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长春胺调控TLR4/NF-κB信号改善2,4,6-三硝基苯磺酸诱导的小鼠结肠炎

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蚌埠医学院学报 2023年第1期48卷 77-82页

作者：李晶晶杨子崔腾周国羊王祎宸左芦根张小凤蚌埠医学院第一附属医院药剂科安徽蚌埠233004 蚌埠医学院第一附属医院胃肠外科安徽蚌埠233004 蚌埠医学院组织移植安徽省重点实验室安徽蚌埠233030 蚌埠医学院第一附属医院中心实验室安徽蚌埠233004

目的:探讨长春胺(VC)对2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)诱导的克罗恩病(CD)样小鼠结肠炎的作用及可能机制。方法:选取6~8周龄Wild-type(WT)小鼠(C57BL/6J,雄性),将其随机分为对照组(WT组)、模型组(TNBS组)和VC干预组(VC组),每组8只;其中VC组经... 详细信息

目的:探讨长春胺(VC)对2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)诱导的克罗恩病(CD)样小鼠结肠炎的作用及可能机制。方法:选取6~8周龄Wild-type(WT)小鼠(C57BL/6J,雄性),将其随机分为对照组(WT组)、模型组(TNBS组)和VC干预组(VC组),每组8只;其中VC组经TNBS造模成功后给予VC干预(40 mg·kg^(-1)·d^(-1),溶于1%吐温80,灌胃),WT组和TNBS组接受等量的1%吐温80;通过分析各组小鼠体质量改变、肠炎疾病活动度(DAI)评分、结肠长度、组织学炎症评分及肠黏膜炎症介质水平[(肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)和白细胞介素-6(IL-6)]评估VC对TNBS模型小鼠CD样肠炎的作用效果;采用SuperPred和DisGeNet数据库预测VC作用于CD的潜在靶点;david数据库进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并利用Cytoscape软件对结果进行可视化;采用分子对接技术分析VC与PTGS3、NFKB1及TLR4的结合情况,并于动物实验进一步验证VC对TLR4/NF-κB信号通路的调控作用。结果:VC组小鼠体质量降低幅度、DAI评分及结肠缩短程度均低于TNBS组小鼠(P<0.05),但仍高于WT组(P<0.05);VC组小鼠肠道组织学炎症评分低于TNBS组(P<0.05);VC组结肠黏膜炎症介质水平(TNF-α、IL-1β、IL-6)均低于TNBS组(P<0.05),但仍高于WT组(P<0.05)。网络药理学及分子对接结果显示VC对TLR4/NF-κB具有调控作用,且进一步的Western blotting结果显示,VC组小鼠结肠黏膜组织中TLR4和p-p65水平较TNBS组均降低(P<0.05),但仍高于WT组(P<0.05)。结论:VC可能通过抑制TLR4/NF-κB信号改善TNBS诱导的小鼠结肠炎。

关键词：炎症性肠病克罗恩病长春胺 TLR4/NF-κB

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

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中国中药杂志 2021年第10期46卷 2371-2379页

作者：李佳晌赵子樟缪晓冬宿树兰尚尔鑫钱大玮段金廒南京中医药大学江苏省方剂高技术研究重点实验室中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心江苏省中药资源产业化过程协同创新中心江苏南京210023

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数... 详细信息

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank,GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用david 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。

关键词：网络药理学分子对接乳香没药类风湿性关节炎机制

基于网络药理学和分子对接分析八味三香散治疗慢性心力衰竭的潜在分子机制

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中国中药杂志 2021年第10期46卷 2392-2402页

作者：白颖璐张金芳沙子珺祝娜黄秀兰李志勇中央民族大学药学院民族医药教育部重点实验室北京100081

通过网络药理学及分子对接技术探讨蒙古族药八味三香散治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure, CHF)的潜在分子机制。应用TCMSP,BATMAN数据库及文献收集八味三香散活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards和CTD数据库检索慢性心力... 详细信息

