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Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications

Science China Life Sciences 2025年第01期 5-102页

作者： fengying sun Haoyan Li Dongqing sun Shaliu Fu Lei Gu Xin Shao Qinqin Wang Xin Dong Bin Duan Feiyang Xing Jun Wu Minmin Xiao Fangqing Zhao Jing-Dong J.Han Qi Liu Xiaohui Fan Chen Li Chenfei Wang Tieliu Shi Department of Clinical Laboratory the Affiliated Wuhu Hospital of East China Normal University (The Second People's Hospital of Wuhu City) Pharmaceutical Informatics Institute College of Pharmaceutical SciencesZhejiang University Key Laboratory of Spine and Spinal Cord Injury Repair and Regeneration (Tongji University) Ministry of EducationOrthopaedic DepartmentTongji HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Frontier Science Center for Stem Cells School of Life Sciences and TechnologyTongji University Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine Shanghai East HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Research Institute of Intelligent Computing Zhejiang Lab Shanghai Research Institute for Intelligent Autonomous Systems Center for Single-cell Omics School of Public HealthShanghai Jiao Tong University School of Medicine National Key Laboratory of Chinese Medicine Modernization Innovation Center of Yangtze River DeltaZhejiang University Center for Bioinformatics and Computational Biology Shanghai Key Laboratory of Regulatory Biologythe Institute of Biomedical Sciences and School of Life SciencesEast China Normal University Beijing Institutes of Life Science Chinese Academy of Sciences Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesCenter for Quantitative Biology (CQB)Peking University Zhejiang Key Laboratory of Precision Diagnosis and Therapy for Major Gynecological Diseases Women's HospitalZhejiang University School of Medicine Key Laboratory of Advanced Theory and Application in Statistics and Data Science-MOE School of StatisticsEast China Normal University

Cells are the fundamental units of biological systems and exhibit unique development trajectories and molecular features. Our exploration of how the genomes orchestrate the formation and maintenance of each cell, and control the cellular phenotypes of various organismsis, is both captivating and intricate. Since the inception of the first single-cell RNA technology, technologies related to single-cell sequencing have experienced rapid advancements in recent years. These technologies have expanded horizontally to include single-cell genome, epigenome,proteome, and metabolome, while vertically, they have progressed to integrate multiple omics data and incorporate additional information such as spatial sc RNA-seq and CRISPR screening. Single-cell omics represent a groundbreaking advancement in the biomedical field,offering profound insights into the understanding of complex diseases, including cancers. Here, we comprehensively summarize recent advances in single-cell omics technologies, with a specific focus on the methodology section. This overview aims to guide researchers in selecting appropriate methods for single-cell sequencing and related data analysis.

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Oral delivery of superoxide dismutase by lipid polymer hybrid nanoparticles for the treatment of ulcerative colitis

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Chinese Chemical Letters 2022年第10期33卷 4617-4622页

作者： Yaxin Cui Tianyu Zhu Xueyan Zhang Jicong Chen fengying sun Youxin Li Lesheng Teng School of Life Sciences Jilin UniversityChangchun 130012China

Protein-based drugs have received extensive attention in the field of drug research in recent ***,protein-based drug activity is difficult to maintain during oral delivery,which limits its *** study developed bifunctional oral lipid polymer hybrid nanoparticles(R8-PEG-PPNPs)that deliver superoxide dismutase(SOD)for the treatment of ulcerative colitis(UC).R8-PEG-PPNPs was composed of PCADK,PLGA,lecithin,and co-modified with stearic acid-octa-arginine and polyethylene *** nanoparticles(NPs)are uniformly dispersed with a complete spherical *** vitro stability and release studies showed that R8-PEG-PPNPs exhibited good stability and *** vitro cell culture experiments demonstrated that R8-PEG-PPNPs as carriers have no significant toxic effects on cells at concentration below 1000µg/mL and promote cellular *** experiments with ulcerative colitis mice,R8-PEG-PPNPs were able to enhance drug absorption by intestinal epithelial cells and accumulate effectively at the site of *** therapeutic effect further demonstrates that R8-PEG-PPNPs are a promising delivery system for oral delivery of protein-based drugs.

