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Structural basis of negative regulation of CRISPR-Cas7-11 by TPR-CHAT

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Signal Transduction and Targeted Therapy 2024年第6期9卷 2716-2725页

作者： Tian Hong Qinghua Luo Haiyun Ma Xin Wang Xinqiong Li chongrong Shen Jie Pang Yan Wang Yuejia Chen Changbin zhang Zhaoming Su Haohao Dong Xiaodi Tang Department of Laboratory Medicine State Key Laboratory of BiotherapyNational Clinical Research Center for GeriatricsWest China HospitalSichuan UniversityChengduChina Frontiers Medical Center Tianfu Jincheng LaboratoryWest China HospitalSichuan UniversityChengduChina

CRISPR‒Cas7-11 is a Type Ⅲ-E CRISPR-associated nuclease that functions as a potent RNA editing ***-peptide repeat fused with Cas/HEF1-associated signal transducer(TPR-CHAT)acts as a regulatory protein that interacts with CRISPR RNA(crRNA)-bound Cas7-11 to form a CRISPR-guided caspase complex(Craspase).However,the precise modulation of Cas7-11’s nuclease activity by TPR-CHAT to enhance its utility requires further ***,we report cryo-electron microscopy(cryo-EM)structures of Desulfonema ishimotonii(Di)Cas7-11-crRNA,complexed with or without the full length or the N-terminus of *** structures unveil the molecular features of the Craspase *** analysis,combined with in vitro nuclease assay and electrophoretic mobility shift assay,reveals that DiTPR-CHAT negatively regulates the activity of DiCas7-11 by preventing target RNA from binding through the N-terminal 65 amino acids of DiTPR-CHAT(DiTPR-CHAT_(NTD)).Our work demonstrates that DiTPRCHAT_(NTD) can function as a small unit of DiCas7-11 regulator,potentially enabling safe applications to prevent overcutting and offtarget effects of the CRISPR‒Cas7-11 system.

关键词： CRISPR crRNA TPR

溶液反应机理与动力学-1:经典处理方法及其问题分析

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化学通报 2016年第11期79卷 1097-1101页

作者：林亚男张冲融董文浩张树永山东大学化学与化工学院济南250100

通过具体的实验数据,对溶液反应与气相反应动力学特征的差异进行了对比。对采用"溶剂笼"、"遭遇对"模型并引入扩散过程对溶液反应进行处理的经典过程进行了分析,指出该处理过程存在理论假设和近似处理不合理、结果综合性差、无法全面反... 详细信息

通过具体的实验数据,对溶液反应与气相反应动力学特征的差异进行了对比。对采用"溶剂笼"、"遭遇对"模型并引入扩散过程对溶液反应进行处理的经典过程进行了分析,指出该处理过程存在理论假设和近似处理不合理、结果综合性差、无法全面反映溶剂影响等问题。

关键词：溶液反应动力学溶剂笼扩散控制机理

多层次周期性广播策略及系统模型——具有良好可扩展性的异步视频传输策略

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计算机工程与应用 2004年第10期40卷 129-133页

作者：朱楠李崇荣张轩清华大学信息网络工程研究中心北京100084

异步视频服务是基于高速互联网络的典型应用,但是长期以来一直面临着系统可扩展性较差的问题,大量的用户数与有限的带宽资源之间的矛盾成为其主要问题。该文提出了一种具有良好可扩展性的异步视频传输模型,在网络层基于下一代高速互联... 详细信息

异步视频服务是基于高速互联网络的典型应用,但是长期以来一直面临着系统可扩展性较差的问题,大量的用户数与有限的带宽资源之间的矛盾成为其主要问题。该文提出了一种具有良好可扩展性的异步视频传输模型,在网络层基于下一代高速互联网络将广泛支持的组播技术,在应用层创造性地使用了多层次的周期性广播策略。从而较为有效地解决了在分布式多视频服务器环境下系统提供异步视频服务的性能、价格以及可扩展性问题。

关键词：周期性广播组播异步视频服务可扩展性

溶液反应机理与动力学-2:影响因素与动力学方程的一般形式

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化学通报 2016年第12期79卷 1204-1208页

