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Seasonal variations in the composition and functional profiles of gut microbiota reflect dietary changes in plateau pikas

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Integrative Zoology 2022年第3期17卷 379-395页

作者： Chao FAN Liangzhi ZHANG Shangang JIA Xianjiang TANG Haibo FU Wenjing LI chuanfa liu He ZHANG Qi CHENG Yanming ZHANG Key Laboratory of Adaptation and Evolution of Plateau Biota Northwest Institute of Plateau BiologyChinese Academy of SciencesXiningChina College of Life Sciences Qufu Normal UniversityQufuChina Qinghai Provincial Key Laboratory of Animal Ecological Genomics XiningChina University of Chinese Academy of Sciences BeijingChina College of Grassland Science and Technology China Agricultural UniversityBeijingChina

Seasonal variations in gut microbiota of small mammals and how they are influenced by environmental variables are relatively poorly *** sampled 162 wild plateau pikas(Ochotona curzoniae)in 4 seasons over 2 and a half years and recorded the air temperature,precipitation,and nutrient content in edible vegetation at the sampling *** conducting 16S rRNA and shotgun metagenomic sequencing,we found that the highest alpha diversity,the relative abundance of Firmicutes,and the simplest co-occurrence network occurred in winter,whereas the highest relative abundance of Proteobacteria and the most complex network structure were observed in *** highest relative abundance of Verrucomicrobiota and Spirochaetota was seen in summer and autumn,*** temperature,precipitation,and the contents of crude protein,crude fiber,and polysaccharide in vegetation had significant effects on the seasonal changes in gut *** contributed more to microbial variation than climatic *** analysis revealed that the amino acid metabolism pathway and axillary activity enzymes were most abundant in summer,while abundance of carbohydrate-binding modules and carbohydrate esterases was highest in *** microbial variations were related to the changes in dietary nutrition,indicating that gut microbiota of plateau pika contribute to the efficient use of food *** study provides new evidence of how external environmental factors affect the intestinal environment of small mammals.

关键词： 16S rRNA gene gut microbiota plateau pikas(Ochotona curzoniae) seasonal variation shotgun metagenomic sequencing

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Trimming of N-Glycans by the Golgi-Localized α-1,2-Mannosidases, MNS1 and MNS2, Is Crucial for Maintaining RSW2 Protein Abundance during Salt Stress in Arabidopsis

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Molecular Plant 2018年第5期11卷 678-690页

作者： chuanfa liu Guanting Niu Huchen Zhang Yafei Sun Shubin Sun Fugen Yu Shan Lu Yonghua Yang Jianming Li Zhi Hong State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology NJU Advanced Institute for Life Sciences (NAILS) School of Life Sciences Nanjing University Nanjing 210023 China State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement College of Resources and Environmental Science Nanjing Agricultural University Nanjing 210095 China Department of Molecular Cellular and Developmental Biology University of Michigan Ann Arbor MI 48109 USA Shanghai Center for Plant Stress Biology Shanghai Institutes for Biological Sciences The Chinese Academy of Sciences Shanghai 201602 China

Asparagine （Asn/N）-Iinked glycans are important for protein folding, trafficking, and endoplasmic reticulum-associated degradation in eukaryotes. The maturation of glycoproteins involves the trimming of mannosyl residues by mannosidases and addition of other sugar molecules to three-branched N-glycans in the Golgi. However, the biological importance of Golgi-mediated mannose trimming is not fully understood. Here, we show that abolishment of two functionally redundant mannosidases, MNS1 and MNS2, responsible for α-1,2-mannose trimming on the A and C branches of plant N-glycans lead to severe root growth inhibition under salt stress conditions in Arabidopsis. In contrast, mutants with defects in the biosynthesis of the oligosaccharide precursor displayed enhanced salt tolerance in the absence of mannose trimming. However, mutation in EBS3, which is required for the formation of the branched N-glycan precursor, suppressed the salt-sensitive phenotype of mnsl mns2 double mutant. Interestingly, we observed that cellulose biosynthesis was compromised in mnsl mns2 roots under high salinity. Consistently, abundance of a membrane anchored endo-13-1,4-endoglucanase （RSW2/KOR） that plays a key role in cellulose biosynthesis and its mutant variant rsw2-1 were modulated by α-1,2-mannose trimming under salt stress. Overexpression of RSW2 could partially rescue the salt-sensitive phenotype of mnsl mns2. Taken together, these results suggest that MNS1/2-mediated mannose trimming of N-glycans is crucial in modulating glycoprotein abundance to withstand salt stress in plants.

