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A step-by-step protocol for formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements from Arabidopsis thaliana

Journal of Integrative Plant Biology 2014年第6期56卷 527-538页

作者： Mohammad Amin Omidbakhshfard flavia vischi winck Samuel Arvidsson Diego M.Ria?o-Pachón Bernd Mueller-Roeber University of Potsdam Institute of Biochemistry and Biology Potsdam-Golm 14476 Germany Max-Planck Institute of Molecular Plant Physiology Potsdam-Golm 14476 Germany Brazilian Bioethanol Science and Technology Laboratory (CTBE) Brazilian Center of Research in Energy and Materials (CNPEM) Campinas Brazil

The control of gene expression by transcriptional regulators and other types of functional y relevant DNA transactions such as chromatin remodeling and replication underlie a vast spectrum of biological processes in al organisms. DNA transactions require the control ed interaction of proteins with DNA sequence motifs which are often located in nucleosome-depleted regions （NDRs） of the chromatin. Formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements （FAIRE） has been established as an easy-to-implement method for the isolation of NDRs from a number of eukaryotic organisms, and it has been successful y employed for the discovery of new regulatory segments in genomic DNA from, for example, yeast, Drosophila, and humans. Until today, however, FAIRE has only rarely been employed in plant research and currently no detailed FAIRE protocol for plants has been published. Here, we provide a step-by-step FAIRE protocol for NDR discovery in Arabidopsis thaliana. We demonstrate that NDRs isolated from plant chromatin are readily amenable to quantitative polymerase chain reaction and next-generation sequencing. Only minor modification of the FAIRE protocol wil be needed to adapt it to other plants, thus facilitating the global inventory of regulatory regions across species.

关键词： Arabidopsis thaliana chromatin cis-regulatory elements epigenomics FAIRE-qPCR FAIRE-seq gene expression gene regulatory network transcription factor

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