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Journal of Forestry Research 2023年第3期34卷 717-733页

作者： Yanshu Qu Pengyan Zhou chunfa tong Changwei Bi Li’an Xu Key Laboratory of Forestry Genetics&Biotechnology of Ministry of Education Co-Innovation Center for Sustainable Forestry in Southern ChinaNanjing Forestry UniversityNanjing 210037People’s Republic of China College of Information Science and Technology Nanjing Forestry UniversityNanjing 210037People’s Republic of China

Genomics research of Populus deltoides,an important timber species that is widely planted worldwide,is an important part of poplar ***,the nuclear and chloroplast genome of *** have been sequenced,but its mitochondrial genome(mitogenome)has not been *** further explore the evolution and phylogeny of ***,the mitogenome of *** I-69 was assembled using reads from Nanopore and Illumina sequencing platforms and found to consist of 802,637 bp and three circular chromosomes(336,205,280,841,and 185,591 bp)containing 58 genes(34 protein-coding genes,21 tRNA genes,and 3 rRNA genes).RNA analysis in combination with several species showed signifi cantly fewer RNA editingsites in the mitogenomes of poplar and other angiosperms than in *** transfer analysis showed extensive mitogenome rearrangements in Populus species,and with evolution from lower to higher plants,tRNA transfer from chloroplasts to mitochondria became increasingly *** a phylogenetic analysis,the evolutionary status of *** was determined,and the section Populus was *** results based on the fi rst report of a multicircular conformation of the Populus mitogenome provide a basis for further study of the evolution and genetics of *** and other Populus species and for breeding programs.

关键词： Mitochondrial genome Multi-circular Populus deltoids Comparative genomics Phylogeny

杨树派间不同种的遗传密码子使用频率分析(英文)

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Journal of Genetics and Genomics 2007年第6期34卷 555-561页

作者：周猛童春发施季森南京林业大学国家林业局和江苏省林木遗传和基因工程重点实验室南京210037

遗传密码子的简并性特征造成了不同物种使用的密码子存在偏爱性。了解不同物种的密码子使用特点,可以为外源基因导入过程中的基因改造提供依据,从而实现外源基因的高效表达。杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因... 详细信息

遗传密码子的简并性特征造成了不同物种使用的密码子存在偏爱性。了解不同物种的密码子使用特点,可以为外源基因导入过程中的基因改造提供依据,从而实现外源基因的高效表达。杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。本研究采用高频密码子分析法,对美洲山杨***,毛白杨***,美洲黑杨***和毛果杨*** 4种杨树的蛋白质编码基因序列(CDS)进行了分析,计算出了杨树同义密码子相对使用频率(RFSC),确定了4种杨树的高频率密码子,发现虽然不同种类的杨树密码子使用上有一些差别,但是偏爱密码子的差别却很小,共性的密码子占绝大多数。仅有Pro,Thr和Cys等少数几个氨基酸的偏爱密码子有差别。这种“共性”提示我们,用不同种的杨树中任何一种杨树的偏爱密码子所设计的外源基因在其他杨树中也可以使用。

关键词：杨树密码子使用频率高频密码子密码子偏爱性

林木多地点半同胞子代测定遗传分析R语言程序包及其应用

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南京林业大学学报（自然科学版） 2015年第5期39卷 45-51页

作者：王德源童春发南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数... 详细信息

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数据。该程序包首先采用固定效应模型计算亲本配合力及其他固定效应;然后再用随机效应模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力,并计算每一个参数估计的标准误和显著性检验统计量;最后,对于多个数量性状,给出了它们在家系效应、地点与家系互作效应及区组与家系互作效应水平上的遗传相关系数及其标准误。该程序包可在网站http://***/tong/halfsibms/***上自由下载使用。

