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基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制探寻

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中草药 2020年第12期51卷 3201-3210页

作者：张英睿干志强刘紫轩罗婕唐策刘川苏锦松黄潇李楠张艺成都中医药大学民族医药学术传承创新研究中心四川成都611137 成都中医药大学民族医药学院四川成都611137 成都中医药大学药学院四川成都611137 神威药业集团有限公司河北石家庄051430

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶... 详细信息

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助david数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P<0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。

关键词：清开灵注射液新型冠状病毒肺炎网络药理学分子对接血管紧张素转化酶Ⅱ 刺槐素丁香苷

基于网络药理学研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础

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中国处方药 2021年第2期19卷 1-3页

作者：王新雨李子行王丽胡明月广东岭南职业技术学院广州510663 广东罗浮山国药股份有限公司广东惠州516133

目的研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础,为鸡眼草的应用提供新的方向。方法以口服生物利用度(OB)≥20%、类药性(DL)≥0.18%为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选鸡眼草的活性成分;通过检索蛋白质数据库(Uniprot)... 详细信息

目的研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础,为鸡眼草的应用提供新的方向。方法以口服生物利用度(OB)≥20%、类药性(DL)≥0.18%为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选鸡眼草的活性成分;通过检索蛋白质数据库(Uniprot)和GeneCards数据库获取鸡眼草治疗2型糖尿病的作用靶点;利用生物学信息注释数据库(david)对靶点京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从鸡眼草中共筛选出活性成分9个,与2型糖尿病相关的作用靶点37个。鸡眼草治疗2型糖尿病的主要成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等。结论本研究采用网络药理学分析了鸡眼草治疗2型糖尿病的物质基础,可为进一步研究鸡眼草治疗2型糖尿病的药效物质基础及作用靶点提供参考。

关键词：鸡眼草 2型糖尿病网络药理学物质基础

基于网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的作用机制

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现代药物与临床 2023年第12期38卷 2945-2954页

作者：赵曼彤曹霞林佳子王晓杨梦茹梁蓝元岳义民钟璐阳杜杰勇余佳敏周彤李建华沈学娟王毅舒尊鹏广东药科大学中药学院广东广州510006

目的通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路,以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用... 详细信息

目的通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路,以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用靶点进行收集。从GeneCards数据库中检索理气、代谢相关脂肪性肝病相关靶点,对理气靶点、代谢相关脂肪性肝病靶点与药效靶点进行映射,得出陈皮理气功效治疗非酒精性脂肪肝的功效靶点。将功效靶点输入STRING数据库中得出蛋白相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化。通过david数据库进行基因本体(GO)与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。筛选出陈皮关键活性化合物和靶基因后,进行分子对接,预测活性化合物与核心靶点的结合,得出其可能作用的分子机制并构建“化合物–靶点–通路”网络图。结果陈皮中共有63种活性成分和540个相应靶点,理气靶点580个,代谢相关脂肪性肝病靶点478个。最终筛选获得56个关键靶点和16个重要的信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B1(Akt)信号通路、Ras信号通路、胰岛素信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的主要成分为川陈皮素、柚皮素、橙皮苷等,关键靶点为Akt1、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)α、PPARγ、表皮生长因子受体(EGFR)等。分子对接显示柚皮素、川陈皮素、柚皮苷分别与Akt1、PPARγ、原癌基因c(JUN)、雌激素受体α(ESR1)、PPARα结合良好。结论陈皮中的柚皮素、川陈皮素、柚皮苷可能为其发挥理气功效的主要活性成分,能够多靶点、多途径地调控氧化应激、炎症反应、脂质代谢等生物效应过程治疗非酒精性脂肪肝,为陈皮在临床上治疗非酒精性脂肪肝的深入研究提供理论基础和科学依据。

关键词：陈皮理气非酒精性脂肪肝网络药理学分子对接柚皮素川陈皮素柚皮苷

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基于网络药理学的白及治疗胃溃疡的作用研究

中国临床药理学杂志 2020年第17期36卷 2714-2716,2720页

作者：巩子汉王玉王艳威杨晓轶马骏白敏付晓艳王强段永强甘肃中医药大学甘肃省中药药理与毒理学重点实验室甘肃兰州730020 甘肃中医药大学甘肃省中医方药挖掘与创新转化重点实验室甘肃兰州730020 北京市隆福医院中医科北京100010

