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Potential mechanism of Astragali radix-Angelicae sinensis radix in the treatment of spinal cord injury based on network pharmacology and molecular docking

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TMR Pharmacology Research 2021年第2期1卷 1-10页

作者： zi-Wen Guo Rui Peng Jian-Dong Song Hubei University of Chinese Medicine Wuhan 430065China Xinhua Hospital filiated to Hubei University of Traditional Chinese Medicine Hubei Integrated Traditional Chinese and Western Medicine HospitalWuhan 430065China

Objective:Using network pharmacology and molecular docking technology to explore the possible mechanism of Huangqi(Astragali radix)-Danggui(Angelicae sinensis radix)on the treatment of spinal cord ***:The active components and the targets related to Astragali radix-Angelicae sinensis radix were screened out on the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology *** of spinal cord injury were searched by Genecards and the Online Mendelian Inheritance in Man *** intersection targets between herbs and diseases were obtained through online Venn diagrams.A components-targets-pathways network was established on Cytoscape 3.8.1 *** STRING database was used to construct the intersection protein interaction network and screen out core *** Ontology biological processes and enrichment analysis based on the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genes of intersection proteins were performed via david ***,the molecular docking with key components and core targets were performed in AutoDock ***:The 22 chemical components including quercetin,kaempferol were collected from Astragali radix-Angelicae sinensis *** acts on 110 targets,and interleukin-6,tumor necrosis factor,mitogen-activated protein kinase,tumor antigen p53 were considered as the major targets.50 pathways like Interleukin-17 signaling pathway,tumor necrosis factor signaling pathway and mitogen-activated protein kinase signaling pathway participate in biological processes such as positive transcription regulation and lipopolysacchanide *** molecular docking revealed that the core targets had stronger binding activity with its corresponding active ***:Astragali radix-Angelicae sinensis radix has the characteristics of multi-component,multi-target,and multi-pathway effects in treating spinal cord *** potential mechanism may be related to preventing inflammation,improving microcirculation,inhibiting neuronal apopto

关键词： Astragali radix Angelicae sinensis radix Spinal cord injury Network pharmacology Molecular docking Mechanism

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基质诱导的自体软骨细胞移植术修复膝关节软骨缺损10例术后2年的随访

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中华关节外科杂志（电子版） 2010年第6期4卷 17-21页

作者：张仲文侯世科杨造成唐子滨钟心杨传铎白建鹏郑铭豪 david Wood 武警总医院骨软骨科北京100039 西澳大利亚大学

目的应用基质诱导的自体软骨细胞移植技术(MACI,Genzyme,America)对膝关节软骨损伤的患者进行治疗,通过对患者进行术后2年的随访分析,评价MACI治疗的安全性和有效性。方法从2004年至2008年11月,对10例患者实施MACI手术。患者平均... 详细信息

目的应用基质诱导的自体软骨细胞移植技术(MACI,Genzyme,America)对膝关节软骨损伤的患者进行治疗,通过对患者进行术后2年的随访分析,评价MACI治疗的安全性和有效性。方法从2004年至2008年11月,对10例患者实施MACI手术。患者平均年龄34.9岁(14～57岁),缺损的平均面积(3.69±2.62)cm2/处(0.4～8cm2,n=20)。MACI技术是从患者非负重区取自体关节软骨,进行体外消化并分离出软骨细胞,培养扩增后接种在Ⅰ/Ⅲ型双层胶原膜上。移植前按缺损的部位修剪成相应形状,用生物蛋白胶将胶原膜粘贴在关节软骨缺损处。分别于术前1周、术后3个月、6个月、1年和2年使用KOOS评分问卷进行临床康复效果的评估并进行术后核磁共振的检测(MRI)。此外,术后对2例患者进行了3次关节镜检查和2次组织学检测。结果 10例患者术后均未发生并发症及与手术相关的不良事件。患者术后3个月KOOS评分显示疼痛明显改善(P<0.05);术后6个月KOOS评分显示:疼痛、症状、日常生活、运动及娱乐和生活质量5项均明显升高,5项评分间有统计学差异(P<0.05)。术后1年和2年患者的情况得到了持续的改善(P<0.05)。患者术后3个月的MRI显示软骨缺损部位得到大部分填充和修复;6个月移植软骨基本与周围软骨完全整合;1年后修复组织呈等信号,软骨下骨髓水肿消失;2年后大部分患者软骨修复组织信号与周围组织信号强度一致,软骨下骨无骨髓水肿。术后15个月和2年的组织学检查显示新生的软骨组织以透明软骨为主。MACI手术一般都能在2h内完成,术中出血量小于100ml。结论 MACI技术是修复关节软骨缺损安全、可靠和有效的治疗措施,具有操作简单、手术时间短和术中出血量少等特点。

