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HUPAN助力人类基因组研究向人类泛基因组学跨越

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中华病理学杂志 2020年第2期49卷 105-107页

作者：于颖彦韦朝春上海交通大学医学院附属瑞金医院消化外科研究所 200025 上海交通大学生命科学技术学院 200240

近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科... 详细信息

近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科研人员更想了解这项新技术会对人类疾病研究带来什么影响。为了使生物医学领域研究人员对HUPAN开发的生物学意义有更多的了解,作者从泛基因组学分析流程的构建过程、泛基因组学研究需要的硬件条件、已经公布的人类基因组参考序列与泛基因组理念的差别、泛基因组研究将会对人类疾病研究产生的影响等多角度进行述评。

关键词：上海交通大学科研人员人类基因组研究硬件条件人类疾病分析流程基础医学研究参考序列

基于虚拟筛选和分子动力学模拟发现新型ULK1抑制剂

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化学通报 2024年第1期87卷 92-97,1页

作者：杨艺璠宋秀庆高志明未朝春闫红钟启迪北京工业大学环境与生命学部北京100124 北京工业大学大型仪器开放共享平台北京100124 华北理工大学药学院唐山063000

Unc-51样自噬激活激酶1(ULK1)作为自噬启动的重要调控因子,是肿瘤治疗的关键靶点之一。首先,以已知ULK1抑制剂为基础构建药效团模型,通过药效团模型筛选、分子对接以及分子力学广义波恩表面积(MM/GBSA)结合自由能计算等方法,对含有52万... 详细信息

Unc-51样自噬激活激酶1(ULK1)作为自噬启动的重要调控因子,是肿瘤治疗的关键靶点之一。首先,以已知ULK1抑制剂为基础构建药效团模型,通过药效团模型筛选、分子对接以及分子力学广义波恩表面积(MM/GBSA)结合自由能计算等方法,对含有52万多个类药性小分子的数据库进行虚拟筛选,得到具有较高理论亲和力的化合物。随后,50ns的分子动力学模拟验证了蛋白质-配体复合物结合的稳定性,最后10ns的平均结合自由能的计算研究进一步验证了配体的结合能力。结果表明,6个化合物(F5258-0159、F3407-0428、F0529-1100、F0696-3531、F3222-5280、F6525-5596)具有骨架新颖、分子对接分数和结合自由能数值优异及与ULK1的结合状态稳定等特点,可以作为新型潜在的ULK1抑制剂用于肿瘤治疗的研究,也为新型ULK1抑制剂的设计和研发提供新的研究思路。

关键词： ULK1抑制剂药效团模型分子对接分子动力学模拟

Structural geometrical analysis and simulation of decollement growth folds in piedmont Fauqi Anticline of Zagros Mountains, Iraq

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Science China Earth Sciences 2016年第9期59卷 1885-1898页

作者： OU ChengHua CHEN wei LI chaochun ZHOU WenJiang State Key Laboratory of Oil and Gas Reservoir Geology and Exploitation Southwest Petroleum University State-owned Asset Management Office Southwest Petroleum University Zhundong Oil Production Plant Xinjiang Oilfield Company

This study carried out detailed structural analyses of the plane structural deformation pattern and sectional structural deformation styles of the Fauqi Anticline by the 3D seismic section with full cover collection, and carried out the kinematical simulation of the Fauqi anticlinal deep decollement coupling shallow growth folds and faults based on the fault decollement fold model and the forward balanced geological section technique. The study subsequently evaluated the differentiated petroleum enrichment mechanism of the Fauqi Anticline by utilizing the results of the structural analysis and combining the spatial-temporal relationship analysis of the source, the reservoir, and the caprock. The results showed that the differentiated plane structural deformation pattern and hierarchical sectional structural deformation style were developed by the superposed coupling of deep decollement, syntectonic sedimentation of shallow growth strata, and the compression of the south-west horizontal tectonic stress from the Zagros Mountains. It was found that the differentiated structural deformation caused the differentiated enrichment of petroleum in the Fauqi Anticline. It was also found that the horizontal slip distance of the Fauqi Anticlinal Folds reached around 3.5 km by the simulation of deep decollement coupling the movement of the shallow growth folds and the faults.

