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基于GEO数据库和网络药理学探讨鸡血藤-络石藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

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颈腰痛杂志 2023年第6期44卷 899-903页

作者：许鑫杰李志岭张曼怡王弋戈张剑勇广州中医药大学第四临床医学院广东深圳518033 深圳市中医院广东深圳518033

目的联合GEO数据库和网络药理学探讨鸡血藤-络石藤治疗强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的作用机制。方法采用TCMSP筛选出鸡血藤-络石藤的中药有效成分。检索DrugBank、GeneCards及DisGeNET数据库中关于AS的疾病靶点。从Gene Ex... 详细信息

目的联合GEO数据库和网络药理学探讨鸡血藤-络石藤治疗强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的作用机制。方法采用TCMSP筛选出鸡血藤-络石藤的中药有效成分。检索DrugBank、GeneCards及DisGeNET数据库中关于AS的疾病靶点。从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库筛选得到GSE25101的芯片数据集,并借助R软件4.2.2进行差异基因分析后,汇总至AS疾病基因靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-有效成分-靶点”网络图,并通过String平台构建蛋白质相互作用网络,筛选得到核心靶点。利用david数据库对交集基因进行富集分析。运用AutoDock Vina软件进行分子对接。结果本研究共筛选得到鸡血藤-络石藤治疗AS的靶点50个,有效成分31个,涉及IL17、TNF、炎症性肠病等多条信号通路。分子对接结果显示,木犀草素、刺芒柄花素等主要成分与CAT、MMP9、TNF、IL6等核心靶点有较好的结合潜力。结论鸡血藤-络石藤可能通过调控炎症反应等基因进而发挥治疗AS的作用。

关键词：鸡血藤络石藤强直性脊柱炎

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基于网络药理学及体外实验探究黄连阿胶汤治疗抑郁症的机制

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中国医院用药评价与分析 2023年第2期23卷 139-146页

作者：程硕谭琰丁成成陈伟航彭甜甜张亚丽王雅蕾张华伟李海燕张佳妮刘肇恒王旭华茜北京中医药大学中医学院北京100029 北京中医药大学生命科学学院北京100029 北京中医药大学针灸推拿学院北京100029

目的:探讨黄连阿胶汤治疗抑郁症的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台等对黄连阿胶汤的有效成分及靶点进行筛选,使用Cytoscape软件建立成分-疾病靶点图,基于STRING平台建立交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,基于DAVI... 详细信息

目的:探讨黄连阿胶汤治疗抑郁症的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台等对黄连阿胶汤的有效成分及靶点进行筛选,使用Cytoscape软件建立成分-疾病靶点图,基于STRING平台建立交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,基于david平台进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,基于AutoDock软件进行分子对接。体外实验,取皮质酮造模的PC12细胞,给予槲皮素、黄芩素,检测细胞活性以及相关靶蛋白的表达情况。结果:从黄连阿胶汤中共筛选出抗抑郁的活性成分73种,涉及577个靶点,其中283个靶点与抑郁症相关。槲皮素、黄芩素和β-谷甾醇等活性成分可能会发挥重要作用。PPI结果显示,信号转导及转录激活因子3、血管内皮生长因子A、白细胞介素(IL)1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)和蛋白激酶B1是黄连阿胶汤治疗抑郁症的核心靶点。分子对接结果显示,靶点与有效成分之间有着良好的结合能力。GO和KEGG富集分析结果显示,283个靶点涉及缺氧反应、突触后膜和质膜,以及缺氧诱导因子(HIF)1、TNF和环磷酸腺苷(cAMP)等信号通路。体外实验结果表明,槲皮素、黄芩素可以有效改善皮质酮对PC12细胞的凋亡率,降低炎症因子的表达等。结论:经过网络药理学的预测及体外实验的验证,黄连阿胶汤可通过HIF-1、TNF和cAMP等信号通路调节炎症因子、细胞因子及氧化应激反应等治疗抑郁症。

