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A pilot survey on antimicrobial activity and diversity of soil-derived actinobacteria from different depths in Gudzhirganskoe saline lake in Eastern Siberia

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Journal of Oceanology and Limnology 2023年第4期41卷 1307-1320页

作者： Qin YANG Puyu GUO Elena Y.ABIDUEVA Elena V.LAVRENTYEVA Irina M.LISEVICH Ilya A.OSTERMAN Petr V.SERGIEV Shaowei LIU Chunmei XUE chenghang sun Department of Microbial Chemistry Institute of Medicinal BiotechnologyChinese Academy of Medical Sciences&Peking Union Medical CollegeBeijing 100050China Beijing Key Laboratory of Antimicrobial Agents Institute of Medicinal BiotechnologyChinese Academy of Medical Sciences&Peking Union Medical CollegeBeijing 100050China College of Life Sciences Jiamusi UniversityJiamusi 154000China Institute of General and Experimental Biology Siberian BranchRussian Academy of SciencesUlan-Ude 670047Russia Center of Life Sciences Skolkovo Institute of Science and TechnologyMoscow 101135Russia Department of Chemistry A.N.Belozersky Institute of Physico-Chemical BiologyLomonosov Moscow State UniversityMoscow 101135Russia

To explore pharmaceutical actinobacteria from salty environments in Siberia,8 soil samples were collected from different depths of Gudzhirganskoe saline lake,the Republic of Buryatia,***,635 actinobacterial strains affiliated with 21 genera in 12 families of 7 orders were obtained by culture-dependent *** predominant genus was Streptomyces(74.5%),followed by Microbacterium(4.9%),Agromyces(3.5%),Nocardiopsis(3.0%),and Kitasatospora(2.5%).Seven strains showed relatively low 16 S rRNA similarities(<98.65%)with validly described ***-seven strains were selected as representatives to evaluate their antimicrobial activities and underlying mechanisms by paper-disk diffusion method and a double fluorescent protein reporter system(pDualrep 2),*** sp.S 6 b 3-1 was highlighted due to its strong inhibitory activities against Gram-positive bacteria and underlying antibacterial mechanism by inducing the SOS response in the reporter ***-1,(R)-6-[1-(benzoyloxy)ethyl]-phenazine-1-carboxylic acid,an analogue of saphenamycin was finally isolated from the culture broth of Streptomyces *** study preliminarily explored the actinobacterial diversity of soil samples collected in the highly alkaline and saline lake Gudzhirganskoe by culture-dependent approach and their capacity to produce antibiotics for the first time,which revealed that it deserves to make more efforts to discover new actinobacterial species and potential new antibiotics from the saline lake in Eastern Siberia.

关键词： Gudzhirganskoe saline lake actinobacteria diversity antimicrobial activities phenazine antibiotic

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Diversity, novelty, antimicrobial activity, and new antibiotics of cultivable endophytic actinobacteria isolated from psammophytes collected from Taklamakan Desert

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Journal of Pharmaceutical Analysis 2021年第2期11卷 241-250页

作者： Ting Wang Feina Li Qinpei Lu Gang Wu Zhongke Jiang Shaowei Liu Xugela Habden Elizaveta A.Razumova Ilya A.Osterman Petr V.Sergiev Olga A.Dontsova Xinxin Hu Xuefu You chenghang sun Institute of Medicinal Biotechnology Chinese Academy of Medical Sciences&Peking Union Medical CollegeBeijing100050China Beijing Key Laboratory of Antimicrobial Agents Institute of Medicinal BiotechnologyChinese Academy of Medical Sciences&Peking Union Medical CollegeBeijing100050China College of Life Science Xinjiang Normal UniversityUrumchi830054China Lomonosov Moscow State University Moscow119992Russia Center of Life Sciences Skolkovo Institute of Science and TechnologyMoscow143025Russia Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry Russian Academy of SciencesMoscow119992Russia