关键词：基质诱导的自体软骨细胞移植软骨关节缺损磁共振成像

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泛心论的演进理路探析

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四川理工学院学报（社会科学版） 2008年第6期23卷 43-46页

作者：胡子政刘欢迎洛阳师范学院马列部河南洛阳437012

泛心论起源于原始思维的泛灵论思想,有着深厚的哲学理论基础,为解决意识难题的查尔默斯直接把意识规定为世界的基本特征,迈进了泛心论的领地。此时的泛心论在形式上有别于早期的泛心论,其地位也必须公允的看待。但泛心论的论证方法、理... 详细信息

泛心论起源于原始思维的泛灵论思想,有着深厚的哲学理论基础,为解决意识难题的查尔默斯直接把意识规定为世界的基本特征,迈进了泛心论的领地。此时的泛心论在形式上有别于早期的泛心论,其地位也必须公允的看待。但泛心论的论证方法、理路逻辑所包摄的实质与硬核没变,与自然科学的驱魅,走出神秘主义,真正迈向科学殿堂是背道而驰的。

关键词：泛心论意识困难问题

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基于网络药理学和分子对接预测何首乌改善脂质代谢紊乱作用机制及调脂作用研究

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中国新药杂志 2023年第11期32卷 1143-1154页

作者：杨柯段云天池鑫宇曹子茵曾春晖广西中医药大学药学院南宁530200

目的:应用网络药理学和分子对接方法预测何首乌改善脂质代谢紊乱的作用机制。方法:借助软件ChemDraw绘制何首乌化学成分,基于Swiss ADME,Swiss Target Prediction平台与Genecards, DisGeNET数据库筛选出活性成分与改善脂质代谢紊乱的潜... 详细信息

目的:应用网络药理学和分子对接方法预测何首乌改善脂质代谢紊乱的作用机制。方法:借助软件ChemDraw绘制何首乌化学成分,基于Swiss ADME,Swiss Target Prediction平台与Genecards, DisGeNET数据库筛选出活性成分与改善脂质代谢紊乱的潜在靶点,通过软件Cytoscape和STRING数据库分别构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络结构模型与蛋白质互作网络(PPI)网络,运用david数据库对潜在靶点进行基因本体论(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。借助软件PyMOL,AutoDock进行活性成分与核心靶点分子对接。长期灌胃给药β-淀粉样前体蛋白/早老蛋白-1双转基因小鼠(APP/PS1小鼠)并统计其体质量和体脂率,检测血脂[三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)]水平。结果:筛选出30种何首乌活性成分以及143个治疗脂质代谢紊乱潜在靶点,富集分析显示何首乌与脂质代谢紊乱的共同生物学过程与蛋白磷酸化、蛋白结合、酶结合与蛋白激酶活性等相关,作用的主要通路为磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶(PI3K-Akt)、缺氧诱导因子(HIF)-1、雌激素(estrogen)信号通路等。分子对接预测活性成分与核心靶点间稳定连接结构关系。动物实验结果显示,与模型组相比,各药物组体重无显著差异,但体脂率显著降低(P<0.05);蒸晒品对TG,LDL-C异常升高具有显著降低作用,但生品仅对TG有影响(P<0.05)。结论:何首乌有确切降脂作用,预测其机制为ω-羟基大黄素-8-甲醚、苜蓿素、山奈酚等3种主要活性成分通过与表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等3个核心靶点结合,影响PI3K-Akt, HIF-1,estrogen信号通路来发挥。

关键词：何首乌脂质代谢紊乱网络药理学分子对接验证实验

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Stanford A型主动脉夹层的血管腔内治疗前景

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外科理论与实践 2011年第2期16卷 122-125页

作者：常光其李梓伦中山大学血管外科研究中心中山大学附属第一医院血管外科广州510080

Stanford A型主动脉夹层（Stanford type Aaortic dissection,TAAD）累及升主动脉,其内膜撕裂口可位于升主动脉、主动脉弓或降主动脉,夹层可同时累及主动脉弓、降主动脉和（或）腹主动脉。TAAD发病两周内的死亡率可高达80%[1],死因主要... 详细信息

