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基于WGCNA分析筛选c-MYC/Bcl-2重排弥漫大B细胞淋巴瘤的关键基因

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现代肿瘤医学 2024年第1期32卷 96-103页

作者：李泓毅郭搏张昊军陈浩然侯传东卢学春解放军医学院北京100853 解放军总医院第二医学中心血液科北京100853 山西医科大学山西太原030001

目的:筛选c-MYC/Bcl-2重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164及GSE43677数据集,选择c-MYC/Bcl-... 详细信息

目的:筛选c-MYC/Bcl-2重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164及GSE43677数据集,选择c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL数据为实验组、生发中心B细胞为对照组。采用R程序语言的limma包、WGCNA包及clusterProfiler包对获得的mRNA转录组数据进行差异表达分析、基因共表达变化分析、GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析。使用STRING数据库对差异表达基因(DEGs)进行蛋白互相作用网络分析,并使用Cytoscape软件内置的插件(包括CytoHubba及CytoNca插件)筛选核心基因。采用第二代高通量测序技术对IM-9细胞系及DOHH-2细胞系进行mRNA转录组测序,使用Read count值将核心基因进行配对样本t检验,筛选P值具有统计学意义的基因为疾病的核心基因。挑选部分关键基因使用Western Blot技术在蛋白层面进行验证。结果:差异分析共得到835个DEGs,WGCNA获得一个与c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL高度相关的模块(turquoise模块,cor=0.86,P值<0.05)。GO富集分析结果显示生物学进程BP共富集到1 437条,细胞组分CC富集到123条,分子功能相关MF富集到147条;KEGG富集到72条相关通路,主要与ECM受体相互作用、B细胞受体信号通路及PI3K-Akt信号通路等相关。STRING数据库中PPI网络共得到284个相互关联作用的蛋白质,通过Cytoscape软件进一步筛选,再通过二代高通量测序及蛋白验证得出COL1A1、COL3A1、COL1A2、MMP2、COL5A1、COL5A2、COL4A2、TIMP1、MMP9、POSTN、BGN、DCN、LUM为此类淋巴瘤的核心基因,影响此类淋巴瘤细胞生存、侵袭和迁移等。结论:使用生物信息学及基础实验相结合的方法探究与c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL淋巴瘤细胞致病或侵袭迁移等相关的关键基因,为更深入地探索此类淋巴瘤发生发展机制及寻找相关靶向药物提供理论依据。

关键词：高级别B细胞淋巴瘤弥漫大B细胞淋巴瘤基因重排医学生物信息学生物标志物

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基于转录组学探究T细胞衰老的分子机制

解放军医学院学报 2024年第6期45卷 689-696页

作者：侯传东李泓毅张昊军陈浩然张力中耿杰卢学春解放军医学院北京100853 解放军总医院第二医学中心血液科国家老年疾病临床医学研究中心北京100853 山西医科大学管理学院山西太原030604

背景T细胞衰老是免疫衰老的关键环节之一,与多种老年相关疾病和肿瘤的发生发展密切相关,但缺乏基于转录组学探究T细胞衰老过程中分子机制的研究。目的建立T细胞衰老模型并进行转录组测序,利用生物信息学方法分析T细胞衰老过程中的潜在... 详细信息

