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Cove.ing Your Base.： Inhe.itance.of DNA Me.hylation in Plant Ge.ome.

Mole.ular Plant 2014年第3期7卷 472-480页

作者： chad e. niederhuth robert j. schmitz De.artme.t of Ge.e.ics University of Georgia Athens GA 30602 USA

Cytosine.me.hylation is an important base.modification that is inhe.ite. across mitotic and me.otic ce.l divisions in plant ge.ome.. He.itable.me.hylation variants can contribute.to within-spe.ie. phe.otypic variation. Fe. me.hylation variants we.e.known until re.e.tly, making it possible.to be.in to addre.s maj.r unanswe.e. que.tions： the.e.te.t of natural me.hylation variation within plant ge.ome., its e.fe.ts on phe.otypic variation, its de.re. of de.e.d- e.ce.on ge.otype. and how it fits into an e.olutionary conte.t. Te.hnique. like.whole.ge.ome.bisulfite.se.ue.cing （WGBS） make.it possible.to de.e.mine.cytosine.me.hylation state. at single.base.re.olution across e.tire.ge.ome. and populations. Application of this me.hod to natural and nove. e.pe.ime.tal populations is re.e.ling answe.s to the.e.long-standing que.tions about the.role.of DNA me.hylation in plant ge.ome..

关键词： DNA me.hylation e.ige.e.ics e.ialle.e whole.ge.ome.bisulfite.se.ue.cing.

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Chromosome.scale.scaffolding of the.black raspbe.ry (Rubus occide.talis L.) ge.ome.base. on chromatin inte.action data

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Horticulture.Re.e.rch 2018年第1期5卷 868-878页

作者： Rubina j.bran He.ge.Dzie.zon Nahla Bassil j.ll M.Bushakra Patrick P.e.ge. Shawn Sullivan chad e.Finn Michae. Dosse.t Ke.ly j.Vining robert VanBure. Todd C.Mockle. Ivan Liachko Ke.in M.Davie. Toshi M.Foste. David Chagné The.Ne. Ze.land Institute.for Plant&Food Re.e.rch Limite. Private Bag 11600Palmerston North4474New Zealand USDA-ARS National Clonal Ge.mplasm Re.ository 33447 Peoria RoadCorvallisOR97333USA De.artme.t of Horticulture Michigan State UniversityEast LansingMI48824-2604USA Phase.Ge.omics SeattleWA98195USA USDA-ARS Horticultural Crops Re.e.rch Unit CorvallisOR97330USA B.C.Blue.e.ry Council(in Partne.ship with Agriculture.and Agri-Food Canada)Agassiz Food Re.e.rch Ce.tre AgassizBCV0M 1A0Canada The.Donald Danforth Plant Scie.ce.Ce.te. St.LouisMO63132USA De.artme.t of Ge.ome.Scie.ce. University of Washington School of MedicineSeattleWA98195USA

Black raspbe.ry(Rubus occide.talis L.)is a niche.fruit crop value. for its flavor and pote.tial he.lth *** improve.e.t of fruit and cane.characte.istics via mole.ular bre.ding te.hnologie. has be.n hinde.e. by the.lack of a high-quality re.e.e.ce.*** re.e.tly re.e.se. draft ge.ome.for black raspbe.ry(ORUS 4115-3)lacks asse.bly of scaffolds to chromosome.*** use. high-throughput chromatin conformation capture.Hi-C)and Proximity-Guide. Asse.bly(PGA)to cluste. and orde. 9650 out of 11,936 contigs of this draft ge.ome.asse.bly into se.e. *** se.e. pse.do-chromosome. cove.~97.2%of the.total contig le.gth(~223.8 Mb).Locating e.isting ge.e.ic marke.s on the.physical map re.olve. multiple.discre.ancie. in marke. orde. on the.ge.e.ic *** re.ions we.e.infe.re. from re.ombination fre.ue.cie. of ge.e.ic marke.s,alignme.t of 303 bp ce.trome.ic se.ue.ce.with the.PGA,and he.t map showing the.physical contact matrix ove. the.e.tire.*** de.onstrate.a high de.re. of synte.y be.we.n e.ch of the.se.e. chromosome. of black raspbe.ry and a high-quality re.e.e.ce.ge.ome.for strawbe.ry(Fragaria ve.ca L.)asse.ble. using only PacBio long-re.d *** conclude.that PGA is a cost-e.fe.tive.and rapid me.hod of ge.e.ating chromosome.scale.asse.blie. from Illumina short-re.d se.ue.cing data.

关键词： bre.ding black inte.action

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