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The Phytophthora nucleolar effector Pi23226 targets host ribosome biogenesis to induce necrotrophic cell death

Plant Communications 2023年第5期4卷 263-276页

作者： Soeui Lee Jaehwan Kim Myung-Shin Kim Cheol Woo Min Sun Tae Kim Sang-Bong choi Joo Hyun Lee doil choi Plant Immunity Research Center Seoul National UniversitySeoul 08826Republic of Korea Plant Genomics and Breeding Institute Department of AgricultureForestry and BioresourcesCollege of Agriculture and Life ScienceSeoul National UniversitySeoul 08826Republic of Korea Interdisciplinary Programs in Agricultural Genomics College of Agriculture and Life ScienceSeoul National UniversitySeoul 08826Republic of Korea Department of Plant Bioscience Life and Industry Convergence Research InstitutePusan National UniversityMiryang 50463Republic of Korea Division of Bioscience and Bioinformatics Myongji UniversityYongin 449-728Republic of Korea

Pathogen effectors target diverse subcellular organelles to manipulate the plant immune *** the nucleolus has emerged as a stress marker and several effectors are localized in the nucleolus,the roles of nucleolar-targeted effectors remain *** this study,we showed that Phytophthora infestans infection of Nicotiana benthamiana results in nucleolar inflation during the transition from the biotrophic to the necrotrophic *** *** effectors were localized in the nucleolus:Pi23226 induced cell death in *** and nucleolar inflation similar to that observed in the necrotrophic stage of infection,whereas its homolog Pi23015 and a deletion mutant(Pi23226DC)did not induce cell death or affect nucleolar *** immunoprecipitation and individual-nucleotide-resolution UV crosslinking and immunoprecipitation sequencing analysis indicated that Pi23226 bound to the 30 end of 25S rRNA precursors,resulting in accumulation of unprocessed 27S *** nucleolar stress marker NAC082 was strongly upregulated under Pi23226-expressing ***23226 subsequently inhibited global protein translation in host cells by interacting with ***23226 enhanced *** pathogenicity,indicating that Pi23226-induced ribosome malfunction and cell death were beneficial for pathogenesis in the *** results provide evidence for the molecular mechanism underlying RNA-binding effector activity in host ribosome biogenesis and lead to new insights into the nucleolar action of effectors in pathogenesis.

关键词： Phytophthora infestans hemibiotroph nucleolar effector cell death ribosome biogenesis translation inhibition

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Dof转录因子的全基因组分析揭示辣椒发育和响应生物胁迫的功能特征

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辣椒杂志 2018年第2期16卷 39-50页

作者： Won-Hee Kang Seungill Kim Hyun-Ah Lee doil choi Seon-In Yeom 胡震竺(译) 孔秋生(译) 庆南国立大学农业与生命科学研究所农业植物科学系韩国660-701 首尔国立大学农业与生命科学学院植物科学系植物基因组学与育种研究所韩国首尔151-921 华中农业大学园艺林学学院

Dofs(DNA-binding with one zinc finger proteins)是植物特有的转录因子家族。Dof蛋白参与许多生物过程,如植物激素的产生,种子发育和环境适应。Dof蛋白已经在多种植物中被鉴定,但在辣椒中尚未开展类似的研究。我们在辣椒中鉴定出了33... 详细信息

Dofs(DNA-binding with one zinc finger proteins)是植物特有的转录因子家族。Dof蛋白参与许多生物过程,如植物激素的产生,种子发育和环境适应。Dof蛋白已经在多种植物中被鉴定,但在辣椒中尚未开展类似的研究。我们在辣椒中鉴定出了33个可能的Dof基因(CaDofs)。为了了解CaDof基因的特征,我们分析了其系统进化关系、蛋白质基序和进化历史。我们将含有25个基序且分布在8条染色体上的33个CaDof基因分成4个族。我们发现CaDof基因的扩张可追溯到最近的复制事件。茄科种系形成之前,片段复制在CaDof家族基因中占主导地位。通过RNA-seq分析获得了CaDof基因表达谱,发现在对包括两种TMV菌株,辣椒斑驳病毒和辣椒疫霉菌的生物胁迫响应过程中,Ca Dof家族基因表现出了时间和病原特异性变化,这表明CaDof基因的功能具有多样性。这些结果不仅为研究Dof基因在生物胁迫中的响应提供有价值的信息,同时也有助于更好地理解Dof基因在辣椒和其他物种中的多重功能。

