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江苏省遗传学会2017年学术研讨会——“技术创新与遗传学发展”

作者： Tao zhang Xiangqian zhang Kunpeng Han genxi zhang Jinyu Wang Kaizhou Xie Qian Xue College of Animal Science and Technology Yangzhou University

Long non-coding RNAs(lncRNAs) regulate adipogenesis and other processes associated with metabolic tissue development and function. However, little is known about the function and profile of lncRNAs during preadipocyte differentiation in the chicken(Gallus gallus). Herein, lncRNA and mRNA expression in preadipocytes at different stages of differentiation were analyzed using RNA sequencing. A total of 1,300,074,528 clean reads and 27,023 novel lncRNAs were obtained from 12 samples. The number of genes(1,336 lncRNAs and 1,759 mRNAs;3,095 in total) differentially expressed across various stages declined as differentiation progressed. Differentially expressed genes were found to be involved in several pathways related to preadipocyte differentiation that have been extensively studied, including glycerolipid metabolism, and the mammalian target of rapamycin, peroxisome proliferator-activated receptor, and mitogen-activated protein kinase signaling pathways. To our knowledge, some pathways are being reported for the first time, including the propanoate metabolism, fatty acid metabolism, and oxidative phosphorylation pathways. Furthermore, 3,095 differentially expressed genes were clustered into eight clusters, and their expression patterns were determined through K-means clustering. Genes involved in the K2 cluster likely play important roles in preadipocyte differentiation. Six stage-specific modules related to A0(day 0), A2(day 2), and A6(day 6) stages were identified, using weighted co-expression network analysis. Nine central, highly connected genes in stagespecific modules were subsequently identified, including XLOC68731, XLOC22661, XLOC45161, XLOC70302, CHD6, LLGL1, NEURL1 B, KLHL38, and ACTR6. This study provides a valuable resource for further study of chicken lncRNA and facilitates a better understanding of preadipocyte differentiation in the chicken.

关键词： Preadipocyte differentiation RNA-sequencing Stage-specific module Chicken

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Genome-wide Analysis of Long Non-coding RNA and mRNA Expression Profiles during the Differentiation of Intramuscular Preadipocytes in Chicken

Genome-wide Analysis of Long Non-coding RNA and mRNA Express...

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江苏省遗传学会2016年学术年会

作者：张涛 Xiangqian zhang Kunpeng Han genxi zhang 王金玉 Kaizhou Xie Guojun Dai Qian Xue College of Animal Science and Technology Yangzhou University Key Laboratory for Animal Genetics BreedingReproduction and Molecular Design of Jiangsu Province Key Laboratory for Animal Genetics

Long noncoding RNAs(lncRNAs) regulate metabolic tissue development and function,including ***,little is known about the function and profile of lncRNAs in intramuscular preadipocyte differentiation in *** the present study,we investigated the expression profiles of lncRNAs and mRNAs of intramuscular preadipocytes on days 0,2,4,and 6 of differentiation by RNAsequencing in Jinghai Yellow *** study aimed to characterize the features of lncRNAs and identify differentially expressed lncRNAs and mRNAs by comparing the transcriptomic profiles of preadipocytes among different stages of *** also focused on determining the biological processes and pathways that exhibited significant changes in activity during the differentiation of intramuscular preadipocytes.A total of 1,311,382,604 clean reads and 26,172 lncRNAs were obtained from 12 *** explore the functions of the lncRNAs active in intramuscular preadipocytes of chicken,we predicted the candidate target genes of lncRNAs by predicting the cis function between lncRNAs and neighboring mRNAs as well as the complementary binding between antisense lncRNAs and mRNAs.A total of 5,431 target genes were identified for 11,880 lncRNAs by cis function prediction,while 434 target genes were identified for 583 lncRNAs by complementary binding *** 5,431 and 434 candidate target genes were subjected to GO and pathway *** analysis of the 5,431 genes showed that the regulation of biological,regulation of metabolic process,and regulation of cellular metabolic process were the most abundant terms in the biological process *** the cellular component category,cell,cell part,and organelle were the top three terms,while binding,protein binding,and nucleic acid binding transcription factor activity were the most abundant terms in the molecular function *** analysis indicated that 29 pathways were significantly enriched(P<0.05),including the TGF-β signal

关键词： Intramuscular preadipocyte RNA-seq Long noncoding RNA,Differentiation Jinghai Yellow chicken

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Genome-wide Analysis of mRNA Expression Profile of OvariesbetweenHigh and Low Egg Production Chicken

Genome-wide Analysis of mRNA Expression Profile of Ovariesbe...