关键词： Fauqi Anticline Decollement Growth fold Geometrical analysis of structures Kinematical simulation Petroleum enrichment Zagros Mountains

Growth of SnO_2 Nanoflowers on N-doped Carbon Nanofibers as Anode for Li-and Na-ion Batteries

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Nano-Micro Letters 2018年第2期10卷 21-29页

作者： Jiaojiao Liang chaochun Yuan Huanhuan Li Kai Fan Zengxi wei Hanqi Sun Jianmin Ma School of Physics and Electronics Hunan University Automotive Engineering Research Institute Jiangsu University Key Laboratory of Advanced Energy Materials Chemistry (Ministry of Education) Nankai University

It is urgent to solve the problems of the dramatic volume expansion and pulverization of SnO_2 anodes during cycling process in battery systems. To address this issue, we design a hybrid structure of N-doped carbon fibers@SnO_2 nanoflowers(NC@SnO_2) to overcome it in this work. The hybrid NC@SnO_2 is synthesized through the hydrothermal growth of SnO_2 nanoflowers on the surface of N-doped carbon fibers obtained by electrospinning. The NC is introduced not only to provide a support framework in guiding the growth of the SnO_2 nanoflowers and prevent the flower-like structures from agglomeration, but also serve as a conductive network to accelerate electronic transmission along one-dimensional structure effectively. When the hybrid NC@SnO_2 was served as anode, it exhibits a high discharge capacity of 750 Ah g^(-1) at 1 A g^(-1) after 100 cycles in Li-ion battery and 270 mAh g^(-1) at 100 mA g^(-1) for 100 cycles in Na-ion battery, respectively.

关键词： SnO2 Nanostructures Anode Li-ion battery Na-ion battery

扎格罗斯盆地Buzurgan背斜斜向逆冲断裂褶皱的几何解析及运动学模拟

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地球科学（中国地质大学学报） 2016年第3期41卷 385-393页

作者：欧成华陈伟韩耀祖李朝纯西南石油大学油气藏地质及开发工程国家重点实验室四川成都610500 中国石油东方地球物理公司研究院库尔勒分院新疆库尔勒841000 西南石油大学国有资产管理处四川成都610500

扎格罗斯盆地因其丰富的油气资源和复杂的构造体系而深受国际石油界的重视,其中是否存在斜向逆冲断裂褶皱对于进一步深化盆地构造特征的认识至关重要.基于断裂相关褶皱理论,采用地层倾角域分析和褶皱轴面分析方法,系统地开展了扎格罗斯... 详细信息

扎格罗斯盆地因其丰富的油气资源和复杂的构造体系而深受国际石油界的重视,其中是否存在斜向逆冲断裂褶皱对于进一步深化盆地构造特征的认识至关重要.基于断裂相关褶皱理论,采用地层倾角域分析和褶皱轴面分析方法,系统地开展了扎格罗斯盆地Buzurgan背斜地震剖面的构造几何解析,获得了时间构造等T_0图、沿层时间域水平切片图和平行于断层走向的地震剖面图.在此基础上,依据斜向逆冲断裂褶皱的构造几何识别特征,解释出Buzurgan背斜的斜向逆冲断裂褶皱几何变形样式.最后通过计算机正演模拟,再现了Buzurgan背斜斜向逆冲断裂褶皱构造样式的成生过程,验证了斜向逆冲断裂褶皱解释的合理性和可靠性.

