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A Microarray Based.Genomic Hybrid.zation Method.for Id.ntification of New Genes in Plants：Case Analyses of Arabid.psis and.Oryza

引用

Journal of Integrative Plant Biology 2007年第6期49卷 915-926页

作者： chuanzhu fan maria d. vibranovski ying chen manyuan long d.partment of Ecology and.Evolution The University of Chicago Chicago IL 60637 USA

To systematically estimate the gene d.plication events In closely related.species, we have to use comparative genomlc approaches, either through genomlc sequence comparison or comparative genomlc hybrid.zation （CGH）. Given the scarcity of complete genomlc sequences of plant species, in the present stud. we ad.pted.an array based.CGH to Investigate gene d.plications In the genus Arabld.psls. Fragment genomlc d.A from four species, namely Arabid.psls thallana, A. lyrata subsp, lyrata, A. lyrata subsp, petraea, and.A. halleri, was hybrid.zed.to Affymetrlx （Santa Clara, CA, USA） tiling arrays that are d.signed.from the genomlc sequences of A. thallana. Pairwlse comparisons of signal intensity were mad. to infer the potential d.plicated.cand.d.tes along each phylogenetic branch. Ninety-four potential cand.d.tes of gene d.plication along the genus were Id.ntified. Among them, the majority （69 of 94） were A. thallana lineage specific. This result ind.cates that the array based.CGH approach may be used.to Id.ntify cand.d.tes of d.plication In other plant genera containing closely related.species, such as Oryza, particularly for the AA genome species. We compared.the d.gree of gene d.plication through retrotransposon between O. satlva and.A. thallana and.found.a strikingly higher number of chimera retroposed.genes In rice. The higher rate of gene d.plication through retroposltlon and.other mechanisms may Ind.cate that the grass species Is able to ad.pt to more d.verse environments.

关键词： Arabid.psis comparative genomic hybrid.zation microarray new genes Oryza retroposition.

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