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江苏省遗传学会2016年学术年会

egg production is an important trait of chicken（Gallus gallus）.It is determined by ovary function and regulated by the hypothalamic-pituitary-ovary *** the present study,8 female Jinghai yellow chickens,including 4 high egg production chickens and 4 low egg production chickens,were *** total RNA of 8 ovaries was extracted by *** order to screen differential expressed genes between transcriptome of high and low egg production chicken ovaries,RNA sequencing was carried *** Ontology（GO）,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG） and Clusters of Orthologous Groups of proteins（COG） were performed on new genes and DEGs.10 DEGs were randomly selected to conduct RT-PCR to verify the RNA-seq *** cDNA libraries of ovaries of Jinghai yellow chickens were constructed.61.09 GB Clean Data,including 484,992,074 reads,were generated after quality control.A total of 580,959 SNPs were screened from 8 samples,among which 362,457 SNPs and 218,502 SNPs were genic SNPs and intergenic SNPs,*** order to scan unannotated transcripts,mine new transcripts and new genes and thereby enrich and improve the annotation information of genome,Cufflinks program was used to mining new genes and transcripts.4431 new genes and transcripts were *** analysis showed that 2820,1139 and 3781 genes were assigned to cellular component,molecular and biological process GO categories,respectively.572 genes were mapped to KEGG pathways and 305 genes were annotated to 23 categories in COG analysis.305 DEGs were identified between the high egg production and low egg production group according to Fold Change≥2 and FDR＜*** with the low egg production group,145 genes were up-regulated and 160 genes were down-regulated in high egg production group,*** and KEGG analysis of differentially expressed genes showed that IL9 R,IGF1,PARVA,MYLK,GABRA1,CHRM3,LTB4 R,NTSR1,CCR5,IL15,VIPR2 and EDAR genes and Neuroactive ligand-receptor interaction pathway mi

关键词： Ovary Jinghai Yellow chicken RNA-seq egg production

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缝合式三维编织C/SiC复合材料拉伸加卸载力学行为

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复合材料学报 2019年第12期36卷 2894-2901页

作者：张根西张培伟李彦斌郭飞董萼良东南大学空天机械动力学研究所南京211189 东南大学工程力学系南京211189 东南大学机械工程学院南京211189

本文通过开展缝合式三维编织C/SiC复合材料的准静态单轴拉伸及循环加卸载试验,研究加卸载行为对复合材料的损伤及材料内部能量耗散的影响。通过对材料的断口分析,探究加卸载对材料破坏强度的影响规律。结果表明,加卸载行为会消耗材料内... 详细信息

本文通过开展缝合式三维编织C/SiC复合材料的准静态单轴拉伸及循环加卸载试验,研究加卸载行为对复合材料的损伤及材料内部能量耗散的影响。通过对材料的断口分析,探究加卸载对材料破坏强度的影响规律。结果表明,加卸载行为会消耗材料内部的能量,对纤维束与基体之间的界面造成损伤,进而降低材料的承载能力;材料滞回曲线的面积随着卸载点应力的增大而增大;材料的整体失效属于脆性破坏,复合材料断口表现出明显的分层现象,且单轴拉伸时断口相对于循环加卸载更整齐。

关键词： C/SiC复合材料加卸载能量耗散拉伸性能失效模式

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Effects of Different Dietary Energy and Protein Levels on Meat Performance and Meat Quality of Jinghai Yellow Chickens

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Agricultural Biotechnology 2014年第4期3卷 31-35页

作者： Jianfeng WANG Lulu CUI Kaizhou XIE Yingying SUN Lirui SUN Jianyu LIU genxi zhang Guojun DAI Jinyu WANG College of Animal Science and Technology Yangzhou University / Key Laboratory for Animal GeneticsBreedingReproduction and Molecular Design of Jiangsu Province

