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BambooBase:A comprehensive database of bamboo omics and systematics

Molecular Plant 2024年第5期17卷 682-685页

作者： Yun-Long Liu Shu-Yang Gao guihua jin Meng-Yuan Zhou Qijuan Gao Cen Guo Yi-Zhou Yang Liang-Zhong Niu Enhua Xia Zhen-Hua Guo Peng-Fei Ma De-Zhu Li Germplasm Bank of Wild Species&Yunnan Key Laboratory of Crop Wild Relatives Omics Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China Kunming College of Life Science University of Chinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization Anhui Agricultural UniversityHefeiAnhui 230036China School of Computer and Artificial Intelligence Hefei Normal UniversityHefeiAnhui 230061China Key Laboratory for Plant Diversity and Biogeography in East Asia Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China

Dear Editor,Bamboos(Bambusoideae,Poaceae)are of significant economic and ecological importance,supporting billions of people and contributing to international trade(Wu et al.,2023).They play a crucial role in carbon fixation and support a multitude of other species including the giant panda(Clark et al.,2015).Since the release of the first draft genome of moso bamboo(Phyllostachys edulis)(Peng et al.,2013),there has been a notable increase in the sequencing,assembly,and annotation of diverse bamboo genomes(Guo et al.,2019;Zheng et al.,2022;Ma et al.,2024).An existing resource for bamboo genomics,BambooGDB(Zhao et al.,2014),provides information based on the individual draft reference genome of moso bamboo.What is needed,however,is a resource reinforcing multiple genome assemblies in Bambusoideae to enable researchers to unravel the evolutionary history of chromosomes and genes through cladespecific comparative genomic investigations.Here,we present BambooBase(https://***/),a newly developed web-based database designed to provide a seamless user experience for bamboo omics and systematics.

关键词： enable supporting Bamboo

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Temporal regulation of alternative splicing events in rice memory under drought stress

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Plant Diversity 2022年第1期44卷 116-125页

作者： Hong Yang Ping Li guihua jin Daping Gui Li Liu Chengjun Zhang Germplasm Bank of Wild Species Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan650201China State Key Laboratory of Biocatalysis and Enzyme Engineering Hubei Collaborative Innovation Center for Green Transformation of Bio-ResourcesHubei Key Laboratory of Industrial BiotechnologySchool of Life SciencesHubei UniversityWuhan430062China Haiyan Engineering&Technology Center Kunming Institute of BotanyChinese Academy of ScienceKunmingYunnan650201China University of Chinese Academy of Sciences Beijing100049China

Plant adaptation to drought stress is essential for plant survival and crop yield.Recently,harnessing drought memory,which is induced by repeated stress and recovery cycles,was suggested as a means to improve drought resistance at the transcriptional level.However,the genetic mechanism underlying drought memory is unclear.Here,we carried out a quantitative analysis of alternative splicing(AS)events in rice memory under drought stress,generating 12 transcriptome datasets.Notably,we identified exon skipping(ES)as the predominant AS type(>80%)in differential alternative splicing(DAS)in response to drought stress.Applying our analysis pipeline to investigate DAS events following drought stress in six other plant species revealed variable ES frequencies ranging from 9.94%to 60.70%depending on the species,suggesting that the relative frequency of DAS types in plants is likely to be speciesspecific.The dinucleotide sequence at AS splice sites in rice following drought stress was preferentially GC-AG and AT-AC.Since U12-type splicing uses the AFAC site,this suggests that drought stress may increase U12-type splicing,and thus increase ES frequency.We hypothesize that multiple isofbrms derived from exon skipping may be induced by drought stress in rice.We also identified 20 transcription factors and three highly connected hub genes with potential roles in drought memory that may be good targets for plant breeding.

关键词： Alternative splicing Drought memory Exon skipping

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TSPVS:时序学者画像可视化系统

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数据与计算发展前沿 2024年第1期6卷 136-149页

作者：余敏槠王杨顾睿琪单桂华金钟中国科学院计算机网络信息中心北京100190 中国科学院大学北京100049

【目的】为全面、直观、高效地刻画、对比学者科研活动特性,本文提出了一套支持对比分析的时序学者画像可视化方法。【方法】时序学者画像可视化方法基于太阳隐喻和引文网络,以时间维度为主线,将学者历年发表论文的数量、学者所属机构... 详细信息