关键词：扎格罗斯盆地 Buzurgan背斜斜向逆冲断裂褶皱构造几何解析运动学模拟石油地质

基于物理-事理-人理的数据要素市场影响因素分析

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计量经济学报 2023年第3期3卷 636-659页

作者：黄朝椿魏云捷中国科学院大学经济与管理学院北京100190 中国科学院数学与系统科学研究院北京100190 中国科学院预测科学研究中心北京100190

数据要素作为新型生产要素,在数字经济发展中起着基础性、关键性作用.本文基于356份问卷调查所得的数据,从物理-事理-人理角度探究了数据要素市场的影响因素.首先,通过理论分析和文献梳理,基于WSR系统方法论,将影响数据要素市场建设的4... 详细信息

数据要素作为新型生产要素,在数字经济发展中起着基础性、关键性作用.本文基于356份问卷调查所得的数据,从物理-事理-人理角度探究了数据要素市场的影响因素.首先,通过理论分析和文献梳理,基于WSR系统方法论,将影响数据要素市场建设的42个因子分为物理维、事理维和人理维;其次,基于物理、事理、人理分别进行主成分分析,从中提取影响三个维度的重要因素;最后,根据所提取的重要因素,通过验证性因子分析,构建数据要素市场影响因素模型.实证研究表明,数据要素的供给是关键,数字技术的突破是基础,数据价值的测度是前提,数据收入的分配是动力,数据安全的保护是底线,专业人才的培养是重点.最后,提出了突破关键数字技术、加强市场制度设计、制定数据产权法、加快专业人才队伍建设等政策建议.

关键词： WSR系统方法论数据要素市场主成分分析验证性因子分析

The Genomic Variation of 3,000 diverse Rice (Oryza sativa L.)Accessions:Discoveries And Applications In Rice Improvement

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The Genomic Variation of 3,000 diverse Rice (Oryza sativa L....

2018中国作物学会学术年会

作者：黎志康 Fan Zhang Whensheng Wang Ramil Mauleon Zhiqiang Hu Dmytro Chebotarov Shuaishuai Tai Zhichao Min Li Tianqing Zheng Roven Rommel Fuentes Locedie Mansueto Dario Copetti Millicent Sanciangco Kevin Christian Palis Jianlong Xu Chen Sun Hongliang Zhang Binying Fu Yongming Gao Xiuqin Zhao Fei Shen Xiao Cui Hong Yu Zichao Li Miaolin Chen Jeffery Detras Yongli Zhou Xinyuan Zhang Yue Zhao Dave Kudrna Chunchao Wang Rui Li Ben Jia Jinyuan Lu Xianchang He Zhaotong Dong Jiabao Xu Yanhong Li Miao Wang Jianxin Shi Jing Li Dabing Zhang Seunhee Lee Wushu Hu Alexander Poliakov Inna Dubchak Victor Jun Ulat Frances Nikki Borja John Robert Mendoza Jauhar Ali Ming Yang Yongchao Niu Zhen Yue Ma.Elizabeth B.Naredo Jayson Talag Xueqiang Wang Jinjie Li Xiaodong Fang Ye Yin Jean-Christophe Glaszmann Jianwei Zhang Jiayang Li Ruaraidh Sackville Hamilton Rod A.Wing chaochun wei Jue Ruan Gengyun Zhang Kenneth L.Mcnally Nickolai Alexandrov Hei Leung Hei Institute of Crop Sciences Chinese Academy of Agricultural Sciences Shenzhen Institute for Innovative Breeding Chinese Academy of Agricultural Sciences International Rice Research Institute School of Life Sciences and Biotechnology Shanghai Jiao Tong University Shanghai Center for Bioinformation Technology BGI Genomics BGI-Shenzhen Agricultural Genomics Institute at Shenzhen Chinese Academy of Agricultural Sciences Anhui Agricultural University Arizona Genomics Institute School of Plant SciencesUniversity of Arizona China Agricultural University Institute of Genetics and Developmental Biology Chinese Academy of Sciences Lawrence Berkeley National Laboratory