关键词： Superoxide dismutase PCADK DSPE-PEG Cell-penetrating peptide Ulcerative colitis Lipid polymer hybrid nanoparticles

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反倾销应诉中的会计问题研究

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会计研究 2008年第11期 42-47页

作者：孙凤英中南林业科技大学 410004

在反倾销应诉中,我国出口企业的会计预警功能、止查功能、证明功能、抗辩功能和降幅功能都比较疲软,造成我国企业应诉的胜诉率长期徘徊在30%左右,远远低于世界平均水平。要改变这种困局,当务之急是强化会计的上述功能,为此我们必须认真... 详细信息

在反倾销应诉中,我国出口企业的会计预警功能、止查功能、证明功能、抗辩功能和降幅功能都比较疲软,造成我国企业应诉的胜诉率长期徘徊在30%左右,远远低于世界平均水平。要改变这种困局,当务之急是强化会计的上述功能,为此我们必须认真做好会计基础工作,加速对接国际会计准则和加紧构筑会计应诉系统,以强化会计的应诉功能,维护我国正当的贸易权益。

关键词：反倾销应诉会计问题研究

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纳米TiO_2光催化降解汽车尾气中的NO_x

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东北林业大学学报 2009年第2期37卷 65-66页

作者：孙凤英东北林业大学哈尔滨150040

研究了在氙灯的照射下,涂有纳米TiO2光催化剂的混凝土试样对汽车尾气中NOx的降解效果及光催化剂的不同质量分数和重复使用对于光催化降解效率的影响,并对NOx的转化过程进行讨论。结果表明纳米TiO2光催化材料对汽车尾气中NOx具有明显的... 详细信息

研究了在氙灯的照射下,涂有纳米TiO2光催化剂的混凝土试样对汽车尾气中NOx的降解效果及光催化剂的不同质量分数和重复使用对于光催化降解效率的影响,并对NOx的转化过程进行讨论。结果表明纳米TiO2光催化材料对汽车尾气中NOx具有明显的降解效果。

关键词：纳米TiO2 光催化降解 NOx

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电液负载模拟器的神经网络参数辨识

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航空学报 2009年第2期30卷 374-379页

作者：张彪赵克定孙丰迎哈尔滨工业大学机电工程学院黑龙江哈尔滨150001

基于神经网络,提出一种根据参数上下界辨识系统参数的新方法。在建立电液负载模拟器模型的基础上,在待辨识参数的上下界内,使用神经网络对动态系统的参数进行辨识,找到一组参数使之满足对实际系统的最佳逼近,使系统在实际输入信号下能... 详细信息

基于神经网络,提出一种根据参数上下界辨识系统参数的新方法。在建立电液负载模拟器模型的基础上,在待辨识参数的上下界内,使用神经网络对动态系统的参数进行辨识,找到一组参数使之满足对实际系统的最佳逼近,使系统在实际输入信号下能更好地复现实际系统的实际输出。并使用另一组实验数据检验辨识结果对实际系统的任意实际输入输出采样数据组的逼近程度。验证结果表明该辨识结果能很精确地逼近实际系统。该方法可用于一般复杂系统的实际参数辨识。

关键词：电液负载模拟器神经网络参数辨识参数界值动态模型辨识

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基于灰色马尔科夫模型的黑龙江省对俄国际物流需求预测

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物流技术 2014年第4期33卷 129-131页

作者：孙凤英马洋东北林业大学交通学院黑龙江哈尔滨150040

针对黑龙江省对俄国际物流的现状,采用灰色马尔科夫模型对黑龙江省对俄国际物流的货运量进行了预测,并找到一种提高预测结果准确性的方法。预测结果为黑龙江省开展对俄贸易和发展对俄国际物流提供了决策依据,对黑龙江省国际物流发展规... 详细信息

针对黑龙江省对俄国际物流的现状,采用灰色马尔科夫模型对黑龙江省对俄国际物流的货运量进行了预测,并找到一种提高预测结果准确性的方法。预测结果为黑龙江省开展对俄贸易和发展对俄国际物流提供了决策依据,对黑龙江省国际物流发展规划和评价具有一定的参考意义。

关键词：灰色马尔科夫模型国际物流预测物流需求货运量黑龙江

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我国上市公司“股抵债”方案评析

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长白学刊 2005年第3期 62-66页

作者：孙烨赵文瑞孙凤英吉林大学商学院吉林长春130012

作为一种间接国有股退出的方案和金融创新,“股抵债”方案虽然有其积极意义,但方案本身存在多种弊端。透过“股抵债”现象折射出中国股票市场的制度缺陷,充分说明“股抵债”说到底是一种权宜之计,无法成为从根本上消除大股东侵占上市公... 详细信息

作为一种间接国有股退出的方案和金融创新,“股抵债”方案虽然有其积极意义,但方案本身存在多种弊端。透过“股抵债”现象折射出中国股票市场的制度缺陷,充分说明“股抵债”说到底是一种权宜之计,无法成为从根本上消除大股东侵占上市公司资金的机制,不能从根本上杜绝和解决关联欠款问题。因此,应大力培育债券市场,建立、健全上市公司的“二元式股权结构”。

关键词： “股抵债” 股权结构上市公司 “二元式股权结构”