【目的】为全面、直观、高效地刻画、对比学者科研活动特性,本文提出了一套支持对比分析的时序学者画像可视化方法。【方法】时序学者画像可视化方法基于太阳隐喻和引文网络,以时间维度为主线,将学者历年发表论文的数量、学者所属机构、论文主题、论文影响力、合作学者、合作机构等基本信息与研究兴趣变化、研究主题的广度和深度等深层次信息有机结合,使决策者可以通过一个页面快速、全面地掌握不同学者的异同。【结果】本文使用可视化领域的论文数据集,设计并实现了时序学者画像可视化系统TSPVS。【局限】目前系统仅包含可视化领域的论文数据,后续将进一步引入其他领域的论文数据。【结论】通过可视化领域论文数据中的3个案例说明TSPVS可以满足分析需求,可以在一个页面中刻画学者研究生涯中的重要特征和重大变化,并支持不同学者主要特征异同点的对比分析。

关键词：学者画像时序性叙事可视化隐喻

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PubExplorer:An interactive analytical system for visualizing publication data

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Visual Informatics 2023年第3期7卷 65-74页

作者： Minzhu Yu Yang Wang Xiaomin Yu guihua Shan Zhong jin Computer Network Information Center Chinese Academy of SciencesChina University of Chinese Academy of Sciences China

With the intersection and convergence of multiple disciplines and technologies,more and more researchers are actively exploring interdisciplinary cooperation outside their main research fields.Facing a new research field,researchers often hope to quickly learn what is being studied in this field,which research points are receiving high attention,which researchers are studying these research points,and then consider the possibility of collaborating with core researchers on these research points.In addition,students who are preparing for academic further education usually conduct research on mentors and mentors’research platforms,including academic connections,employment opportunities,etc.In order to satisfy these requirements,we(1)design a research point state map based on a science map to help researchers and students understand the development state of a new research field;(2)design a bar-link author-affiliation information graph to help researchers and students clarify academic networks of scholars and find suitable collaborators or mentors;(3)designs citation pattern histogram to quickly discover research achievements with high research value,such as the Sleeping Beauty papers,recently hot papers,classic papers and so on.Finally,an interactive analytical system named PubExplorer was implemented with IEEE VIS publication data,and its effectiveness is verified through case studies.

关键词： Scientific literature Research points analysis Visual analytics system Publication analysis Text visualization

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伊宁市降水酸碱度变化趋势与气象因子的关系

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气象科技进展 2024年第1期14卷 46-53页

作者：王玲于桂花李金解帅苗运玲伊犁州气象局伊宁835000 乌鲁木齐市气象局乌鲁木齐830002

利用1993—2020年伊宁市酸雨观测资料,结合相关地面气象资料,统计分析伊宁市pH值和电导率(K值)变化趋势,研究其与气象因子的关系。结果表明:近年来伊宁市年平均pH值呈波动下降趋势,2003—2005年、2015—2020年已发展为轻酸雨区;降水酸... 详细信息

利用1993—2020年伊宁市酸雨观测资料,结合相关地面气象资料,统计分析伊宁市pH值和电导率(K值)变化趋势,研究其与气象因子的关系。结果表明:近年来伊宁市年平均pH值呈波动下降趋势,2003—2005年、2015—2020年已发展为轻酸雨区;降水酸性在秋冬两季显著增强,冬季降水pH值最低、酸雨发生概率最大;pH值在2002年发生由大到小的突变,酸雨呈增多趋势;年平均K值明显上升,1997年发生由小到大的突变,说明大气降水洁净程度降低,污染呈增加趋势,利于酸雨形成;酸雨发生概率在小雨量级出现最大,随量级增大呈显著下降趋势;降水呈酸性时地面主导风向为偏西风,pH值与降水量呈负相关、与风速呈正相关,K值与降水量呈负相关、与风速呈负相关;雾有利于增强降水酸度和酸雨发生概率;硫化物排放量增大致使大气污染日趋严重,酸雨发生概率呈上升态势。

关键词：降水酸碱度气象因子伊宁市

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食品接触用多层复合包装中迁移物质的非靶向筛查和风险评价

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包装工程 2024年第7期45卷 119-129页

作者：金莉莉邹凯黄颖琦钱江山眭洁商贵芹罗世鹏刘桂华常州工业及消费品检验有限公司江苏常州213000 南京海关危险货物与包装检测中心江苏常州213000 江苏理工学院化学化工学院江苏常州213000

目的以食品接触用纸/铝/塑复合包装为研究对象,结合应用非靶向高通量筛查技术和安全风险评价方法,全面研究这类多层复合包装在接触食品过程中的迁移风险。方法采用顶空气相色谱-串联质谱、气相色谱-四极杆飞行时间质谱和液相色谱-四级... 详细信息

