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Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications

Science China Life Sciences 2025年第1期68卷 5-102页

作者： Fengying sun Haoyan Li dongqing sun Shaliu Fu Lei Gu Xin Shao Qinqin Wang Xin Dong Bin Duan Feiyang Xing Jun Wu Minmin Xiao Fangqing Zhao Jing-Dong J.Han Qi Liu Xiaohui Fan Chen Li Chenfei Wang Tieliu Shi Department of Clinical Laboratory the Affiliated Wuhu Hospital of East China Normal University (The Second People's Hospital of Wuhu City) Pharmaceutical Informatics Institute College of Pharmaceutical SciencesZhejiang University Key Laboratory of Spine and Spinal Cord Injury Repair and Regeneration (Tongji University) Ministry of EducationOrthopaedic DepartmentTongji HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Frontier Science Center for Stem Cells School of Life Sciences and TechnologyTongji University Translational Medical Center for Stem Cell Therapy and Institute for Regenerative Medicine Shanghai East HospitalBioinformatics DepartmentSchool of Life Sciences and TechnologyTongji University Research Institute of Intelligent Computing Zhejiang Lab Shanghai Research Institute for Intelligent Autonomous Systems Center for Single-cell Omics School of Public HealthShanghai Jiao Tong University School of Medicine National Key Laboratory of Chinese Medicine Modernization Innovation Center of Yangtze River DeltaZhejiang University Center for Bioinformatics and Computational Biology Shanghai Key Laboratory of Regulatory Biologythe Institute of Biomedical Sciences and School of Life SciencesEast China Normal University Beijing Institutes of Life Science Chinese Academy of Sciences Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesCenter for Quantitative Biology (CQB)Peking University Zhejiang Key Laboratory of Precision Diagnosis and Therapy for Major Gynecological Diseases Women's HospitalZhejiang University School of Medicine Key Laboratory of Advanced Theory and Application in Statistics and Data Science-MOE School of StatisticsEast China Normal University

Cells are the fundamental units of biological systems and exhibit unique development trajectories and molecular features. Our exploration of how the genomes orchestrate the formation and maintenance of each cell, and control the cellular phenotypes of various organismsis, is both captivating and intricate. Since the inception of the first single-cell RNA technology, technologies related to single-cell sequencing have experienced rapid advancements in recent years. These technologies have expanded horizontally to include single-cell genome, epigenome,proteome, and metabolome, while vertically, they have progressed to integrate multiple omics data and incorporate additional information such as spatial sc RNA-seq and CRISPR screening. Single-cell omics represent a groundbreaking advancement in the biomedical field,offering profound insights into the understanding of complex diseases, including cancers. Here, we comprehensively summarize recent advances in single-cell omics technologies, with a specific focus on the methodology section. This overview aims to guide researchers in selecting appropriate methods for single-cell sequencing and related data analysis.

关键词： single-cell sequencing genome epigenome proteomics metabolomics multimodal spatial transcriptomics CRISPR screening

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能源结构转型背景下地区能源投入策略的博弈分析

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资源科学 2024年第9期46卷 1723-1736页

作者：陈南旭孙冬卿兰州大学经济学院兰州730000 兰州大学数量经济研究所兰州730000 南京大学经济学院南京210093

【目的】在推进能源结构转型、加快新型能源体系建设的背景下,厘清不同地区的能源投入策略及其影响因素,对于因地制宜制定能源政策、有序推进区域可再生能源一体化具有重要意义。【方法】本文基于博弈论框架,从理论上推演能源结构转型... 详细信息

【目的】在推进能源结构转型、加快新型能源体系建设的背景下,厘清不同地区的能源投入策略及其影响因素,对于因地制宜制定能源政策、有序推进区域可再生能源一体化具有重要意义。【方法】本文基于博弈论框架,从理论上推演能源结构转型背景下不同地区的能源投入策略及其影响因素,并基于2004—2019年中国不同地区风电补贴政策的实施效果以及欧洲的可再生能源一体化进程,对应展开实证检验。【结果】(1)在化石燃料能源情景下,各地区的能源投入策略表现为非合作博弈,存在路径依赖特征,并受地区的资本和劳动要素规模影响。(2)在可再生能源情景下,地区的能源投入策略表现为合作博弈,受到可再生能源单位成本、资本与劳动要素规模,以及地区间资本和劳动要素规模差异的影响。(3)当区域内各地区的资本和劳动要素规模差异更大、可再生能源成本更低、整体资本与劳动要素规模更高时,该区域适合优先推行可再生能源一体化,利于有序实现能源效率提升与能源结构转型。【结论】动态调整能源投入策略、注重可再生能源布局与地区要素禀赋匹配、针对性发挥中心城市带动作用是推动中国能源结构转型的重要策略,本文的研究发现可为有序推进可再生能源一体化与新型能源体系建设提供政策性启示。

关键词：能源结构转型能源投入策略非合作博弈合作博弈可再生能源一体化

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产业增长陷阱的测度与突破路径——基于生产网络与技术网络的产业增长理论