Stanford A型主动脉夹层（Stanford type Aaortic dissection,TAAD）累及升主动脉,其内膜撕裂口可位于升主动脉、主动脉弓或降主动脉,夹层可同时累及主动脉弓、降主动脉和（或）腹主动脉。TAAD发病两周内的死亡率可高达80%[1],死因主要有夹层破裂、心包填塞、主动脉瓣关闭不全和心律失常等。TAAD一经确诊即有手术指征，传统的手术方式是升主动脉置换术．其中包括单纯人工血管置换术、Wheat术、Bentall术、Cabrol术和david术等。

关键词： StanfordA型主动脉夹层血管腔内修复术杂交手术

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禽流感病毒H5N1血凝素蛋白的细胞膜上提纯和结晶

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中国医师杂志 2009年第5期11卷 584-586,590页

作者：谌资郑煜煌 Yipu Lin david J Stevens Steve A Wharton Patrick J Collins Junfeng Liu Alan J Hay 中南大学湘雅二医院感染科湖南长沙410011 WHO Influenza Collaborating Centre National Institute for Medical Research NW7 1AA London UK Division of Virology and Molecular Biology National Institute for Medical Research NW7 1AA London UK

目的从细胞膜上提纯禽流感病毒H5N1的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并使蛋白结晶。方法细胞内大量增殖重组牛痘病毒，去垢剂提取细胞膜中的HA蛋白，连续蔗糖密度梯度超速离心，Western印迹检测，菠萝蛋白酶等裂解HA，离... 详细信息

目的从细胞膜上提纯禽流感病毒H5N1的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并使蛋白结晶。方法细胞内大量增殖重组牛痘病毒，去垢剂提取细胞膜中的HA蛋白，连续蔗糖密度梯度超速离心，Western印迹检测，菠萝蛋白酶等裂解HA，离子交换层析，SDS—PAGE电泳并染色检测蛋白纯度，坐滴气象扩散法结晶。结果从细胞膜中提取了高纯度的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并得到了H51151F蛋白晶体。结论首次获得了禽流感病毒H5N1的I-IS1151F蛋白晶体，为进一步研究禽流感病毒人传人的可能性打下基础。

关键词：流感禽流感病毒A型鸟/分离和提纯血凝素糖蛋白类流感病毒/分离和提纯

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基于生物信息学技术筛选结直肠癌的差异基因和中药预测研究

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中国中药杂志 2022年第6期47卷 1666-1676页

作者：贠张君王慧静俞仪萱孙梓宜姚树坤北京中医药大学北京100029 中日友好医院消化内科北京100029

通过生物信息学技术筛选并分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)与正常组织的差异基因,预测可用于诊断和治疗CRC的生物标志物及中药。从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE21815、GSE106582、GSE41657基因芯片,应用GE... 详细信息

通过生物信息学技术筛选并分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)与正常组织的差异基因,预测可用于诊断和治疗CRC的生物标志物及中药。从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE21815、GSE106582、GSE41657基因芯片,应用GEO2R工具获取差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);应用david数据库对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,应用MCODE、CytoHubba插件筛选网络中显著模块及关键基因;分别应用UCSC、cBioPortal、Oncomine在线数据库对关键基因进行分层聚类、生存分析、Oncomine分析和临床资料相关性分析;应用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的中药。共筛选出284个DEGs,其中146个上调基因,138个下调基因。上调基因显著富集在细胞周期、NLRs通路、TNF信号通路等途径;下调基因显著富集在矿物质吸收、氮代谢、碳酸氢盐在近端小管重吸收等通路。15个关键基因为CDK1、CDC20、AURKA、MELK、TOP2A、PTTG1、BUB1、CDCA5、CDC45、TPX2、NEK2、CEP55、CENPN、TRIP13、GINS2,其中CDK1和CDC20被视为核心基因。CDK1和CDC20的高表达有着较差的生存预后,并且它们在多种癌症中显著表达,尤其是乳腺癌、肺癌、CRC;CDK1和CDC20的表达与性别、肿瘤类型、TNM分期、KRAS基因突变具有相关性。预测出治疗CRC的潜在中药代表药物有黄芩、半枝莲、紫草等。CDK1和CDC20的显著表达有助于区分肿瘤组织和正常组织,并与生存预后有关,有望成为诊断和治疗CRC的生物标志物,该研究为将来新型药物的开发提供参考方向。

关键词：结直肠癌生物信息学差异表达基因中药预测

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肥胖患者性别差异的基因表达谱数据分析

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基础医学与临床 2015年第6期35卷 723-728页

作者：乔子君马文丽郑文岭南方医科大学基因工程研究所广东广州510515

目的采用生物信息学手段对男女肥胖患者与正常人群的差异基因进行分析,研究肥胖个体脂肪细胞基因表达在性别上的差异。方法从公共数据库基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载肥胖相关数据集,采用Qlucore Omics Explorer(Q... 详细信息

