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Comparative Analysis of the 5’ Flanking Region in <i>Arabidopsis</i>and <i>O. sative</i>RP Genes Revealed Conserved and Divergent Regulating Mechanisms

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American Journal of Plant Sciences 2019年第6期10卷 1090-1101页

作者： donggen zhou Jie Luo Ningbo International Travel Healthcare Center Ningbo China

Ribosome is one of the most abundant organelles in all living cells and plays a crucial role in cell growth. Synthesis of ribosomal components is tightly related with the change of growth conditions. We have comparatively analyzed the 5’ flanking region of ribosomal protein (RP) genes in Arabidopsis and O. sativa. In both Arabidopsis and O. sativa, there are two putative transcriptional factor binding motifs (telo box and site II elements) overrepresented in the proximal promoter region with a strong positional bias in most of the RP genes, which suggests the conserved mechanism of transcription-level control in RP genes of these two organisms. Tri-nucleotide repeats motif CTT and CCG were also common in 5’ flanking region of RP genes in Arabidopsis and O. sativa. However, we only found CCG repeat motif was enriched in O. sativa RP genes and most of them were clustered in the 5’ UTR region. This finding reveals molecular mechanism for divergent regulation of RP genes in Arabidopsis and O. sativa, and gives the possible clue to the mechanism of controlling O. sativa RP genes expression at the translation level.

关键词： Ribosome Motif Genes Expression Mechanism

Development and Validation of Multiplex One-Step Real-Time TaqManqRT-PCR Assays for Detection and Quantification of Arboviral Encephalitis Viruses

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Advances in Microbiology 2018年第7期8卷 519-557页

作者： donggen zhou Jie Luo Ningbo International Travel Healthcare Center Ningbo China

Arboviral encephalitis is a group of animal and human illness that is mostly caused by several distinct families of viruses including orthobunya virus, phlebovirus, flaviviruses, and the alphaviruses. Although specific signs and symptoms vary by the type of central nervous system (CNS), initial signs and symptoms are very similar. Therefore rapid immunologic and molecular tools for differential diagnosis of arboviral encephalitis viruses are important for effective case management and control of the spread of encephalitis. The qRT-PCR assay, especially multiplex PCR, has the potential to produce considerable savings in time and resources in the laboratory detection. Meanwhile, the use of IC can prevent false negatives effectively by monitoring the processes of nucleic acid extraction and amplification. This report describes the development of a panel of internally controlled multiplex one-step real-time RT-PCR assays in which two virus specific-probe sets were used in the same reaction for the detection of 15 species arboviral encephalitis viruses: the comparative sensitivity of multiplex one-step qRT-PCR assays to single plex one-step qRT-PCR assays as well as one-step RT-PCR assays for detection of each viral species. And total of 150 human serum samples were detected to evaluate the multiplex one-step qRT-PCR assays. These multiplex one-step real-time RT-PCR assays with IC were evaluated in terms of sensitivity, linearity, precision, specificity, and also field samples including serum and vector. These assays can detect and differentiate arboviral encephalitis viruses by high throughput, sensitive, and specific way. It is useful for clinical management and outbreak control of arboviral encephalitis viruses and vector surveillance.

关键词： Multiplex One-Step Real-Time TaqManqRT-PCR Assays Arboviral Encephalitis Viruses Internal Control

Construction of Lentivirus-Based Reference Material for RT-PCR Detection of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus and Its Application in External Quality Assessment

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Advances in Microbiology 2018年第7期8卷 506-518页

作者： donggen zhou Jie Luo Ningbo International Travel Healthcare Center Ningbo China

Short Retraction Notice The paper is due to conflicts of interest. This article has been retracted to straighten the academic record. In making this decision the Editorial Board follows COPE's Retraction Guidelines. Aim is to promote the circulation of scientific research by offering an ideal research publication platform with due consideration of internationally accepted standards on publication ethics. The Editorial Board would like to extend its sincere apologies for any inconvenience this retraction may have caused. The full retraction notice in PDF is preceding the original paper which is marked "RETRACTED".

关键词： MERS-CoV

计算法学:法律如何实现可计算——以方法论和认识论为分析视角

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北京行政学院学报 2024年第3期 95-105页

作者：徐冬根上海交通大学凯原法学院上海200030

计算机技术与法学的融合促进了计算法学的形成。计算法学注重通过计算机技术对法律进行编码,用计算机代码表示、适用、解释和履行法律,甚至执行法律。为推动计算法学的进一步发展,学术研究必须回答“法律如何实现可计算”这个基本的理... 详细信息

