国内各省区的各类编辑、记者至少有上百万之多,如果再加上那些非专业的信息、采编工作者,其人数就更多了.他们经常到处跑,追踪第一手信息... 详细信息

我国幅员广阔,人口众多,每天都有非常大量的信息需要及时进行信息报道.目前,全国分布于世界各地和国内各省区的各类编辑、记者至少有上百万之多,如果再加上那些非专业的信息、采编工作者,其人数就更多了.他们经常到处跑,追踪第一手信息,力争以最快的速度、最先进的手段发送回本单位、本部门,并将其报道出去.例如,他们常常出现在抗击自然灾害的第一线,亲眼目睹到许许多多,可歌可泣的感人事例,可是由于通讯设施一时障碍,或者距离遥远,难以即时发送出去.

关键词：汉字双笔码输入法王晓鸣自主造词功能选择联想功能

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大学生幽默感现状的调查研究

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中国健康心理学杂志 2012年第9期20卷 1424-1426页

作者：张国进江苏淮阴工学院经济管理学院(淮安) 中国223001

目的考察大学生幽默感的基本情况。方法采用《大学生幽默感问卷》对278名大学生进行问卷测量。结果大学生的幽默感处在中上水平(幽默感较好的占45.5%,一般的占46.8%);大学生的幽默感不存在性别上的显著差异(F=0.045～4.177,P>0.05);在... 详细信息

目的考察大学生幽默感的基本情况。方法采用《大学生幽默感问卷》对278名大学生进行问卷测量。结果大学生的幽默感处在中上水平(幽默感较好的占45.5%,一般的占46.8%);大学生的幽默感不存在性别上的显著差异(F=0.045～4.177,P>0.05);在幽默欣赏维度和幽默感总分存在专业上的显著差异(F=0.233,P<0.05,0.032;P<0.05);在幽默娱乐维度存在年级上的显著差异(F=8.860,P<0.001)。结论大学生的幽默感处在中上水平,且不存在男女生间的显著差异,但在幽默欣赏维度和幽默感总分存在专业上的显著差异,在幽默娱乐维度存在年级上的显著差异。

关键词：心理健康幽默感调查大学生

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