关键词：黄连阿胶汤网络药理学抑郁症体外实验

基于网络药理学预测肝爽颗粒治疗肝癌的作用机制

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特产研究 2023年第4期45卷 47-56,68页

作者：孙鹏王汉张炜崧桑子淇刘玉茹叶桐刘铁军长春中医药大学中医学院吉林长春130117 中国中医科学院博士后科研流动站北京100700 长春中医药大学附属医院吉林长春130021

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选... 详细信息

利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过david数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝炎和肝细胞癌等;与炎症与免疫相关的NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路和AMPK信号通路等;与细胞增殖和凋亡相关的VEGF信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路和细胞凋亡等;以及与氧化应激和脂质过氧化相关的MAPK信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路和脂肪细胞因子信号通路等发挥治疗肝癌的作用。肝爽颗粒可能通过肝脏相关、炎症与免疫、细胞增殖与凋亡以及氧化应激和脂质过氧化等多种机制共同作用,起到对肝癌的综合治疗效果。本研究初步探讨了肝爽颗粒抗肝癌的潜在有效活性成分和作用机制,为肝爽颗粒的进一步研究提供理论依据。

关键词：肝癌肝爽颗粒网络药理学慢性乙型肝炎抗纤维化

基于网络药理学方法探究中药肉桂治疗糖尿病的作用机制

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山东科学 2020年第6期33卷 44-54页

作者：王珺苏本正蒋海强孙雨杨钰涵崔宁于宗渊山东中医药大学药学院山东济南250355 山东省中医药研究院山东济南250014

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)... 详细信息

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)以及文献检索,确定肉桂的有效成分并筛选出肉桂对应靶点蛋白;利用GeneCards数据库筛选糖尿病相关基因,构建中药肉桂的成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;利用david(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)和STRING数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;最后,将部分药效成分与关键靶点进行分子对接验证。通过筛选,得到32个有效成分作用于131个相关靶点,核心基因有INS、AKT1、IL6、TNF、VEGFA等20个,GO和KEGG分析肉桂主要参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控等生物过程及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等发挥治疗作用。对10个关键成分进行分子对接得出,肉桂中的原花青素B1和槲皮素与INS、IL6、VEGFA、TNF有较好的亲和力。本研究初步阐释了肉桂治疗糖尿病的作用机制,有利于指导临床用药。

关键词：肉桂糖尿病网络药理学分子对接技术

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

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山东科学 2023年第2期36卷 23-32页

作者：刘文文高云云尹志鹏吕刚王玉赵英会山东第一医科大学基础医学院山东泰安271000

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相... 详细信息

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用david数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用靶点和相关信号通路,能够为临床应用和后续实验研究提供理论基础。

关键词：黄连温胆汤幽门螺杆菌相关性胃炎网络药理学分子对接

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扶正消瘤片对胃癌术后化疗患者免疫功能、营养状况及生活质量的影响

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现代中西医结合杂志 2023年第16期32卷 2216-2220,2227页

作者：陈希琦解广东荣宝海朱勇王猛周永坤丁建山东中医药大学附属医院山东济南250014

目的观察扶正消瘤片对胃癌术后气虚血瘀患者化疗期免疫功能、营养状况及生活质量的影响。方法收集2019年10月-2021年10月在山东中医药大学附属医院行胃癌手术并规律化疗的胃癌术后气虚血瘀证患者60例,按照最小随机化分组方法分为对照组... 详细信息

目的观察扶正消瘤片对胃癌术后气虚血瘀患者化疗期免疫功能、营养状况及生活质量的影响。方法收集2019年10月-2021年10月在山东中医药大学附属医院行胃癌手术并规律化疗的胃癌术后气虚血瘀证患者60例,按照最小随机化分组方法分为对照组与治疗组各30例,对照组给予OLF方案化疗,治疗组给予OLF方案化疗联合扶正消瘤片口服,21 d为1个疗程,连续治疗6个疗程。比较2组化疗前后T细胞亚群、Th17、Treg、NK细胞比率及免疫球蛋白IgA、IgG、IgM水平和营养状况、生活质量,统计2组体力状况改善情况及化疗不良反应发生情况。结果治疗后2组CD3^(+)、CD4^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)均较治疗前显著升高(P均0.05)。治疗后2组患者外周血IgA、IgG、IgM水平均有不同程度的下降(P均<0.05),但治疗后治疗组IgA、IgG、IgM水平均明显高于对照组(P均<0.05)。治疗后治疗组营养状况、体力、生活质量改善情况均明显优于对照组(P均<0.05);治疗组恶心呕吐、骨髓抑制发生例数明显少于对照组(P均<0.05)。结论扶正消瘤片联合化疗能够改善胃癌术后气虚血瘀证患者免疫功能,调节免疫失衡,降低营养不良风险,减少毒副反应,改善患者生活质量。

