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Detection of presumed genes encoding beta-lactamases by sequence based screening of metagenomes derived from Antarctic microbial mats

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Frontiers of Environmental Science & Engineering 2019年第3期13卷 173-184页

作者： Gaston Azziz Matias Gimenez Hector Romero Patricia M. Valdespino-Castillo Luisa I. Falcon Lucas A. M. Ruberto Walter P. Mac cormack Silvia Batista Molecular Microbiology Unit Clemente Estable Biological Research Insitute Montevideo 11600 Uruguay Microbiology Laboratory Faculty of Agronomy UdelaR Montevideo 12900 Uruguay Genome Organization and Evolution Laboratory Ecology and Evolution Department Faculty of Sciences UdelaR Montevideo 11400 Uruguay Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging BSISB Imaging Program Lawrence Berkeley National Laboratory Berkeley CA 94720 USA Bacteial Ecology Laboratory Ecology Institute National Autonomous University of Mexico CDMX 04510 Mexico UN AM Yucatan Technology and Science Park Merida 97302 Mexico Argentine Antarctic Institute Buenos Aires 1650 Argentina Biotechnology Unit Faculty of Pharmacy and Biochemistry Nanobiotec Institute UBA-CONICET Buenos Aires 1113 Argentina

Analysis of environmental samples for bacterial antibiotic resistance genes may have different objectives and analysis strategies. In some cases, the purpose was to study diversity and evolution of genes that could be grouped within a mechanism of antibiotic resistance. Different protocols have been designed for detection and confirmation that a functional gene was found. In this study, we present a sequence-based screening of candidate genes encoding beta-lactamases in 14 metagenomes of Antarctic microbial mats. The samples were obtained from different sites, representing diverse biogeographic regions of maritime and continental Antarctica. A protocol was designed based on generation of Hidden Markov Models from the four beta-lactamase classes by Ambler classification, using sequences from the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). The models were used as queries for metagenome analysis and recovered contigs were subsequently annotated using RAST. According to our analysis, 14 metagenomes analyzed contain A, B and C beta-lactamase genes. Class D genes, however, were identified in 11 metagenomes. The most abundant was class C (46.8%), followed by classes B (35.5%), A (14.2%) and D (3.5%). A considerable number of sequences formed clusters which included, in some cases, contigs from different metagenomes. These assemblies are clearly separated from reference clusters, previously identified using CARD beta-lactamase sequences. While bacterial antibiotic resistance is a major challenge of public health worldwide, our results suggest that environmental diversity of beta-lactamase genes is higher than that currently reported, although this should be complemented with gene function analysis.

关键词： Beta-lactamases Antibiotic resistance coding genes Metagenomes Antarctic microbial mats

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Paradoxical embolus straddling patent foramen ovale demonstrated by computed tomographic pulmonary angiography

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世界临床病例杂志 2013年第3期1卷 108-110页

作者： Laura cormack John T Murchison Department of Radiology Edinburgh Royal InfirmaryEdinburgh EH16 4SAUnited Kingdom

An elderly gentleman presented to the emergency department with a recent history of dyspnoea, collapse and transient neurological symptoms. He was noted to be hypoxic with a significantly elevated D Dimer. A computer tomography pulmonary angiogram demonstrated a large embolus with a further filling defects within the left and the right atria, abutting the interatrial septum. Suspicion of a paradoxical pulmonary embolus was raised and the patient subsequently underwent echocardiography which confirmed a patent foramen ovale(PFO). He was commenced on warfarin therapy. In patients with elevated right heart pressure, a PFO can be unmasked and give rise to cerebral emboli. Clinical suspicion should be raised in patients with pulmonary emboli or deep venous thrombosis if there is a concomitant history of focal neurological symptoms.

关键词： Pulmonary embolus Paradoxical embolus Computer tomography pulmonary angiogram Patent foramen ovale Stroke

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作为核废料载体锆石缺陷结构的能量学研究

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核技术 2001年第9期24卷 791-797页

作者：何涌 cormack A N 中国地质大学材料科学与化学工程学院武汉430074 New York State College of Ceramics at Alfred University

用原子模拟技术拟合锆石某些物理性质的实验值获得了锆石平衡结构模型的势能参数。在锆石平衡结构的基础上 ,结构中基本点缺陷及其形成能和结构无序态及其形成能得到了详细研究。锆石中Pu、U和Th与Zr的类质同象替代方式及其类质同象形... 详细信息

用原子模拟技术拟合锆石某些物理性质的实验值获得了锆石平衡结构模型的势能参数。在锆石平衡结构的基础上 ,结构中基本点缺陷及其形成能和结构无序态及其形成能得到了详细研究。锆石中Pu、U和Th与Zr的类质同象替代方式及其类质同象形成热的研究发现 ,组分为Pu75mol%—Zr2 5mol%处存在一不混溶间隔 ,这表明锆石中放射性核素的荷载量应小于5 0mol%

关键词：锆石核废料载体原子模拟技术缺陷结构核废料处理能量学

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PDQ histology /

PDQ histology /

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丛书名： PDQ series

2003年

作者： cormack David H.