关键词： Dof蛋白转录因子全基因组生物胁迫辣椒

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基于辣椒基因组测序探究辣味在种群中的进化

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辣椒杂志 2014年第2期12卷 40-50页

作者： Seungill Kim Minkyu Park Seon-In Yeom Yong-Min Kim Je Min Lee Hyun-Ah Lee Eunyoung Seo Jaeyoung choi Kyeongchae Cheong Ki-Tae Kim Kyongyong Jung Gir-Won Lee Sang-Keun Oh Chungyun Bae Saet-Byul Kim Hye-Young Lee Shin-Young Kim Myung-Shin Kim Byoung-Cheorl Kang Yeong Deuk Jo Hee-Bum Yang Hee-Jin Jeong Won-Hee Kang Jin-Kyung Kwon Chanseok Shin Jae Yun Lim June Hyun Park Jin Hoe Huh June-Sik Kim Byung-Dong Kim Oded Cohen Ilan Paran Mi Chung Suh Saet Buyl Lee Yeon-Ki Kim Younhee Shin Seung-Jae Noh Junhyung Park Young Sam Seo Suk-Yoon Kwon Hyun A Kim Jeong Mee Park Hyun-Jin Kim Sang-Bong choi Paul W Bosland Gregory Reeves Sung-Hwan Jo Bong-Woo Lee Hyung-Taeg Cho Hee-Seung choi Min-Soo Lee Yeisoo Yu Yang Do choi Beom-Seok Park Allen van Deynze Hamid Ashrafi Theresa Hill Woo Taek Kim Hyun-Sook Pai Hee Kyung Ahn Inhwa Yeam James J Giovannoni Jocelyn K C Rose Iben Sφrensen Sang-Jik Lee Ryan W Kim Ik-Young choi Beom-Soon choi Jong-Sung Lim Yong-Hwan Lee doil choi 刘峰张西露 Department of Plant Science Seoul National University Plant Genomics and Breeding Institute Seoul National University Department of Agricultural Biotechnology Seoul National University Department of Bioinformatics and Life Science Soongsil University Vegetable Breeding Research Center Seoul National University Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael. Agricultural Research Organization Institute of Plant Science Volcani Center Bet DaganIsrael Department of Bioenergy Science and Technology Chonnam National University Genomics Genetics Institute GreenGene BioTech Inc. Codes Division Insilicogen Inc. Ginseng Resources Research Laboratory Korea Ginseng Corporation Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology Division of Bioscience and Bioinformatics Myongji University Department of Plant and Environmental Sciences New Mexico State University Chile Pepper Institute New Mexico State University Seeders Inc. Department of Biological Sciences Seoul National University Arizona Genomics Institute University of Arizona Agricultural Genome Center National Academy of Agricultural Science Rural Development Administration Seed Biotechnology Center University of California Davis Davis California USA Department of Systems Biology Yonsei University Department of Horticulture and Breeding Andong National University US Department of Agriculture-Agricultural Research Service Robert W. Holley Center Ithaca New York USA Boyce Thompson Institute for Plant Research Cornell University Ithaca New York USA Department of Plant Biology Cornell University Ithaca New York USA Biotechnology Institute Nongwoo Bio Yeoju Korea Genome Center University of California Davis Davis California USA National Instrumentation Center for Environmental Management Seoul National University Seoul Korea 湖南省蔬菜研究所

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表... 详细信息

辣椒(Capsicum annuum)是美洲最古老的驯化作物之一,在全世界被广泛种植。本研究对CM334(墨西哥地方品种)进行了全基因组测序和组装(覆盖度为186.6×),同时还对另外两个栽培种和一个野生种分别进行了重测序和从头(de novo)测序。结果表明辣椒基因组大小约为番茄的4倍,辣椒基因组上存在大量gypsy转座子和花椰菜病毒家族元件的积累。结合转录组综合分析认为,辣椒素合成酶基因表达模式的改变及新功能化是导致辣椒素生物合成的原因,研究还发现辣椒与番茄在乙烯合成及果实成熟调控方面存在明显不同的分子模式。辣椒参考基因组的发布为辣椒营养品质和药用价值的改善提供了重要平台。

关键词：基因组测序辣椒素参考基因 Capsicum 转座子辣椒果实分子模式生物合成基因表达模式基因组大小

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