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A secure visualization platform for pathogenic genome analysis with an accurate reference database

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生物安全与健康(英文) 2024年第04期06卷 235-243页

作者： Fan Guomei Guo Chongye Zhang Qian liu dongmei Sun Qinglan Cui Zhigang Zhou Haijian Zhou Yuanchun Guo Zhibin Ma Juncai Wu Linhuan Microbial Resource and Big Data Center Institute of Microbiology Chinese Academy of Sciences Beijing China Chinese National Microbiology Data Center (NMDC) Beijing China National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases National Institute for Communicable Disease Control and Prevention Chinese Center for Disease Control and Prevention Beijing China Computer Network Information Center Chinese Academy of Sciences Beijing China State Key Laboratory of Microbial Resources Institute of Microbiology Chinese Academy of Sciences Beijing China

Investigating the genetic and developmental characteristics, infection transmission attributes, and epidemiological trends of pathogens using genomic data represents the foundation for pathogen surveillance and is a crucial prerequisite for guaranteeing global health security. To meet the analytical demands of research relating to pathogen prevention and control, we designed a secure visualization system capable of pathogen genome assembly, annotation, species identification, sequence typing, antibiotic resistance and virulence analysis, genomic mobile element and transferable resistance gene annotation, and phylogenetic tree reconstruction. For highly pathogenic organisms requiring complete data protection, we have developed a secure computing tool that utilizes a trusted execution environment, is combined with blockchain and privacy computing technologies, and is specifically designed for nucleotide basic local alignment search tool (BLASTn) comparison analysis. This technological advancement offers scientific support for in-depth investigations into pathogen transmission and epidemiological mechanisms, environmental adaptability, evolutionary trends, and immune evasion mechanisms, as well as the identification of new or emerging pathogen strains. This, in turn, aids efforts in infectious disease prevention, treatment, and research.

关键词： Pathogen surveillance One-stop analysis tools Sequence typing Horizontal transfer Secure computing

考虑同层后道工序的柔性设备网络综合调度算法

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电子与信息学报 2024年第7期46卷 2961-2969页

作者：谢志强刘冬梅哈尔滨理工大学计算机科学与技术学院哈尔滨150000

针对柔性设备网络综合调度算法,难以合理选择加工设备加工相关工序进而影响产品完工时间的问题,该文提出考虑同层后道工序的柔性设备网络综合调度算法(SP-FENIS)。首先,采用逆序层优先策略,将各工序分配至逆序层待调度工序集;然后,提出... 详细信息

针对柔性设备网络综合调度算法,难以合理选择加工设备加工相关工序进而影响产品完工时间的问题,该文提出考虑同层后道工序的柔性设备网络综合调度算法(SP-FENIS)。首先,采用逆序层优先策略,将各工序分配至逆序层待调度工序集;然后,提出均值逆序紧后路径策略,确定了各逆序层待调度工序集中工序的调度顺序;最后,提出最早完工时间策略和设备空闲插入策略,当工序在柔性设备上最早完工时间相同时,考虑了在柔性设备上的加工时间和同层后道工序的加工设备,确定了目标工序的加工设备以及加工时间。实例表明,和已有算法相比,该算法能够缩短产品完工时间。

关键词：综合调度同层后道工序柔性设备网络均值逆序紧后路径最早完工时间

利用脂溶性硅基载体连续流动液相合成维洛斯肽

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高等学校化学学报 2024年第7期45卷 92-100页

作者：刘豪刘冬梅孙浩田夏超苏贤斌青岛科技大学化工学院青岛266042 南京工业大学化工学院南京210009

提出了一种新型脂溶性硅基载体4,4-二(叔丁基二苯基硅氧基)二苯甲胺(BPPM),可在微反应器中连续流动条件下快速液相合成多肽.所设计的连续流动装置由偶联单元(微通道反应器)、脱保护单元(填充床反应器)和水洗单元(微通道混合器)组成.该... 详细信息

提出了一种新型脂溶性硅基载体4,4-二(叔丁基二苯基硅氧基)二苯甲胺(BPPM),可在微反应器中连续流动条件下快速液相合成多肽.所设计的连续流动装置由偶联单元(微通道反应器)、脱保护单元(填充床反应器)和水洗单元(微通道混合器)组成.该过程中使用绿色溶剂(以乙酸乙酯代替N,N-二甲基甲酰胺)和Cbz保护氨基酸(清洁的脱保护代替哌啶脱Fmoc保护),以环境友好的方式合成了高纯度(粗品>95%)的维洛斯肽,合成效率高(每偶联一个氨基酸<5 min).该研究成果易于工业化放大生产,为大规模绿色高效合成多肽提供了新方案.

