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The Functional Characterization of Bat and Human P[3] Rotavirus VP8*s

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Virologica Sinica 2021年第5期36卷 1187-1196页

作者： dandi li Mengxuan Wang Tongyao Mao Mingwen Wang Qing Zhang Hong Wang lili Pang Xiaoman Sun Zhaojun Duan National Health Commission Key Laboratory for Medical Virology and Viral Diseases Beijing 102206China National Institute for Viral Disease Control and Prevention China CDCBeijing 102206China

P[3]rotavirus(RV)has been identified in many species,including human,simian,dog,and bat.Several glycans,including sialic acid,histo-blood group antigens(HBGAs)are reported as RV attachment factors.The glycan binding specificity of different P[3]RV VP8*s were investigated in this study.Human HCR3 A and dog P[3]RV VP8*s recognized glycans with terminal sialic acid and hemagglutinated the red blood cells,while bat P[3]VP8*showed neither binding to glycans nor hemagglutination.However,the bat P[3]VP8*mutant of C189 Y obtained the ability to hemagglutinate the red blood cells,while human P[3]HCR3 A/M2-102 mutants of Y189 C lost the ability.Sequence alignment and structural analysis indicated that residue 189 played an important role in the ligand recognition and may contribute to the cross-species transmission.Structural superimposition exhibited that bat P[3]VP8*model was quite different from the simian P[3]Rhesus rotavirus(RRV)P[3]VP8*,indicating that bat P[3]RV was relatively distinct and partially contributed to the no binding to tested glycans.These results promote our understanding of P[3]VP8*/glycans interactions and the potential transmission of bat/human P[3]RVs,offering more insight into the RV infection and prevalence.

关键词： Bat rotavirus PVP8* Glycan binding specificity Hemagglutination Sialic acid

对两株NSP3区插入外源基因的重组轮状病毒遗传稳定性的研究

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第1期38卷 1-6页

作者：李杉刘夏飞余俊杰李丹地段招军甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000 河南中医药大学第一临床医学院郑州450046 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

目的分析2株插入和表达外源基因的重组轮状病毒rLLR/NSP3-NLuc和rLLR/NSP3-CoV2/RBD在MA104细胞上连续传代增殖的遗传稳定性。方法将2株重组轮状病毒滴度测定后, 按照MOI0.01传至P2代, 随后按1∶100稀释并活化上一代病毒裂解液, 连续18... 详细信息

目的分析2株插入和表达外源基因的重组轮状病毒rLLR/NSP3-NLuc和rLLR/NSP3-CoV2/RBD在MA104细胞上连续传代增殖的遗传稳定性。方法将2株重组轮状病毒滴度测定后, 按照MOI0.01传至P2代, 随后按1∶100稀释并活化上一代病毒裂解液, 连续18代(P20)感染MA104细胞, 用间接免疫荧光法测定P1, P5, P10, P15, P20代细胞裂解液病毒滴度, 进行RT-PCR鉴定以及dsRNA-PAGE银染实验, 并检测rLLR/NSP3-NLuc的荧光素酶活性。结果重组轮状病毒rLLR/NSP3-NLuc在20代内均未发现插入片段丢失, 重组病毒滴度为3.85~5.16×10^(6) FFU/ml, 各代次均有较强的荧光素酶信号。重组轮状病毒rLLR/NSP3-CoV2/RBD在第6代出现了插入片段的丢失, 该重组病毒前5代的感染性滴度为:2.6~3.36×10^(6) FFU/ml。结论 NSP3基因末端插入582 bp NLuc的重组轮状病毒具有很好的遗传稳定性, 而NSP3基因末端插入885 bp RBD的重组轮状病毒仅在前5代稳定, 提示重组轮状病毒NSP3基因末端可以插入和表达外源基因, 但其稳定性需要更深入研究。

关键词：重组轮状病毒 MA104细胞遗传稳定性

Development of an innovative one-step nested PCR strategy for virus detection using the LNA technique

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Science China(life Sciences) 2019年第3期62卷 428-430页

作者： Ji Wang li Zhao Zhihua Sun Guixia li Peihua Niu dandi li lianjun Wang Yi Zhang Zhishan Feng Xuejun Ma National Institute for Viral Disease Control and Prevention Chinese Center for Disease Control and Prevention Hebei Medical University Beijing Chaoyang Maternal & Child Health Hospital Children's Hospital of Hebei Province Dongcheng Center for Disease Control and Prevention Beijing

Dear Editor,Polymerase chain reaction(PCR)is a molecular diagnostic technique that has been widely used for diagnosing viral diseases.Nested PCR(N-PCR)is a variation on the standard PCR technique that involves two amplification steps,yielding greater sensitivity and specificity.But there are two main disadvantages:the protocol is more complex than conventional PCR,and the risk of cross-contamination is relatively high.One-step nested PCR(OSN-PCR)enables conventional N-PCR to be performed as a closed reaction in a single tube that contains both outer and inner primers.This strategy makes OSN-PCR more rapid than N-PCR,lowers the probability of cross-contamination,and requires a smaller amount of reagents.