背景T细胞衰老是免疫衰老的关键环节之一,与多种老年相关疾病和肿瘤的发生发展密切相关,但缺乏基于转录组学探究T细胞衰老过程中分子机制的研究。目的建立T细胞衰老模型并进行转录组测序,利用生物信息学方法分析T细胞衰老过程中的潜在分子机制并筛选关键基因。方法从人类外周血单个核细胞中分选出T细胞,在体外经过短暂培养扩增后随机分为两组(衰老T细胞组使用含有20 mg/mL D-半乳糖的培养基,正常对照组使用不含有D-半乳糖的培养基),在培养48 h后,检测T细胞衰老前后端粒酶活性、端粒长度、衰老相关分泌表型、β-半乳糖苷酶活性等改变情况。通过对细胞模型的mRNA转录组测序并利用生物信息学方法分析显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过对DEGs进行富集分析和蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建,分析T细胞衰老过程中DEGs的功能状态并筛选关键基因。结果D-半乳糖处理48 h后,T细胞发生端粒功能障碍,p21基因及蛋白质表达升高,分泌细胞因子增多,β半乳糖苷酶活性增加和细胞内脂质合成增加(P<0.05)。富集分析结果显示T细胞衰老后细胞因子-细胞因子受体相互作用、p53、PI3K/Akt/mTOR、NF-kappaB等信号通路活动增强;PPI网络分析发现ISGs和RPs基因家族可能在T细胞衰老过程中发挥关键作用。结论衰老T细胞端粒功能障碍、脂质代谢紊乱、促炎能力和细胞衰老相关信号通路活动增强,并且ISGs和RPs基因家族可能参与到T细胞衰老的关键过程之中。

关键词： T细胞衰老免疫衰老端粒脂质代谢生物信息学

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间充质细胞源性骨肉瘤中关键分子标志物鉴定及药物敏感性分析

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中国组织工程研究 2025年第7期29卷 1448-1456页

作者：张昊军李泓毅张辉陈浩然张力中耿杰侯传东于琦贺培凤贾金鹏卢学春山西医科大学基础医学院山西省太原市030600 中国人民解放军总医院第二医学中心血液病科国家老年疾病临床医学研究中心北京市100853 解放军医学院北京市100853 山西医科大学医学科学院山西省太原市030600 山西医科大学管理学院山西省太原市030600 中国人民解放军总医院第四医学中心骨科医学部北京市100853

背景:骨肉瘤发病机制复杂,预后较差,随着医疗技术的发展,其5年生存率有所改善,但仍未取得实质性进展。目的:筛选骨肉瘤中关键分子标志物,分析其与骨肉瘤治疗药物之间的关系,并从分子水平探讨骨肉瘤可能的疾病机制。方法:从基因表达谱数... 详细信息

背景:骨肉瘤发病机制复杂,预后较差,随着医疗技术的发展,其5年生存率有所改善,但仍未取得实质性进展。目的:筛选骨肉瘤中关键分子标志物,分析其与骨肉瘤治疗药物之间的关系,并从分子水平探讨骨肉瘤可能的疾病机制。方法:从基因表达谱数据库中获取GSE99671和GSE28425(miRNA),对GSE99671进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)。利用基因本体学(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分别对差异表达基因和与疾病正相关性最高的模块基因进行功能富集分析。将上述模块基因与差异表达基因取交集作为关键基因,构建蛋白质相互作用网络,使用CytoScape软件对关键基因进行相关性分析,筛选枢纽基因(Hub基因)。使用GSE28425数据集对Hub基因进行外部验证,同时对Hub基因进行文本验证。使用CellMiner数据库对Hub基因进行药物敏感性分析,依据关联系数的绝对值|R|>0.3,P<0.05作为阈值进行筛选。结果与结论:(1)差异表达分析获得529个差异表达基因,其中177个表达上调,352个表达下调;WGCNA分析共得到592个与骨肉瘤相关性最高的基因;(2)GO富集结果显示骨肉瘤的发生发展可能与细胞外基质、骨细胞的分化与发育、人体的免疫调控、胶原蛋白的合成与分解相关;KEGG富集结果显示PI3K-Akt信号通路、焦点黏附信号通路、免疫应答等参与骨肉瘤疾病的发生;(3)交集结果显示,共获得59个关键基因,经蛋白质相互作用网络分析,筛选得到8个Hub基因,分别为LUM、PLOD1、PLOD2、MMP14、COL11A1、THBS2、LEPRE1、TGFB1,且均为表达上调;(4)外部验证发现调控Hub基因的miRNA明显下调,其中hsa-miR-144-3p和hsa-miR-150-5p的下调最为显著;文本验证结果显示Hub基因的表达与既往研究基本一致;(5)药物敏感性分析发现甲氨蝶呤、异环磷酰胺、帕博西尼的活性与PLOD1、PLOD2、MMP14的mRNA表达呈负相关关系;而唑来膦酸、雷帕霉素的活性与PLOD1、LUM、MMP14、PLOD2、TGFB1的mRNA表达呈正相关关系,提示唑来膦酸和雷帕霉素有望成为骨肉瘤的潜在治疗药物,但仍需进一步基础实验和临床研究加以验证。