关键词：胃癌化疗扶正消瘤免疫功能营养状况不良反应生活质量

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UCA1在AML患者骨髓组织单个核细胞中的表达及对AML细胞增殖凋亡调节作用观察

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山东医药 2023年第6期63卷 1-5页

作者：李佳佳伍燕平白雪王蒙李忠玉张平平蚌埠医学院第一附属医院血液科安徽蚌埠233003

目的观察长链非编码RNA(long non-coding RNAs,LncRNA)尿路上皮癌胚抗原(urothelial carcinoma associated gene 1,UCA1)在急性髓系白血病(AML)患者骨髓组织单个核细胞中的表达情况及对人AML不同亚型细胞株U937、HL60增殖凋亡的调节作用... 详细信息

目的观察长链非编码RNA(long non-coding RNAs,LncRNA)尿路上皮癌胚抗原(urothelial carcinoma associated gene 1,UCA1)在急性髓系白血病(AML)患者骨髓组织单个核细胞中的表达情况及对人AML不同亚型细胞株U937、HL60增殖凋亡的调节作用,并探讨其可能作用机制。方法(1)30例AML患者、30例缺铁性贫血患者的骨髓标本,采用RT-PCR检测骨髓组织单个核细胞UCA1。(2)将U937及HL60细胞各分为1、2、3组。1、2组分别用UCA1-siRNA(可抑制UCA1表达)和空载siRNA转染,3组为空白对照(不作任何处理)。分别于转染24、48、72 h取各组细胞,MTT法测算细胞增殖活力。转染48 h时采用流式细胞术观察各组细胞凋亡情况。转染48 h时采用WESTERN Blotting法检测各组细胞Wnt、β-连环蛋白(β-catenin)、p-gsk-3?蛋白。结果AML及缺铁性贫血患者骨髓组织单个核细胞UCA1相对表达量分别为4.96±1.51、1.09±0.93,二者比较,P<0.05。与2、3组比较,转染24、48、72 h时U937及HL-601组细胞增殖活力低(P均<0.05)。U937细胞1、2、3组细胞凋亡率分别为34.20%±1.21%、7.21%±1.41%、6.84%±1.53%,HL-60细胞1、2、3组细胞凋亡率分别为34.21%±1.83%、7.20%±1.56%、7.85%±1.93%,与2、3组比较,U937及HL-60细胞1组细胞凋亡率高(P均<0.05)。与2、3组比较,U937及HL-601组细胞Wnt、β-catenin相对表达量降低,p-gsk-3?蛋白相对表达量升高(P均<0.05)。结论与缺铁性贫血患者比较,AML患者骨髓组织单个核细胞UCA1表达升高。抑制UCA1表达可抑制U937及HL-60细胞的增殖,促进细胞凋亡,其机制可能与UCA1抑制细胞Wnt/β-catenin信号通路有关。

关键词：长链非编码RNA 长链非编码RNA UCA1 白血病急性髓系白血病细胞增殖细胞凋亡 Wnt/β-catenin信号通路

皮内针结合肌内效贴扎治疗脑卒中后肩手综合征的效果

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中国医药科学 2022年第11期12卷 102-105页

作者：陈可爱黄炼红徐维陈剑豪苏清平王静刘婉君福建省立医院福建医科大学省立临床医学院福建福州350001

目的观察皮内针结合肌内效贴扎治疗脑卒中后肩手综合征的疗效。方法将2018年12月至2020年10月于福建省立医院康复科就诊的60例脑卒中后肩手综合征第Ⅰ期患者通过随机数字表法分为皮内针肌内效组(A组)和常规治疗组(B组),每组各30例。评... 详细信息

