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Performance Comparison of Computational Methods for the Prediction of the Function and Pathogenicity of Non-coding Variants

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2023年第3期21卷 649-661页

作者： Zheng Wang guihu zhao Bin Li Zhenghuan Fang Qian Chen Xiaomeng Wang Tengfei Luo Yijing Wang Qiao Zhou Kuokuo Li Lu Xia Yi Zhang Xun Zhou Hongxu Pan Yuwen zhao Yige Wang Lin Wang Jifeng Guo Beisha Tang Kun Xia Jinchen Li National Clinical Research Centre for Geriatric Disorders Department of GeriatricsXiangya HospitalCentral South UniversityChangsha 410008China Department of Neurology Xiangya HospitalCentral South UniversityChangsha 410008China Centre for Medical Genetics&Hunan Key Laboratory of Medical Genetics School of Life SciencesCentral South UniversityChangsha 410008China Reproductive Medicine Center Xiangya HospitalCentral South UniversityChangsha 410008China

Non-coding variants in the human genome significantly influence human traits and complex diseases via their regulation and modification ***,an increasing number of computational methods are developed to predict the effects of variants in human non-coding ***,it is difficult for inexperienced users to select appropriate computational methods from dozens of available *** solve this issue,we assessed 12 performance metrics of 24 methods on four independent non-coding variant benchmark datasets:(1)rare germline variants from clinical relevant sequence variants(ClinVar),(2)rare somatic variants from Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer(COSMIC),(3)common regulatory variants from curated expression quantitative trait locus(eQTL)data,and(4)disease-associated common variants from curated genomewide association studies(GWAS).All 24 tested methods performed differently under various conditions,indicating varying strengths and weaknesses under different ***,the performance of existing methods was acceptable for rare germline variants from ClinVar with the area under the receiver operating characteristic curve(AUROC)of 0.4481–0.8033 and poor for rare somatic variants from COSMIC(AUROC=0.4984–0.7131),common regulatory variants from curated eQTL data(AUROC=0.4837–0.6472),and disease-associated common variants from curated GWAS(AUROC=0.4766–0.5188).We also compared the prediction performance of 24 methods for non-coding de novo mutations in autism spectrum disorder,and found that the combined annotation-dependent depletion(CADD)and context-dependent tolerance score(CDTS)methods showed better ***,we assessed the performance of 24 computational methods under diverse scenarios,providing preliminary advice for proper tool selection and guiding the development of new techniques in interpreting non-coding variants.

关键词： Non-coding variant Pathogenicity estimation Functional prediction Performance assessment Prediction model

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Minwise Hash动态双重阈值过滤器

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上海交通大学学报 2016年第7期50卷 1075-1081页

作者：袁鑫攀曹阳龙军赵贵虎湖南工业大学计算机与通信学院株洲412008 中南大学信息科学与工程学院长沙410083

结合二项分布和小概率原理进行理论推导,提出了Minwise Hash的动态双重阈值过滤器,将比对过程划分为多个比对点,并设置各比对点的动态阈值,过滤相似度低于下界阈值TL(k)的文档,输出相似度高于上界阈值TU(k)的文档.该提前过滤的方法减少... 详细信息

结合二项分布和小概率原理进行理论推导,提出了Minwise Hash的动态双重阈值过滤器,将比对过程划分为多个比对点,并设置各比对点的动态阈值,过滤相似度低于下界阈值TL(k)的文档,输出相似度高于上界阈值TU(k)的文档.该提前过滤的方法减少了后续的比对次数,降低了工作量,并设计了多组实验,结果显示过滤器在选取了适当的参数时,计算时间仅为原Minwise Hash的31%或原b位Minwise Hash的36%,较大地提升了原算法的时间效率.动态双重阈值过滤器不仅能应用于Minwise Hash,也能用于它的变种算法(如b位Minwise Hash),乃至所有符合二项分布的估计子.

