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eRNA-IDO:A One-stop Platform for Identification,Interactome Discovery,and Functional Annotation of Enhancer RNAs

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第4期22卷 169-179页

作者： Yuwei Zhang Lihai Gong Ruofan Ding Wenyan Chen Hao Rong Yanguo Li fawziya shameem Korakkandan Arshad Ali Lei Li Qi Liao School of Public Health Health Science CenterNingbo UniversityNingbo 315211China Biomedical Big Data Center the First Affiliated HospitalZhejiang University School of MedicineHangzhou 310003China Institute of Systems and Physical Biology Shenzhen Bay LaboratoryShenzhen 518107China School of Clinical Medicine Health Science CenterNingbo UniversityNingbo 315211China Institute of Drug Discovery Technology Ningbo UniversityNingbo 315211China

Growing evidence supports the transcription of enhancer RNAs(eRNAs)and their important roles in gene ***,their interactions with other biomolecules and their corresponding functionality remain poorly *** an attempt to facilitate mechanistic research,this study presents eRNA-IDO,the first integrative computational platform for the identification,interactome discovery,and functional annotation of human ***-IDO comprises two modules:eRNA-ID and ***,eRNA-ID can identify eRNAs from de novo assembled ***-ID includes eight kinds of enhancer makers,enabling users to customize enhancer regions flexibly and *** addition,eRNA-Anno provides cell-/tissue-specific functional annotation for both new and known eRNAs by analyzing the eRNA interactome from prebuilt or user-defined networks between eRNAs and protein-coding *** prebuilt networks include the Genotype-Tissue Expression(GTEx)-based co-expression networks in normal tissues,The Cancer Genome Atlas(TCGA)-based co-expression networks in cancer tissues,and omics-based eRNA-centric regulatory ***-IDO can facilitate research on the biogenesis and functions of *** eRNA-IDO server is freely available at http://***/eRNA_IDO/.

关键词： Enhancer RNA Identification Interactome Functional annotation Web server

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