通过网络药理学及分子对接技术探讨蒙古族药八味三香散治疗慢性心力衰竭(chronic heart failure, CHF)的潜在分子机制。应用TCMSP,BATMAN数据库及文献收集八味三香散活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards和CTD数据库检索慢性心力衰竭相关的疾病基因。对八味三香散药物靶点和CHF相关基因取交集,使用Cytoscape构建"化合物-靶点-通路"网络。将交集靶点导入david数据库,进行GO功能、KEGG通路富集分析。最终,利用Autodockvina软件对筛选出的蛋白与八味三香散活性成分进行分子对接。结果表明,八味三香散中有60种活性成分可用于治疗CHF,涉及311个靶基因,与CHF直接相关的信号通路涉及缺氧诱导因子-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、心肌细胞中的肾上腺素信号传导、醛固酮调节钠的重吸收、钙信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路、肾素分泌等。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。八味三香散可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节心肌细胞、血管生成和炎症相关的靶标和途径而对CHF产生治疗作用。

关键词：蒙古族药八味三香散慢性心力衰竭网络药理学分子对接

Mechanism prediction analysis of an epidemic prevention sachet in preventing new coronavirus pneumonia

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Asian Toxicology Tesearch 2020年第2期2卷 50-60页

作者： Xin-Zhe Zhao zi-Qi Jin Yao Yang Guo-Wei Zhang College of Traditional Chinese Medicine Hebei UniversityBaoding 071000China

Objective:To explore the prevention mechanism of an anti-epidemic sachet on the new coronavirus pneumonia(COVID-19)based on the network pharmacology and molecular docking ***:The chemical constituents and action targets of wormwood leaves,white peony,borneol,Rhizoma atracylodis,and Herba pogostemonis in the epidemic-preventive sachet were retrieved in TCMSP *** the genes of targets through the Uniprot database,and then use Cytoscape 3.7.2 software to build a medicinal drugs-active ingredients-targets(genes)network for *** we used david to perform gene ontology(GO)function enrichment analysis and genome encyclopedia(KEGG)pathway analysis to predict the mechanisms of *** histograms and bubble charts for visualization with Excel software and Omicshare *** crystal structure of ACE2 was searched in the RCSB PDB database,and the compounds and proteins were molecularly docked with the help of PyMOL,AutoDockTool,and Vina ***:Sixty-seven effective chemical components in the anti-epidemic sachet were screened and a drugs-chemical components-targets network was constructed to obtain 948 targets,and 18 core targets and 28 core target pathways were predicted.6 compounds in Folium artemisiae argyi,13 compounds in Radix angelicae dahuricae,3 compounds in Rhizoma atracylodis,4 compounds in Fructus tsaoko,8 compounds in Herba pogostemonis,and 3 compounds in Rhizoma acori talarinowii have less binding energy with 1R42 than the ***:It is predicted that the anti-epidemic sachet has prevention effects on new coronavirus pneumonia.

关键词： Epidemic prevention sachet New coronavirus pneumonia COVID-19 Mechanisms of action Network pharmacology Molecular docking

Key genes of deficiency of liver and kidney type chronic pain through bioinformatics analyses

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TMR Modern Herbal Medicine 2022年第2期5卷 1-8页

作者： Zhi-Cheng Wang Ming-Rui Jiang Zhu-Zhu Yue Xiao-Tong Wei Shuang-Hui Shi Meng-Lin Wang Hui-Nan Wang Qian-Qian Liu Jing-Qiu Zhang Meng-Yu Chen Ying-zi Wang School of Chinese Materia Medica Beijing University of Chinese Medicine102488BeijingChina