关键词：动态双重阈值相似性检测哈希小概率事件

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轮盘式液态肥穴播深施机设计与试验研究

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农机化研究 2017年第4期39卷 139-143页

作者：杨自栋王廷恩兰翼赵桂虎浙江农林大学工程学院浙江临安311300 山东省农业机械科学研究院济南250100 中通客车控股股份有限公司山东聊城252000

液态肥穴播深施是利用高压液柱冲击土壤,通过精确控制流体喷射进行肥料定向深施的一种农机农艺新方法。为此,设计并研制了一种轮盘式液态肥穴播深施机,并通过土槽试验研究了液态肥穴播深施的可行性、成穴的基本规律及合适的工作参数范... 详细信息

液态肥穴播深施是利用高压液柱冲击土壤,通过精确控制流体喷射进行肥料定向深施的一种农机农艺新方法。为此,设计并研制了一种轮盘式液态肥穴播深施机,并通过土槽试验研究了液态肥穴播深施的可行性、成穴的基本规律及合适的工作参数范围。设计的开穴施肥轮上分布着多个导流开穴器,当导流开穴器插入土壤后,端面凸轮控制其开启,经过增压的高压液态肥沿导流开穴器射入土壤,解决了液态肥施肥过程中作业速度低、喷肥孔易堵塞及施肥量调节复杂等问题。研制了施肥机工作参数的试验测试系统,通过正交试验确定了其工作压力、流量和转速的最佳参数。试验表明:当压力取0.3MPa、节流阀开度为50%、转速为30r/min(对应机具速度0.86m/s)时,施肥量可满足设计要求。田间试验表明:轮盘式液态肥穴播深施机对覆膜、秸秆覆盖地、免耕地等作业环境有很强的适应性,比普通喷洒施肥节约肥料42%、提高作业效率30%以上。本研究为液态肥的深施肥作业机具研究和田间追肥农艺改进提供了参考。

关键词：液态肥施肥机开穴施肥轮高压射流穴播

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国家临床医学研究中心大数据共享协作平台建立与应用

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中华医院管理杂志 2022年第5期38卷 337-342页

作者：陈廷寅冯嵩韩冠平闫峻赵贵虎王卓中郭华国家老年疾病临床医学研究中心(湘雅医院) 中南大学湘雅医院网络信息中心长沙410008 医渡云(北京)技术有限公司北京100191 国家老年疾病临床医学研究中心(湘雅医院) 中南大学湘雅医院科研部长沙410008

为有效整合科研数据资源,提高数据利用率,国家老年疾病临床医学研究中心建立了一体化大数据共享协作创新平台,通过提供科研全程支撑、梳理成果分配机制、制定权限管理规范,解决了数据共享能力、共享意愿、共享安全不强的问题,充分发挥... 详细信息

为有效整合科研数据资源,提高数据利用率,国家老年疾病临床医学研究中心建立了一体化大数据共享协作创新平台,通过提供科研全程支撑、梳理成果分配机制、制定权限管理规范,解决了数据共享能力、共享意愿、共享安全不强的问题,充分发挥了临床研究大数据平台效能。截至2022年2月,国家老年疾病临床医学研究中心依托该大数据平台汇聚了超过104万例老年患者数据,开展科研项目75项,建立大型人群临床研究队列10个,实现了老年疾病领域主要疾病病种的全覆盖,有力推动了国家临床医学研究中心高质量发展,提升了协作单位的科研创新能力。

关键词：大数据平台数据共享临床科研老年疾病国家临床医学研究中心

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双级真空挤出机控制系统的PLC设计与应用

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农业工程 2014年第1期4卷 28-33页

作者：苏红星杨自栋赵桂虎滕悦江山东理工大学农业工程与食品科学学院淄博255049

双级真空挤出机已经普遍用于砖瓦行业,实现挤出生产自动化、节约资源和提高挤出质量是今后挤出机研究的主要方向。经过对挤出机的结构与实际工作过程的分析研究,确定挤出机整个工作过程的自动化控制方案,应用PLC和传感器,实现了对含水... 详细信息

双级真空挤出机已经普遍用于砖瓦行业,实现挤出生产自动化、节约资源和提高挤出质量是今后挤出机研究的主要方向。经过对挤出机的结构与实际工作过程的分析研究,确定挤出机整个工作过程的自动化控制方案,应用PLC和传感器,实现了对含水率、料位、真空度、温度和压力的监控,提高了挤出机的自动化程度。同时,也达到了增加产量,延长设备寿命,节约资源,提高生产效率和产品质量的目的。