关键词：骨肉瘤分子标志物信号通路药物预测 WGCNA 药物敏感性生物信息学

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曲线钢箱梁桥面板力学行为及构造优化研究

铁道工程学报 2024年第5期41卷 19-27页

作者：郑小博蒋昆昆侯炜周勇军沈传东长安大学西安710064 中铁工程设计咨询集团有限公司北京100055 中建二局第三建筑工程有限公司北京100700

研究目的:小半径曲线钢箱梁桥正交异性钢桥面板构造繁复,弯扭耦合作用下受力特性极为复杂。为了探究该类型桥面板力学特性,并提出合理构造优化建议,本文依托西安市某立交小半径曲线钢箱梁匝道桥,采用数值分析方法研究局部荷载作用下曲... 详细信息

研究目的:小半径曲线钢箱梁桥正交异性钢桥面板构造繁复,弯扭耦合作用下受力特性极为复杂。为了探究该类型桥面板力学特性,并提出合理构造优化建议,本文依托西安市某立交小半径曲线钢箱梁匝道桥,采用数值分析方法研究局部荷载作用下曲线钢箱梁桥面板力学行为,并基于正交试验方法,利用IntelliJ IDEA软件开发曲线钢箱梁桥面板构造优化程序,实现桥面板多目标构造参数优化。研究结论:(1)边跨最大正弯矩截面为大多数控制细节的最不利荷载控制截面,其中车轮荷载作用于边跨最大正弯矩位置时控制细节3(横隔板过焊孔圆弧位置)的主应力明显大于最大负弯矩和零弯矩位置,且车轮荷载作用于曲线钢箱梁外侧会增大桥面系应力;(2)车轮荷载作用于纵肋正上方和中间时产生的各控制细节主应力较相近,但作用于横隔板中间与正上方造成的局部应力具有显著差异,进而确定曲线钢箱梁正交异性桥面板各控制细节的最不利荷载作用位置;(3)通过多目标优化构造运算确定的曲线钢箱梁正交异性组合桥面板的合理构造,可显著改善桥面板力学特性;(4)本研究成果可为曲线钢箱梁正交异性桥面系构造设计和养护方法提供优化建议。

关键词：桥梁工程局部应力多目标优化正交异性钢桥面板曲线钢箱梁

免疫衰老影响老年人重型新型冠状病毒肺炎发病机制的研究进展

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中华老年多器官疾病杂志 2023年第12期22卷 943-946页

作者：侯传东王紫宁卢学春解放军医学院北京100853 中国人民解放军总医院第二医学中心血液科国家老年疾病临床医学研究中心北京100853

免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS-CoV-2后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)。免疫衰老通过先天性免疫系统和适... 详细信息

免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS-CoV-2后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)。免疫衰老通过先天性免疫系统和适应性免疫系统,改变免疫细胞数量、表型及功能,造成免疫系统功能障碍和炎症反应失衡,增加老年患者的死亡风险和预后不良事件。通过分析免疫衰老与重型COVID-19之间的关系,有助于发现老年重型COVID-19的有效治疗方法,改善老年患者的生存及预后。

关键词：老年人免疫衰老新型冠状病毒肺炎

Absorptive root-multidimension strategy links air temperature and species distribution in a montane forest

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Forest Ecosystems 2023年第3期10卷 307-315页

