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glbase:a framework for combining,analyzing and displaying heterogeneous genomic and high-throughput sequencing data

Cell Regeneration 2014年第1期3卷 1-20页

作者： Andrew Paul Hutchins Ralf Jauch Mateusz dyla.Diego Miranda-Saavedra Key Laboratory of Regenerative Biology South China Institute for Stem Cell Biology and Regenerative MedicineGuangzhou Institutes of Biomedicine and HealthChinese Academy of SciencesGuangzhou 510530China Genome Regulation Laboratory South China Institute for Stem Cell Biology and Regenerative MedicineGuangzhou Institutes of Biomedicine and HealthChinese Academy of SciencesGuangzhou 510530China Laboratory for Structural Biochemistry Genome Institute of Singapore60 Biopolis StreetSingapore 138672Singapore Department of Molecular Biology and Genetics Aarhus UniversityAarhusDenmark Fibrosis Laboratories Institute of Cellular MedicineNewcastle University Medical SchoolFramlington PlaceNewcastle upon Tyne NE24HHUK

Genomic datasets and the tools to analyze them have proliferated at an astonishing ***,such tools are often poorly integrated with each other:each program typically produces its own custom output in a variety of non-standard file *** we present glbase,a framework that uses a flexible set of descriptors that can quickly parse non-binary data *** includes many functions to intersect two lists of data,including operations on genomic interval data and support for the efficient random access to huge genomic data *** glbase functions can produce graphical outputs,including scatter plots,heatmaps,boxplots and other common analytical displays of high-throughput data such as RNA-seq,ChIP-seq and microarray expression *** is designed to rapidly bring biological data into a Python-based analytical environment to facilitate analysis and data *** summary,glbase is a flexible and multifunctional toolkit that allows the combination and analysis of high-throughput data(especially next-generation sequencing and genome-wide data),and which has been instrumental in the analysis of complex data *** is freely available at http://***/oaxiom/glbase/.

关键词： ChIP-seq RNA-seq Genomics Microarray Motifs Transcription factor Bioinformatics

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基于计算机的产品开发——作为改进CAE结果的系统性的产品模型研究

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工程设计学报 2001年第2期8卷 57-61页

作者： B.-R.Hohn K.Steingrver A.dyla.吕新生慕尼黑工业大学齿轮和传动制造研究所合肥工业大学机械工程学系副教授230009

面对产品开发中对时间、成本和质量越来越高的要求 ,必须谋求尽可能高效率的开发过程 .这将借助于计算机的普遍支持 ,在计算机中对产品进行完全的数字描述来实现 .探讨了实践这一技术所遇到的障碍 ,并在一种用于传动技术的解决方案中加... 详细信息

面对产品开发中对时间、成本和质量越来越高的要求 ,必须谋求尽可能高效率的开发过程 .这将借助于计算机的普遍支持 ,在计算机中对产品进行完全的数字描述来实现 .探讨了实践这一技术所遇到的障碍 ,并在一种用于传动技术的解决方案中加以阐明 .

关键词：产品开发 CAE 计算机技术机械设计计算机辅助设计产品模型

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设计与计算的双向集成

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工程设计学报 2003年第2期10卷 57-61页

作者： Michael Amft Andreas dyla.Bernd-Robert Hohn Udo Lindemann 刘耀乙毛谦德慕尼黑工业大学产品开发教研室慕尼黑工业大学齿轮与传动装置研究所北京理工大学科学技术学院 100081 北京理工大学机械工程与自动化学院 100081

在CAD系统与计算程序协同工作中发生的数据交换,应理想地沿两个方向进行,以支持产品开发过程,这通常称为"双向数据交换".然而,如何对此概念准确理解,学术界在表述上都不尽相同.原本意义上的单向数据交换,可以按序反向地进行,而被说成是... 详细信息

在CAD系统与计算程序协同工作中发生的数据交换,应理想地沿两个方向进行,以支持产品开发过程,这通常称为"双向数据交换".然而,如何对此概念准确理解,学术界在表述上都不尽相同.原本意义上的单向数据交换,可以按序反向地进行,而被说成是"双向"的.这样,在一种事实上每时每刻都沿双向进行的数据交换之外,还存在一个相同的提法.然而,这两种方案有根本区别的.由此,对概念进行区分,并指出其差别.

关键词： CAD系统双向集成计算程序数据交换产品设计

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