Objective To screen the key genes of chronic pain and provide a reference for the treatment of chronic *** We performed comprehensive bioinformatics analysis by screening chronic primary pain-related datasets to obtain differentially expressed genes(DEGs)and then imported DEGs into the david database for Gene Ontology(GO)and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)enrichment *** Set Enrichment Analysis(GESA)analysis was done by GSEA_4.1.0 *** the same time,we imported the intersecting genes into the STRING database and processed them by Cytoscape_3.8.1 software to obtain the protein-protein interaction(PPI)network and the central *** As a result,a total of 54 DEGs were screened,including 47 up-regulated genes,1 down-regulated gene,and 6 genes that were expressed differently in different datasets.23 GO terms and 8 KEGG pathways were enriched by *** network analysis found that SPI1,STAT3,TNFRSF1B,PTGS2,and CXCL1 genes interacted more strongly with other genes,and were predicted to be key genes in chronic primary *** Our results suggested that 5 DEGs,STAT3,SPI1,TNFRSF1B,PTGS2,and CXCL1,have the potential to be used as prognostic and predictive markers for the clinical management of patients with this disease.

关键词： Chronic pain Differentially expressed genes Functional enrichment analysis Protein-protein interaction network

基于网络药理学和细胞实验探究莲子心生物碱防治非小细胞肺癌的分子机制

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中国实验方剂学杂志 2021年第13期27卷 164-171页

作者：程艳隆会芝罗红宇周子薇蒋斌元高利臣南华大学附属长沙市中心医院药学院长沙410000

目的:基于网络药理学探究莲子心生物碱(NAPs)防治非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在分子机制。方法:通过搜索中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP),中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)数据库获取NAPs主要活性成分,结合靶点预测平台S... 详细信息

目的:基于网络药理学探究莲子心生物碱(NAPs)防治非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在分子机制。方法:通过搜索中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP),中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)数据库获取NAPs主要活性成分,结合靶点预测平台Swiss Target Prediction预测分析其主要靶点。通过GeneCards,人类孟德尔遗传数据库(OMIM),DrugBank数据库获取NSCLC主要靶点。提交二者交集靶点至STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过david平台并对其进行基因本体(GO)和京都基因和基因百科全书(KEGG)分析。利用Cytoscape 3.7.1软件生成NAPs-交集靶点-通路"网络。此外,选择异莲心碱处理肺癌细胞A549,用倒置荧光显微镜观察细胞形态变化,细胞增殖与活性检测试剂盒-8(CCK-8)法检测异莲心碱对A549活力的影响,并用蛋白免疫印迹法(Western blot)验证预测靶点分子蛋白变化。结果:NAPs中治疗NSCLC主要成分有莲明碱、莲心碱和异莲心碱(ISO)等;主要涉及通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT),Ras相关蛋白1(Rap1),受体酪氨酸激酶家族(ErbB)和缺氧诱导因子-1(HIF-1)通路,其功能主要为结合三磷酸腺苷(ATP)及调节蛋白激酶活性;主要靶点包括蛋白激酶B-1(AKT1),磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α基因(PIK3CA),周期蛋白依赖激酶2(CDK2),丝裂原活化蛋白激酶-1(MAPK1),表皮生长因子受体(EGFR),三磷酸腺苷结合盒基因-1(ABCB1),雷帕霉素靶蛋白(mTOR),酪氨酸激酶(Src),Janus蛋白酪氨酸激酶(JAK1)和G1/S-特异性周期蛋白-D1(CCND1)等;体外细胞试验也证实,ISO能以浓度和时间依赖下调磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)和磷酸化雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR)的表达,抑制肺癌细胞A549生长。结论:NAPs可以通过多成分、多靶点及多通路防治NSCLC,其最主要通过PI3K-AKT通路抑制非小细胞肺癌。

关键词：莲子心生物碱(NAPs) 网络药理学非小细胞肺癌(NSCLC) 磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)通路

Analysis of the action mechanism of Si-Jun-zi decoction in cataract by network pharmacology

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Medical Data Mining 2020年第4期3卷 177-184页