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数量经济技术经济研究 2024年第11期41卷 5-25页

作者：郑江淮孙冬卿叶明南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心南京大学经济学院南京大学长江产业经济研究院

当今世界正处于百年未有之大变局,中国要成功迈入高收入国家行列,就要避免因为产业增长乏力而陷入长期的增长困境。本文界定了产业增长陷阱的内涵与测度方法,构建了引入生产网络与技术网络的产业增长理论模型。研究发现,产业在技术网络... 详细信息

当今世界正处于百年未有之大变局,中国要成功迈入高收入国家行列,就要避免因为产业增长乏力而陷入长期的增长困境。本文界定了产业增长陷阱的内涵与测度方法,构建了引入生产网络与技术网络的产业增长理论模型。研究发现,产业在技术网络中的高中心性有助于避免陷入增长陷阱,突破路径是提升产业增长潜力、抑制产业流出。具体而言,产业的长期增长速度取决于其在技术网络中的位置而非生产网络中的位置,技术网络位置是产业突破产业增长陷阱的关键。产业在生产网络中越重要,其在地区分布中越容易集聚,产业在技术网络中越重要,其在地区分布中越容易分散。基于文章结论,本文结合产业增长陷阱的测度方法与技术网络中心指数,将地区产业划分为陷阱型产业、边缘型产业、潜力型产业、警惕型产业与核心型产业,提出针对性的政策建议。本文不仅将产业的网络结构考虑在内,拓展了产业增长相关理论研究,而且为政府因地制宜推进产业升级转型提供可靠的政策参考。

关键词：产业增长陷阱生产网络技术网络长三角地区技术网络中心指数

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群体决策质量评估方法及其在大学生和社区居民中的应用

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心理科学进展 2020年第1期28卷 41-54页

作者：池丽萍辛自强孙冬青中华女子学院儿童发展与教育学院北京100101 中央财经大学社会与心理学院北京100081

社会心理服务体系建设要求用心理学理论和方法开展精细化社会治理,而在多元主体共商共治的过程中出现了群体决策质量无法得到有效评估的问题。群体决策"过程-结果模型"认为应该从"双过程"(信息加工过程和人际互动过程)和"双结果"(客观... 详细信息

社会心理服务体系建设要求用心理学理论和方法开展精细化社会治理,而在多元主体共商共治的过程中出现了群体决策质量无法得到有效评估的问题。群体决策"过程-结果模型"认为应该从"双过程"(信息加工过程和人际互动过程)和"双结果"(客观结果和主观感受)两个方面综合评估群体决策质量。基于该模型建构的群体决策质量问卷自评法和录像他评法被应用于大学生和社区居民一些真实问题解决的群体决策质量评估。研究结果显示群体决策质量自评问卷效度良好,适合作为群体决策质量的自评工具;录像他评法与问卷自评法结果相互印证能够全面地反映群体决策质量,可应用于更广阔的社会治理领域中。

关键词：群体决策过程-结果模型社区议事社会治理

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新形势下加强高校基层团组织建设的若干思考

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继续教育研究 2009年第1期 90-91页

作者：孙冬青郑蓓河南师范大学青少年问题研究中心河南新乡453002

高校基层团组织是高校共青团工作活动的主要单位,也是与广大青年学生保持密切联系的重要纽带。本文深入探讨了现阶段高校基层团组织建设和管理中存在的问题,并提出相应的对策研究,以期充分发挥其应有的职能。

关键词：高校基层团组织建设

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我国产业链现代化路径及其区域性发展思路--苏粤产业链网络演变的启示

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东南学术 2022年第6期 185-196,247页

作者：郑江淮孙冬卿段继红南京大学经济学院南京大学理论经济学博士后流动站

受中美贸易摩擦、新冠肺炎疫情的冲击,全球产业链供应链面临严峻挑战,在此背景下对我国产业链现代化展开研究具有重要意义。从产业链现代化的内涵和机制来看,对地区产业结构的比较分析有必要从宏观产业分类视角拓展到产业链“小世界”... 详细信息

受中美贸易摩擦、新冠肺炎疫情的冲击,全球产业链供应链面临严峻挑战,在此背景下对我国产业链现代化展开研究具有重要意义。从产业链现代化的内涵和机制来看,对地区产业结构的比较分析有必要从宏观产业分类视角拓展到产业链“小世界”。江苏与广东是我国产业经济规模大、产业完备程度高的两大代表性省份,其产业链在网络结构特征方面存在很大差异,并在产业链现代化进程中实施了不同路径。各区域根据自身区域战略导向定位选择了适合自身产业链发展的道路,并且在不同的实现路径上取得了成功。因此,我国在推进产业链现代化进程中应以区域战略导向为主,尊重区域路径依赖,发挥区域优势互补,在全国范围内促进各区域产业链“小世界”协同发展,同时促进产业链中心产业创新,实施领航企业培育工程,提前布局战略性全局性产业链,实施产业竞争力调查和评价工程,全面提升我国产业链现代化水平。