计算机技术与法学的融合促进了计算法学的形成。计算法学注重通过计算机技术对法律进行编码,用计算机代码表示、适用、解释和履行法律,甚至执行法律。为推动计算法学的进一步发展,学术研究必须回答“法律如何实现可计算”这个基本的理论问题。研究发现,在方法论和认识论视角下,有法律信息检索的智能化、法律合规标准的动态规则化、法律学术的数据化、法律规制工具的代码化,以及法律认知的可识别化五种途径实现可计算目标。同时,通过对这五种途径背后具有代表性的不同流派与设计理念的提炼,可在理论上回答和论证“法律如何实现可计算”的问题。这种“一花五蕊”的繁荣景象大大拓展了计算法学的疆域和学科前沿,在理论上初步构建了计算法学概念的外延。要完善计算法学的理论体系,还应在本体论之上构建概念内涵。从方法论和认识论到本体论的升华,是计算法学走向成熟和成为一门独立学科的必然路径。

关键词：计算法学法律编码法律信息学可计算合同本体论

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沙门菌荧光重组酶介导等温扩增检测方法的应用研究

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中国热带医学 2019年第2期19卷 107-110,119页

作者：周冬根罗洁宁波国际旅行卫生保健中心浙江宁波315012

目的建立基于重组酶介导等温扩增(recombinase-aided amplification, RAA)快速、灵敏、特异检测沙门菌的方法。方法针对沙门菌invA基因保守区段设计特异性引物、探针,通过引物、探针筛选以及反应条件优化,建立检测沙门菌的荧光RAA方法,... 详细信息

目的建立基于重组酶介导等温扩增(recombinase-aided amplification, RAA)快速、灵敏、特异检测沙门菌的方法。方法针对沙门菌invA基因保守区段设计特异性引物、探针,通过引物、探针筛选以及反应条件优化,建立检测沙门菌的荧光RAA方法,通过优化引物浓度、探针浓度、醋酸镁浓度、上样量来确定最佳反应体系组成。采用细菌纯培养物评估该方法的最低检测限、特异性等性能,通过模拟样品以及19份真实样品检测,同时采用国标法GB 4789.4-2016同步验证复核,评估该检测方法的可靠性。结果该方法在39℃条件下20 min内可完成检测反应。利用该方法能够特异检测沙门菌,不能检出其他肠道致病菌。该方法检测细菌纯培养物的灵敏度为19 cfu/mL,检测模拟样品的灵敏度为190 cfu/mL。采用建立的沙门菌荧光RAA方法对采集的环境样品、食品污染及人体肛拭子样品共计19份进行检测,按照GB 4789.4-2016方法同步检测,4份阳性,其中3份样本荧光RAA检测呈现沙门菌阳性,1份肛拭子样本该方法未能检出。结论荧光重组酶介导等温扩增法检测沙门菌快速、特异、简便、灵敏,能够在食源性疫情现场调查以及食源性疾病监测中发挥一定的作用。

关键词：重组酶介导等温扩增沙门菌监测

重组酶介导的扩增技术及活菌检测方法的应用研究进展

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中国国境卫生检疫杂志 2023年第3期46卷 295-300,F0003页

作者：周冬根牟丹许恒毅宁波国际旅行卫生保健中心(宁波海关口岸门诊部) 浙江宁波315012 南昌大学食品科学与技术国家重点实验室

重组酶介导的扩增(recombinase-aid amplification,RAA)是一种新型等温体外核酸扩增方法,操作简单、反应效率高、灵敏度高。由于细菌死亡后其DNA在环境中可存在较长时间,利用RAA检测目标DNA片段极易产生假阳性结果,造成不必要的损失。因... 详细信息

重组酶介导的扩增(recombinase-aid amplification,RAA)是一种新型等温体外核酸扩增方法,操作简单、反应效率高、灵敏度高。由于细菌死亡后其DNA在环境中可存在较长时间,利用RAA检测目标DNA片段极易产生假阳性结果,造成不必要的损失。因此,建立基于DNA扩增策略的活菌检测方法对食品加工、环境监测等多个领域具有重要意义。本文综述了RAA技术的原理及在病原微生物检测方面的应用,以及活菌检测技术的研究进展,以期为开发基于RAA技术的活菌检测方法提供理论指导。

关键词：重组酶介导扩增等温扩增活菌

Improving sulfur transformation of lean electrolyte lithium-sulfur battery using nickel nanoparticles encapsulated in N-doped carbon nanotubes

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Electron 2024年第1期2卷 95-105页

作者： Ze Zhang Yuqing Xu donggen Xiong Ji Yu Jianxin Cai Yizhong Huang Zhenyu Yang School of Chemistry and Chemical Engineering Nanchang UniversityNanchangChina School of Materials Science and Engineering Nanyang Technological UniversitySingaporeSingapore

