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An inferred functional impact map of genetic variants in rice

Molecular Plant 2021年第9期14卷 1584-1599页

作者： Hu Zhao Jiacheng Li Ling Yang Gang Qin chunjiao xia Xingbing Xu Yangmeng Su Yinmeng Liu Luchang Ming Ling-Ung Chen Lizhong Xiong Weibo Xie National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement Hubei Hongshan LaboratoryHuazhong Agricultural UniversityWuhanChina Hubei Key Laboratory of Agricultural Bioinformatics College of InformaticsHuazhong Agricultural UniversityWuhanChina State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-bioresources College of Life Science and TechnologyGuangxi UniversityNanningChina

Interpreting the functional impacts of genetic variants(GVs)is an important challenge for functional genomic studies in crops and next-generation *** studies in rice(Oryza sativa)have focused mainly on the identification of GVs,whereas systematic functional annotation of GVs has not yet been ***,we present a functional impact map of GVs in *** curated haplotype information for 17397026 GVs from sequencing data of 4726 rice *** quantitatively evaluated the effects of missense mutations in coding regions in each haplotype based on the conservation of amino acid residues and obtained the effects of 918848 non-redundant missense ***,we generated high-quality chromatin accessibility(CA)data from six representative rice tissues and used these data to train deep convolutional neural network models to predict the impacts of 5067405 GVs for CA in regulatory *** characterized the functional properties and tissue specificity of the GV effects and found that large-effect GVs in coding and regulatory regions may be subject to selection in different ***,we demonstrated how the functional impact map could be used to prioritize causal variants in mapping *** impact map will be a useful resource for accelerating gene cloning and functional studies in rice,and can be freely queried in RiceVarMap V2.0(http://***).

关键词： ricegenetic variantschromatin accessibilityfunctional impact mapdeep learning

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Bract suppression regulated by the miR156/529-SPLs-NL1-PLA1 module is required for the transition from vegetative to reproductive branching in rice

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Molecular Plant 2021年第7期14卷 1168-1184页

作者： Lei Wang Luchang Ming Keyan Liao chunjiao xia Shengyuan Sun Yu Chang Hongkai Wang Debao Fu Conghao Xu Zhengji Wang Xu Li Weibo Xie Yidan Ouyang Qinglu Zhang xianghua Li Qinghua Zhang Jinghua xiao Qifa Zhang National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement and National Center of Plant Gene Research(Wuhan) Hubei Hongshan LaboratoryHuazhong Agricultural UniversityWuhan 430070China

Reproductive transition of grasses is characterized by switching the pattern of lateral branches,featuring the suppression of outgrowth of the subtending leaves(bracts)and rapid formation of higher-order branches in the inflorescence(panicle).However,the molecular mechanisms underlying such changes remain largely ***,we show that bract suppression is required for the reproductive branching in *** identified a pathway involving the intrinsic time ruler microRNAI56/529,their targets SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN LIKE(SPL)genes,NECK LEAF1(NL1),and PLASTOCHRON1(PLA1),which regulates the bract outgrowth and thus affects the pattern switch between vegetative and reproductive *** of the bract results in global reprogramming of transcriptome and chromatin accessibility following the reproductive transition,while these processes are largely dysregu-lated in the mutants of these *** discoveries contribute to our understanding of the dynamic plant architecture and provide novel insights for improving crop yields.

关键词： grass plant architecture developmental timing lateral branch bract suppression

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植物基因组学中的流式细胞分析及分选技术

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植物学报 2024年第5期59卷 774-782页

作者：夏春皎李运广夏姝庞伟陈春丽华中农业大学生命科学技术学院武汉430070

流式细胞术是一种高通量技术,可以同时快速检测单个颗粒物的多项物理及生物学特征。随着测序成本的大幅降低,流式细胞术在植物基因组学高通量样品获取中的作用日益凸显。该文以水稻(Oryza sativa)和大豆(Glycine max)为例,详细介绍了应... 详细信息

流式细胞术是一种高通量技术,可以同时快速检测单个颗粒物的多项物理及生物学特征。随着测序成本的大幅降低,流式细胞术在植物基因组学高通量样品获取中的作用日益凸显。该文以水稻(Oryza sativa)和大豆(Glycine max)为例,详细介绍了应用流式细胞术对植物细胞核进行精细分选以及后续的ATAC-seq和RNA-seq实验分析流程,为农业生物育种中基因的高效挖掘提供了优选工具。同时针对实验操作中的关键技术和常见问题,如细胞核制备注意事项、分选纯度与效率的平衡及单细胞分选调试方法进行分析并提出建议,为植物科学工作者应用流式细胞术开展基因组学研究提供参考。

关键词：植物流式细胞术细胞核分选 ATAC-seq RNA-seq

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创建多层级安全教育模式,提升农业高校科研实验室安全管理效能

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科教文汇 2024年第18期 41-44页

作者：夏春皎熊薇刘莉黄远卓齐迎春华中农业大学生命科学技术学院湖北武汉430070

随着2023年2月《高等学校实验室安全规范》的发布实施,高校科研实验室安全教育面临新的挑战与机遇。该文提出了一种创新的多层次安全教育模式,该模式分三个层级:第一层级为“平台资源+充裕时间”,即入学前学生利用充裕的假期在学校实验... 详细信息