关键词： R语言程序包HalfsibMS 半同胞子代测定配合力方差分量遗传力

U型电磁铁与轨道的空间相对位置对电磁力影响分析

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铁道机车车辆 2024年第4期44卷 166-172页

作者：白展赵春发冯洋佟来生舒瑶西南交通大学牵引动力国家重点实验室成都610031 中车株洲电力机车有限公司湖南株洲412001

为了进一步提高磁浮车辆系统动力学仿真的准确性,有必要探明电磁铁在不同空间自由度及线圈电流影响下的电磁力特性。以中低速常导U型电磁铁为研究对象,基于电磁铁和轨道的实际结构以及磁性材料磁化特性,仿真分析电磁铁悬浮间隙、横移量... 详细信息

为了进一步提高磁浮车辆系统动力学仿真的准确性,有必要探明电磁铁在不同空间自由度及线圈电流影响下的电磁力特性。以中低速常导U型电磁铁为研究对象,基于电磁铁和轨道的实际结构以及磁性材料磁化特性,仿真分析电磁铁悬浮间隙、横移量、侧滚角、点头角、摇头角这5个空间自由度以及线圈电流对电磁力及力矩的影响。分析结果表明,在额定工作点附近,点头角和摇头角对电磁力的影响较小,侧滚角的增加导致悬浮力减小14%、导向力增大167%;电磁铁在侧滚角、点头角和摇头角的综合作用下可能产生不稳定的侧滚力矩;并且各空间自由度对电磁力及力矩的影响有明显的耦合现象;综合分析6个因素与电磁力的相关性,除电流、间隙和横移量的影响显著外,点头角对悬浮力的影响最明显,摇头角对导向力的影响最明显。

关键词：常导磁悬浮电磁铁空间相对位置有限元分析

一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG

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南京林业大学学报（自然科学版） 2019年第2期43卷 93-99页

作者：吴吉妍姚丹吴海楠童春发南京林业大学林学院江苏南京210037

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了... 详细信息

【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://***/findDEG/***。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的;Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。

关键词：基因差异表达分析 Perl语言杨树转录本转录组测序 findDEG

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林木半同胞子代测定遗传模型分析

林业科学 2010年第1期46卷 29-35页

作者：童春发卫巍尹辉施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出遗传模型不同形式的表达式,采用方差分析法推导平衡数据和不平衡数据条件下方差分量估计式,并给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出不平衡数据条件... 详细信息

针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出遗传模型不同形式的表达式,采用方差分析法推导平衡数据和不平衡数据条件下方差分量估计式,并给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出不平衡数据条件下家系遗传力的计算公式以及家系遗传力和单株遗传力抽样方差近似计算方法。对于2个数量性状,给出不平衡数据条件下遗传相关系数估计式,而且还给出遗传相关系数估计的方差近似计算方法。用VC++6.0编写计算单地点半同胞子代测定模型中各种遗传参数的Windows应用软件。

关键词：子代测定方差分量遗传力遗传相关不平衡数据

Functional Mapping of Quantitative Trait Loci in a Full-sib Family in Forest Trees

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Functional Mapping of Quantitative Trait Loci in a Full-sib ...

江苏省遗传学会第七届二次代表大会暨学术研讨会

作者： Wei Wei chunfa tong Jisen Shi (Key Laboratory of Genetics & Biotechnology , Nanjing Forestry University, Ministry of Education,,Nanjing 210037, China)

＜正＞Although traditional statistical approaches for QTL mapping are useful, they neglect the developmental features of trait formation. All traits that change with time or other independent

关键词：

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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几种杨树全基因组复制事件与进化分析

分子植物育种 2022年第10期20卷 3239-3247页

作者：张金鹏郦芝汀吴海楠赵薇潘志良柏胜军童春发南京林业大学林学院南方现代林业协同创新中心南京210037

杨树作为木本植物研究的模式物种,其全基因组复制以及物种进化的研究具有重要意义。本研究以毛果杨、美洲黑杨、小叶杨、银白杨和胡杨为研究对象,对其全基因组直系同源基因序列进行系统进化分析与同义替换率(Ks)分析。系统进化分析结果... 详细信息