关键词： N-glycan Golgi α-mannosidase I salt tolerance Arabidopsis

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Nucleophilic trifluoromethylation with CFH/LiHMDS:probing the nucleophilic reactivity of LiCFspecies

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Science China Chemistry 2024年

作者： Yangfan liu Xiu Wang chuanfa Ni Jinbo Hu College of Chemistry Central China Normal University Key Laboratory of Fluorine and Nitrogen Chemistry and Advanced Materials Shanghai Institute of Organic ChemistryUniversity of Chinese Academy of Sciences Chinese Academy of Sciences

The nucleophilic trifluoromethylation involving trifluoromethyllithium（LiCF3） species has been an open question since Haszeldine attempted to prepare LiCF3in 1949. Indeed, LiCF3has been used for electrophilic difluoromethylene transfer processes（via elimination of fluoride ions） since 2010. Herein, we demonstrated that by using a polar solvent such as dimethylformamide（DMF） or hexamethylphosphoramide（HMPA） as the lithium chelator, the in situ deprotonation of fluoroform（HCF3） with lithium hexamethyldisilazide（LiHMDS） could generate a tamed LiCF3species that is sufficiently persistent to undergo nucleophilic trifluoromethylation reaction. The nucleophilic reactivity of LiCF3species was probed with several electrophiles,including arylsulfonyl fluorides, diaryl ketones, and silyl chlorides. The synthetic utility of this method is demonstrated with the efficient synthesis of highly valuable triflones that are otherwise difficult to synthesize from HCF3using potassium or sodium bases. This work not only showcases a new protocol for the utilization of fluoroform（an industrial waste with high global warming potential） as the trifluoromethylation reagent, but also provides intriguing insights into the harnessing of nucleophilic reactivity of the transient LiCF3species.

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固相合成蛋白所需生物大分子Linker-Met和fma-tRNA的构建(英文)

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南开大学学报（自然科学版） 2017年第4期50卷 14-27页

作者：侯文刘传法天津市第一中心医院卫生部危重病急救医学重点实验室天津300192 天津市第一中心医院天津市器官移植重点实验室天津300192 天津大学生命科学学院天津300070 新加坡南洋理工大学生命科学学院新加坡657551

无细胞表达蛋白质体系近年来恢复活力,以满足日益增长的蛋白合成需求.与传统的细胞重组表达蛋白的方法相比,无细胞体系具有许多优点,包括更快的速度、更高的通量和更大的灵活性.此外,它提供了独特的可能性,如合理的DNA模板设计,毒素蛋... 详细信息

无细胞表达蛋白质体系近年来恢复活力,以满足日益增长的蛋白合成需求.与传统的细胞重组表达蛋白的方法相比,无细胞体系具有许多优点,包括更快的速度、更高的通量和更大的灵活性.此外,它提供了独特的可能性,如合理的DNA模板设计,毒素蛋白的表达,多个多肽链的联合表达,高效的定位标记等等.在本文中,建立了一个linker-tRNA的方法利用无细胞体系固相合成蛋白质.首先,需要将第1个氨基酸连接上起始tRNA通过linker连接到固相表面.为了提高固相合成蛋白质的效率,利用含有琥珀终止子(CUA)为反密码子的linker-tRNA与含互补琥珀子(UAG)为起始密码子的DNA模板而不是正常的起始密码子(密码子AUG).已经成功地获得了纯化的fma-tRNA(-CA)和linker-Met了.此方法将为蛋白质芯片的开发提供新途径.

关键词：蛋白质固相合成 fma-tRNA的合成 linker-Met的合成

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PNA介导的多肽二聚体形成研究（英文）

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南开大学学报（自然科学版） 2017年第2期50卷 82-90页

作者：侯文吕小伟刘传法天津市第一中心医院卫生部急救医学重点实验室天津300192 天津市第一中心医院器官移植中心天津300192 新加坡南洋理工大学生物科学学院新加坡657551

介绍了一种由PNA介导的非共价键结合的多肽2聚体形成的新方法.将多肽分别与互补的2条PNA链相连,互补的PNA链在杂交后将使其相连的多肽相互靠近从形成2聚体行驶功能,而使用的平行互补PNA-多肽链很容易通过化学连接方法获得.这项工作指出,... 详细信息

介绍了一种由PNA介导的非共价键结合的多肽2聚体形成的新方法.将多肽分别与互补的2条PNA链相连,互补的PNA链在杂交后将使其相连的多肽相互靠近从形成2聚体行驶功能,而使用的平行互补PNA-多肽链很容易通过化学连接方法获得.这项工作指出,PNA作为模板介导生物大分子组装和生物化学反应的潜力.