目的以食品接触用纸/铝/塑复合包装为研究对象,结合应用非靶向高通量筛查技术和安全风险评价方法,全面研究这类多层复合包装在接触食品过程中的迁移风险。方法采用顶空气相色谱-串联质谱、气相色谱-四极杆飞行时间质谱和液相色谱-四级杆飞行时间质谱全面筛查食品接触用纸/铝/塑复合包装在不同迁移条件下的挥发性、半挥发性和非挥发性迁移物质,基于商业数据库、实验室自建库及行业信息解析物质化学结构及可能来源,利用内标半定量迁移水平,结合国内外食品接触材料法规和安全风险评估方法进行符合性评价及风险评价。结果20批纸/铝/塑复合食品包装在体积分数为4%的乙酸模拟物中未发现迁移风险,在体积分数为95%的乙醇模拟物中共计检出35种物质,可能源于溶剂、抗氧剂、爽滑剂、低聚物、抗氧剂氧化/降解产物等物质。其中,33种物质经法规评估及毒理学评估,显示风险较低;其余2类聚烯烃低聚物因结构难以确定、缺乏毒理学研究建议持续关注毒理学研究进展及国内外法律法规动态。结论通过结合应用非靶向高通量筛查技术和安全风险评估方法研究表明,在通常的使用条件下,纸/铝/塑多层复合包装用于盛装果汁等水性食品时不存在安全风险,但接触高乙醇含量或油脂类食品时建议关注聚烯烃类低聚物的迁移安全性。

关键词：食品接触材料纸/铝/塑多层复合包装迁移非靶向筛查安全风险评价

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蒙东粮食主产区不同谷子品种的适应性分析

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作物杂志 2024年第3期 201-206页

作者：包雪莲文峰金晓光呼瑞梅黄前晶张桂华齐金全白颖哲乌月汗白乙拉图通辽市农牧科学研究所内蒙古通辽028015 通辽市气象局内蒙古通辽028000 通辽市蒙古族中学内蒙古通辽028000

为了筛选出适合内蒙古东部通辽地区的优良谷子品种,通过2年区域试验鉴定,以九谷11作为对照,对10个谷子品种的丰产性、区域性、抗逆性及主要农艺性状进行比较分析。结果表明,与产量相关的性状中,株高和千粒重与其呈负相关,穗粗、穗粒重... 详细信息

为了筛选出适合内蒙古东部通辽地区的优良谷子品种,通过2年区域试验鉴定,以九谷11作为对照,对10个谷子品种的丰产性、区域性、抗逆性及主要农艺性状进行比较分析。结果表明,与产量相关的性状中,株高和千粒重与其呈负相关,穗粗、穗粒重、单穗重与产量呈显著正相关。谷子穗粗和穗粒重的变异系数较大,株高、出谷率和千粒重的变异系数较小,有一定遗传性。九谷41、瑞香谷2号和20H819这3个品种农艺性状表现良好,抗逆性较好,产量较高,综合表现优良,更适合在通辽地区推广种植。

关键词：谷子品种适应性农艺性状

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安徽医药 2024年第3期28卷 491-495,I0005页

作者：郑桂华金晓霞陶玉梅刘丹阳朱兴华卫颖泽南通市肿瘤医院/南通大学附属肿瘤医院病理科江苏南通226361 南通市妇幼保健院病理科江苏南通226007 复旦大学附属妇产科医院病理科上海200090

目的探讨核转录因子红系2相关因子2(Nrf2)与选择性自噬接头蛋白p62/Sequestosome1 (SQSTM1)在诊断宫颈癌和上皮内病变中的价值,并且分析二者在不同宫颈病变中的相关性。方法收集2008年1月至2021年12月南通市肿瘤医院120例宫颈鳞状细胞... 详细信息