作者： zi-Yang Chen Zhao-Da Ye Li-Jin You Yan-Hong Hu Comprehensive Clinic of Fujian Academy of Traditional Chinese Medicine Fujian 350001China Fujian University of Traditional Chinese Medicine Fujian 350122China Second People’s Hospital of Fujian University of Traditional Chinese Medicine Fujian 350001China

Background:To explore the action mechanism of the classic ancient prescription Si-Jun-zi decoction in slowing down cataract process by network ***:In Traditional Chinese Medicines for Systems Pharmacology Database and Analysis Platform Database,screening the chemical components and functional targets of the classic ancient prescription Si-Jun-zi decoction,and the targets of cataract disease were obtainded through GeneCards and the Online Mendelian Inheritance in Man *** the STRING database,the protein-protein interaction network was *** network visualization were created in *** genetic ontology and Kyoto Gene and Genome Encyclopedia pathways of key proteins were enriched via the david data ***:Ninety-six active components and 33 key targets were obtained in this *** protein-protein interaction network consisted of 33 *** were 33 genetic ontology entries and 72 Kyoto Gene and Genome Encyclopedia pathway enrichment ***:This work provided a new means to understand the pathogenesis of cataract and revealed the action mechanisms of the classic ancient prescription Si-Jun-zi decoction.

关键词： Network pharmacology Cataract Si-Jun-zi decoction Action target Genetic ontoloy

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死亡的故事

基于DNA甲基化鉴定口腔鳞状细胞癌预后生物标志物

2019年

作者： (美)大卫·伊格曼(david Eagleman)

来源：南通市图书馆图书评论

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医学信息 2022年第13期35卷 28-33页

作者：王婷婷温凌杜王子弘李孔亮古妍琪杨宏宇北京大学深圳医院口腔医学中心深圳市宝安妇幼保健院口腔科南方医科大学公卫学院

目的通过生物信息学方法鉴定口腔鳞状细胞癌（OSCC）差异甲基化区域（DMR）中的基因和其生物学特性，并进一步探讨DMRs中的关键基因在预后中的潜在临床应用价值。方法 DNA甲基化分析数据集GSE87053下载自GEO数据库。应用R软件对GSE8705... 详细信息

目的通过生物信息学方法鉴定口腔鳞状细胞癌（OSCC）差异甲基化区域（DMR）中的基因和其生物学特性，并进一步探讨DMRs中的关键基因在预后中的潜在临床应用价值。方法 DNA甲基化分析数据集GSE87053下载自GEO数据库。应用R软件对GSE87053行数据归一化和质控后筛选出差异甲基化位点（DMP），并将其聚类以得出DMRs。应用wANNOVAR工具对DMRs行基因注释。通过david数据库行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，以明确基因的生物学特性。通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，同时应用Cytoscape软件的MCODE模块鉴定出PPI中的关键基因。最后，通过GEPIA数据库对关键基因行Kaplan-Meier分析，明确关键基因与OSCC患者总生存期（OS）的相关性。结果 DNA甲基化分析数据集GSE87053中包含10例正常样本和11例OSCC样本，共筛选出93 650个DMPs(qvalue<0.05)，并聚类得出168个DMRs(fwer<0.05)。DMRs中注释得出的194个异常甲基化基因于GO分析中在转录和转录因子活性等条目显着富集（pvalue<0.05），于KEGG通路分析中在癌症通路和Notch信号通路等条目显着富集（pvalue<0.05）;PPI网络与Cytoscape软件的MCODE模块分析鉴定出CTBP1、RUNX1、NCOR2、CTBP2和HDAC4可作为基于DMRs分析中的OSCC关键基因。进一步Kaplan-Meier分析显示，CTBP1和HDAC4与OSCC患者的OS相关（P<0.05）。结论基于DMRs分析的OSCC关键基因CTBP1和HDAC4可作为潜在的预后生物标志物或临床靶标，但仍需进一步研究来验证和阐明这些基因在OSCC中的生物学功能。

关键词：口腔鳞状细胞癌 DNA甲基化基因生物信息学