To investigate the effect of different dietary energy and protein levels on meat performance and meat quality of Jinghai yellow chickens, 480 43-day old Jinghai yellow chickens with similar weight were randomly divided into four experimental groups： experimental group 1 （protein 15%, metabolic energy 9.95 MJ/kg）, experimental group 2 （protein 16%, metabolic energy 10.95 MJ/kg）, experimental group 3 （protein 17%, metabolic energy 12.65 MJ/kg） and experimental group 4 （ protein 18%, metabolic energy 13.95 MJ/kg）, respectively. All chickens were slaughtered at 112-day old. The breast and leg muscles of Jinghai yellow chickens were collected, to determine the slaughter performance, conventional meat quality and muscle chemical indicators. The results indicated that dressing-out percentage and eviscerated yield percentage in four experimental groups were above 87.27% and 67.00%, respectively; other slaughter performance indicators exhibited no significant differences among various groups （P 〉 0.05 ） ; breast muscle color of hens in experimental group 4 varied significantly from that in other three groups （ P 〈 0.05 ） ; leg muscle color of hens in experimental group 2 varied extremely significantly from that in other three groups （ P 〈 0.01 ） ; water-holding capacity of breast muscles of hens in experimental group 3 was significantly higher than that in experimental group 4 （P 〈 0.05 ） ; thiamine content of breast muscles of cocks in experimental group 3 was significandy higher than that in experimental group 2 （ P 〈 0.05 ） ; however, other properties exhibited no significant differenees among various groups （P 〉 0.05 ）.

关键词： Energy and protein levels Meat performance Meat quality Jinghai yellow chickens

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京海黄鸡体重性状全基因组关联分析

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遗传 2015年第8期37卷 811-820页

作者：张涛王文浩张跟喜王金玉薛倩顾玉萍扬州大学动物科学与技术学院扬州225009 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室扬州225009 江苏京海集团南通226103

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，S... 详细信息

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF—seq）对京海黄鸡体重性状进行全基因组关联研究（Genome—wideassociationstndy，GWAS），筛选与京海黄鸡体重性状相关的SNPs位点。结果共检测到100个与京海黄鸡体重相关的SNPs位点，其中15个位点效应达到全基因组显著水平（P〈1．87E-06），85个位点效应达到全基因组潜在显著水平（P〈3．73E-05）。通过筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因，共找到9个可能的候选基因，其中FAMl24A（Familywithsequencesimilarity124A）、QDPR（Quinoiddihydropteridinereductase）、WDRI（WDrepeatdomain1）和SLC2A9（Solutecarrierfamily2（facilitatedglucosetransporter），member9）4个基因可能是影响体重性状的重要候选基因。同时还发现，4号染色体75．6～80．7Mb区域集中了大部分与京海黄鸡中后期体重性状显著相关的SNPs位点，该区域可能是影响京海黄鸡中后期生长体重的重要候选区域。

关键词：京海黄鸡全基因组关联分析体重性状简化基因组测序

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Kruppel样因子15对和盈黑鸡前体脂肪细胞增殖分化的影响

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畜牧兽医学报 2022年第7期53卷 2118-2129页

作者：陈兰张涛丁浩谢恺舟张跟喜王金玉扬州大学兽医学院(比较医学研究院) 扬州225009 扬州大学动物科学与技术学院扬州225009 教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室扬州225009

旨在明确和盈黑鸡Kruppel样因子15(KLF15)的组织、细胞表达模式,阐明干扰KLF15对和盈黑鸡前体脂肪细胞增殖分化的影响。本研究采用RT-qPCR技术检测KLF15在各组织中表达分布、在腹脂组织的发育性表达规律以及在成脂诱导分化不同时期细胞... 详细信息

旨在明确和盈黑鸡Kruppel样因子15(KLF15)的组织、细胞表达模式,阐明干扰KLF15对和盈黑鸡前体脂肪细胞增殖分化的影响。本研究采用RT-qPCR技术检测KLF15在各组织中表达分布、在腹脂组织的发育性表达规律以及在成脂诱导分化不同时期细胞中的表达水平;干扰KLF15后,采用CCK-8和EdU法检测细胞增殖,利用油红O染色、甘油三酯含量分析以及脂肪细胞分化标志基因(PPARγ、C/EBPa和FAS)的检测,分别从细胞形态学和分子生物学等角度明确干扰KLF15对和盈黑鸡前体脂肪细胞成脂分化的影响。研究结果表明,KLF15在和盈黑鸡各组织中存在广泛表达,在肝、腿肌和腹脂组织中表达量较高;KLF15在公、母鸡腹脂中分别呈“L”和“U”型表达趋势,表达高峰均出现在1日龄;KLF15 mRNA在细胞分化前期缓慢升高,表达高峰出现在细胞分化后期;细胞增殖检测发现,CCK-8和EdU结果趋势一致,干扰KLF15极显著抑制了前体脂肪细胞的增殖(P<0.01);明显减少了前体脂肪细胞的脂滴积聚,极显著降低了甘油三酯含量(P<0.01),且脂肪细胞分化标志基因PPARγ和C/EBPa mRNA水平极显著下调(P<0.01),FAS mRNA水平显著下调(P<0.05)。本研究揭示了和盈黑鸡KLF15的表达模式,验证了干扰KLF15能够抑制前体脂肪细胞的增殖分化,推测KLF15是前体脂肪细胞的负调控因子,可能是通过调控PPARγ、C/EBPa和FAS等分化关键基因的表达来实现的。