Three hundred and twenty endophytic actinobacterial strains were isolated from psammophytes collected from Taklamakan Desert and identified. Among them, three strains already had been identified as new species of two genera and sixteen isolates showed relatively low 16 S rRNA similarities < 98.6% to validly described species. Seventy-five of the isolates were selected as representative strains to screen antibacterial activity and mechanism. Forty-seven strains showed antagonistic activity against at least one of the indicator bacteria. Two Streptomyces strains produced bioactive compounds inducing DNA damage, and two Streptomyces strains produced bioactive compounds with inhibitory activity on protein biosynthesis. Notably, the strain Streptomyces sp. 8P21H-1 that demonstrated both strong antibacterial activity and inhibitory activity on protein biosynthesis was prioritized for exploring new *** the strategy of integrating genetics-based discovery program and MS/MS-based molecular networking, two new streptogramin-type antibiotics, i.e., acetyl-griseoviridin and desulphurizing griseoviridin, along with known griseoviridin, were isolated from the culture broth of strain 8P21H-1. Their chemical structures were determined by HR-MS, and 1D and 2D NMR. Desulphurizing griseoviridin and griseoviridin exhibited antibacterial activities by inhibiting translation.

关键词： Taklamakan desert Endophytic actinobacteria Novelty Diversity Streptogramin-type antibiotic

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洞穴探险与洞穴病-组织胞浆菌病

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中国岩溶 2023年第3期42卷 616-626页

作者：孙承航中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050

文章介绍了一种与洞穴探险关系密切的深部真菌感染性疾病-组织胞浆菌病,回顾了组织胞浆菌病及其病原真菌,荚膜组织胞浆菌的发现、洞穴病的提出、洞穴中感染源和传播途径的研究历程。结合世界及我国洞穴中组织胞浆菌病爆发的实例,介绍了... 详细信息

文章介绍了一种与洞穴探险关系密切的深部真菌感染性疾病-组织胞浆菌病,回顾了组织胞浆菌病及其病原真菌,荚膜组织胞浆菌的发现、洞穴病的提出、洞穴中感染源和传播途径的研究历程。结合世界及我国洞穴中组织胞浆菌病爆发的实例,介绍了预防组织胞浆菌病的相关知识,并为安全地开展洞穴探险提供了建议。

关键词：组织胞浆菌病荚膜组织胞浆菌洞穴真菌蝙蝠

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天然来源的新化合物4~"-异丁酰螺旋霉素Ⅲ(生技霉素A2β)

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中国抗生素杂志 1998年第4期 16-21页

作者： sun chenghang and Jin Wenzao(Institute of Medicinal Biotechnology, Peking Union Medical College,Chinese Academy of Medical Sciences, Beijing 100050)

生技霉素是一组４＂－酰化螺旋霉素，继从生技霉素产生菌发酵液中分离到主要组分生技霉素Ａ和Ｂ之后，利用两相分配及柱层析的分离方法，又分离到分子量为９６８的化合物生技霉素Ａ２。根据其ＵＶ、ＩＲ、ＦＡＢ－ＭＳ、１Ｈ－ＮＭＲ、... 详细信息

生技霉素是一组４＂－酰化螺旋霉素，继从生技霉素产生菌发酵液中分离到主要组分生技霉素Ａ和Ｂ之后，利用两相分配及柱层析的分离方法，又分离到分子量为９６８的化合物生技霉素Ａ２。根据其ＵＶ、ＩＲ、ＦＡＢ－ＭＳ、１Ｈ－ＮＭＲ、１３Ｃ－ＮＭＲ、ＤＥＰＴ谱、１Ｈ－１ＨＣＯＳＹ的分析及与４＂－异戊酰螺旋霉素Ⅲ（即生技霉素Ａ）光谱数据的比较表明生技霉素Ａ２含分子式皆为Ｃ５０Ｈ８４Ｎ２Ｏ１６的４＂－异丁酰螺旋霉素Ⅲ（生技霉素Ａ２β）和４＂－丁酰螺旋霉素Ⅲ（生技霉素Ａ２α）。生技霉素Ａ２碱水解产物中游离脂肪酸的气相色谱及ＧＣ－ＭＳ分析支持了以上结论。

关键词： 4~"-异丁酰螺旋霉素Ⅲ 生技霉素A 4~"-酰化螺旋霉素

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生技霉素E(4"-异戊酰螺旋霉素Ⅰ)的分离和结构鉴定

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中国抗生素杂志 2000年第1期25卷 1-4,71页

作者：孙承航姜威金文藻王以光中国医学科学院

为获得高产的4"异戊酰螺旋霉素,将4"异戊酰基转移酶基因整合入螺旋霉素产生菌***21染色体,构建成功了一株稳定的生物工程菌WSJ1,继从该菌株代谢产物中分离获得生技霉素A1(4"异戊酰螺旋霉素)、生技霉素B1(4"异戊酰螺旋霉素),又分离获得... 详细信息