关键词： Dear Editor PCR strategy LNA technique

融合表达新冠病毒S1与N蛋白的非复制型重组腺病毒的构建与鉴定

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病毒学报 2024年第2期40卷 225-232页

作者：毛彤瑶张鹏姜苏芮李丹地段招军传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000

体外构建融合表达新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S1抗原与N抗原的复制缺陷型重组腺病毒疫苗,为深入开展该疫苗免疫原性的研究提供基础。利用Overlap PCR和同源重组方法构建插入SARS-CoV-2的S1-N基因的重组腺病毒质粒pKAd5-S1-N,通过琼脂糖凝... 详细信息

体外构建融合表达新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S1抗原与N抗原的复制缺陷型重组腺病毒疫苗,为深入开展该疫苗免疫原性的研究提供基础。利用Overlap PCR和同源重组方法构建插入SARS-CoV-2的S1-N基因的重组腺病毒质粒pKAd5-S1-N,通过琼脂糖凝胶电泳、多酶切、测序等方法鉴定重组质粒正确性;重组质粒转染HEK293A细胞获得病毒毒种AdV5-S1-N并扩增,氯化铯密度梯度离心法纯化病毒,有限稀释分析法测病毒滴度,Western blot方法验证AdV5-S1-N重组腺病毒S1-N融合蛋白表达情况;将AdV5-S1-N疫苗通过肌肉注射途径免疫BALB/c小鼠,第14d采集颌下静脉血,EliSA法检测血清针对S1和N蛋白抗原的特异性抗体滴度。成功获得滴度为9.45×10^(11)IU/mL的重组腺病毒AdV5-S1-N。Western blot结果发现:AdV5-S1-N感染细胞后,融合蛋白可正常表达,与抗S1蛋白及抗N蛋白抗体均有特异结合。EliSA结果显示免疫重组腺病毒的小鼠可产生针对S1和N蛋白的特异性IgG抗体。应用复制缺陷型腺病毒载体成功获得融合表达SARS-CoV-2 Omicron突变株S1-N蛋白的高滴度重组腺病毒,该重组病毒能在小鼠诱导针对S1和N蛋白的特异性免疫应答,为后续深入研究和评价该候选疫苗奠定了基础。

关键词：新型冠状病毒腺病毒载体疫苗体液免疫融合表达

Structural Basis of Glycan Recognition in Globally Predominant Human P[8]Rotavirus

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Virologica Sinica 2020年第2期35卷 156-170页

作者： Xiaoman Sun Lei Dang dandi li Jianxun Qi Mengxuan Wang Wengang Chai Qing Zhang Hong Wang Ruixia Bai Ming Tan Zhaojun Duan National Health Commission Key Laboratory for Medical Virology and Viral Diseases Beijing 102206China National Institute for Viral Disease Control and Prevention China CDC.Beijing 102206China Inner Mongolia Medical University Huhehaote 010059China Institute of Microbiology Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China Glycosciences Laboratory Department of MedicineImperial College LondonLondonUK Division of Infectious Diseases University of Cincinnati College of MedicineCincinnatiOHUSA

Rotavirus(RV)causes acute gastroenteritis in infants and children worldwide.Recent studies showed that glycans such as histo-blood group antigens(HBGAs)function as cell attachment factors affecting RV host susceptibility and prevalence.P[8]is the predominant RV genotype in humans,but the structural basis of how P[8]RVs interact with glycan ligands remains elusive.In this study,we characterized the interactions between P[8]VP8~*s and glycans which showed that VP8~*,the RV glycan binding domain,recognized both mucin core 2 and H type 1 antigens according to the EliSA-based oligosaccharide binding assays.Importantly,we determined the structural basis of P[8]RV-glycans interaction from the crystal structures of a Rotateq P[8]VP8~*in complex with core 2 and H type 1 glycans at 1.82.3?,respectively,revealing a common binding pocket and similar binding mode.Structural and sequence analysis demonstrated that the glycan binding site is conserved among RVs in the P[Ⅱ]genogroup,while genotype-specific amino acid variations determined different glycan binding preference.Our data elucidated the detailed structural basis of the interactions between human P[8]RVs and different host glycan factors,shedding light on RV infection,epidemiology,and development of anti-viral agents.

