检索结果-南通市图书馆

Journal of Forestry Research 2023年第3期34卷 717-733页

作者： Yanshu Qu Pengyan Zhou chunfa tong Changwei Bi Li’an Xu Key Laboratory of Forestry Genetics&Biotechnology of Ministry of Education Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern ChinaNanjing Forestry UniversityNanjing 210037People’s Republic of China College of Information Science and Technology Nanjing Forestry UniversityNanjing 210037People’s Republic of China

Genomics research of Populus deltoides,an important timber species that is widely planted worldwide,is an important part of poplar ***,the nuclear and chloroplast genome of *** have been sequenced,but its mitochondrial genome(mitogenome)has not been *** further explore the evolution and phylogeny of ***,the mitogenome of *** I-69 was assembled using reads from Nanopore and Illumina sequencing platforms and found to consist of 802,637 bp and three circular chromosomes(336,205,280,841,and 185,591 bp)containing 58 genes(34 protein-coding genes,21 tRNA genes,and 3 rRNA genes).RNA analysis in combination with several species showed signifi cantly fewer RNA editingsites in the mitogenomes of poplar and other angiosperms than in *** transfer analysis showed extensive mitogenome rearrangements in Populus species,and with evolution from lower to higher plants,tRNA transfer from chloroplasts to mitochondria became increasingly *** a phylogenetic analysis,the evolutionary status of *** was determined,and the section Populus was *** results based on the fi rst report of a multicircular conformation of the Populus mitogenome provide a basis for further study of the evolution and genetics of *** and other Populus species and for breeding programs.

关键词： Mitochondrial genome Multi-circular Populus deltoids Comparative genomics Phylogeny

Analysis of Codon Usage Between Different Poplar Species

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Journal of Genetics and Genomics 2007年第6期34卷 555-561页

作者：周猛童春发施季森南京林业大学国家林业局和江苏省林木遗传和基因工程重点实验室南京210037

Codon usage is the selective and nonrandom use of synonymous codons to encode amino acids in genes for proteins. The analysis of codon usage may improve the understanding of cocion preferences between different species and allow to rebuild the codons of exogenous genes to increase the expression efficiency of exogenous genes, Here, codon DNA sequence （CDS） of four poplar species, including Populus tremuloides Michx., P. tomentosa Carr., P. deltoides Marsh., and P. trichocarpa Torr. ＆ Gray., is used to analyze the relative frequency of synonymous codon （RFSC）. High-frequency codons are selected by high-frequency （HF） codon analysis. The results indicate that the codon usage is common for all four poplar species and the codon preference is quite similar among the four poplar species. However, CCT encoding for Pro, and ACT coding for Thr are the preferred codons in P. tremuloides and P. tomentosa, whereas CCA coding for Pro, and ACA coding for Thr are preferred in P. deltoides and P. trichocarpa The codons such as TGC coding for Cys, TTC coding for Phe, and AAG coding for Lys, are preferred in the poplar species except P trichocarpa. GAG coding for Glu is preferred only in P deltoides, while the other three poplar species prefer to use GAA. The commonness of preferred codon allows exogenous gene designed by the preferred cocion of one of the different poplar species to be used in other poplar species.

关键词： poplar codon usage high-frequency cocion codon preference

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

回归模型中变换参数的影响分析

南京林业大学学报（自然科学版） 2000年第2期24卷 47-50页

作者：童春发南京林业大学基础课部南京210037

把D .V .Hinkley和S .Wang的回归模型变换参数影响的诊断方法推广到多个数据的情形 ,评价多个数据对“双边变换模型”参数估计的影响。分别考虑双参数变换模型和单参数变换模型 ,利用构造变量回归技术和平均异常点模型得到了删除数据诊... 详细信息

把D .V .Hinkley和S .Wang的回归模型变换参数影响的诊断方法推广到多个数据的情形 ,评价多个数据对“双边变换模型”参数估计的影响。分别考虑双参数变换模型和单参数变换模型 ,利用构造变量回归技术和平均异常点模型得到了删除数据诊断量的近似值。并给出了一个算例。

关键词：数据变换回归诊断构造变量回归模型参数估计

林木多地点半同胞子代测定遗传分析R语言程序包及其应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南京林业大学学报（自然科学版） 2015年第5期39卷 45-51页

作者：王德源童春发南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数... 详细信息

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数据。该程序包首先采用固定效应模型计算亲本配合力及其他固定效应;然后再用随机效应模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力,并计算每一个参数估计的标准误和显著性检验统计量;最后,对于多个数量性状,给出了它们在家系效应、地点与家系互作效应及区组与家系互作效应水平上的遗传相关系数及其标准误。该程序包可在网站http://***/tong/halfsibms/***上自由下载使用。

关键词： R语言程序包HalfsibMS 半同胞子代测定配合力方差分量遗传力

一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南京林业大学学报（自然科学版） 2019年第2期43卷 93-99页

作者：吴吉妍姚丹吴海楠童春发南京林业大学林学院江苏南京210037

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了... 详细信息

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://***/findDEG/***。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的;Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。

关键词：基因差异表达分析 Perl语言杨树转录本转录组测序 findDEG

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

林木半同胞子代测定遗传模型分析

林业科学 2010年第1期46卷 29-35页

作者：童春发卫巍尹辉施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出遗传模型不同形式的表达式,采用方差分析法推导平衡数据和不平衡数据条件下方差分量估计式,并给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出不平衡数据条件... 详细信息

针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出遗传模型不同形式的表达式,采用方差分析法推导平衡数据和不平衡数据条件下方差分量估计式,并给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出不平衡数据条件下家系遗传力的计算公式以及家系遗传力和单株遗传力抽样方差近似计算方法。对于2个数量性状,给出不平衡数据条件下遗传相关系数估计式,而且还给出遗传相关系数估计的方差近似计算方法。用VC++6.0编写计算单地点半同胞子代测定模型中各种遗传参数的Windows应用软件。

关键词：子代测定方差分量遗传力遗传相关不平衡数据

Functional Mapping of Quantitative Trait Loci in a Full-sib Family in Forest Trees

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Functional Mapping of Quantitative Trait Loci in a Full-sib ...