关键词：产业链生产网络小世界产业链现代化

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加快创新中心城市的一流大学支持能力建设

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经济理论与经济管理 2024年第8期44卷 17-26页

作者：郑江淮孙冬卿宗晓华南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心南京大学经济学院 210093 南京大学教育研究院

党的二十届三中全会提出统筹推进教育科技人才体制机制一体改革,要进一步优化高等教育布局,为加快建设世界重要人才中心和创新高地提供有力支撑。从发达国家发展历史来看,世界一流大学已成为吸引全球顶尖人才和国家科技创新竞争的决定... 详细信息

党的二十届三中全会提出统筹推进教育科技人才体制机制一体改革,要进一步优化高等教育布局,为加快建设世界重要人才中心和创新高地提供有力支撑。从发达国家发展历史来看,世界一流大学已成为吸引全球顶尖人才和国家科技创新竞争的决定力量。相比发达国家特别是美国,我国创新中心城市数量明显低于对应经济规模应有的水平,在数量与质量上均存在较大差距。我国一流大学对创新中心城市建设的支撑能力不足是其重要原因,具体表现为世界一流大学数量偏少、大学布局与创新中心城市空间偏离、大学对企业的创新溢出效应不足以及人才培养重心过低等问题,从而阻碍了我国创新高地的建设。因此,必须加快建设以世界一流大学群体为支撑的人才中心和创新高地,尽快提高我国自主创新能力,赢得中美战略竞争的主动权。

关键词：创新高地世界一流大学创新中心城市

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信任者权力对其人际信任的影响

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心理与行为研究 2018年第1期16卷 139-144页

作者：孙冬青傅鑫媛辛自强中央财经大学社会与心理学院北京100081

信任者权力对其人际信任的影响是基于双方权力的不对等实现的还是取决于信任者自身的权力水平的问题值得研究。为此,本研究在实验一中考查了信任博弈任务中信任者的权力感(与被信任者的权力水平无关)对其人际信任的影响,在实验二中通过... 详细信息

信任者权力对其人际信任的影响是基于双方权力的不对等实现的还是取决于信任者自身的权力水平的问题值得研究。为此,本研究在实验一中考查了信任博弈任务中信任者的权力感(与被信任者的权力水平无关)对其人际信任的影响,在实验二中通过角色扮演任务操纵信任者与被信任者的权力关系(对等vs.不对等),同时测量信任者的人际信任倾向。结果表明:信任者自身的权力感影响其人际信任,低权力感个体比高权力感个体更信任他人;双方权力对等与否对信任者的人际信任倾向没有影响。可见,信任者权力更多是作为信任者自身的属性特征影响其人际信任,而不以双方权力层级不对等为前提。

关键词：权力人际信任信任博弈动机认知观点

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全球发明人才流动网络空间结构的多极化变迁

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财贸经济 2023年第10期44卷 109-125页

作者：郑江淮孙冬卿戴玮师磊南京大学长江三角洲经济社会发展研究中心 210093 南京大学经济学院产业经济学系 210093 南京大学经济学院 210093 南京财经大学国际经贸学院 210093 南京财经大学经济学院 210093

在全球范围内实现人才集聚,以此带动创新资源集聚,提升创新驱动发展能力,对我国增强经济增长动能具有重要意义。本文利用欧洲专利局全球专利统计数据库(PATSTAT)挖掘了全球发明人才流动数据,对全球发明人才流动网络的空间结构变迁进行... 详细信息

在全球范围内实现人才集聚,以此带动创新资源集聚,提升创新驱动发展能力,对我国增强经济增长动能具有重要意义。本文利用欧洲专利局全球专利统计数据库(PATSTAT)挖掘了全球发明人才流动数据,对全球发明人才流动网络的空间结构变迁进行分析。研究发现,全球发明人才流动网络的空间结构呈现多极化变迁特征,即少数中心国家(包括美国、德国、中国等)越来越重要,而多数外围国家逐渐边缘化。针对上述典型事实,本文构建了一个内生迁移模型,并基于时间指数随机图模型(TERGM)进行计量检验,发现发明人才流动存在互惠性、路径依赖效应、聚敛效应、传递结构和循环结构等内生机制,这些内生机制推动了全球发明人才流动网络的多极化趋势。此外,地区产业结构差异影响着发明人才的流动选择,是多极化变迁中极点形成的决定性因素。上述研究结论的政策含义是:培育与创新中心国家的双向人才流动渠道,降低研发人员迁移成本,以优势高技术产业为抓手抢占新技术和新产品的高地。

关键词：发明人才流动网络多极化空间结构变迁产业结构差异时间指数随机图模型

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高校体育校本课程开发的研究

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齐齐哈尔师范高等专科学校学报 2009年第1期 40-41页

作者：孙冬青河南工业职业技术学院河南南阳473009

通过文献资料法对高校体育校本课程开发进行了研究,对校本课程及体育校本课程开发的相关概念进行了界定,并对高校体育校本课程开发的意义、开发依据和开发原则进行了研究。

关键词：高校校本课程体育校本课程开发

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