关键词： PNA 二聚体形成模板分子组装

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顾及空间异质性和特征优选的滑坡易发性评价方法

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测绘学报 2024年第7期53卷 1417-1428页

作者：刘雅婷陈传法山东科技大学测绘与空间信息学院山东青岛266590 山东省基础地理信息与数字化技术重点实验室山东青岛266590

高效、精准、可靠的滑坡易发性评价方法是灾前科学预警和全面防治的关键手段。然而,传统滑坡易发性评价方法未能有效解决空间异质性和冗余特征造成的预测偏差。针对该问题,本文提出了一种顾及空间异质性和特征优选的滑坡易发性评价方法(... 详细信息

高效、精准、可靠的滑坡易发性评价方法是灾前科学预警和全面防治的关键手段。然而,传统滑坡易发性评价方法未能有效解决空间异质性和冗余特征造成的预测偏差。针对该问题,本文提出了一种顾及空间异质性和特征优选的滑坡易发性评价方法(spatial feature optimized Stacking,SF-Stacking)。该方法首先使用AGNES聚类(agglomerative nesting)将研究区全局栅格单元分成若干个局部子区,然后采用一种特征优选策略为每个子区选择最优致灾因子组合,最后采用Stacking集成技术耦合多种机器学习算法实现滑坡易发性评价。以宜宾市为研究区,基于滑坡灾害易发性分区图和统计学指标,将SF-Stacking方法与7种传统方法对比表明,SF-Stacking方法的准确性最优,稳健性最强,可解释性最高。

关键词：滑坡易发性空间异质性特征优选 Stacking集成学习

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Physiological function analysis of multistep N-glycosylation in Arabidopsis

Physiological function analysis of multistep N-glycosylation...

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从植物科学到农业发展——2012全国植物生物学大会

作者： chuanfa liu,Guanting Niu,Shan Lu,Zhi Hong~* School of Life Sciences,Nanjing University,Nanjing 210093.

Asparagine(Asn/N)-linked glycosylation is an important post-translational modification. It’s multiple steps and consists of lipid-linked glycan biosynthesis on ER membrane, transfer of glycan to the conserved glycosylation site,and the maturation of glycan in the Golgi ***,several studies have shown that a highly conserved N-glycosylation process also exists in plant ***,little is known about the biological function of each step during the *** the present study,we collect mutants that defect at the different step during glycosylation,*** preliminary analysis showed all mutants have no obvious growth defects compared to wild-type plants under normal growth ***,significant arrests of root-growth and swellings of root tips are observed in mutants aberrant in glycan transfer or glycan maturation when they are grown on the medium containing high dose of salinity,indicating N-glycan modification and maturation might be crucial for the activity of functional proteins involved in adaptive responses to salt *** detailed genetic and biochemical analysis is ongoing to study the expression and function of N-glycosylation-dependent protein RSW2 under the distinct mutant *** results will supply us the insight on the role of N-glycosylation in plant cell in response to environmental stress.

关键词： N-glycosylation salt stress root development Arabidopsis

来源： cnki会议评论

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挤压铸造制备Ti_f/5A06Al复合材料的组织与性能

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特种铸造及有色合金 2015年第3期35卷 282-284页

作者：朱德智刘传发陈奇丁霞华南理工大学机械与汽车工程学院广东中人集团建设有限公司

针对金属基复合材料中增强相与基体合金界面问题,利用金属与金属间的界面结合特性,以Ti-6Al-4V纤维为增强相,通过挤压铸造制备了Tif/5A06Al复合材料并进行了退火处理。采用SEM和TEM等手段分析了Tif/5A06Al复合材料的基体组织、Ti-Al界... 详细信息

针对金属基复合材料中增强相与基体合金界面问题,利用金属与金属间的界面结合特性,以Ti-6Al-4V纤维为增强相,通过挤压铸造制备了Tif/5A06Al复合材料并进行了退火处理。采用SEM和TEM等手段分析了Tif/5A06Al复合材料的基体组织、Ti-Al界面结构与界面反应。结果表明,采用挤压铸造工艺可以获得组织致密、界面结合良好的Tif/5A06Al复合材料。Tif/5A06Al复合材料基体中存在位错,Ti-6Al-4V纤维与铝基体界面形成了TiAl层和呈不连续分布的TiAl3界面反应产物。Tif/5A06Al复合材料力学性能测试表明,其纵向抗拉强度为1 045 MPa,纵向伸长率为5.2%。

关键词：金属基复合材料挤压铸造退火处理界面特征

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城区数字高程模型修正方法:顾及空间异质性的可解释随机森林模型

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地球信息科学学报 2024年第4期26卷 978-988页