关键词：和盈黑鸡 KLF15 前体脂肪细胞干扰细胞增殖与分化

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肌肉生长抑制素基因(MSTN)外显子1的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

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农业生物技术学报 2011年第1期19卷 122-127页

作者：张跟喜丁馥香是燕萍王金玉张李俊张丽施会强扬州大学动物科学与技术学院山西省农业科学院畜牧兽医研究所常州市武进区湖塘镇畜牧兽医站江苏京海禽业集团有限公司

为了对边鸡生长性状的标记辅助选择提供基础资料,本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallusgallus)及3个对照鸡(***)群体(京海黄鸡、尤溪麻鸡和Arbor Acre鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子1的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长... 详细信息

为了对边鸡生长性状的标记辅助选择提供基础资料,本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallusgallus)及3个对照鸡(***)群体(京海黄鸡、尤溪麻鸡和Arbor Acre鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子1的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡中都检测到6种基因型(AA、AB、BB、BC、AC和CC),而在Arbor Acre鸡中只检测到4种基因型(AB、BC、AC和CC)。总共检测到3个多态位点(G2100A、G2109A和C2244G)。在6～8和12周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在14周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA和AC基因型个体(P<0.05)。在16～18周龄时,BB基因型个体的体重显著高于其余5种基因型个体(P<0.05)。研究结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。

关键词：肌肉生长抑制素边鸡 PCR-SSCP 生长性状

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肌肉生长抑制素基因5′调控区的多态性对边鸡生长和繁殖性状的遗传效应

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中国家禽 2013年第2期35卷 11-14页

作者：刘艳纽广林张跟喜张丽丁馥香王金玉江苏省江都畜牧兽医站江苏扬州225200 扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州225009 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室江苏扬州225009 山西省农业科学院畜牧兽医研究所山西太原030032

本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因5′调控区的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长和繁殖性状进行关联分析。结果表明:在MSTN基因5′调控区检测到2个突变(A326G、C334G);6～8周龄,KK型的体重显著高于JJ和JL... 详细信息

本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因5′调控区的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长和繁殖性状进行关联分析。结果表明:在MSTN基因5′调控区检测到2个突变(A326G、C334G);6～8周龄,KK型的体重显著高于JJ和JL型(P<0.05);14周龄,KK和LL型的体重显著高于JL型(P<0.05);16周龄,KK型的体重显著高于JJ、JK和JL型(P<0.05);18周龄,KK型的体重极显著高于JL型(P<0.01),显著高于JJ和JK型(P<0.05),LL型的体重显著高于JL型(P<0.05),KK型的开产体重显著高于JJ和JL型(P<0.05);不同基因型对其余4个繁殖性状(开产日龄、开产蛋重、300日龄产蛋数以及300日龄蛋重)均无显著影响。结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主要候选基因。

关键词：边鸡肌肉生长抑制素基因 PCR—SSCP 生长性状繁殖性状

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利用微卫星标记分析边鸡遗传多样性及保种效果

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农业生物技术学报 2010年第5期18卷 944-950页

作者：张跟喜丁馥香王金玉李源张李俊王伟周胜花张丽扬州大学动物科学与技术学院山西省农科院畜牧兽医研究所

利用21个微卫星标记对2个世代(0世代和1世代)的边鸡(Gallusgallus)群体的遗传结构进行检测,同时通过分析世代间遗传差异检测保种效果。结果表明,21个微卫星标记在2个世代的边鸡群体中共检测到122个等位基因,其中102个为两个世代所共有,1... 详细信息

利用21个微卫星标记对2个世代(0世代和1世代)的边鸡(Gallusgallus)群体的遗传结构进行检测,同时通过分析世代间遗传差异检测保种效果。结果表明,21个微卫星标记在2个世代的边鸡群体中共检测到122个等位基因,其中102个为两个世代所共有,19个为0世代所特有。0世代和1世代的边鸡群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5473和0.5437;平均期望杂合度分别(He)为0.5967和0.6009;近交系数(Fis)分别为0.233和0.134。反映边鸡群体的遗传多样性较丰富,经过一个世代的选育,PIC和He两个指标维持在原有水平,而群体的近交系数有所下降,说明采用的保种方法很好地保存了边鸡的遗传多样性,同时避免了近交程度过高而导致群体出现近交衰退。

关键词：边鸡微卫星遗传多样性保种效果

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