Asian cultivated rice(Oryza sativa L.) is the staple food for the half world population with rich within species *** analyses of the genome resequencing data of a core collection of 3,010 rice accessions revealed four important aspects of the genomic diversity within ***,over 42 million SNPs and >3 million small InDels were discovered against five reference ***,we discovered more than 90,000 structural(>100 bps) variations(SVs) when compared with the Geng reference genome,consisting primarily of small-sized deletions and translocations,plus many duplications and *** SVs accounted for significant portion of the rice genome and involved most(～80%) rice ***,we discovered >12,000 full-length novel protein-coding genes plus 9000+ novel genes of partial sequences that are absent in the Nipponbare reference *** rice pan genome consists of ～62%core genes/gene families that are present in all rice lines,and ～38%distributed genes that are present only some of rice ***,using large-effect SNPs and InDels of all loci in the PG,a rice functional haplotype database was *** SNP,PG and SV variation clearly resolve the 3,010 rice accessions into two major subspecies,Xian(indica) and Geng(japonica),plus Aus and Aro groups and multiple subpopulations within Xian and *** reduced diversity was found in genomic regions where over 1,000 agronomically important and domestication-related genes *** efforts have been taken to identify and mine genes/QTLs/alleles associated with a wide range of important traits in rice using the 3 k materials and SNP *** demonstrate how the results of the 3 k RGP could be used in rice improvement,genomic constitutions of 476 BC F introgression lines(ILs) from our breeding program were constructed using high-quality reference genomes of their 9 parents and the 3 k RGP *** compared with their recurrent parent,Huang-hua-

关键词： Rice genome diversity population structure pan genomes genomics-based breeding by design

来源： cnki会议评论

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基于VR的船舶管系装配方案评价研究

中国航海 2024年第3期47卷 65-71页

作者：吴启航曾骥黄朝春刘玮马洁琳上海海事大学商船学院上海201306 上海海事大学海洋科学与工程学院上海201306 广州彩蛋信息科技有限公司广州510000

为了评价船舶管系虚拟装配方案的质量,文章结合管系安装工艺和实际装配过程,综合考虑干涉情况、工艺数值因素、安装因素以及托盘使用情况,提出虚拟装配方案评价指标体系,并进一步提出基于模糊综合评价的虚拟装配方案评价方法。以某邮轮... 详细信息

为了评价船舶管系虚拟装配方案的质量,文章结合管系安装工艺和实际装配过程,综合考虑干涉情况、工艺数值因素、安装因素以及托盘使用情况,提出虚拟装配方案评价指标体系,并进一步提出基于模糊综合评价的虚拟装配方案评价方法。以某邮轮机舱区燃油管系为例,统计其虚拟装配方案的数据,并应用该方法对方案质量进行评估,结果表明:该方法使用效果良好,满足船舶管系装配的要求,能够为实际装配过程提供有利指导。

关键词：管系虚拟装配模糊算法船舶管系方案评价

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基于μ控制理论的汽车横向主动避撞系统研究

机械制造与自动化 2018年第4期47卷 156-161页

作者：王潍袁朝春何友国江苏大学汽车工程研究院江苏镇江212013

为提高汽车横向主动避撞系统在外界环境和自车因素产生的未建模误差和参数不确定性影响下的性能,提出了横向主动避撞安全距离模型;以动力学摄动模型动力系统为控制对象,考虑参数摄动、外界干扰和未建模误差的影响,利用μ控制理论进行横... 详细信息

为提高汽车横向主动避撞系统在外界环境和自车因素产生的未建模误差和参数不确定性影响下的性能,提出了横向主动避撞安全距离模型;以动力学摄动模型动力系统为控制对象,考虑参数摄动、外界干扰和未建模误差的影响,利用μ控制理论进行横向主动避撞安全距离模型及其稳定性仿真;在Matlab的Simgui工具箱中,将μ控制器和标称情况下的H#控制器进行仿真对比。仿真结果表明模型的有效性及所设计的μ控制器在存在摄动和干扰时,具有较快的响应速度和鲁棒性,使系统有较好的控制效果。

关键词：汽车主动避撞 μ控制理论摄动安全距离模型稳定性控制