作者： Zuhua Wang Min Liu Long Li Jianwei hou Xiaodong Zhang Haibo Li chuandong Yang Lilin Yang College of A&F Engineering and Planning Tongren UniversityTongren554300GuizhouChina Guizhou Provincial Key Laboratory for Biodiversity Conservation and Utilization in the Fanjing Mountain Region Tongren UniversityTongren554300GuizhouChina National Nature Reserve Administration of Fanjing Mountain Tongren554400GuizhouChina

Background: Air temperature affects absorptive root traits, which are closely related to species ***, it is still unclear how air temperature regulates species distribution through changes in absorptive root traits. Seven functional traits of the absorptive roots of 240 individuals of 52 species, soil properties and air temperature were measured along an elevational gradient on Mt. Fanjingshan, Tongren City, Guizhou, and then the direct and indirect effects of these controls on species distribution were ***: Absorptive roots adapted to air temperature with two strategies. The first strategy was positively associated with the specific root area(SRA) and specific root length(SRL) and was negatively associated with the root tissue density(RTD), representing the classic root economics spectrum(RES). The second strategy was represented by the trade-off between root diameter, mycorrhizal fungi colonization(MF) and SRL, representing the collaboration gradient with “do it yourself” resource uptake ranging from “outsourcing” to mycorrhizal resource uptake. Air temperature regulated species distribution in six ways: directly reducing species importance value;indirectly increasing the species importance value by reducing soil nitrogen content or increasing soil pH by reducing soil moisture inducing absorptive roots to change from “do it yourself” resource absorption to “outsourcing” resource absorption;indirectly decreasing the species importance value by decreasing soil moisture to change from“outsourcing”resource absorption to “do it yourself” resource absorption;indirectly increasing the species importance value with increasing soil pH by reducing soil moisture resulting in absorptive root traits turning into nutrient foraging traits;and indirectly decreasing the species importance value by promoting absorptive root traits to nutrient conservation ***: Absorptive root traits play a crucial role in the regulation of species distri

关键词： Air temperature Absorptive roots Functional traits Structural equation models Mt.Fanjingshan

Porphyry Cu deposits linked to episodic growth of an underlying parental magma chamber

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Science China Earth Sciences 2020年第11期63卷 1807-1816页

作者： Yuanchuan ZHENG Lu WANG chuandong XUE Bo XU Abdul GHAFFAR Zhusen YANG Yongjun LU Limin Zhou William L.GRIFFIN Zengqian hou State Key Laboratory of Geological Processes and Mineral Resources and School of Earth Science and ResourcesChina University of GeosciencesBeijing 100083China ARC Centre of Excellence for Core to Crust Fluid Systems(CCFS)-GEMOC Macquarie UniversityNew South Wales 2109Australia Department of Earth Sciences Kunming University of Science and TechnologyKunming 650093China Institute of Mineral Resources Chinese Academy of Geological SciencesBeijing 100037China Geological Survey of Western Australia East Perth 6004Australia Centre for Exploration Targeting and Australian Research Council Centre of Excellence for Core to Crust Fluid Systems(CCFS) School of Earth Sciencesthe University of Western AustraliaCrawley 6009Australia National Research Centre for Geoanalysis Chinese Academy of Geological SciencesBeijing 100037China Institute of Geology Chinese Academy of Geological SciencesBeijing 100037China

Saindak is one of the typical porphyry Cu deposits(PCDs)in the Chagai magmatic arc in ***-forming porphyries at Saindak PCD are mainly composed of ***,we use geochemistry of apatite enclosed in plagioclase phenocrysts from the ore-forming tonalite to constrain the releasing and recharging processes of S and Cl in the underlying parental magma chamber during PCD *** apatite inclusions have homogeneous intra-grain S and Cl compositions,there is significant inter-grain S and Cl variations in apatite inclusions located from core to rim in the hosting *** inter-grain S and Cl variation in apatites are coupled with the core-to-rim trends of An,FeO and Mg contents of the hosting plagioclase *** indicates that the Saindak PCD likely formed by episodic injection of primitive magmas during the growth of an underlying magma chamber,rather than by one major injection or by addition of mafic melt derived from different source *** primitive melt injection introduced essential ore-forming materials such as S and Cl,which were rapidly and effectively released to the coexisting fluids,causing *** primitive melt injection stops,signaling the end of growth of underlying magma chamber,mineralization will cease quickly although the hydrothermal system can still survive for a long ***,the later released fluids are relatively depleted in ore-forming materials,and thus have lower capability to generate ***,predominant porphyry-type mineralizations occurred during the growth rather than waning stage of a magmatic system.