作者：刘妍孙延宁陈传法刘盼盼刘雅婷山东科技大学测绘与空间信息学院青岛266590 山东省水利科学研究院济南250101

目前,以遥感测量手段获取的全球数字高程模型(Global Digital Elevation Model,GDEM)在城区含有各种地物而不能反映真实的地球表面形态。因此,为提高城区GDEM产品质量,本文提出了一种顾及空间异质性和SHAP(Shapley Additive Explanatio... 详细信息

目前,以遥感测量手段获取的全球数字高程模型(Global Digital Elevation Model,GDEM)在城区含有各种地物而不能反映真实的地球表面形态。因此,为提高城区GDEM产品质量,本文提出了一种顾及空间异质性和SHAP(Shapley Additive Explanations)特征筛选的GDEM修正方法。该方法首先利用高斯混合聚类(Gaussian Mixture Model,GMM)和泰森多边形将研究区域划分为同质子区,解决GDEM修正误差和特征因子空间关系的异质性问题;然后基于SHAP可解释框架筛选每个子区的最优特征变量并借助随机森林(RF)构建对应的修正模型用于城区GDEM修正。为验证本文方法的实用性和高效性,以纽约30 m分辨率的COPDEM(COPDEM30)为研究对象,将本文方法与其他3种方法(包括顾及空间异质性的局域随机森林(SH-RF)、顾及SHAP特征筛选的全局随机森林(FS-RF)和传统随机森林(RF))的预估结果以及一种去除建筑物和植被偏差的GDEM(FABDEM)进行对比。实验结果表明,本文方法预测效果最优,SH-RF、FS-RF次之,RF效果最差。此外,与FABDEM相比,本文方法的平均绝对误差(MAE)降低了42.3%,中误差(RMSE)降低了63.2%。对本文方法的迁移实验表明,相比原始COPDEM30,修正后GDEM的MAE和RMSE分别降低了50.5%和50.4%。

关键词：全球数字高程模型修正空间异质性 SHAP可解释模型特征筛选城区精度评价

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腹腔镜下直肠前切除术中保留左结肠动脉对促进患者术后的康复作用

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南方医科大学学报 2017年第9期37卷 1261-1264页

作者：刘云庚张磊黄箕然易金容方传发夏来阳刘红权易建中江西省赣州市人民医院普外一科江西赣州341000 江西省上犹县人民医院普外科江西赣州341200

目的探讨腹腔镜下直肠前切除术中保留左结肠动脉能否促进患者术后的快速康复作用。方法回顾性分析我院91例(术后临床分期均为Ⅱ期)行腹腔镜下直肠前切除术患者的临床资料,将保留左结肠动脉的腹腔镜下直肠前切除术患者作为观察组(40例),... 详细信息

目的探讨腹腔镜下直肠前切除术中保留左结肠动脉能否促进患者术后的快速康复作用。方法回顾性分析我院91例(术后临床分期均为Ⅱ期)行腹腔镜下直肠前切除术患者的临床资料,将保留左结肠动脉的腹腔镜下直肠前切除术患者作为观察组(40例),不保留左结肠动脉的腹腔镜下直肠前切除术患者作为对照组(51例),比较两组间的手术时间、术中出血量、术后排气排便时间、术后腹胀、腹痛不适时间、术后住院时间、肠系膜根部淋巴结清扫数以及预防性回肠造口和吻合口瘘的发生情况、住院费用。结果 91例患者均顺利完成手术,术中无中转开腹手术病例,术中无直肠破裂穿孔,无血管、输尿管及邻近器官损伤,吻合口无张力。两组患者手术时间、术中出血量及肠系膜根部淋巴结清扫数差异无统计学意义(P>0.05),因低位直肠癌行末端回肠预防性造口,观察组有3例,对照组有5例;观察组术后40例患者全部无发生吻合口瘘,对照组术后有3例患者发生吻合口瘘;术后自觉明显腹胀、腹痛不适持续时间,观察组为2.14±0.35 d,对照组为3.15±0.42 d;术后排气时间,观察组平均为37.15±12.62 h,对照组为62.25±11.75 h;术后排便时间,观察组为3.16±0.52 d,对照组为4.25±0.75 d;术后住院时间,观察组为4.54±0.42 d,对照组为6.23±0.51 d;手术住院期间的总体费用,观察组为34 525.32±1206.36元,对照组为41 215±1051.32元。患者术后发生腹痛持续时间、术后住院时间、手术住院期间的总体费用,两组比较具有统计学差异(P<0.05)。结论腹腔镜下直肠前切除术中保留左结肠动脉能有效保证降结肠和吻合口的血供,减少手术后并发症,缩短术后住院日,减少手术住院期间的总体费用。

关键词：腹腔镜直肠癌前切除术快速康复左结肠动脉

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