Efficient redox reactions of lean electrolyte lithium-sulfur(Li-S)batteries highly rely on rational catalyst ***,we report an electrocatalyst based on N-doped carbon nanotubes(CNT)-encapsulated Ni nanoparticles(Ni@NCNT)as kinetics regulators for Li-S batteries to propel the polysulfide-involving multiphase ***,such a CNT-encapsulation strategy greatly prevents the aggregation of Ni nanoparticles and enables the extraordinary structural stability of the hybrid electrocatalyst,which guarantees its persistent catalytic activity on sulfur redox *** used as a modified layer on a commercial separator,the Ni@NCNT interlayer contributes to stabilizing S cathode and Li anode by significantly retarding the shuttle *** corresponding batteries with a 3.5 mg cm^(−2)sulfur loading achieve the promising cycle stability with~85%capacity retention at the electrolyte/sulfur ratios of 5 and 3μL mg^(−1).Even at a high loading of 12.2 mg cm^(−2),the battery affords an areal capacity of 7.5 mA h cm^(−2).

关键词： kinetics regulator lean electrolyte lithium-sulfur battery metal nickel nanoparticles N-doped CNT-encapsulated

管式蒸发冷却下LiCl-CaCl_(2)混合溶液降膜除湿特性分析

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东南大学学报（自然科学版） 2024年第4期54卷 1014-1021页

作者：彭冬根骆莹莹殷勇高徐少华南昌大学工程建设学院南昌330031 东南大学能源与环境学院南京210096

针对绝热型溶液除湿器性能低下的问题,设计了一种管式蒸发冷却型溶液除湿器,并采用具有较高经济性的LiCl-CaCl_(2)混合溶液作为除湿剂.基于理论模型,数值模拟了混合溶液中LiCl、CaCl_(2)两组分混合质量比、溶液参数和空气参数对蒸发冷... 详细信息

针对绝热型溶液除湿器性能低下的问题,设计了一种管式蒸发冷却型溶液除湿器,并采用具有较高经济性的LiCl-CaCl_(2)混合溶液作为除湿剂.基于理论模型,数值模拟了混合溶液中LiCl、CaCl_(2)两组分混合质量比、溶液参数和空气参数对蒸发冷却及绝热工况下除湿器热湿传递特性的影响.结果表明,除湿器在蒸发冷却工况下的单位面积除湿率高于绝热工况,最高可提升41.5%,且溶液中LiCl质量分数越小,其性能优势越显著.蒸发冷却除湿优势受溶液温度影响显著,单位面积除湿率与除湿空气流量呈正相关,与溶液流量呈负相关.不同的LiCl-CaCl_(2)混合质量比下蒸发冷却除湿特性主要受溶液温度影响,且在溶液温度较低时降低LiCl质量分数对除湿性能影响较小.2种运行工况下空气流量对除湿器单位面积除湿率的正向提升率可达136.9%~168.1%,而溶液流量对其影响较弱.

关键词：蒸发冷却除湿水溶液混合质量比数值模拟

中东呼吸综合征冠状病毒RT-RAA快速检测方法的建立及应用

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病毒学报 2018年第1期34卷 45-51页

作者：周冬根罗洁陈健骅俞雪钧宁波国际旅行卫生保健中心宁波315012 宁波出入境检验检疫局技术性贸易措施综合服务中心宁波315012

建立基于重组酶介导的中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）核酸检测方法。本研究设计、合成特异性中东呼吸综合征冠状病毒基因的重组酶介导检测（RAA）引物及探针,制备MERS-CoV假病毒颗粒阳性对照品,通过一系列条件优化建立了MERS-CoV... 详细信息

建立基于重组酶介导的中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）核酸检测方法。本研究设计、合成特异性中东呼吸综合征冠状病毒基因的重组酶介导检测（RAA）引物及探针,制备MERS-CoV假病毒颗粒阳性对照品,通过一系列条件优化建立了MERS-CoV的快速、灵敏、特异的RT-RAA检测方法,分别与荧光定量RT-PCR检测方法做比较,并且采用首例中国MERS-CoV韩国地区输入病例的咽拭子样品、其它类似呼吸道病毒样本以及英国QCMD的MERS-CoV室间质评灭活样本做临床验证。结果显示：建立的RT-RAA方法检测中东呼吸综合征冠状病毒灵敏度为10拷贝,高于本实验室建立的荧光RT-PCR方法灵敏度（100拷贝）,且检测时间（4.8~13.6min）大大低于荧光RT-PCR检测时间（90min）;用该方法检测中东呼吸综合征冠状假病毒颗粒为阳性,而检测其他8种对照呼吸道病毒均呈阴性;检测临床阳性样本也与实际结果相符。本研究建立的中东呼吸综合征冠状病毒RT-RAA检测方法灵敏、特异、快速,可用于中东呼吸综合征冠状病毒感染的现场快速诊断和流行病学调查。

关键词：中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV) 重组酶介导假病毒颗粒现场