目的采用生物信息学手段对男女肥胖患者与正常人群的差异基因进行分析,研究肥胖个体脂肪细胞基因表达在性别上的差异。方法从公共数据库基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载肥胖相关数据集,采用Qlucore Omics Explorer(QOE)、DAIVID在线分析,并利用蛋白质相互作用数据库分子作用数据库(MINT)进行蛋白质作用网络分析。结果在女性患者中,99条基因表达上调,79条下调,男性患者中有39条高表达基因,23条下调基因。GO分析显示女性肥胖患者的差异基因所涉及GO类别较男性患者多,两组蛋白质作用网络核心节点差异较大,FYN与PDIA3分别是男性女性蛋白质作用网络中重要节点。结论肥胖发生机制存在性别差异,针对节点FYN与PDIA3的后续研究可能对肥胖的发生机制及相应并发症的研究起到重要作用。

关键词：肥胖性别蛋白质作用网络生物信息学

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基于网络毒理学探讨草乌心脏毒性

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中国实验方剂学杂志 2019年第19期25卷 161-169页

作者：郝俊霞高梓森高皓毕开顺王健李佐静沈阳药科大学药学院制药工程学院医疗器械学院沈阳110016

目的:通过建立草乌活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨草乌心脏毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,... 详细信息

目的:通过建立草乌活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨草乌心脏毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)和毒性与基因比较数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)筛选出草乌有毒候选成分。依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测草乌毒性候选成分的作用靶点,与从人类基因数据库(Gene Cards)中寻找到的心脏相关基因蛋白进行比对,筛选出重合的蛋白作为草乌的潜在的心脏毒性靶点。采用Cytoscape软件构建草乌毒性候选成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,用david平台对靶点生物功能及涉及的通路进行分析,最后用Discover Studio软件对关键蛋白与草乌毒性候选成分的结合进行验证。结果:草乌中筛选得到6种有毒候选成分,涉及27个心脏毒性作用靶点,网络分析结果表明靶点主要是通过参与心脏磷代谢,磷酸化的监管等磷相关的代谢和调节,以及通过FKBP1A,TGFB2,INSR等靶点对心脏的代谢,发育及形态产生重要的影响,进而产生心脏毒性。结论:利用中药多成分-多靶点-多通路的特点,探究了草乌心脏毒性作用机制,并预测了其可能存在的毒性,为进一步开展草乌心脏毒性作用机制研究提供了新思路和新方法。

关键词：网络毒理学草乌心脏毒性通路分析分子对接

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基于网络药理学的雷公藤肾毒性机制探讨

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中国实验方剂学杂志 2019年第16期25卷 142-151页

作者：郝俊霞高梓森高皓毕开顺王健李佐静沈阳药科大学药学院制药工程学院医疗器械学院

目的:通过建立雷公藤活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨雷公藤肾毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和毒性与基因比较数据库(CTD)筛选出雷公藤有... 详细信息

目的:通过建立雷公藤活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨雷公藤肾毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和毒性与基因比较数据库(CTD)筛选出雷公藤有毒候选化合物。用有机小分子生物活性数据Pub Chem数据库,将所有的候选化合物都转化为标准的Canonical SMILES格式,将SMILES格式文件导入Swiss Target Prediction平台,进行靶点预测,将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,用uniprot将蛋白转换为对应的基因名称,与从人类基因组注释数据库(Gene Cards)中寻找到的肾脏相关基因蛋白进行比对,筛选出重合的蛋白作为雷公藤潜在的肾脏毒性靶点。采用Cytoscape软件构建雷公藤毒性候选成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,用david生物信息资源对靶点生物功能及涉及的通路进行分析,最后用Glide软件对关键蛋白与雷公藤毒性候选成分的结合进行验证。结果:雷公藤中筛选得到30种有毒候选成分,涉及209个肾脏毒性作用靶点,网络分析结果表明雷公藤可通过氨基酸代谢、磷脂代谢、儿茶酚胺类物质代谢,抑制肾脏有机阴离子转运体Oatl,Oat2,Oat3的功能,以及诱导凋亡,并参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,JAK/STAT信号通路,血管内皮生长因子(VEGF)信号通路,Toll样受体信号通路,ERBB信号通路,FcεRI信号通路,过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)信号通路等对肾脏产生毒性。结论:利用中药多成分-多靶点-多通路的特点,探究了雷公藤肾脏毒性作用机制,为进一步开展雷公藤肾脏毒性作用机制研究提供了新思路和新方法。

关键词：网络药理学雷公藤肾脏毒性通路分析分子对接

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