关键词：挤出机控制 PLC 传感器程序

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急诊集束化联合高压氧治疗对一氧化碳中毒患者的临床疗效及其预后危险因素分析

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中华航海医学与高气压医学杂志 2022年第3期29卷 317-320页

作者：赵连彬杜桂虎武玉景临沂市中心医院急诊科临沂276400

目的:探讨急诊集束化联合高压氧治疗对一氧化碳(CO)中毒患者的临床疗效,并分析其预后危险因素。方法:回顾性选取2015年2月至2020年5月在临沂市中心医院急诊科进行治疗的116例CO中毒患者,按照治疗方法的不同分为对照组和治疗组,每组58例... 详细信息

目的:探讨急诊集束化联合高压氧治疗对一氧化碳(CO)中毒患者的临床疗效,并分析其预后危险因素。方法:回顾性选取2015年2月至2020年5月在临沂市中心医院急诊科进行治疗的116例CO中毒患者,按照治疗方法的不同分为对照组和治疗组,每组58例。对照组实施高压氧治疗,治疗组在对照组治疗的基础上采用急诊集束化治疗,观察并比较2组患者的临床疗效。结果:治疗组患者的治疗总有效率(93.10%)明显高于对照组(77.59%),差异有统计学意义( P0.05);与治疗前比较,2组患者治疗后RR、PaO_(2)、SaO_(2)均有改善,且治疗组优于对照组,差异均有统计学意义( P<0.05或 P<0.01)。2组患者的昏迷时间(≥24 h)、脑电图异常、高压氧治疗时机(≥7 d)、头颅CT异常、CO暴露时间(≥3 h)是影响CO中毒预后的主要因素( P<0.01)。昏迷时间、高压氧治疗时间、头颅CT异常是影响CO中毒预后的危险因素( P<0.05或 P<0.01)。结论:急诊集束化联合高压氧治疗对CO中毒患者的临床疗效较好,能有效改善患者的SaO_(2)及PaO_(2)。昏迷时间、高压氧治疗时间、头颅CT异常是影响CO中毒预后的危险因素。

关键词：一氧化碳中毒高压氧急诊集束化危险因素

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小型旋翼无人机在未来城市军事行动应用中潜力评估

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国防科技 2017年第2期38卷 33-37页

作者：刚桂虎赵显南京炮兵学院江苏南京211132 沈阳炮兵学院辽宁沈阳110161

随着全球范围的城市化进程不断推进,未来军事斗争向城市环境中发展是必然趋势。在城市作战需求分析的基础上,剖析了传统装备的"城市病",阐述了小型旋翼无人机在城市军事行动中的应用潜能。研究表明,针对现有装备在城市作战中显示出的若... 详细信息

随着全球范围的城市化进程不断推进,未来军事斗争向城市环境中发展是必然趋势。在城市作战需求分析的基础上,剖析了传统装备的"城市病",阐述了小型旋翼无人机在城市军事行动中的应用潜能。研究表明,针对现有装备在城市作战中显示出的若干短板,发展基于小型旋翼无人机打造侦察平台与精确打击平台将是一个较好的解决方案。而运用军民融合的发展模式挖掘小型旋翼无人机军用潜力,在提升军队作战能力,降低成本均具有积极意义。

关键词：小型旋翼无人机城市军事行动侦察精确制导

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多旋翼无人机在战术后勤中的应用分析

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国防科技 2016年第5期37卷 56-59,75页

作者：刚桂虎赵显南京炮兵学院江苏南京211132 炮兵学院辽宁沈阳110161

旋翼无人机技术发展迅猛,在军用领域展现出极强的发展潜力,部分军事强国已将旋翼无人机技术引入后勤,对后勤运输产生了深刻影响。旋翼无人机的技术特点使其更适应恶劣条件下战术后勤任务,是对陆、海、空运输方式的良好补充。旋翼无人机... 详细信息