目的探讨核转录因子红系2相关因子2(Nrf2)与选择性自噬接头蛋白p62/Sequestosome1 (SQSTM1)在诊断宫颈癌和上皮内病变中的价值,并且分析二者在不同宫颈病变中的相关性。方法收集2008年1月至2021年12月南通市肿瘤医院120例宫颈鳞状细胞癌(SCC)、102例低级别鳞状上皮内病变(LSIL)和101例高级别鳞状上皮内病变(HSIL)病人及49例宫颈良性/反应性鳞状上皮病人的石蜡标本,免疫组织化学方法检测其中Nrf2和p62的表达,并分析二者在不同宫颈病变中的相关性及评估二者在诊断中的价值。结果 Nrf2和p62在LSIL、HSIL和SCC中表达明显高于良性/反应性宫颈鳞状上皮(均P<0.05),Nrf2和p62在HSIL和SCC中表达明显高于LSIL(均P<0.05),p62在SCC中表达明显高于HSIL(P<0.05),而Nrf2在HSIL中表达稍低于SCC(P<0.05)。Nrf2和p62在良性/反应性宫颈鳞状上皮、LSIL、HSIL和SCC中均具有正相关性,相关系数分别为0.63、0.58、0.69和0.38(均P<0.05)。ROC曲线结果显示,除Nrf2在诊断HSIL与SCC中差异无统计学意义外,Nrf2、p62以及联合Nrf2和p62在诊断良性/反应性鳞状上皮与LSIL、良性/反应性鳞状上皮与HSIL、良性/反应性鳞状上皮与SCC、LSIL与HSIL、LSIL与SCC、HSIL与SCC各个组别中均差异有统计学意义(均P<0.05)。结论 Nrf2和p62在良性/反应性鳞状上皮中不表达或低表达,LSIL中表达有所增高,HSIL和SCC中表达最高,二者在不同宫颈病变中均具有正相关性,而且单独使用Nrf2或p62就能够有效诊断不同的宫颈病变,二者联用诊断效果更佳。

关键词：宫颈疾病核转录因子红系2相关因子2 选择性自噬接头蛋白良性/反应性低级别高级别鳞状上皮内病变鳞状细胞癌

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Inhibitory effect of Dihydroartemisinin on the proliferation and migration of melanoma cells and experimental lung metastasis from melanoma in mice

Inhibitory effect of Dihydroartemisinin on the proliferation...

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第十四届全国免疫学学术大会

作者： Qi Zhang Quanxin jin Mingyuan Sun guihua jin 延边大学医学院 Medical College of Yanbian University

Melanoma is aggressive and can metastasize in the early stage of tumor.It has been proved that dihydroartemisinin(DHA) positively affects the treatment of tumors and has no apparent toxic and side effects.Our previous research has shown that DHA can suppress the formation of melanoma.However,it remains poorly established how DHA impacts the invasion and metastasis of melanoma.In this study,B16 F10 and A375 cell lines and metastatic tumor models will be used to investigate the effects of DHA.The present results demonstrated that DHA inhibited the proliferative capacity in A375 and B16 F10 cells.As expected,the migration capacity of A375 and B16 F10 cells was also reduced after DHA administration.DHA alleviated the severity and histopathological changes of melanoma in mice.DHA induced expansion of CD8CTL in the tumor microenvironment.By contrast,DHA inhibited Treg cells infiltration into the tumor microenvironment.DHA enhanced apoptosis of melanoma by regulating FasL expression and Granzyme B secretion in CD8CTLs.Moreover,DHA impacts STAT3-induced EMT and MMPS in tumor tissue.Furthermore,Metabolomics analysis indicated that PGD2 and EPA significantly increased after DHA administration.In conclusion,DHA inhibited the proliferation,migration and metastasis of melanoma in vitro and in vivo.These results have important implications for the potential use of DHA in the treatment of melanoma in humans.

关键词： Dihydroartemisinin Melanoma Metastasis EMT tumor microenvironment

来源： cnki会议评论

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Satellite Retrieval of a Strong Hailstorm Process

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Atmospheric and Oceanic Science Letters 2009年第2期2卷 103-107页

作者： LIU guihua YU Xing DAI jin Weather Modification Center of Shaanxi Province Xi＇an 710015 China Meteorological Institute of Shaanxi Province Xi ＇ an 710015 China

A case of hailstorm process occurring on 24 June 2006 in northwestern China was studied using satellite retrieval methodology. The particle effective radius (re) in the cloud tops was calculated by the reflectance in the 3.7 μm channel, and cloud-top microphysical properties were vividly represented using the RGB visual multispectral classification scheme. The microphysical zones of clouds and the processes of hail formation and develop-ment are inferred using the relations of cloud-top temperature (T) versus re for the tops of convective clouds. The results show that particle effective radius was smaller near the cloud base of hailstorm. There was a deep zone of diffusional droplet growth at the low level where the particles grew slowly with height, and there existed an evident area of small ice particles in the cloud top, suggesting the existence of a strong updraft in the clouds. The low glaciated temperature indicated a great depth from the cloud base to the glaciation height, which provided a deep layer of supercooled water for hail growth.

关键词：冰雹过程检索方法卫星中国西北地区云微物理过程有效半径冰川作用物理性能

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