关键词：脂溶性硅基载体连续流动液相多肽合成

lncRNA H19在自身免疫性疾病中的调控作用及其机制

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中国免疫学杂志 2024年第3期40卷 636-640页

作者：蒋志行刘冬梅中国医科大学附属盛京医院风湿免疫科沈阳110022

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度至少为200个核苷酸的非蛋白质编码的RNA。现有证据表明lncRNA通过各种机制影响着人类的生长发育和疾病发生,且在免疫细胞的分化和激活中起着不可替代的作用,因此在自身免疫性疾病发生发展的进程中扮演... 详细信息

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度至少为200个核苷酸的非蛋白质编码的RNA。现有证据表明lncRNA通过各种机制影响着人类的生长发育和疾病发生,且在免疫细胞的分化和激活中起着不可替代的作用,因此在自身免疫性疾病发生发展的进程中扮演重要角色。近年来lncRNA H19被发现在炎症、纤维化等与自身免疫性疾病相关的病理过程中发挥独特的调节功能,因此H19参与的分子机制有望成为治疗自身免疫性疾病的潜在靶点。本综述基于H19已知的功能讨论了其参与自身免疫性疾病发病的相关机制,并总结了H19在几种常见自身免疫性疾病中的研究成果。

关键词：长链非编码RNA H19 自身免疫性疾病分子机制

科技创新作为发展新质生产力的核心要素:理论基础、历史规律与现实路径

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中国科技论坛 2024年第7期 1-7页

作者：刘冬梅杨洋李哲中国科学技术发展战略研究院北京100038

新质生产力兼具时代特殊性与历史一般性,与非新质生产力共同构成社会生产力体系。“科技创新是发展新质生产力的核心要素”蕴含深刻的理论逻辑、历史逻辑和实践逻辑,突出表现在新质生产力的理论基础、本质形态和最终目标三方面。发挥科... 详细信息

新质生产力兼具时代特殊性与历史一般性,与非新质生产力共同构成社会生产力体系。“科技创新是发展新质生产力的核心要素”蕴含深刻的理论逻辑、历史逻辑和实践逻辑,突出表现在新质生产力的理论基础、本质形态和最终目标三方面。发挥科技创新在发展新质生产力中的核心要素作用:一要科学认识新质生产力各类理论基础的优劣势,避免落入固定单一的理论框架与思想体系而产生认识与实践误区;二要聚焦新一轮工业革命的主导技术与关键要素,强化国家创新体系的能力建设,加速进入新的“技术-经济”轨道;三要把握新一轮工业革命的科技创新规律,推进科研范式变革与深度技术创新创业,实现更为高效的知识生产与配置;四要以科研、创新、生产与个人发展四类良性预期为导向构建新型生产关系,形成科技创新与制度革新密切结合的“社会能力”。

关键词：新质生产力科技创新主导技术技术-经济轨道

突出用户相似性还是突出产品相似性?——推荐解释框架对消费者点击意愿的影响研究

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外国经济与管理 2024年第3期46卷 3-17页

作者：王永贵刘冬梅浙江工商大学浙江杭州310018 对外经济贸易大学国际商学院北京100029

本文基于社会影响理论,通过3个实验考察了突出用户之间相似性的框架和突出产品之间相似性的框架对消费者点击意愿的影响,并剖析了感知产品匹配性在其中所发挥的中介效应以及产品类型和推荐数量在其中所扮演的调节角色。研究表明:与突出... 详细信息

本文基于社会影响理论,通过3个实验考察了突出用户之间相似性的框架和突出产品之间相似性的框架对消费者点击意愿的影响,并剖析了感知产品匹配性在其中所发挥的中介效应以及产品类型和推荐数量在其中所扮演的调节角色。研究表明:与突出产品之间相似性的框架相比,突出用户之间相似性的框架会使消费者产生更高的感知产品匹配性,进而增强其点击意愿。但这种框架效应会受到产品类型的调节作用:对于享乐型产品而言,突出用户之间相似性的框架往往更加有效;而对于实用型产品而言,突出产品之间相似性的框架则更加有效。而且推荐解释的框架效应只有在推荐数量为一个时才发生;当推荐数量为多个时,感知产品匹配性和点击意愿在两种推荐解释框架条件下均无显著差异。本文不仅推进了个性化推荐方向的研究,也拓展了社会影响理论和框架效应理论在市场营销领域的应用研究,并为企业实施个性化推荐策略提供了重要的实践启示。

关键词：个性化推荐解释框架感知产品匹配性推荐数量产品类型

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刺梨发酵乳的制备及其理化性质

现代食品科技 2024年第3期40卷 153-162页

作者：杨曦澜董洁怡刘佳玥刘冬梅华南理工大学食品科学与工程学院广东广州510640

刺梨含有丰富的多糖和维生素C等营养成分以及超氧化物歧化酶(SOD),具有降低慢性疾病风险及发病率的潜力。该研究选用保加利亚乳杆菌德氏乳杆菌DMLD-H1(Lactobacillus delbrueckii DMLD-H1,简称H1)和嗜热链球菌DMST-H2(Streptococcus the... 详细信息