关键词： Apatite Plagioclase Episodic injection Parental magma chamber Porphyry Cu deposit

滇西北甭哥正长岩体成因：锆石U-Pb年龄、Hf同位素和地球化学证据

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岩石学报 2015年第11期31卷 3234-3246页

作者：姜丽莉薛传东侯增谦向坤中国地质大学地质过程与矿产资源国家重点实验室、球科学与资源学院北京100083 中国地质科学院地质研究所北京100037 昆明理工大学地球科学系昆明650093

滇西北甭哥金矿区赋矿岩石类型主要为黑云辉石正长岩、黑云母正长岩及正长斑岩。锆石LA-ICP-MS定年结果表明黑云辉石正长岩和黑云母正长岩的结晶年龄分别为213.8±2.2Ma和219.1±4.7Ma,形成于印支期甘孜-理塘洋向西俯冲时期。岩石地球... 详细信息

滇西北甭哥金矿区赋矿岩石类型主要为黑云辉石正长岩、黑云母正长岩及正长斑岩。锆石LA-ICP-MS定年结果表明黑云辉石正长岩和黑云母正长岩的结晶年龄分别为213.8±2.2Ma和219.1±4.7Ma,形成于印支期甘孜-理塘洋向西俯冲时期。岩石地球化学分析表明三类岩石均高钾富碱,属于钾玄质系列,富集LREE和大离子亲石元素(Sr、K、Rb、Ba、Th),亏损高场强元素(如Nb、Ta、Hf、Ti等),具有高的Mg#、Zr/Nd比值、Cr和Ni含量,黑云辉石正长岩和黑云母正长岩锆石εHf(t)值多集中于-2^+2之间,显示源区为俯冲板片物质交代的富集地幔。二阶段Hf模式年龄(978~1317Ma和998~1611Ma)远大于结晶年龄,结合从黑云母正长岩的部分锆石中获得510~534Ma、598~945Ma和1096~1206三组晚古生代-元古代的年龄信息,显示岩浆在上升侵位的过程中经历了壳源物质的混染。推测此次岩浆活动可能与晚三叠世甘孜-理塘洋向西俯冲,大洋板片断离,形成弧后拉张作用相关。

关键词：正长岩地球化学年代学 Hf同位素滇西北甭哥

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基于SACS的多级液压缸稳定性分析方法

液压气动与密封 2024年第4期44卷 31-36页

作者：张新刚侯敏白丙建曹立天邓荣杨杰宝鸡石油机械有限责任公司陕西宝鸡721002 中油国家油气钻井装备工程技术研究中心有限公司陕西宝鸡721002 中国石油川庆钻探工程有限公司川东钻探公司重庆401120

为了提高钻机拆装效率并简化钻机起升系统结构,越来越多的钻机应用多级液压缸进行井架底座的起升/下放作业,整个作业过程中,液压缸受力情况复杂,理论分析时常将其简化为一根细长压杆,液压缸的安全可靠性关系着钻机起放作业的成败,必须... 详细信息

为了提高钻机拆装效率并简化钻机起升系统结构,越来越多的钻机应用多级液压缸进行井架底座的起升/下放作业,整个作业过程中,液压缸受力情况复杂,理论分析时常将其简化为一根细长压杆,液压缸的安全可靠性关系着钻机起放作业的成败,必须分析校核其强度和稳定性,以确保其安全可靠性。以某出口钻机底座配套的起升用多级液压缸为例,介绍了一种基于SACS有限元分析软件的多级液压缸强度及稳定性分析校核方法。

关键词：多级液压缸强度稳定性 SACS