来源：畅想之星图书光盘版（南... 评论

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用线积分表示函数及其在放射学中的一些应用

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CT理论与应用研究（中英文） 1990年第1期 41-48页

作者： A. M. cormack 吴一刚

本文将叙述一种方法,即根据在样本外做的测量来确定该样本内的可变γ-射线的吸收系数,并指出此方法应用于放射学其它问题的可能性。同时还叙述了该方法的一个试验性的实验,其结果表明这种方法效果很好。

关键词：线积分表示函数样本内射束函数集吸收系数 γ-射线计算统计误差累积完全集

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函数用它的线积分的表示及其在放射学中的应用

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CT理论与应用研究（中英文） 1989年第1期 50-56页

作者： A.M.cormack 岳军覃社庭

本文给出了在平面有限区域内,由给定的沿所有此区域内的直线上的线积分来确定一个实函数的方法。此方法可应用于放射学和放射医疗中的三个有意义的问题:(1)在二维情况下确定可变X—射线的吸收系数,(2)确定介质中正电子辐射源不均匀分布... 详细信息

本文给出了在平面有限区域内,由给定的沿所有此区域内的直线上的线积分来确定一个实函数的方法。此方法可应用于放射学和放射医疗中的三个有意义的问题:(1)在二维情况下确定可变X—射线的吸收系数,(2)确定介质中正电子辐射源不均匀分布时正电子湮灭的分布情况,(3)用介质中带电粒子的能量耗损来确定化学成分不变情况下的物质的变化密度。

关键词：线积分实函数带电粒子经典问题微分运算不均匀分布化学成分奇异点吸收系数指数衰减

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八十年代铸造技术(六)——清砂的最新发展和趋向

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综合智慧能源 1981年第3期 31-31,21页

作者： W.Mc cormack 赵东元

作者指出,当工作条件改进后,清理铸件的费用也将随之增加。所以,使铸件达到销售要求所需的对铸件的清理工作量就应该减少。首先就是采用与造型、熔化和浇注操作良好的控制联系在一起的合适的设计和配套的木模与芯合。才能生产出质量最... 详细信息

作者指出,当工作条件改进后,清理铸件的费用也将随之增加。所以,使铸件达到销售要求所需的对铸件的清理工作量就应该减少。首先就是采用与造型、熔化和浇注操作良好的控制联系在一起的合适的设计和配套的木模与芯合。才能生产出质量最好的铸件。通过同用户的合作,以减少火焰切割的清理工作量,以期可以用随后的机械加工完成。这种加工可以在铸造厂中进行,来得到一种高

关键词：清砂砂轮磨损铸件八十年代

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早期二维重建及近来由此而生的一些课题

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世界科学 1980年第10期 42-46页

作者： Allan M.cormack 王纯秦家楠

1979年的诺贝尔医学生理奖,由子发展了计算机辅助 X 光层析法的功绩,授予 *** 和 Godfrey *** 二人。cormack 在1963年与64年,发展了计算机辅助 X光层析法的理论基础。Hounsfield 在70年左右把计算机辅助 X 光层析法实际用于医学,使 X ... 详细信息

1979年的诺贝尔医学生理奖,由子发展了计算机辅助 X 光层析法的功绩,授予 *** 和 Godfrey *** 二人。cormack 在1963年与64年,发展了计算机辅助 X光层析法的理论基础。Hounsfield 在70年左右把计算机辅助 X 光层析法实际用于医学,使 X 光诊断有了飞跃的进展。这里先发表 cormack 的得奖讲演。

关键词：线积分数学家方程式方程封闭解球体立体几何课题噪声层析法质子核子扫描器定理圆对称偏微分方程噪音语音计算机辅助机助

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Atomistic Simulation Study of Defect Structure of Zircon as a High-Level Nuclear Waste Host Form

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Journal of Earth Science 1999年第4期18卷 309-313页

作者： He Yong(Faculty of Material Sciences and Chemical Engineering, China University of Geosciences,Wuhan 430074, P. R. China)cormack A. N.(New York State College of Ceramics at Alfred University, Alfred, NY, 14802, USA) Faculty of Material Sciences and Chemical Engineering China University of GeosciencesWuhan 430074P.R. China New York State College of Ceramics at Alfred University AlfredNY14802USA

A set of potential parameters for modeling zircon was obtained by atomistic simulation techniques and a reasonable structural model of zircon was established by fitting some important properties of *** on the equilibrium configuration of zircon, authors calculated the formation energies of basic point defects and intrinsic disorders. The heats of solution of substituting Pu for Zr showed that there was an immiscible gap at the composition of (Pu75%-Zr25%, in mole fraction), which suggests that the amount of Pu substituting for Zr in zircon be≤50%.

关键词： zircon nuclear waste host atomistic simulation technique defect structure

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新的冷壳型造型机

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中国铸造装备与技术 1980年第4期 56-58页

作者： J.Fallows W.Mc cormack 范钦宾

一种新的用冷硬粘结剂材料制造薄型砂型的造型方法“Col shel法”,已研制成功。本文介绍了一台机器,利用这种方法,使用最少量的造型材料生产表面光洁度高的精密铸件。

关键词：冷芯盒粘结剂造型方法柔韧砂型砂模铸型机器铸件混砂机砂处理设备隔膜动作原理树脂

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