为获得高产的4"异戊酰螺旋霉素,将4"异戊酰基转移酶基因整合入螺旋霉素产生菌***21染色体,构建成功了一株稳定的生物工程菌WSJ1,继从该菌株代谢产物中分离获得生技霉素A1(4"异戊酰螺旋霉素)、生技霉素B1(4"异戊酰螺旋霉素),又分离获得一主要组分生技霉素E。经UV、FTIR、HRSIMS、1HNMR、13CNMR、1H1HCOSY等光谱分析和与生技霉素A1及相关文献的光谱数据比较,确定生技霉素E为本菌株目标化合物之一——4"异戊酰螺旋霉素,高效液相分析表明,该生物工程菌代谢产物中4"异戊酰螺旋霉素含量超过55%。

关键词：生技霉素E 生物工程菌分离结构鉴定

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全谷物成分对面制品品质及加工特性影响研究进展

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食品与机械 2023年第9期39卷 228-233页

作者：邵玉兰孙成行胡冰冰朝阳师范高等专科学校辽宁朝阳122000 大连工业大学食品学院辽宁大连116034

文章介绍了全谷物中的淀粉、蛋白质、油脂、多酚等成分对面团加工特性和面制品品质的影响,并分析了全谷物面制品中存在的问题以及改善措施。

关键词：全谷物面制品品质加工特性营养成分

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用FABMS法研究抗生素柱晶白霉素、4″—酰化螺旋霉素和Shengjimycins的质谱裂解规律

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质谱学报 2001年第1期22卷 63-69页

作者：余志立孙承航姜威黄颉中国医学科学院中国协和医科大学医药生物技术研究所北京100050

本文介绍用FABMS法或SIMS法研究抗生素柱晶白霉素、4″—酰螺旋霉素、Shengjimycins的质谱裂解规律。用MS数据和13CNMR(COM ,DEPT)数据鉴别该分子式和结构式。

关键词：抗生素柱晶白霉素 4-酰化螺旋霉素分子式结构式 FABMS SIMS 质谱裂解规律 Shengjimycins

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低能离子注入诱变法选育新硫肽类抗生素166A高产菌株

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中国抗生素杂志 2024年第9期49卷 995-1003页

作者：戴剑漉李艳青李欣蒋忠科赫卫清孙承航中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所“天然药物活性物质与功能”国家重点实验室北京100050 中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所国家卫生健康委员会抗生素生物工程重点实验室北京100050 中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所微生物化学研究室和抗感染药物研究北京市重点实验室北京100050 广东医科大学南方海洋科学与工程广东省实验室湛江524023

目的为进一步提高产量,以小单孢菌Micromonospora ***166-MU1为出发菌株,采用低能离子注入技术,研究不同离子注入参数对菌株存活率、正负突变率的影响,通过突变株抑菌活性变势参数分析,初步探讨N+离子注入对166A生产菌所产生的诱变效果... 详细信息

目的为进一步提高产量,以小单孢菌Micromonospora ***166-MU1为出发菌株,采用低能离子注入技术,研究不同离子注入参数对菌株存活率、正负突变率的影响,通过突变株抑菌活性变势参数分析,初步探讨N+离子注入对166A生产菌所产生的诱变效果,并结合卡那霉素抗性筛选及牛津杯固体发酵高通量筛选,获得高产菌株。方法利用低能N+离子注入技术对出发菌株TMD166-MU1的孢子进行辐照诱变,以卡那霉素耐受性为选择压力,不同诱变条件处理的菌悬液涂布在含有卡那霉素培养基平板上培养后获得单菌落,并以牛津杯固体发酵高通量筛选方法进行高产菌株初筛,之后对高产菌株进行摇瓶复筛,利用高效液相法检测突变株摇瓶发酵的化学效价。结果通过研究30和60 keV能量下不同注入剂量与小单孢菌正突变率的生物学效应关系,确定了在注入能量为30 keV、注入剂量4×10^(13)ions/cm^(2)、卡那霉素抗性筛选浓度为6 mg/L条件下,可获得最高达36.33%的正突变率。复筛效价是出发菌株1.5倍以上的有4株,其中突变株IK-3的166A产量是菌株TMD166-MU1的1.8倍。结论采用低能N+离子注入诱变方式,再结合抗生素抗性筛选及牛津杯固体发酵高通量筛选的集成方法能简单、高效地获得166A高产突变菌株。