随着2023年2月《高等学校实验室安全规范》的发布实施,高校科研实验室安全教育面临新的挑战与机遇。该文提出了一种创新的多层次安全教育模式,该模式分三个层级:第一层级为“平台资源+充裕时间”,即入学前学生利用充裕的假期在学校实验室综合信息管理平台自学安全知识,并完成最基本的安全考核,从而在学生心中初步树立安全意识。第二层级为“研究生安全员+实战演练”,即选培优秀学生担任安全员和实施实战演练,强化了学生的应急处理能力,并保障了安全管理的连贯性和广泛性。第三层级为“导师直管+助理辅助”,即让每位研究生都能深入理解实验室的具体安全隐患,并将个性化的预防措施融入科研行为。通过这种层次分明、环环相扣的安全教育模式,保证研究生安全教育的系统性、全面性和彻底性,进而提升科研实验室的安全管理效能和科研产出的效率与质量。

关键词：实验室安全多层级安全教育模式安全意识管理效能

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采用氨基柱的HPLC分离水稻线粒体膜磷脂组分

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中南民族大学学报（自然科学版） 2006年第2期25卷 31-34页

作者：何凤琴刘学群夏春皎袁磊王春台中南民族大学生命科学学院生物技术国家民委重点实验室武汉430074

比较了L iChrosorb C18(250×4.6 mm,5μm)和C apce ll Pak-SG NH2(250×4.6 mm,5μm)氨基柱分析红莲型细胞质雄性不育水稻(HL-CM S)线粒体膜磷脂组成的方法.结果表明:用C apce ll Pak-SG NH2氨基柱,流动相用乙腈-甲醇-85%磷酸(体积比10... 详细信息

比较了L iChrosorb C18(250×4.6 mm,5μm)和C apce ll Pak-SG NH2(250×4.6 mm,5μm)氨基柱分析红莲型细胞质雄性不育水稻(HL-CM S)线粒体膜磷脂组成的方法.结果表明:用C apce ll Pak-SG NH2氨基柱,流动相用乙腈-甲醇-85%磷酸(体积比100∶10∶1),二极管阵列(DAD)检测器,检测波长205 nm,在15 m in内使膜磷脂的4种主要成分达到基线分离.在此色谱条件下,样品测试精密度较高,重现性好.用面积归一化法对HL-CM S水稻不育系粤泰A(YTA)和保持系粤泰B(YTB)的线粒体膜磷脂组成成分含量进行了定量分析,结果表明两者膜磷脂组分相似,但其含量配比存在差异.

关键词：高效液相色谱法氨基柱线粒体膜磷脂细胞质雄性不育水稻

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某医院病原微生物标本送检质量监测

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解放军预防医学杂志 2016年第6期34卷 858-860页

作者：何春娇陈霞李顺清湖北省中西医结合医院武汉430015

目的分析某医院临床病原微生物标本采集中存在的问题,为制定有效的干预措施,提高标本采集质量提供指导。方法由院感办、检验科和临床科室成员组成小组,对送检的1616份病原微生物标本质量进行监测,并对不合格送检标本的原因进行分析。结... 详细信息

目的分析某医院临床病原微生物标本采集中存在的问题,为制定有效的干预措施,提高标本采集质量提供指导。方法由院感办、检验科和临床科室成员组成小组,对送检的1616份病原微生物标本质量进行监测,并对不合格送检标本的原因进行分析。结果 2013年1-12月微生物标本不合格率为12.8%,2014年1-12月微生物标本不合格率为4.7%;微生物标本质量监测中发现患者的认知度差、依从性低,不配合有效的采样方法;部分标本被污染、采集量不足、送检不及时、暂存不当等是造成病原微生物标本送检不合格的主要原因。结论该医院病原微生物标本送检标本质量尚存在一定问题,其原因主要与患者的认知度差及采样流程不规范有关。

关键词：病原微生物标本不合格率对策患者依从性采集方法

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鼻咽癌放射治疗定位的CT／MRI图像配准辅助装置的研究

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中华放射医学与防护杂志 2016年第11期36卷 832-836页

作者：朱超华韦春姣夏邦传于志勇徐子海陈超敏解放军第303医院放疗科南宁530021 南方医科大学生物医学工程学院医疗仪器研究所广州510515

目的研制用于鼻咽癌放射治疗定位的CT/MRI图像配准辅助装置，并且通过组织勾画差异分析使用该装置后所得配准融合图像在临床中的应用意义。方法在普通的磁共振头颈线圈中设计特定形状的头枕，保持患者在扫描时与CT定位扫描时相同的体... 详细信息

目的研制用于鼻咽癌放射治疗定位的CT/MRI图像配准辅助装置，并且通过组织勾画差异分析使用该装置后所得配准融合图像在临床中的应用意义。方法在普通的磁共振头颈线圈中设计特定形状的头枕，保持患者在扫描时与CT定位扫描时相同的体位。采用配对t检验分析CT图像与融合图像中腮腺、下颌骨的勾画差异。结果患者的头颈部CT、MRI图像的配准精度较未使用该装置的图像具有明显的提高，使用该配准图像得到的融合图像、组织结构位置、细节显示准确清晰。左右腮腺体积在CT图像中较CT/MRI融合图像中偏小，左腮腺体积融合和CT图像中的体积分别为（17.78±6.89）cm3和（17.17±7.02）cm3（t=-2.715，P〈0.05）；右腮腺体积融合和CT图像中的体积分别为（19.23±8.91）cm3和（17.47±7.42）cm3（t=-2.552，P〈0.05）；下颌骨在CT图像中勾画体积较CT/MRI融合图像偏大，左下颌骨体积融合和CT图像中的体积分别为（33.7±5.59）cm3和（34.8±6.27）cm3（t=3.548，P〈0.05）；右下颌骨体积融合和CT图像中的体积分别为（34.46±6.08）cm3和（35.38±6.72）cm3（t=3.14，P〈0.05）。结论使用该辅助装置，可以得到头颈部配准融合准确的CT/ MRI的图像，此融合图像对临床医师的组织和病灶勾画具有积极的参考价值。

关键词：放射治疗鼻咽癌定位 CT/MRI 图像配准图像融合

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