杨树作为木本植物研究的模式物种,其全基因组复制以及物种进化的研究具有重要意义。本研究以毛果杨、美洲黑杨、小叶杨、银白杨和胡杨为研究对象,对其全基因组直系同源基因序列进行系统进化分析与同义替换率(Ks)分析。系统进化分析结果显示,毛果杨和美洲黑杨处于较近的分枝中,这意味着它们可能有更近的演化关系。直系同源基因的Ks分析结果显示,五种杨树分化时间的先后顺序为:胡杨、银白杨、小叶杨、美洲黑杨和毛果杨。旁系同源基因的Ks分析结果显示,五种杨树最近的一次全基因组复制事件发生在距今4800万年前。进一步对全基因组复制保留下来的基因进行GO富集分析,结果显示钙调素结合、胞吐作用和肽基丝氨酸磷酸化这三个功能在五种杨树均显著富集。同时,KEGG富集分析结果显示,植物激素信号转导、内质网中的蛋白质加工、RNA转运、代谢通路、氧化磷酸化和植物病原菌互作等途径显著富集。由此可见,这些保留下来的基因可能通过信号转导来调控蛋白的合成、转运和代谢,从而参与逆境胁迫调控网络,最终对促进植物生长发育和增加植物抗逆性起到非常关键的作用。本研究结果不仅为进一步研究杨树全基因组复制与物种进化提供重要的参考依据,还有助于其抗逆性相关基因的研究,从而加速杨树分子育种的进程。

关键词：杨树(Populus) 全基因组复制同义替换率

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WinNC2:因子交配设计遗传分析软件

林业科学 2014年第1期50卷 55-62页

作者：童春发蒋安纳杨立委施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学信息科学技术学院南京210037

因子交配设计在林木遗传育种研究中已经得到广泛应用,然而有关该设计的遗传参数和统计量计算还存在不少问题,这在数据不平衡情况下尤为突出。WinNC2是一个新开发的用于计算因子交配设计遗传模型参数的Windows软件,不但可以处理平衡数据... 详细信息

因子交配设计在林木遗传育种研究中已经得到广泛应用,然而有关该设计的遗传参数和统计量计算还存在不少问题,这在数据不平衡情况下尤为突出。WinNC2是一个新开发的用于计算因子交配设计遗传模型参数的Windows软件,不但可以处理平衡数据,而且还可以处理不平衡数据。针对3种不同的因子交配设计遗传统计模型,该软件使用线性约束模型理论计算一般配合力和特殊配合力以及其他固定效应,使用方差分量模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力。对于每一个参数估计,WinNC2还给出其标准误和显著性检验统计量;对于多性状数据,WinNC2可以计算父本、母本以及父母本交互水平上2个性状的遗传相关系数及其标准误。WinNC2为林木遗传育种工作者分析因子交配设计试验数据提供了一个界面友好、易于使用的计算工具。

关键词：因子交配设计配合力方差分量遗传力

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不平衡巢式设计遗传模型分析

林业科学 2013年第3期49卷 1-8页

作者：童春发杨立伟蒋安纳施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学信息科学技术学院南京210037

虽然巢式试验设计在动植物育种中得到广泛应用,但是在不平衡数据条件下有关遗传参数估计和假设检验统计量的计算还存在着很多问题。文中针对不平衡数据条件下的巢式试验设计,使用固定效应模型和随机效应模型估计相关的遗传参数并进行相... 详细信息

虽然巢式试验设计在动植物育种中得到广泛应用,但是在不平衡数据条件下有关遗传参数估计和假设检验统计量的计算还存在着很多问题。文中针对不平衡数据条件下的巢式试验设计,使用固定效应模型和随机效应模型估计相关的遗传参数并进行相应的统计假设检验。对于固定效应模型,使用约束线性模型方法推导出亲本配合力估计及亲本间配合力假设检验统计量的计算公式。对于随机效应模型,采用混合线性模型中的方差分析法,推导出方差分量估计的计算公式,并给出方差分量估计标准误以及方差分量假设检验统计量的计算方法,进而给出遗传力计算公式及其标准误的近似计算方法。最后,用VC++编写多种形式巢式设计遗传模型的各种遗传参数估计和假设检验统计量计算的Windows应用软件,供林木遗传育种工作者使用。

关键词：巢式设计一般配合力方差分量遗传力