作者：林亚男张冲融董文浩张树永山东大学化学与化工学院济南250100

对引起溶液反应与气相反应速率差异的因素进行了分析。指出大量溶剂分子的存在,并不会导致反应物分子之间的碰撞频率大幅度降低。除影响反应物活度和起催化作用之外,溶剂化和微观粘度是影响溶液反应速率的主要因素。微观粘度的影响可正... 详细信息

对引起溶液反应与气相反应速率差异的因素进行了分析。指出大量溶剂分子的存在,并不会导致反应物分子之间的碰撞频率大幅度降低。除影响反应物活度和起催化作用之外,溶剂化和微观粘度是影响溶液反应速率的主要因素。微观粘度的影响可正可负,可能存在"负粘度"效应。基于简单碰撞理论和过渡态理论,给出了溶液反应速率公式的一般形式,可以综合活化能和微观粘度的影响。该方法可以比较合理地解释一些实验现象。

关键词：溶液反应溶剂效应微观粘度活化能

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绳连接体模型中的相关问题研究

物理教学 2024年第6期46卷 60-62页

作者：张黎何崇荣武汉市黄陂区第一中学湖北430300

研究了一类常见的绳连接体模型中两物体速度和加速度的变化规律,求解了两物体总动能的最大值和运动周期,并指出高考范围内可以考查系统动能的最大值和特殊位置绳子拉力的计算,但不宜求解单个物体的最大动能(或速度),若给出两者质量关系... 详细信息

研究了一类常见的绳连接体模型中两物体速度和加速度的变化规律,求解了两物体总动能的最大值和运动周期,并指出高考范围内可以考查系统动能的最大值和特殊位置绳子拉力的计算,但不宜求解单个物体的最大动能(或速度),若给出两者质量关系,则两者动能在何处取得最大值是确定的,切不可想当然地设计数据。

关键词：绳连接体最大动能最大速度沿绳加速度

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专家笔谈:昆仑文化和昆仑国家文化公园建设

青海社会科学 2024年第1期 5-10页

作者：索端智鄂崇荣张生寅胡芳青海省社会科学院青海省社会科学院文史研究所

国家文化公园建设,是新时代推动文化繁荣、建设文化强国的重大文化工程之一。设立昆仑国家文化公园,不仅有利于促进青海等省区文化遗产保护,促进区域经济社会高质量发展,而且对推动青海国际生态文明高地建设,提升中华文化的传播力和影响... 详细信息

国家文化公园建设,是新时代推动文化繁荣、建设文化强国的重大文化工程之一。设立昆仑国家文化公园,不仅有利于促进青海等省区文化遗产保护,促进区域经济社会高质量发展,而且对推动青海国际生态文明高地建设,提升中华文化的传播力和影响力,助力中华民族共同体建设具有重要意义。为深入学习贯彻习近平文化思想,全面落实习近平总书记对青海工作的重大要求,坚定文化自信,推动青海文化事业繁荣发展,推进昆仑国家文化公园建设和昆仑文化研究,《青海社会科学》开设专题栏目,推出专家笔谈和研究文章。本期我们刊发青海省社会科学院党组书记、院长索端智教授等四位专家围绕昆仑与昆仑文化、昆仑文化与中华优秀传统文化、昆仑文化与青海的关系、昆仑国家文化公园与国家公园群建设等主题进行的笔谈,以期对深化昆仑文化研究、推进昆仑国家文化建设提供思路和视角。

关键词：文化公园区域经济社会昆仑文化文化遗产保护生态文明专家笔谈中华民族共同体高质量发展

1例由***35Cys引起遗传性异常纤维蛋白原血症家系的研究

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右江医学 2024年第3期52卷 215-220页

作者：唐勇张福勇蒋燕珍吴崇荣代洪飞杨红海广西南宁市武鸣区中医医院检验科广西南宁530199 广西医科大学第一附属医院检验科广西南宁530021

目的分析武鸣壮族地区1例FGA基因杂合突变引起的遗传性异常纤维蛋白原血症的表型和基因型,探讨其发病机制。方法对先证者家系三代5人进行外周血采集,使用凝血分析仪检测PT、APTT、FIB、TT等凝血项目,FIB采用PT演算法和Clauss法检测;采用... 详细信息