刺梨含有丰富的多糖和维生素C等营养成分以及超氧化物歧化酶(SOD),具有降低慢性疾病风险及发病率的潜力。该研究选用保加利亚乳杆菌德氏乳杆菌DMLD-H1(Lactobacillus delbrueckii DMLD-H1,简称H1)和嗜热链球菌DMST-H2(Streptococcus thermophilus DMST-H2,简称H2)为发酵剂菌株,通过优化菌种比例、接种量和刺梨汁添加量,确定刺梨发酵乳最佳发酵工艺,并与商业菌种发酵的发酵乳的各项理化性质进行比较。实验表明,最佳的刺梨发酵乳发酵条件为:菌种比例为H1:H2=1:2,接种量为1.0×10^(7) CFU/mL,刺梨添加量为0.06 g/mL。在此条件下发酵所得的刺梨发酵乳pH值为4.47,酸度为76.78°T,持水力为32.94%,其中分离出11种挥发性物质,蛋白质相对分子质量主要分布在22~38 ku,后酸化4周后发酵乳的pH值降低至3.89,活菌数含量为1.1×10^(8) CFU/mL。对比商业发酵乳发现,刺梨发酵乳能够抑制发酵乳的后酸化作用,提高持水力,以及提升发酵乳中的酪蛋白含量;然而,刺梨可能会影响发酵乳中原本的风味物质。该研究为一种新型的刺梨发酵乳的开发提供理论依据,为新型功能性发酵乳的研发提供参考。

关键词：刺梨发酵乳保加利亚乳杆菌嗜热链球菌

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人工晶状体材料的研究进展

国际眼科杂志 2024年第1期24卷 93-96页

作者：孟微刘冬梅毕宏生山东中医药大学中国山东省济南市250014 山东中医药大学附属眼科医院中国山东省济南市250002 山东中医药大学眼科研究所中国山东省济南市250002

随着白内障超声乳化吸除联合人工晶状体植入术的广泛应用,许多白内障患者都恢复了有效视力。术后人工晶状体混浊是评价生物相容性的重要指标,它会影响患者的视觉质量,不同材料人工晶状体混浊的表现及危险因素是不同的。然而,获得较好的... 详细信息

随着白内障超声乳化吸除联合人工晶状体植入术的广泛应用,许多白内障患者都恢复了有效视力。术后人工晶状体混浊是评价生物相容性的重要指标,它会影响患者的视觉质量,不同材料人工晶状体混浊的表现及危险因素是不同的。然而,获得较好的视觉质量不是由单一因素决定的,人工晶状体的材料、患者对人工晶状体的反应等都是影响术后视觉质量的因素。随着科技的不断进步,越来越多的新材料在人工晶状体领域得到应用,充分了解不同人工晶状体材料的特性,为患者选择合适的人工晶状体,减少材料导致的并发症,将为患者带来福音。本文就不同人工晶状体材料的特性与人工晶状体植入术后发生混浊的表现及危险因素进行探讨。

关键词：白内障人工晶状体材料人工晶状体混浊生物相容性

超声造影联合经阴道超声预测高危子宫内膜癌的价值

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中华超声影像学杂志 2024年第5期33卷 392-398页

作者：刘冬梅杨敏顾小宁刘芳石富文成珍珍韩萌刘勇首都医科大学附属北京世纪坛医院超声科北京100038

目的探讨超声造影联合经阴道超声特征及定量参数在评估高危子宫内膜癌(EC)中的应用价值。方法回顾性分析2017年12月至2022年9月于首都医科大学附属北京世纪坛医院接受超声造影检查并经手术病理证实的69例EC患者,根据术后病理将其分为低... 详细信息

目的探讨超声造影联合经阴道超声特征及定量参数在评估高危子宫内膜癌(EC)中的应用价值。方法回顾性分析2017年12月至2022年9月于首都医科大学附属北京世纪坛医院接受超声造影检查并经手术病理证实的69例EC患者,根据术后病理将其分为低危组(38例)和高危组(31例)。比较两组间的超声造影及经阴道超声特征、定量参数差异,筛选对高危EC有预测价值的相关参数,并进行评分。结果①病灶大小(厚径、长径)、血管形态、彩色血流评分在高低危EC间差异有统计学意义(均P<0.05)。②超声造影参数[灌注模式、增强强度、曲线下面积]在高低危EC组间差异有统计学意义(均P<0.05)。③以病灶厚径≥1.85 cm、病灶长径≥2.05 cm、超声造影定量参数AUC≥859 au;增强强度≥29.4 dB为临界值,诊断高危EC的ROC曲线下面积分别为0.79、0.69、0.69、0.62。④将差异有统计学意义的参数进行评分,评分≥5时诊断高危EC的敏感性、特异性分别为70.97%、89.47%。结论超声造影联合经阴道超声是预测高危EC的可行手段,超声造影参数(增强强度、曲线下面积、"局灶性"灌注模式)与高危EC有关,联合经阴道超声有助于术前预先评估子宫内膜恶性病变的病理预后因素,可为临床后续治疗提供依据。

关键词：超声造影子宫内膜癌超声检查,经阴道