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测量近中红外激光大气透过率的调制型太阳光度计

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仪器仪表学报 2019年第7期40卷 121-128页

作者：李建玉孙凤萤李学彬崔朝龙魏合理中国科学院安徽光学精密机械研究所中国科学院大气光学重点实验室

为弥补常用红外波段激光大气透过率测量方法成本高或实时性低的不足,通过模拟计算分析研究,提出基于光源调制太阳光度计技术提取红外波段激光大气透过率的方法,提供一种成本低、操作简单、实时性强的有效测量方法。研制的光源调制型红... 详细信息

为弥补常用红外波段激光大气透过率测量方法成本高或实时性低的不足,通过模拟计算分析研究,提出基于光源调制太阳光度计技术提取红外波段激光大气透过率的方法,提供一种成本低、操作简单、实时性强的有效测量方法。研制的光源调制型红外太阳光度计可测量宽波段大气透过率,再依据建立的宽带和窄带透过率关系进行修正,最终获取可应用的近中红外多波段激光大气透过率。实际测量结果与对比实验表明,与实验室自研的近红外太阳光度计相比统计误差小于4%,与POM-02相比统计误差小于6%。红外调制型太阳光度计获取的实时结果不但可应用于激光大气传输修正中,也对评估激光通信和激光传输等具有重要意义。

关键词：光学仪器太阳光度计激光大气透过率红外波段

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研制二维直驱跟星转台测量夜晚整层大气透过率

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光学学报 2021年第16期41卷 9-16页

作者：朱翠汝孙凤萤徐文清程久明詹杰中国科学院合肥物质科学研究院安徽光学精密机械研究所大气光学重点实验室安徽合肥230031 中国科学技术大学研究生院科学岛分院安徽合肥230026 先进激光技术安徽省实验室安徽合肥230037

为实现夜间可靠跟踪恒星并测量整层大气透过率,采用直驱力矩电机和圆光栅绝对编码器作为伺服部件,研制一套二维直驱跟星转台。该转台具有定位精度高、环境适应性好及野外长期运行免维护的优点,能够实现夜间长期跟踪目标恒星并自动换星... 详细信息

为实现夜间可靠跟踪恒星并测量整层大气透过率,采用直驱力矩电机和圆光栅绝对编码器作为伺服部件,研制一套二维直驱跟星转台。该转台具有定位精度高、环境适应性好及野外长期运行免维护的优点,能够实现夜间长期跟踪目标恒星并自动换星功能。结合搭载其上的由望远镜、CCD相机和滤轮等组成的图像采集系统,搭建了测量实验平台。搭建的测量实验平台采用主-从式控制方式,上位工控机对图像采集系统进行相应控制,同时向下位机反馈转台方位偏差;下位机跟星转台控制系统采用装载Linux系统的ARM7数字处理器为控制核心,并内置自研的星图。通过上、下位机协同软件开发实现整层大气透过率测量的完整功能。开展了转台功能验证实验,整层大气透过率测量和激光雷达的对比实验。结果表明,二维直驱跟星转台能够实现夜晚长期跟踪目标恒星并自动换星测量,转台搭载的望远镜系统根据恒星的图像数据能够可靠地反演出夜间整层大气透过率,满足测量实验的功能要求。

关键词：大气光学力矩电机直驱跟星二维转台大气透过率

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曝气生物滤池不同挂膜方法预处理微污染水源水研究

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水处理技术 2011年第11期37卷 80-83页

作者：唐文锋孙丰英何晓文淮南联合大学建工系安徽淮南232038 安徽理工大学水资源与规划系安徽淮南232001

采用陶粒填料曝气生物滤池预处理微污染水源水,对接种挂膜和自然挂膜2种挂膜方式下挂膜时间、生物膜生长形态特征及对微污染有机物和氨氮的去除情况进行了试验。结果表明,接种挂膜可以加快系统启动,比自然挂膜启动时间减少1周左右,并且... 详细信息

采用陶粒填料曝气生物滤池预处理微污染水源水,对接种挂膜和自然挂膜2种挂膜方式下挂膜时间、生物膜生长形态特征及对微污染有机物和氨氮的去除情况进行了试验。结果表明,接种挂膜可以加快系统启动,比自然挂膜启动时间减少1周左右,并且生物量较多;系统成功启动进入稳定运行期间,2种挂膜方式下的微生物形态和特征基本相同;系统稳定运行期间,2种挂膜方法启动系统均取得较好的微污染物去除效果,自然挂膜对COD的去除效果稍好于接种挂膜,接种挂膜对NH3-N的去除效果要好于自然挂膜。

关键词：微污染水源曝气生物滤池接种挂膜自然挂膜氨氮 BOD

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