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金针菇单、双核菌丝差异表达基因分析

菌物学报 2015年第4期34卷 683-693页

作者：王威丑天胜刘芳严俊杰吴塔菊李少杰谢宝贵福建农林大学生命科学学院菌物研究中心福建福州350002 中国科学院微生物研究所北京100101

对金针菇Flammulina velutipes单核菌丝W23的菌丝体以及与L11质配后的双核菌丝H1123菌丝体进行了转录组测序,以本实验室已获得的W23基因组为参考基因组研究两样本间差异基因,并对这些差异基因进行了go功能和Pathway显著性富集分析。差... 详细信息

对金针菇Flammulina velutipes单核菌丝W23的菌丝体以及与L11质配后的双核菌丝H1123菌丝体进行了转录组测序,以本实验室已获得的W23基因组为参考基因组研究两样本间差异基因,并对这些差异基因进行了go功能和Pathway显著性富集分析。差异基因分析显示,两个样本中共有显著性差异表达的基因3 504个,其中在双核菌丝中上调、下调的基因数分别为2 151和1 353个。研究发现差异表达基因含有很多的转录因子基因、蛋白激酶以及WD40 repeat-like蛋白。Gene Ontology(go)功能分析结果表明,extracellular region和membrane-enclosed lumen条目下的差异基因全部为上调表达,而envelope下的差异基因全部为下调表达,以利于双核菌丝分裂时锁状联合的形成而便于核的迁移。Pathway功能富集分析结果表明,脂肪酸、氨基酸以及大部分糖类合成相关基因具有比较活跃的上调表达。说明双核菌丝主要进行营养物质的富集,为下一步在合适条件下分化成原基,进入生殖生长阶段储备物质基础。

关键词：转录组差异表达基因 go功能 Pathway分析

杜仲幼果和成熟果实转录组数据组装及基因功能注释

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中南林业科技大学学报 2012年第10期32卷 9-17页

作者：李铁柱杜红岩刘慧敏乌云塔娜王淋叶生晶中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004

对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法... 详细信息

对杜仲幼果和成熟果实进行测序后,共获得了53 080 588个reads片段,包含了4 777 252 920个核苷酸序列信息,对reads进行拼接,共获得了921 902个Contig片段,序列信息达到了129 461 462 nt;在Contig数据的基础上,进一步采用over-lap的方法进行拼接,共获得了190 518个Scaffold片段,序列信息达到了67 868 367 nt;在Scaffold数据的基础上,进一步拼接,数据共获得了64 474个Unigene片段,序列信息达到了39 120 703 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲幼果和成熟果实转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类;Unigene根据go功能大致可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类44分支;利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成119类,包括生化代谢通路、植物—真菌互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等。

关键词：杜仲幼果成熟果实转录组基因功能

杜仲果实和叶片转录组数据组装及基因功能注释

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中南林业科技大学学报 2012年第11期32卷 122-130页

所构建的杜仲果实和叶片转录组数据库获得了54 471 338条reads数据,包含4 902 420 420nt数据信息,对reads进行拼接,获得了452 421条Contig,总长度为90 705 736 nt;对contig进行拼接后,获得了147 027条Scaffold,总长度为65 877 052 nt;同... 详细信息

所构建的杜仲果实和叶片转录组数据库获得了54 471 338条reads数据,包含4 902 420 420nt数据信息,对reads进行拼接,获得了452 421条Contig,总长度为90 705 736 nt;对contig进行拼接后,获得了147 027条Scaffold,总长度为65 877 052 nt;同理,对Scaffold进一步拼接后,获得了49 610条Unigene,总长度为37616 729 nt;Unigene和COG数据库进行比对表明,杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据功能大致可分为25类;杜仲果实和叶片转录组中的Unigene根据go功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支;以KEGG数据库为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成125类,包括脂类代谢,DNA剪切,植物激素生物合成,苯丙氨酸生物合成,萜类化合物与类固醇类化合物合成等。

关键词：杜仲果实叶片转录组基因功能

蒙医三根平衡针法对慢性应激抑郁模型大鼠海马miRNA表达谱的影响

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中华中医药杂志 2021年第7期36卷 3821-3827页

作者：赛音朝克图宋美丽艾丽雅邓套图格赵俊罗彤阿茹娜李学勇敖其尔内蒙古自治区国际蒙医医院呼和浩特010065 内蒙古医科大学蒙医药学院呼和浩特010110 北京中医药大学针灸推拿学院北京100029

目的:观察蒙医三根平衡针法对慢性不可预知温和应激刺激(CUMS)抑郁模型大鼠海马miRNA表达谱的影响,探讨蒙医三根平衡针法治疗抑郁症的作用机制。方法:利用miRNA芯片技术检测正常组、模型组、药物组和蒙医针组大鼠海马miRNA差异表达变化... 详细信息

