检索结果-南通市图书馆

Web Resources for Metagenomics Studies

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2015年第5期13卷 296-303页

作者： Pravin Dudhagara Sunil Bhavsar chintan bhagat Anjana Ghelani Shreyas Bhatt Rajesh Patel Department of Biosciences Veer Narmad South Gujarat University Department of Microbiology Shree Ramkrishna Institute of Computer Education and Applied Sciences Department of Life Sciences Hemchandracharya North Gujarat University

The development of next-generation sequencing （NGS） platforms spawned an enormous volume of data. This explosion in data has unearthed new scalability challenges for existing bioinformatics tools. The analysis of metagenomic sequences using bioinformatics pipelines is complicated by the substantial complexity of these data. In this article, we review several commonly-used online tools for metagenomies data analysis with respect to their quality and detail of analysis using simulated metagenolnies data. There are at least a dozen such software tools presently available in the public domain. Among them, MGRAST, IMG/M, and METAVIR are the most well-known tools according to the number of citations by peer-reviewed scientific media up to mid-2015. Here, we describe 12 online tools with respect to their web link, annotation pipelines, clustering methods, online user support, and availability of data storage. We have also done the rating for each tool to screen more potential and preferential tools and evaluated five best tools using synthetie metagenome. The article comprehensively deals with the contemporary problems and the prospects of metagenomies from a bioinformatics viewpoint.

关键词： Mctagenomics Metagcnomes Web resources Software tools Synthetic metagenome

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