目的分析武鸣壮族地区1例FGA基因杂合突变引起的遗传性异常纤维蛋白原血症的表型和基因型,探讨其发病机制。方法对先证者家系三代5人进行外周血采集,使用凝血分析仪检测PT、APTT、FIB、TT等凝血项目,FIB采用PT演算法和Clauss法检测;采用DETA抗凝管收集全血,通过NGS筛选,用Sanger测序验证FGA、FGB、FGG基因编码区突变。结果先证者及其父亲表现出FIB-Clauss法水平降低和凝血酶时间延长,而其妹妹和两个女儿均正常。高通量基因测序显示先证者及其父亲检测到FGA c.103C>T杂合错义突变,而先证者的妹妹和两个女儿未检测到该突变。结论导致该家系成员遗传性异常纤维蛋白原血症的分子机制是FGA c.103C>T杂合错义突变,该突变导致蛋白质中第35位氨基酸由精氨酸变为半胱氨酸(***35Cys),从而导致遗传性异常纤维蛋白原血症。

关键词：基因突变家系遗传性异常纤维蛋白原血症

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Application of Multicast-based Video Conference on CERNET Backbone

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计算机工程 2002年第S1期28卷 133-136页

作者： zhang Xuan, WANG Yalei, LI chongrong(Network Research Center of Tsinghua University, Beijing 100084,China) Network Research Center of Tsinghua University Beijing 100084China

Multicast-based video conference is a representative application in advanced network. In multi-point video conference using multicast can get better efficiency facilitated by inner-group broadcast mechanism. In the application, the multicast-based network resources assignment, management and security should be considered together. This paper presents a framework model of multicast-based video conferencing application with three layers. And a practical multicast-based video conferencing is implemented in CERNET(China Education and Research Network) backbone. The practice is valuable for the development of multicast-based video conferencing application in China.

关键词： Multicast Video conference Network application

A prolific and robust whole-genome genotyping method using PCR amplification via primer-template mismatched annealing

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Journal of Integrative Plant Biology 2023年第3期65卷 633-645页

作者： Sheng Zhao Cuicui zhang Liqun Wang Minxuan Luo Peng zhang Yue Wang Waqar Afzal Malik Yue Wang Peng Chen Xianjin Qiu chongrong Wang Hong Lu Yong Xiang Yuwen Liu Jue Ruan Qian Qian Haijian Zhi Yuxiao Chang National Key Laboratory for Crop Genetics and Germplasm Enhancement National Center for Soybean ImprovementNanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China Guangdong Laboratory of Lingnan Modern Agriculture Genome Analysis Laboratory of the Ministry of Agriculture and Rural AffairsAgricultural Genomics Institute at ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518120China College of Agriculture Yangtze UniversityJingzhou 434023China Guangdong Provincial Key Laboratory of New Technology in Rice Breeding Rice Research InstituteGuangdong Academy of Agricultural SciencesGuangzhou 510640China

Whole-genome genotyping methods are important for ***,it has been challenging to develop a robust method for simultaneous foreground and background genotyping that can easily be adapted to different genes and *** our study,we accidently discovered that in adapter ligation-mediated PCR,the amplification by primertemplate mismatched annealing(PTMA)along the genome could generate thousands of stable PCR *** on this observation,we consequently developed a novel method for simultaneous foreground and background integrated genotyping by sequencing(FBI-seq)using one specific primer,in which foreground genotyping is performed by primer-template perfect annealing(PTPA),while background genotyping employs *** DNA arrays,multiple PCR,or genome target enrichments,FBI-seq requires little preliminary work for primer design and synthesis,and it is easily adaptable to different foreground genes and ***-seq therefore provides a prolific,robust,and accurate method for simultaneous foreground and background genotyping to facilitate breeding in the postgenomics era.

关键词： background selection foreground genotyping primer-template mismatched annealing marker-assisted breeding whole-genome genotyping