关键词：新硫肽类抗生素166A 低能离子注入诱变抗生素抗性筛选高通量筛选高产菌株

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基于改进YOLOv7-Tiny的工业缺陷检测研究

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智能计算机与应用 2023年第11期13卷 69-76页

作者：刘凌峰陈洪刚卿粼波孙承行四川大学电子信息学院成都610065 四川省隆鑫科技包装有限公司四川遂宁629200

针对现代工业生产对工业产品缺陷的高效检测需求,以钢材缺陷为切入点,提出了一种基于改进YOLOv7-Tiny的缺陷检测方法。首先,将DCNv3网络与YOLOv7-Tiny的主干网络层进行融合,提高模型对不同尺度、形状缺陷的灵敏度;其次,引入了CABM注意... 详细信息

针对现代工业生产对工业产品缺陷的高效检测需求,以钢材缺陷为切入点,提出了一种基于改进YOLOv7-Tiny的缺陷检测方法。首先,将DCNv3网络与YOLOv7-Tiny的主干网络层进行融合,提高模型对不同尺度、形状缺陷的灵敏度;其次,引入了CABM注意力机制,加强网络对特征图中重要信息的感知能力;然后,在网络特征融合层使用了CARAFE算子,改善原始网络语义信息利用不充分的问题;最后,采用基于归一化Wasserstein距离的损失函数来改善在小目标检测中网络对预测框与真实框位置偏移敏感的问题。实验结论表明,本文改进后的YOLOv7-Tiny算法在开源钢材缺陷数据集NEU-DET上平均准确率达到了77.5%,较原始算法提升了4.3%,同时模型参数量相较于原始YOLOv7-Tiny算法降低了11.3%,达到了检测精度与模型复杂度的平衡。

关键词：钢材缺陷检测 YOLOv7-Tiny 可变形卷积注意力机制归一化Wasserstein距离

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黑果枸杞根际土样来源Salininema属菌株438HGGQ3-1~T的鉴定

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厦门大学学报（自然科学版） 2019年第2期58卷 269-275页

作者：刘国强阿尔新.哈布丁李小俊孙承航郑勇旭格拉.哈布丁新疆师范大学生命科学学院新疆干旱区植物逆境生物学实验室新疆乌鲁木齐830054 新疆自治区人民医院小儿外科新疆乌鲁木齐830001 中国医学科学院&北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050 河北北方学院医学检验学院河北张家口075000

采用多相分类学的方法,即通过表型、化学分类和分子分类特征,并综合系统发育分析结果,探究我国新疆库尔勒地区黑果枸杞(Lycium ruthenicum)根际土样来源菌株438HGGQ3-1T的分类学地位.结果显示:菌株438HGGQ3-1T为革兰氏染色阳性,可形成... 详细信息

采用多相分类学的方法,即通过表型、化学分类和分子分类特征,并综合系统发育分析结果,探究我国新疆库尔勒地区黑果枸杞(Lycium ruthenicum)根际土样来源菌株438HGGQ3-1T的分类学地位.结果显示:菌株438HGGQ3-1T为革兰氏染色阳性,可形成广泛分枝状营养菌丝、略带弯曲的丝状气生菌丝和末端平截的杆状分生孢子,最适生长条件为28～37℃、pH 7.0～7.5和2%～12%(质量分数)NaCl.该菌株的氧化酶活性呈阴性,过氧化氩酶活性呈阳性,以内消旋2,6-二氨基庚二酸作为特征性二氨基酸,以葡萄糖和核糖作为特征性全细胞糖,细胞磷脂包含磷脂酰乙醇胺、二磷脂酰甘油、磷脂酰甘油、磷脂酰肌醇甘露糖苷、磷脂酰肌醇和2种含糖的磷脂,主要的甲基萘醌为MK-10(H4)、MK-9(H4)和MK-10(H2),主要脂肪酸为anteiso-C17:0、anteiso-C15:0和iso-C16:0.菌株438HGGQ3-1T与糖霉菌科Salininema proteolyticum Miq-4T、Paraglycomyces xinjiangensis TRM 49201T和Salilacibacter albus J11Y309T同源性较高,对应的16SrRNA基因序列相似度分别为99.79%,99.67%和96.00%,与***-M 10908T和*** CCTCC AA 2013002T的DNA-DNA杂交值均高于70%.综上分析表明菌株438HGGQ3-1T为***.

关键词：嗜盐放线菌多相分类学根际土样 Salininema属黑果枸杞

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