关键词： Rotavirus(RV)·P Glycan binding specificity VPS*structure Mucin core 2 Lacto-N-fucopentaose 1(LNFPl)

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网络动态海报《随传随到》的多模态话语分析

上海理工大学学报（社会科学版） 2024年第3期46卷 211-217页

作者：李丹弟陈佳悦浙江工商大学外国语学院浙江杭州310018

作为数字传播时代的新兴产物,动态海报具有画面表现力强、传递信息量大、受众参与度高等特征,已广泛应用于网络广告领域。研究基于多模态话语分析综合理论框架,辅之以视觉语法理论,解析网络动态海报《随传随到》运用多模态符号资源实现... 详细信息

作为数字传播时代的新兴产物,动态海报具有画面表现力强、传递信息量大、受众参与度高等特征,已广泛应用于网络广告领域。研究基于多模态话语分析综合理论框架,辅之以视觉语法理论,解析网络动态海报《随传随到》运用多模态符号资源实现的积极广告传播效果。研究发现:文化层面,意识形态是理解动态海报和实现广告传播效果的必要前提;语境层面,语境因素是动态海报产生特征和积极广告传播效果的动因;内容层面,广告传播效果取决于多模态资源在意义构建中的运用;表达层面,GIF格式文件为动态海报达到积极广告传播效果提供了技术支持。研究结合广告学知识探索了多模态话语分析在网络动态海报中的应用,旨在为动态海报的广告传播效果提供语言学解释。

关键词：网络动态海报《随传随到》多模态话语分析广告传播效果

中国罕见A组轮状病毒DS-1样G3P[8]的全基因组分子特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第1期38卷 29-36页

作者：熊光萍魏宇航彭蕊范佳欣唐晓苹黄枝妙董梦洁车如意李丹地甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 北京市通州区卫生健康监督所北京101100 福建省疾病预防控制中心福州350012

目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR... 详细信息

目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.***.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。

关键词： A组轮状病毒全基因组 DS-1-like G3P 分子特征

我国罕见G9P[8]-A2基因型重配株轮状病毒全基因组分子特征分析

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疾病监测 2024年第5期39卷 586-591页

作者：熊光萍彭蕊王萌璇魏宇航范佳欣唐晓苹王宏章青庞立丽孔翔羽李希希李丹地传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室国家卫生健康委医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 甘肃中医药大学公共卫生学院甘肃兰州730000

目的了解我国1株G9P[8]基因型A组轮状病毒(RVA)JL18221140的全基因组分子特征。方法对我国吉林省1例G9P[8]基因型RVA(JL18221140)原始粪便标本采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)一步法扩增11个基因节段,并通过DNAStar,MEGA 11.0等生物... 详细信息

目的了解我国1株G9P[8]基因型A组轮状病毒(RVA)JL18221140的全基因组分子特征。方法对我国吉林省1例G9P[8]基因型RVA(JL18221140)原始粪便标本采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)一步法扩增11个基因节段,并通过DNAStar,MEGA 11.0等生物信息分析软件进行同源性及进化分析。结果JL18221140的全基因组11个节段的基因型为G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A2-N1-T1-E1-H1,NSP1基因型呈现DS-1样特征。系统发育分析显示VP7和VP4分别聚集在谱系G9-VI和P[8]-Ⅲ中。结论JL18221140为G9P[8]基因型中罕见的G9P[8]-A2重配株,该基因型可能是由中国流行的G9P[8]-A1和G2P[4]-A2毒株共感染过程中基因组间重配产生的。表明对RVA持续监测并对全基因组测序的重要性,有利于了解我国RVA毒株的遗传变异情况,为今后病毒的防控和疫苗的研发提供更有效的基础数据。

关键词： A组轮状病毒全基因组测序 G9P 变异重配

中国中南部G8P[8]型A组轮状病毒全基因组遗传特征研究

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病毒学报 2024年第1期40卷 27-37页

作者：熊光萍田毅范佳欣唐晓苹董梦洁车如意李伟红唐梅荣周珺刘颂王铭月李丹地段招军甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000 沧州医学高等专科学校病原生物学与免疫学教研室沧州061001 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 北京市疾病预防控制中心北京100013 广西壮族自治区疾病预防控制中心南宁530028 江西省疾病预防控制中心南昌330046 青岛市疾病预防控制中心青岛266033

G8基因型轮状病毒已在我国出现并迅速增加。本研究拟对采集于中国中南部5岁以下急性胃肠炎患儿的7例G8P[8]型RVA毒株进行全基因组分子特征分析。对轮状病毒特异性扩增结合高通量测序方法对中国中南部14株G8P[8]型RVA毒株进行全基因组测... 详细信息

G8基因型轮状病毒已在我国出现并迅速增加。本研究拟对采集于中国中南部5岁以下急性胃肠炎患儿的7例G8P[8]型RVA毒株进行全基因组分子特征分析。对轮状病毒特异性扩增结合高通量测序方法对中国中南部14株G8P[8]型RVA毒株进行全基因组测序。利用MEGA11.0、Geneious Prime、Geneious9.0.2和DNASTAR软件对RVA毒株进行全序列及遗传变异和进化分析。7株G8P[8]型RVA的基因分型为G8-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E1-H2,显示为DS-1样基因型。系统进化树结果显示,本研究中国中南部7株G8P[8]分为两大谱系G8-I(13株)和谱系G8-Ⅱ(1株),VP7的最大分支可信度(MCC)树表明,G8的平均进化率估计为1.4×10^(-3)替换/位点/年。G8P[8]基因型RVA在我国包括两个谱系,从该病毒在中国的出现到该病毒在中国的流行传播将经过1~2年,持续的全国RVA监测至关重要。

关键词：轮状病毒 G8P基因型分子特征平均进化率