江苏省遗传学会第七届二次代表大会暨学术研讨会

作者： Wei Wei chunfa tong Jisen Shi (Key Laboratory of Genetics & Biotechnology , Nanjing Forestry University, Ministry of Education,,Nanjing 210037, China)

＜正＞Although traditional statistical approaches for QTL mapping are useful, they neglect the developmental features of trait formation. All traits that change with time or other independent

关键词：

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

WinNC2:因子交配设计遗传分析软件

林业科学 2014年第1期50卷 55-62页

作者：童春发蒋安纳杨立委施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学信息科学技术学院南京210037

因子交配设计在林木遗传育种研究中已经得到广泛应用,然而有关该设计的遗传参数和统计量计算还存在不少问题,这在数据不平衡情况下尤为突出。WinNC2是一个新开发的用于计算因子交配设计遗传模型参数的Windows软件,不但可以处理平衡数据... 详细信息

因子交配设计在林木遗传育种研究中已经得到广泛应用,然而有关该设计的遗传参数和统计量计算还存在不少问题,这在数据不平衡情况下尤为突出。WinNC2是一个新开发的用于计算因子交配设计遗传模型参数的Windows软件,不但可以处理平衡数据,而且还可以处理不平衡数据。针对3种不同的因子交配设计遗传统计模型,该软件使用线性约束模型理论计算一般配合力和特殊配合力以及其他固定效应,使用方差分量模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力。对于每一个参数估计,WinNC2还给出其标准误和显著性检验统计量;对于多性状数据,WinNC2可以计算父本、母本以及父母本交互水平上2个性状的遗传相关系数及其标准误。WinNC2为林木遗传育种工作者分析因子交配设计试验数据提供了一个界面友好、易于使用的计算工具。

关键词：因子交配设计配合力方差分量遗传力

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

不平衡巢式设计遗传模型分析

林业科学 2013年第3期49卷 1-8页

作者：童春发杨立伟蒋安纳施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学信息科学技术学院南京210037

虽然巢式试验设计在动植物育种中得到广泛应用,但是在不平衡数据条件下有关遗传参数估计和假设检验统计量的计算还存在着很多问题。文中针对不平衡数据条件下的巢式试验设计,使用固定效应模型和随机效应模型估计相关的遗传参数并进行相... 详细信息

虽然巢式试验设计在动植物育种中得到广泛应用,但是在不平衡数据条件下有关遗传参数估计和假设检验统计量的计算还存在着很多问题。文中针对不平衡数据条件下的巢式试验设计,使用固定效应模型和随机效应模型估计相关的遗传参数并进行相应的统计假设检验。对于固定效应模型,使用约束线性模型方法推导出亲本配合力估计及亲本间配合力假设检验统计量的计算公式。对于随机效应模型,采用混合线性模型中的方差分析法,推导出方差分量估计的计算公式,并给出方差分量估计标准误以及方差分量假设检验统计量的计算方法,进而给出遗传力计算公式及其标准误的近似计算方法。最后,用VC++编写多种形式巢式设计遗传模型的各种遗传参数估计和假设检验统计量计算的Windows应用软件,供林木遗传育种工作者使用。

关键词：巢式设计一般配合力方差分量遗传力

林木多元性状数据QTL区间作图统计分析及其在杨树上的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

南京林业大学学报（自然科学版） 2018年第3期42卷 67-72页

作者：刘粉香陶申童吴吉妍姚丹童春发南京林业大学林学院江苏南京210037 三江学院计算机科学与工程江苏南京210012

【目的】传统的数量性状基因座(QTL)定位统计分析方法是针对自交系产生实验群体而建立的,不能直接应用到林木这种杂合度较高生长周期较长的异交物种中。针对林木多元性状数据,将传统的QTL区间作图方法应用到林木杂交F1代作图群体中。【... 详细信息

【目的】传统的数量性状基因座(QTL)定位统计分析方法是针对自交系产生实验群体而建立的,不能直接应用到林木这种杂合度较高生长周期较长的异交物种中。针对林木多元性状数据,将传统的QTL区间作图方法应用到林木杂交F1代作图群体中。【方法】考虑分子标记各种可能的分离比以及连锁相信息,建立林木多元性状数据QTL定位统计分析模型,并用R语言编写了相应的计算软件包mvqtlmap。在美洲黑杨和小叶杨杂交F1代群体中,对2014年5月29日至9月24日期间调查的6个时间点树高数据进行了QTL定位分析。【结果】有4个QTL定位在母本美洲黑杨的遗传连锁图谱上,有6个QTL分布在父本小叶杨的遗传连锁图谱上,这些QTL分别位于第1、5、7、9、11和19号染色体上,平均解释0.8%~6.7%的表型方差。【结论】研究结果可为在林木上利用多个性状或多个时间点性状数据进行QTL定位提供统计分析方法及计算工具。所建立的程序包可在网站http://***/mvqtlmap/***上自由下载。

关键词：多元性状数据 QTL定位杨树 R语言