目的基于网络药理学方法探讨白及治疗胃溃疡可能的分子机制。方法通过中国知网、中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度≥30%及类药性≥0.18为筛选条件,收集白及药材的主要化学成分。用PubChem数据库获得白及各... 详细信息

目的基于网络药理学方法探讨白及治疗胃溃疡可能的分子机制。方法通过中国知网、中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度≥30%及类药性≥0.18为筛选条件,收集白及药材的主要化学成分。用PubChem数据库获得白及各活性成分的SMILES结构或2D结构,通过Swiss Target Prediction和Drugbank数据库筛选出药物成分潜在作用靶点。用GeneCards数据库预测并筛选胃溃疡的潜在作用靶点,用FunRich软件绘制韦恩图,对药物靶点和疾病靶点进行匹配映射,获得白及治疗胃溃疡的潜在靶点。首先借助Cytoscape软件构建"活性成分-关键靶点"网络。通过STRING数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白-蛋白互作网络图作用图,并进行网络拓扑参数分析,筛选白及治疗胃溃疡的关键靶点。再者用david数据库对白及治疗胃溃疡的关键靶点进行基因本体富集分析及东京基因组百科全书通路富集分析,并构建"成分-靶点-通路"网络图。结果通过筛选得到9个白及活性成分,排除重复后共有452个潜在靶点;与胃溃疡的靶点匹配后得到41个关键靶点。通过富集分析得到,白及活性成分主要通过苏氨酸激酶1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、MAPK1、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点和磷脂酰肌醇3激酶-苏氨酸激酶、TNF及MAPK信号通路等发挥保护胃黏膜的机制。结论白及治疗胃溃疡体现了中药通过多成分-多靶点-多通路共同发挥作用的特点。

关键词：白及胃溃疡网络药理学作用机制

奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析

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中国生物制品学杂志 2019年第8期32卷 874-879页

作者：沈冰蕾韩硕刘娟邹紫雯李鑫丽罗林武瑞赵志辉黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319 广东海洋大学农学院广东湛江524088

目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和david软件进行功能注... 详细信息

目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和david软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。

关键词：奶牛microRNA-205 靶基因预测调控网络信号通路

麋鹿耳皮肤成纤维细胞的分离、培养与核型分析

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南京农业大学学报 2008年第1期31卷 67-71页

作者：赵雪萍张寒莹王子玉许丹孙永成王锋丁玉华南京农业大学动物胚胎工程技术中心江苏南京210095 江苏大丰麇鹿国家级自然保护区江苏大丰224136

为获得适合于克隆麇鹿的供体细胞，本试验对麋鹿耳皮肤成纤维细胞的分离、培养、纯化、生长特征、核型分析和冷冻保护剂等进行了研究。通过组织块培养法获得麋鹿皮肤成纤维细胞，用胰酶轻度消化后传代3～4次可得到较纯的皮肤成纤维细胞... 详细信息

为获得适合于克隆麇鹿的供体细胞，本试验对麋鹿耳皮肤成纤维细胞的分离、培养、纯化、生长特征、核型分析和冷冻保护剂等进行了研究。通过组织块培养法获得麋鹿皮肤成纤维细胞，用胰酶轻度消化后传代3～4次可得到较纯的皮肤成纤维细胞，并经过免疫荧光鉴定；麇鹿染色体数目为2n=68，核型式为2（M）＋64（A），XY（A，M）；含10％NCS的DMEM培养基最适宜细胞生长；复苏后可获得87．78％的贴壁率。