目的观察皮内针结合肌内效贴扎治疗脑卒中后肩手综合征的疗效。方法将2018年12月至2020年10月于福建省立医院康复科就诊的60例脑卒中后肩手综合征第Ⅰ期患者通过随机数字表法分为皮内针肌内效组(A组)和常规治疗组(B组),每组各30例。评估治疗前后的肩手综合征量表评分(SHSS)、Wong-Banker疼痛面部表情评分(NRS)、上肢Fugl-Meyer运动评分(FMA)、手肿胀程度及肱二头肌长头肌腱(BICT)、肩峰下三角肌下滑囊(SASD)肌骨超声检查。结果两组治疗前SHSS、NRS、FMA、手肿胀程度、BICT腱鞘炎、SASD炎比较,差异无统计学意义(P>0.05);两组治疗后较治疗前SHSS、NRS、FMA、手肿胀程度显著改善,差异有统计学意义(P0.05)。与B组比较,A组治疗后SHSS、NRS、FMA、手肿胀程度、BICT腱鞘炎、SASD炎显著改善,差异有统计学意义(P<0.05)。结论皮内针结合肌内效贴扎能有效改善脑卒中后肩手综合征患者的肩痛、手肿胀、BICT腱鞘炎、SASD炎及上肢运动功能。

关键词：皮内针肌内效肩手综合征肩痛手肿胀

基于网络药理学和分子对接法揭示透解祛瘟颗粒防治新冠肺炎的活性成分及作用机制

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药学研究 2020年第12期39卷 705-713页

作者：饶鸿宇谌攀吴灏王永刚李沛波苏薇薇中山大学广东省中药上市后质量与药效再评价工程技术研究中心/中山大学生命科学学院广东广州510275

目的探索透解祛瘟颗粒治疗新冠肺炎的活性成分及作用机制,为透解祛瘟颗粒在新冠肺炎防治中的应用提供科学依据。方法通过查阅参考文献和TCMSP数据库检索筛选透解祛瘟颗粒的化学成分,采用TCMSP和CTD数据库检索透解祛瘟颗粒化学成分的靶... 详细信息

目的探索透解祛瘟颗粒治疗新冠肺炎的活性成分及作用机制,为透解祛瘟颗粒在新冠肺炎防治中的应用提供科学依据。方法通过查阅参考文献和TCMSP数据库检索筛选透解祛瘟颗粒的化学成分,采用TCMSP和CTD数据库检索透解祛瘟颗粒化学成分的靶蛋白或靶标基因,使用String数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析得到核心靶点和核心化合物,通过Cytoscape软件构建可视化药材-活性成分-核心靶点网络,并进行拓扑分析和对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,再将核心化合物与血管紧张素转化酶2(ACE2)、3CL水解酶(MPro)和木瓜样蛋白酶(PLP)进行分子对接,探讨其在抑制新冠病毒(SARS-CoV-2)感染和复制方面的活性;预测透解祛瘟颗粒防治新冠肺炎的作用机制。结果网络拓扑分析筛选得到132个核心靶点和109个核心化合物,关键靶点涉及环氧化酶(PTGS2)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、TP53、AKT1、MAPK3、血管内皮生长因子A(VEGFA)、MAPK1、信号传导与转录激活因子3(STAT3)、JUN、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、INS、ALB和AR等。通路富集得到甲型流感、小细胞肺癌、肿瘤坏死因子、Toll样受体、PI3K-Akt和HIF-1等关键信号通路。分子对接结果表明,透解祛瘟颗粒中化学成分中与血管紧张素转化酶2、3CL水解酶和木瓜样蛋白酶对接结果结合能超过平均值的化合物分别为58、64和56个。结论透解祛瘟颗粒中的活性成分能通过作用于血管紧张素转化酶2、3CL水解酶和木瓜样蛋白酶发挥抑制病毒感染宿主细胞及自我复制的进程,也能通过多靶点多通路抑制细胞因子风暴,减少肺纤维化的形成,改善低氧血症,有效的防治新冠肺炎。

关键词：透解祛瘟颗粒新型冠状病毒肺炎网络药理学分子对接