目的:观察蒙医三根平衡针法对慢性不可预知温和应激刺激(CUMS)抑郁模型大鼠海马miRNA表达谱的影响,探讨蒙医三根平衡针法治疗抑郁症的作用机制。方法:利用miRNA芯片技术检测正常组、模型组、药物组和蒙医针组大鼠海马miRNA差异表达变化,利用生物信息软件进行靶基因预测及差异表达miRNA趋势分析,并分别构建差异表达miRNA与靶基因、基因显著性功能(go)和显著性通路(Pathway)的网络,分析蒙医三根平衡针法治疗抑郁症主导作用的基因功能与通路。结果:经miRNA芯片技术检测4组样品中筛选出显著性差异表达65条miRNA(P1.2),121个go(Ptarbp1、Abca9、Adamts2等基因与差异表达miRNA的关系强度最显著,miRNA-go网络中差异表达miRNA与神经发育、生物节律过程、光刺激的反应等生物学功能的作用关系最明显,miRNA-Pathway网络中轴突导向、神经营养因子通路、昼夜节律、多巴胺能突触、谷氨酸能突触等通路的作用关系最强。3个调控网络中miR-29b-3p均处于网络的枢纽性地位。结论:CUMS和蒙医三根平衡针法均改变了大鼠海马miRNA表达谱,蒙医三根平衡针法的抗抑郁作用机制可能与其调节miR 29b-3p靶向调控Nlgn1和生物节律基因Clock、Per3的表达有关。

关键词：抑郁大鼠 miRNA 生物信息学蒙医针刺蒙医三根平衡针法

Performance and calibration of quark/gluon-jet taggers using 140 fb^(-1) of pp collisions at √s=13 TeV with the ATLAS detector

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Chinese Physics C 2024年第2期48卷 1-25页

作者： G. Aad B. Abbott K. Abeling N.J. Abicht S.H. Abidi A. Aboulhorma H. Abramowicz H. Abreu Y. Abulaiti B.S. Acharya C. Adam Bourdarios L. Adamczyk S.V. Addepalli M.J. Addison J. Adelman A. Adiguzel T. Adye A.A. Affolder Y. Afik M.N. Agaras J. Agarwala A. Aggarwal C. Agheorghiesei A. Ahmad F. Ahmadov W.S. Ahmed S. Ahuja X. Ai G. Aielli A. Aikot M. Ait tamlihat B. Aitbenchikh I. Aizenberg M. Akbiyik T.P.A. Åkesson A.V. Akimov D. Akiyama N.N. Akolkar K. Al Khoury G.L. Alberghi J. Albert P. Albicocco G.L. Albouy S. Alderweireldt M. Aleksa I.N. Aleksandrov C. Alexa T. Alexopoulos F. Alfonsi M. Algren M. Alhroob B. Ali H.M.J. Ali S. Ali S.W. Alibocus M. Aliev G. Alimonti W. Alkakhi C. Allaire B.M.M. Allbrooke J.F. Allen C.A. Allendes Flores P.P. Allport A. Aloisio F. Alonso C. Alpigiani M. Alvarez Estevez A. Alvarez Fernandez M. Alves Cardoso M.G. Alviggi M. Aly Y. Amaral Coutinho A. Ambler C. Amelung M. Amerl C.G. Ames D. Amidei S.P. Amor Dos Santos K.R. Amos V. Ananiev C. Anastopoulos T. Andeen J.K. Anders S.Y. Andrean A. Andreazza S. Angelidakis A. Angerami A.V. Anisenkov A. Annovi C. Antel M.T. Anthony E. Antipov M. Antonelli F. Anulli M. Aoki T. Aoki J.A. Aparisi Pozo M.A. Aparo L. Aperio Bella C. Appelt A. Apyan N. Aranzabal S.J. Arbiol Val C. Arcangeletti A.T.H. Arce E. Arena J-F. Arguin S. Argyropoulos J.-H. Arling O. Arnaez H. Arnold G. Artoni H. Asada K. Asai S. Asai N.A. Asbah J. Assahsah K. Assamagan R. Astalos S. Atashi R.J. Atkin M. Atkinson H. Atmani P.A. Atmasiddha K. Augsten S. Auricchio A.D. Auriol V.A. Austrup G. Avolio K. Axiotis G. Azuelos D. Babal H. Bachacou K. Bachas A. Bachiu F. Backman A. Badea P. Bagnaia M. Bahmani A.J. Bailey V.R. Bailey J.T. Baines L. Baines O.K. Baker E. Bakos D. Bakshi Gupta V. Balakrishnan R. Balasubramanian E.M. Baldin P. Balek E. Ballabene F. Balli L.M. Baltes W.K. Balunas J. Balz E. Banas M. Bandieramonte A. Bandyopadhyay S. Bansal L. Barak M. Barakat E.L. Barberio D. Barberis M. Barbero M.Z. Barel K.N. Barends T. Barillari M-S. Barisits T. Barklow P. Baron D.A. Baron Mo The ATLAS Collaboration

The identification of jets originating from quarks and gluons,often referred to as quark/gluon tagging,plays an important role in various analyses performed at the Large Hadron Collider,as Standard Model measurements and searches for new particles decaying to quarks often rely on suppressing a large gluon-induced *** paper describes the measurement of the efficiencies of quark/gluon taggers developed within the ATLAS Collaboration,using √s=13 TeV proton–proton collision data with an integrated luminosity of 140 fb^(-1) collected by the ATLAS *** taggers with high performances in rejecting jets from gluon over jets from quarks are studied:one tagger is based on requirements on the number of inner-detector tracks associated with the jet,and the other combines several jet substructure observables using a boosted decision tree.A method is established to determine the quark/gluon fraction in data,by using quark/gluon-enriched subsamples defined by the jet *** in tagging efficiency between data and simulation are provided for jets with transverse momentum between 500 GeV and 2 TeV and for multiple tagger working points.

关键词： ATLAS JET QUARK GLUON taGGING