关键词：麋鹿皮肤成纤维细胞体外培养核型分析冷冻保存

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非小细胞肺癌预后基因的筛选及鉴定

中国生物制品学杂志 2020年第10期33卷 1104-1110页

作者：王斌张亚萍牛丹陈思羽王紫玥马文霞魏荣王晨山西医科大学第二医院病理科山西太原030000

目的筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)预后的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从公共数据库基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载NSCLC cDNA芯片集GSE19188、GSE101929、GSE40275、GSE18842,利用在线工具GEO2R对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,并用Venny取交集。基于david数据库对DEGs进行GO(Gene Ontology)分析及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Gene and Genome)通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络。使用CytoHubba插件鉴定核心关键基因,并对其生存分析和表达检测。结果4个cDNA芯片集中共筛选得到130个差异表达基因,包括53个上调表达基因和77个下调表达基因。这些差异表达的基因主要集中在胞浆和细胞外区域,所参与的主要是细胞周期调控、有丝分裂、微管运动相关信号。筛选出的处于核心地位的20个基因中,9个基因与肺癌患者预后显著相关,包括UBE2C、TTK、CEP55、ASPM、PRC1、CCNB2、CCNA2、CCNB1和CDC6。结论通过生物信息学分析,筛选出与正常组织相比,在NSCLC中异常表达的基因130个,并鉴定出其中与预后显著相关的9个核心基因,对进一步了解NSCLC发生发展的分子机制,筛选鉴定新的预后标记物及潜在性分子靶点具有积极意义。

关键词：非小细胞肺癌生物信息学 GEO数据库核心基因分子靶点

基于网络药理学研究龙葵抗肺癌的生物作用机制

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中国临床药理学杂志 2020年第11期36卷 1588-1591页

作者：耿其顺朱子家王文斌沈志博李砺锋薛文华赵杰郑州大学第一附属医院药学部河南郑州450052

目的研究龙葵治疗肺癌的药理机制。方法以药代动力学参数(口服生物利用度≥30%,药物相似性≥0.18)作为筛选标准,从中药成分检索数据库中筛选出龙葵的主要活性成分,并预测活性成分相关作用靶点。用Genecards数据库查询已知的肺癌治疗靶点... 详细信息

目的研究龙葵治疗肺癌的药理机制。方法以药代动力学参数(口服生物利用度≥30%,药物相似性≥0.18)作为筛选标准,从中药成分检索数据库中筛选出龙葵的主要活性成分,并预测活性成分相关作用靶点。用Genecards数据库查询已知的肺癌治疗靶点,通过Calculate and draw custom Venn diagrams构建药物靶点与肺癌靶点韦恩图并获得两者共同靶点,用String数据库绘制共同靶点的蛋白相互作用网络图;再用Cytoscape软件构建龙葵的成分-靶点-疾病网络模型,用WebGestalt和david分别进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书功能富集分析。结果共筛选出龙葵活性成分7个,相关靶点51个。根据蛋白质相互作用(PPI)网络图,可知共有51个节点,146条关系。富集分析显示龙葵可以通过多个通路对肺癌产生治疗作用。结论龙葵可通过作用于多个靶点,并参与调控多个网络通路发挥治疗肺癌的作用。

关键词：龙葵肺癌网络药理学作用机制物质基础

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盐碱胁迫下青海湖裸鲤鳃基因表达差异

海洋渔业 2012年第2期34卷 137-144页

作者：郭雯翡么宗利来琦芳史建全周凯祁洪芳李子牛王慧中国水产科学研究院东海水产研究所中国水产科学研究院盐碱地渔业工程技术中心上海200090 上海海洋大学上海201306 青海湖裸鲤救护中心西宁810016

采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,研究了青海湖裸鲤(Gymnocyprisprzewalskii)在高盐碱胁迫下转录水平上的基因表达差异,实验获得差异表达序列91条,其中成功注释60条。以同是鲤科鱼类的斑马鱼(Danio re... 详细信息

采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,研究了青海湖裸鲤(Gymnocyprisprzewalskii)在高盐碱胁迫下转录水平上的基因表达差异,实验获得差异表达序列91条,其中成功注释60条。以同是鲤科鱼类的斑马鱼(Danio rerio)的基因ID作为参照,用david软件对这些序列进行功能分类,结果从正向文库获得28条功能基因片段,反向文库获得14条。按功能将其分为10类,其中,催化活性、细胞、部分结合相关基因表达上调,结合、免疫相关基因表达下调。分析发现,高盐碱胁迫会改变鱼类的渗透压和酸碱平衡,对免疫系统产生一定的抑制作用,对此,鱼类通过增强离子调控、提高血清尿素氮浓度、合成应激蛋白等,来维持渗透压和酸碱平衡,缓解应激反应。

关键词：青海湖裸鲤高盐碱胁迫抑制消减杂交基因表达