旋翼无人机技术发展迅猛,在军用领域展现出极强的发展潜力,部分军事强国已将旋翼无人机技术引入后勤,对后勤运输产生了深刻影响。旋翼无人机的技术特点使其更适应恶劣条件下战术后勤任务,是对陆、海、空运输方式的良好补充。旋翼无人机实现快速运输与精准分发平稳换挡接力,给原有的运输、投送、分发后勤运输体系带来一系列新的变化,有助于建设立体化现代后勤。

关键词：旋翼无人机战术后勤精准投送

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烧结矿双级冷却工艺及装备技术研发与应用

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烧结球团 2024年第4期49卷 101-106页

作者：张震温荣耀廖继勇谭潇玲倪桂虎赵改革中冶长天国际工程有限责任公司湖南长沙410205 山东钢铁集团永锋临港有限公司山东临沂276624 湘潭钢铁集团有限公司湖南湘潭411102

烧结行业实践应用的余热回收方式主要是环冷机+余热锅炉与竖式冷却+余热锅炉,而将原烧结给料溜槽改为一级竖式冷却的双级冷却技术,可显著回收高品质余热。本文在介绍烧结双级冷却技术工艺及原理基础上,通过FLUENT流体仿真,对比了烧结双... 详细信息

烧结行业实践应用的余热回收方式主要是环冷机+余热锅炉与竖式冷却+余热锅炉,而将原烧结给料溜槽改为一级竖式冷却的双级冷却技术,可显著回收高品质余热。本文在介绍烧结双级冷却技术工艺及原理基础上,通过FLUENT流体仿真,对比了烧结双级冷却相对传统环冷机流场和温度场分布,并从冷却提效、余热回收增量、烧结矿增产和除尘增效4方面系统阐述了烧结双级冷却技术效果优势。结果表明,该技术可降低环冷机冷却风量约13%,提高过热蒸汽50℃,降低返矿率1%。该技术在湘潭钢铁新一烧360 m^(2)烧结机成功应用也表明,余热锅炉蒸汽产量可由吨矿约34 t/h增长到约40 t/h,增加发电量约为1200 kW·h年经济效益约为400万元。

关键词：烧结双级冷却流体仿真环冷机余热回收

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多靶点重复经颅磁刺激联合针刺在中老年主观性耳鸣中的应用效果

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中国当代医药 2022年第14期29卷 127-130页

作者：孙贵虎刘晓阳杨星昱赵展良大连市第三人民医院耳鼻喉科辽宁大连116000 大连市第三人民医院神经功能检测与调控治疗中心辽宁大连116000 大连市第三人民医院普外科辽宁大连116000

目的探讨多靶点重复经颅磁刺激(rTMS)联合针刺在中老年主观性耳鸣中的应用效果。方法选取2020年6月至2021年5月的就诊于大连市第三人民医院耳鼻喉科的60例中老年重度主观性耳鸣的患者作为研究对象,采用随机数字表法分组发将其分为多靶... 详细信息

目的探讨多靶点重复经颅磁刺激(rTMS)联合针刺在中老年主观性耳鸣中的应用效果。方法选取2020年6月至2021年5月的就诊于大连市第三人民医院耳鼻喉科的60例中老年重度主观性耳鸣的患者作为研究对象,采用随机数字表法分组发将其分为多靶点磁刺激治疗组、单靶点磁刺激治疗组和针刺组,每组各20例。多靶点磁刺激治疗组患者采用双侧颞顶叶皮质及右侧前额叶背外侧皮质多靶点磁刺激治疗+针刺治疗,单靶点磁刺激治疗组患者采用双侧颞顶叶皮质磁刺激治疗+针刺治疗,针刺组患者采用单针刺治疗。比较三组患者治疗前后的耳鸣残疾量表(THI)、视觉模拟评分法(VAS)评分及不良反应。结果三组患者治疗后的THI和VAS评分均低于治疗前,差异有统计学意义(P0.05)。结论多靶点重复经颅磁刺激治疗联合针刺治疗中老年中度主观性耳鸣具有明显的治疗效果,可以更有效降低患者耳鸣的严重程度,明显改善患者不适感受。

关键词：重复经颅磁刺激主观性耳鸣针刺不良反应

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